实用肿瘤杂志   2023, Vol. 38 Issue (1): 33-37 本刊论文版权归本刊所有,未经授权,请勿做任何形式的转载

文章信息

刘长健, 王健, 刘绍严
Liu Changjian, Wang Jian, Liu Shaoyan
基于TCGA数据库分析FTH1在头颈部鳞状细胞癌中的表达和临床意义
Analysis of expression and clinical significance of FTH1 in head and neck squamous cell carcinoma based on TCGA database
实用肿瘤杂志, 2023, 38(1): 33-37
Journal of Practical Oncology, 2023, 38(1): 33-37

基金项目

中国医学科学院创新工程胸部肿瘤标记物的研究(2017-I2M-1-005)

通信作者

刘绍严, E-mail: shaoyan_liu@sina.com

文章历史

收稿日期:2021-08-25
基于TCGA数据库分析FTH1在头颈部鳞状细胞癌中的表达和临床意义
刘长健 , 王健 , 刘绍严     
国家癌症中心/国家肿瘤临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院头颈外科, 北京 100021
摘要目的 探究重链多肽亚基由铁蛋白重链多肽1(ferritin heavy chain polypeptide 1,FTH1)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达和临床意义。方法 基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析FTH1在HNSCC组织和癌旁组织中的差异表达情况,并分析其表达与肿瘤分期的关系和对总生存的影响。采用Cox比例风险模型评估影响HNSCC患者预后的因素。使用GSEA软件预测FTH1可能参与调控的信号通路。结果 FTH1在HNSCC中高表达,且与肿瘤分期有关(均P < 0.05)。FTH1高表达的HNSCC患者总生存率降低(P < 0.05)。单因素Cox分析结果显示,高表达的FTH1和肿瘤分期均是影响HNSCC患者的预后因素(均P < 0.05)。多因素Cox分析结果显示,肿瘤分期和性别均是影响HNSCC患者的预后因素(均P < 0.05)。FTH1的通路富集分析显示,FTH1的高表达样本显著富集到溶酶体、谷胱甘肽代谢、磷酸戊糖途径及癌症通路等基因集。结论 FTH1可作为HNSCC的临床预后标志物。
关键词头颈部鳞状细胞癌    FTH1    TCGA数据库    预后    
Analysis of expression and clinical significance of FTH1 in head and neck squamous cell carcinoma based on TCGA database
Liu Changjian , Wang Jian , Liu Shaoyan     
Department of Head and Neck Surgery, National Cancer Center/National Clinical Research Center for Cancer/Cancer Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Beijing 100021, China
Abstract: Objective To investigate the expression and clinical significance of ferritin heavy chain polypeptide 1 (FTH1) in head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). Methods Based on The Cancer Genome Atlas (TCGA) database, the differential expression of FTH1 in HNSCC tissues and paracancerous tissues, and its relationship with tumor stage and overall survival were analyzed. Cox proportional hazards model was used to assess the factors affecting the prognosis of HNSCC patients. GSEA software was used to predict the signaling pathways that FTH1 might be involved in regulation. Results FTH1 was highly expressed in HNSCC tissues and correlated with tumor stage (both P < 0.05). The overall survival rate was significantly decreased in patients with high FTH1 expression (P < 0.05). Univariate analysis showed that high expression of FTH1 and tumor stage were prognostic factors of HNSCC patients (both P < 0.05). Multivariate Cox analysis showed that tumor stage and sex were prognostic factors of HNSCC patients (both P < 0.05). Pathway enrichment analysis of FTH1 showed that high expression of FTH1 was significantly enriched to the gene sets of lysosome, glutathione metabolism, and pentose phosphate pathway in cancer. Conclusions FTH1 can be used as a clinical prognostic marker of HNSCC.
Key words: head and neck squamous cell carcinoma    FTH1    TCGA database    prognosis    

头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)是世界上最常见的恶性肿瘤之一,可发生于鼻腔、口腔、舌、嘴唇、涎腺和喉部等多个解剖部位[1-2]。尽管在过去的几十年里,临床治疗有了显著的改善,但HNSCC患者的预后仍然很差。因此,研究HNSCC的预后标志物,可能有助于通过分子靶向来治疗HNSCC。

铁蛋白由重链和轻链多肽亚基组成,是原核生物和真核生物细胞内主要的储铁蛋白。其中,重链多肽亚基由铁蛋白重链多肽1(ferritin heavy chain polypeptide 1,FTH1)基因编码[3]。目前发现,FTH1在多种恶性肿瘤组织中发挥着重要作用,包括肾细胞癌和前列腺癌等[4-5]

然而,FTH1在HNSCC中的表达尚不清楚。本研究基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库旨在分析HNSCC与癌旁组织中FTH1基因差异表达情况,探讨FTH1基因表达与HNSCC临床分期及预后的关系。以期为HNSCC的诊治提供新的见解。

1 资料与方法 1.1 收集数据

本研究所采用的数据均来源于TCGA数据库(http://tcgadata.nci.nih.gov/)。数据收集截至2021年6月的HNSCC组织样本(包括mRNA表达数据、临床资料数据和预后数据)。主要排除标准:存在临床资料和预后数据缺失的患者。最终纳入研究的HNSCC组织样本共417例。417例患者年龄19~90岁,中位年龄61岁,平均年龄60.9岁;其中男性302例,女性115例。

1.2 FTH1的表达与HNSCC患者的肿瘤分期相关性及对总生存的影响

本研究通过TCGA在线分析工具GEPIA分析FTH1在HNSCC和癌旁组织中是否存在表达差异,并对其肿瘤分期和总生存进行相关分析。利用单因素及多因素Cox分析FTH1表达及HNSCC患者临床资料对患者预后的影响。

1.3 基因富集分析

2021年6月使用GSEA(版本:4.0.0)软件进行富集分析,首先根据FTH1表达量的中位值将其分成高表达组和低表达组。选用GSEA中的c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt和h.all.v7.0.symbols.gmt [Hallmarks]数据集作为内参照[6],运用缺省加权富集统计方法进行富集分析并设置1 000次随机组合。2021年6月使用String数据库进行FTH1的蛋白互作网络分析。

1.4 统计学分析

采用SPSS 20.0统计学软件和Graphpad Prism 7.0绘图软件进行数据分析。生存分析使用Kaplan-Meier和Log-rank检验。使用Wilcox秩和检验比较FTH1表达量与肿瘤分期的关系。使用单因素及多因素Cox比例风险模型评价FTH1表达及HNSCC患者临床资料与预后的关系。以P < 0.05为差异具有统计学意义。在GSEA富集分析中错误发现率(falsed discovery rate,FDR) < 0.05作为显著富集基因集的判别标准。

2 结果 2.1 FTH1在HNSCC中高表达并与肿瘤分期和总生存有关

GEPIA分析显示,在TCGA数据库中,FTH1在HNSCC中的表达水平高于癌旁组织(P < 0.05,图 1A)。不同肿瘤分期HNSCC中FTH1表达水平比较,差异具有统计学意义(P=0.027,图 1B);随肿瘤分期的增加,FTH1表达水平上调。FTH1高表达组总生存率低于低表达组(P=0.007 1;HR=1.4,PHR=0.007 5;图 1C)。

注  A:FTH1在HNSCC组织和癌旁组织中的表达情况;B:FTH1在HNSCC组织不同肿瘤分期中的表达情况;C:FTH1表达与HNSCC患者总生存的关系;TPM:每千个碱基的转录每百万映射读取的转录本(transcripts per kilobase per million mapped reads);*P < 0.05 图 1 TCGA数据库中FTH1在HNSCC中的表达情况及其与肿瘤分期和总生存的关系 Fig.1 FTH1 expression in HNSCC and its correlation with tumor stage and overall survival in TCGA database
2.2 HNSCC预后因素分析

利用单因素及多因素Cox分析TCGA数据库中FTH1表达及HNSCC患者临床资料(包括年龄、性别、种族及肿瘤分期)对患者预后的影响。单因素Cox比例风险模型结果显示,肿瘤分期(HR=1.403,95%CI: 1.167~1.687,P < 0.01)和FTH1表达水平(HR=1.219,95%CI:1.010~1.471,P=0.039)与总生存率相关(图 2)。多因素Cox比例风险模型结果显示,肿瘤分期(HR=1.411,95%CI:1.171~1.700,P=0.01)和性别(HR=0.675,95%CI:0.490~0.930,P=0.016)可作为HNSCC的独立预后影响因素。

注  A:单因素Cox回归分析;B:多因素Cox回归分析 图 2 TCGA数据库中HNSCC患者临床病理特征及FTH1表达对总生存影响的单因素及多因素Cox回归分析 Fig.2 Univariate and multivariate Cox regression analysis of clinicopathological characteristics and FTH1 expression level associated with overall survival of HNSCC patients in TCGA database
2.3 FTH1蛋白互作网络和功能富集分析

利用String数据库分析FTH1蛋白的互作网络显示,FTH1可以与铁蛋白轻链(ferritin light chain,FTL)、触珠蛋白(haptoglobin,HP)、热休克蛋白家族A成员8(heat shock protein family A member 8,HSPA8)、乳运铁蛋白(lactotransferrin,LTF)、核受体辅激活因子4(nuclear receptor coactivator 4,NCOA4)、清道夫受体A成员5(scavenger receptor class A member 5,SCARA5)、转铁蛋白受体蛋白(transferrin receptor protein,TFRC)、醛缩酶A(aldolase A,ALDOA)、醛缩酶C(aldolase C,ALDOC)和组织蛋白酶D(cathepsin D,CTSD)发生蛋白相互作用(图 3)。利用GSEA软件进行FTH1基因的KEGG通路富集分析显示,FTH1高表达样本富集到溶酶体(FDR < 0.001,P < 0.01)、谷胱甘肽代谢(FDR < 0.001,P < 0.01)、磷酸戊糖途径(FDR=0.027,P < 0.01)及癌症通路(FDR=0.020,P < 0.01)等基因集(图 4)。以hallmarks基因集为基础,利用GSEA软件探究FTH1对HNSCC的生物学行为产生影响的作用方式显示,FTH1高表达样本富集到Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物(Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog,KRAS)信号通路(FDR=0.018,P=0.004)和WNT/β-catenin信号通路(FDR=0.028,P=0.004;图 5)。

图 3 String数据库分析FTH1蛋白的互作网络 Fig.3 Interaction network of FTH1 protein analyzed by String database
图 4 FTH1的KEGG功能富集 Fig.4 KEGG functional enrichment of FTH1
图 5 FTH1的Hallmark功能富集 Fig.5 Hallmarks functional enrichment of FTH1
3 讨论

铁蛋白是一种广泛存在于身体所有组织且高度保守的蛋白质,由铁蛋白重链和FTL这2种多肽链组成。其中,铁蛋白重链能够催化Fe2+氧化反应,而FTL主要作用是存储Fe3+。这2种链在维持体内铁平衡和防止铁超载发挥着重要作用[7-8]FTH1基因主要负责合成铁蛋白的重链亚基,参与多种疾病信号通路。在前列腺癌和肾细胞癌中高表达的FTH1能够促进肿瘤的发生和进展[4-5]。但FTH1表达研究在HNSCC中尚未报道。探究FTH1基因在HNSCC的作用及其可能的作用机制对于HNSCC的诊治具有重要的作用。

本研究基于TCGA数据库,通过生物信息学分析首次报道FTH1在HNSCC中的表达和对预后的影响。结果显示,与癌旁组织比较,HNSCC组织中FTH1的表达水平升高,且高表达FTH1的HNSCC患者预后较差。此外,随着肿瘤分期的增加FTH1的表达水平呈现上升趋势。单因素Cox分析结果进一步显示,肿瘤分期和FTH1表达均是HNSCC的预后因素(均P < 0.05)。为了进一步探究FTH1在HNSCC中可能的作用机制,使用GSEA软件进行通路富集显示,FTH1高表达样本可能通过KRAS信号通路和WNT/β-catenin信号通路参与溶酶体、谷胱甘肽代谢、磷酸戊糖途径及癌症通路等重要代谢通路。这与之前报道的FTH1的作用相一致[3],推测高表达的FTH1可能通过调控代谢来影响HNSCC的发生和发展。目前研究暂未发现与FTH1发生蛋白互作的10个蛋白能够参与谷胱甘肽代谢和磷酸戊糖途径,因此,需要在接下来的研究中进一步探索。

综上所述,本研究基于TCGA数据库,初步探究了FTH1在HNSCC患者中的表达以及与肿瘤分期和预后的关系。初步结果表明,FTH1在HNSCC中高表达;肿瘤分期越高,FTH1表达越高;高表达FTH1的HNSCC患者总生存较低。但是目前FTH1在肿瘤中的研究几乎都是局限于对转录组数据的分析,在基础实验等方面的研究依旧甚少。接下来笔者将进一步研究FTH1对肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡等的影响,以便为HNSCC患者预后提供新的标志物,进而指导HNSCC的临床诊治。

参考文献
[1]
Johnson DE, Burtness B, Leemans CR, et al. Head and neck squamous cell carcinoma[J]. Nat Rev Dis Primers, 2020, 6: 92. DOI:10.1038/s41572-020-00224-3
[2]
王佳峰, 葛明华. 头颈部黏膜鳞状细胞癌全球诊治新进展[J]. 实用肿瘤杂志, 2020, 35(1): 16-18.
[3]
di Sanzo M, Quaresima B, Biamonte F, et al. FTH1 Pseudogenes in cancer and cell metabolism[J]. Cells, 2020, 9(12): 2554. DOI:10.3390/cells9122554
[4]
Huang HM, Qiu YY, Huang GL, et al. Value of ferritin heavy chain (FTH1) expression in diagnosis and prognosis of renal cell carcinoma[J]. Med Sci Monit, 2019, 25: 3700-3715. DOI:10.12659/MSM.914162
[5]
Su Q, Lei T, Zhang M. Association of ferritin with prostate cancer[J]. J BUON, 2017, 22(3): 766-770.
[6]
喻唯, 刘小平, 李胜, 等. 基于TCGA数据库分析CD6表达与子宫颈癌预后的相关性[J]. 实用肿瘤杂志, 2021, 36(1): 52-56.
[7]
Sammarco MC, Ditch S, Banerjee A, et al. Ferritin L and H subunits are differentially regulated on a post-transcriptional level[J]. J Biol Chem, 2008, 283(8): 4578-4587.
[8]
Torti FM, Torti SV. Regulation of ferritin genes and protein[J]. Blood, 2002, 99(10): 3505-3516.