南京农业大学学报  2017, Vol. 40 Issue (4): 592-600   PDF    
http://dx.doi.org/10.7685/jnau.201612034
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张蓓, 刘同坤, 黄菲艺, 邵帅旭, 吴小婷, 侯喜林
ZHANG Bei, LIU Tongkun, HUANG Feiyi, SHAO Shuaixu, WU Xiaoting, HOU Xilin
不结球白菜开花基因BcFT的亚细胞定位及其互作蛋白的筛选
Subcellular localization and interaction proteins screening of flowering gene BcFT in non-heading Chinese cabbage
南京农业大学学报, 2017, 40(4): 592-600
Journal of Nanjing Agricultural University, 2017, 40(4): 592-600.
http://dx.doi.org/10.7685/jnau.201612034

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收稿日期: 2016-12-20
不结球白菜开花基因BcFT的亚细胞定位及其互作蛋白的筛选
张蓓, 刘同坤, 黄菲艺, 邵帅旭, 吴小婷, 侯喜林    
南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业部华东地区园艺作物生物学与 种质创新重点实验室, 江苏 南京 210095
摘要[目的]开花基因FT是开花通路下游关键基因。本文旨在研究不结球白菜BcFT的亚细胞定位及互作蛋白的筛选,深入了解不结球白菜BcFT的功能及其调控机制。[方法]构建亚细胞定位载体pEZS-NL-BcFT,利用亚细胞定位技术研究BcFT的空间表达。通过酵母双杂交技术筛选与BcFT互作的蛋白,构建酵母双杂交诱饵载体pGBKT7-BcFT,转化酵母Y2H Gold菌株,验证自激活性和自毒性。对不结球白菜酵母双杂交cDNA文库进行筛选,得到与BcFT互作的片段,并根据基因片段进行比对,以不结球白菜cDNA为模板进行基因全长克隆,构建pGADT7载体,进行共转化验证,最后对筛选得到的2个蛋白进行生物信息学分析。[结果]BcFT蛋白在整个细胞中均有分布。诱饵载体pGBKT7-BcFT表达产物对酵母细胞无自激活性和自毒性,通过酵母双杂交及共转验证得到2个与BcFT互作的蛋白:BcPPD5和BcVHA-E1。生物信息学分析预测这2个蛋白均为亲水性蛋白,不含信号肽,BcPPD5蛋白的氨基酸序列存在1个跨膜区,二级结构中不规则卷曲所占比例最大,第163和296氨基酸残基之间存在1个PsbP结构域;BcVHA-E1蛋白无跨膜区,二级结构中α螺旋所占比例最大,无特定结构域。[结论]确定了BcFT蛋白在整个细胞中均有表达。利用酵母双杂交技术筛选得到2个与BcFT互作蛋白,进一步分析发现其可能通过光周期路径影响开花。
关键词不结球白菜   BcFT   亚细胞定位   酵母双杂交   
Subcellular localization and interaction proteins screening of flowering gene BcFT in non-heading Chinese cabbage
ZHANG Bei, LIU Tongkun, HUANG Feiyi, SHAO Shuaixu, WU Xiaoting, HOU Xilin    
State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement/Key Laboratory of Biology and Germplasm Enhancement of Horticultural Crops in East China, Ministry of Agriculture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China
Abstract: [Objectives] FT is a key component in flowering pathways. To better understand the characteristics and molecular mechanisms of BcFT, we investigated the subcellular localization and interaction proteins of flowering gene BcFT. [Methods] We constructed the subcellular localization vector pEZS-NL-BcFT and analysed the spatial expression of BcFT by subcellular localization technique. We also constructed pGBKT7-BcFT bait vector, transformed into yeast strain Y2H Gold to verify self-activation and autotoxicity. When screening the yeast two hybrid cDNA library of non-heading Chinese cabbage, we found several fragments that interacted with BcFT. The full-length cDNA was cloned from non-heading Chinese cabbage to construct the pGADT7 vectors. Then the bioinformatic analysis of the two proteins were carried out. [Results] BcFT protein was located in all components of cell. The expressed product of the bait vector pGBKT7-BcFT was confirmed to have no autoactivation and toxicity. Finally, we obtained two proteins that interacted with BcFT, BcPPD5 and BcVHA-E1. Bioinformatics analysis predicted that these two proteins were hydrophilic proteins and had no signal peptide. BcPPD5 protein had a transmembrane region, in the secondary structure, the largest was the irregular crimps, and there was a PsbP domain between the 163 and 296 amino acid residues. For BcVHA-E1, there was no transmembrane region and specific domain. [Conclusions] BcFT protein expressed in all components of cell. BcFT could interact with BcPPD5 and BcVHA-E1, the further analysis showed that it may affect flowering through photoperiodic pathway.
Key words: non-heading Chinese cabbage    BcFT    subcellular localization    yeast two hybrid   

不结球白菜(Brassica campestris ssp. chinensis Makino)是我国长江中下游地区普遍种植的绿叶蔬菜, 因其生长周期短在蔬菜周年生产中占据重要地位。近年来, 日本、美国及欧洲一些国家也广泛引种栽培[1]。不结球白菜属于十字花科芸薹属植物, 营养丰富、适应性广, 但在实际生产中, 不结球白菜经常出现先期抽薹现象, 极大地降低了其产量和品质, 因此对不结球白菜开花调控机制的研究显得尤为重要。

在高等植物生命过程中, 开花是从营养生长向生殖生长转变的重要发育过程。这一过程既受植物内源发育信号(植物衰老、体内激素水平等)调控[2], 同时还受到外界环境因子(日照长短、低温春化等)影响[3-4]。通过对拟南芥的深入研究, 目前已确定了4条开花路径, 包括光周期路径[5]、春化路径[6]、赤霉素路径[7]和自主路径[8]。这些路径形成了一个错综复杂的基因调控网络, 最终汇聚到下游关键基因FT(FLOWERING LOCUS T)、SOC 1 (SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CO 1)、LFY(LEAFY), 激活植物顶端分生组织特异基因表达, 调控植物开花。其中, FT基因编码一种磷脂酰乙醇胺结合蛋白, 与锌指转录因子FD蛋白在顶端分生组织互作, 促进SOC 1AP1基因的表达, 进而促进花分生组织的形成和开花[9], 这一结论已在小麦中通过酵母双杂交得到了验证[10]

对不结球白菜开花时间的研究已有大量报道[11], 但到目前为止, FT基因在不结球白菜中的研究较少, 其互作蛋白的研究在不结球白菜中也未见报道。本研究利用亚细胞定位技术研究不结球白菜BcFT基因的空间表达, 利用酵母双杂交技术对不结球白菜cDNA文库进行筛选, 得到与BcFT互作的蛋白, 有助于全面探讨BcFT基因的功能, 为深入研究不结球白菜开花调控机制、新品种的选育提供重要依据。

1 材料与方法 1.1 试验材料

pEZS-NL载体为南京农业大学园艺学院郭世荣教授赠与, 酵母菌株Y2H Gold、质粒pGADT7、pGBKT7、pGADT7-T、pGBKT7-53均购自美国Clontech公司; 大肠杆菌DH5α感受态细胞购自北京Transgene公司; 酵母质粒小提试剂盒、RNA Simple Total RNA Kit试剂盒购自北京TIANGEN公司; 5×CE Ⅱ Buffer、ExnaseTM Ⅱ购自美国Vazyme公司; EcoRⅠ、BamHⅠ、SalⅠ限制性内切酶, pMD18-T simple载体, Taq DNA聚合酶, PrimeScript® 1st Stand cDNA Synthesis Kit购自大连宝生物工程有限公司; 琼脂糖凝胶回收试剂盒、大肠杆菌质粒小提试剂盒购自美国Axygen公司; 各种引物合成及测序由南京金斯瑞公司完成。

1.2 试验方法 1.2.1 亚细胞定位载体pEZS-NL-BcFT的构建

采用RNA Simple Total RNA Kit试剂盒提取不结球白菜‘苏州青’5叶期总RNA, 用PrimeScript® 1st Stand cDNA Synthesis Kit将总RNA反转录成基因组cDNA。根据BcFT的cDNA序列(http://brassicadb.org/brad/)设计特异引物BcFT-F1、BcFT-R1(表 1), 以cDNA为模板进行PCR扩增, 扩增产物经胶回收后连接pMD18-T, 热激法转化大肠杆菌DH5α, 对测序正确的阳性克隆提取质粒, 命名为pMD18-BcFT。根据BcFT序列和pEZS-NL载体序列, 按照One Step Cloning Kit(Vazyme, 美国)引物要求设计含有EcoRⅠ和BamHⅠ酶切位点的特异引物BcFT-F2、BcFT-R2(表 1), 以质粒pMD18-BcFT为模板进行PCR扩增, 反应产物经10 g·L-1琼脂糖凝胶回收, EcoRⅠ、BamHⅠ酶切pEZS-NL载体, 回收其产物, 按照One Step Cloning Kit说明书进行亚细胞定位载体构建, 获得阳性克隆pEZS-NL-BcFT

表 1 PCR所用引物序列 Table 1 Primers of PCR amplification
1.2.2 基因枪法转化洋葱表皮细胞

参照杨光等[12]的方法进行。

1.2.3 诱饵载体pGBKT7-BcFT的构建

按照One Step Cloning Kit引物设计要求以及BcFT和pGBKT7载体序列信息, 设计含有EcoRⅠ和SalⅠ酶切位点的特异引物BcFT-F3和BcFT-R3(表 1), 根据1.2.1节的方法构建诱饵载体pGBKT7-BcFT

1.2.4 诱饵载体转化酵母菌株与自毒性和自激活性检测

采用醋酸锂方法制备酵母菌株Y2H Gold感受态细胞, 并分别转化空载体pGBKT7、诱饵载体pGBKT7-BcFT, 涂布于SD/-Trp固体培养基上, 30 ℃培养3~5 d, 观察菌落生长状态, 判断是否具有自毒性。

空载体pGADT7、诱饵载体pGBKT7-BcFT共转化酵母菌株Y2H Gold, 同时共转化载体pGADT7+pGBKT7(阴性对照)以及pGADT7-T+pGBKT7-53(阳性对照), 涂布于SD/-Trp/-Leu固体培养基上, 30 ℃培养3~5 d。挑取阳性菌落接种于SD/-Trp/-Leu液体培养基中, 30 ℃培养至D600为0.8左右, 稀释成不同浓度梯度(1、10-1、10-2、10-3), 并取10 μL悬滴在SD/-Trp/-Leu和SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade固体培养基上, 倒置培养3~5 d, 观察菌落生长情况, 判断是否具有自激活性。

1.2.5 酵母双杂交筛选BcFT互作蛋白

从已转化诱饵载体pGBKT7-BcFT的SD/-Trp固体培养基上挑取新鲜单菌落, 接种于50 mL SD/-Trp液体培养基中, 30 ℃过夜培养, 至D600为0.8左右。1 000 g离心5 min, 弃上清液, 用4 mL SD/-Trp液体培养基重悬, 再加入1 mL不结球白菜cDNA文库[13]、45 mL 2×YPDA液体培养基, 转移到2 L的锥形瓶中, 30 ℃、50 r·min-1孵育20 h左右。1 000 g离心5min, 弃上清液, 用10 mL 0.5×YPDA液体培养基重悬, 涂布于SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade固体培养基上, 30 ℃培养3~5 d。

1.2.6 酵母质粒提取与测序

观察酵母细胞在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade固体培养基上的生长情况, 挑取长势良好的酵母菌落接种于SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade液体培养基中, 30 ℃振荡培养, 提取质粒。根据pGADT7-Rec载体设计通用引物AD-F和AD-R(表 1), 以酵母质粒为模板进行PCR扩增, 扩增产物经10 g·L-1琼脂糖凝胶电泳观察条带大小, 取200 bp以上的条带回收, 送南京金斯瑞公司测序。

1.2.7 全长基因的克隆及捕获载体的构建

根据筛选文库的测序结果, 以不结球白菜‘苏州青’cDNA为模板进行基因全长克隆, 然后进行相应猎物载体(AD载体)的构建(方法同1.2.1节, 引物见表 1)。

1.2.8 BcFT和互作基因的共转化验证

为了验证上述筛选蛋白与BcFT在酵母体内的互作情况, 将1.2.7节已构建好的捕获载体分别与诱饵载体pGBKT7-BcFT、空载体pGBKT7(阴性对照)共转化酵母菌株Y2H Gold, 并涂布于SD/-Trp/-Leu固体培养基上培养; 经菌落PCR鉴定之后, 活化阳性菌落, 稀释不同浓度梯度(1、10-1、10-2、10-3), 取10 μL菌液分别悬滴在SD/-Trp/-Leu和SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade固体培养基上, 倒置培养3~5 d, 观察菌落生长情况。

1.2.9 筛选互作蛋白的生物信息相关分析

利用ExPASy Proteomics Server(http://web.expasy.org/protparam/)上的Protparam在线分析软件对筛选蛋白进行理化性质分析, DAS(http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/)、PredictProtein(https://www.predictprotein.org/home)分析软件对其进行跨膜区分析, SignalP 4.0 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.0/)进行信号肽分析, SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)进行二级结构分析, Pfam(http://pfam.xfam.org/)进行结构域分析, Phyre2在线软件(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/)进行三维结构分析。

2 结果与分析 2.1 BcFT蛋白的亚细胞定位

图 1可见:阳性对照中, 细胞膜、细胞质、细胞核均可以观察到绿色荧光, BcFT蛋白的绿色荧光分布在细胞膜、细胞质、细胞核中, 说明BcFT蛋白在整个细胞中均有表达。

图 1 GFP蛋白和BcFT-GFP蛋白在洋葱表皮细胞中的定位 Figure 1 Subcellular locatization of GFP protein and BcFT-GFP protein in oinon epidermal cell
2.2 诱饵载体pGBKT7-BcFT自毒性及自激活检测

图 2可见:转化空载体pGBKT7与转化诱饵载体pGBKT7-BcFT的平板上菌落数量并无明显差异, 说明诱饵载体pGBKT7-BcFT对酵母细胞无自毒性。

图 2 BcFT的自毒性检测 Figure 2 Toxicity test of BcFT A:转化质粒pGBKT7 Transfomation of pGBKT7;B:转化质粒pGBKT7-BcFT Transfomation of pGBKT7-BcFT

图 3所示:阳性对照(pGADT7-T+pGBKT7-53) 在SD/-Trp/-Leu和SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上均能正常生长, 阴性对照(pGADT7+pGBKT7) 以及共转化空载体pGADT7、诱饵载体pGBKT7-BcFT的酵母细胞在SD/-Trp/-Leu平板上能正常生长, 在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上不生长, 说明BcFT并无自激活性。

图 3 BcFT的自激活性检测 Figure 3 Autoactivation test of BcFT
2.3 酵母双杂交结果验证

将含有诱饵载体pGBKT7-BcFT的酵母细胞与含有cDNA文库的酵母细胞进行杂交筛选, 对SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上的克隆进行测序分析, 经大白菜数据库BLAST比对, 共得到8个读码框正确的互作菌落, 进一步比对发现有2个基因片段与基因全长接近, 且重复出现, 其中2个克隆测序为BcPPD5, 2个克隆测序为BcVHA-E1, 其余几个片段占基因全长的比例较小, 结果精确度低(图 4)。

图 4 质粒PCR鉴定电泳图 Figure 4 Electrophoresis map of plasmids PCR identification M:DL2000 marker; 1~8:质粒PCR检测条带Detection strip of plasmids PCR

分别构建BcPPD 5BcVHA-E1的AD载体pGADT7-BcPPD5、pGADT7-BcVHA-E1, 与诱饵载体pGBKT7-BcFT进行共转化试验, 观察在SD/-Trp/-Leu和SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上的生长情况(图 5)。酵母细胞在2种培养基上均能生长, 说明BcPPD 5BcVHA-E1分别与BcFT在酵母体内存在互作关系。为了增加试验的严谨性, 将pGADT7-BcPPD5、pGADT7-BcVHA-E1分别与空载体pGBKT7共转化, 观察在SD/-Trp/-Leu和SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上的生长情况。酵母细胞在SD/-Trp/-Leu平板上能正常生长, 在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上不生长(图 5), 说明BcPPD 5BcVHA-E1本身并无自激活性, 进一步说明上述试验结果的可靠性。

图 5 BcFT互作蛋白共转化验证 Figure 5 Cotransformation analysis between BcFT and the interaction proteins
2.4 筛选互作蛋白BcPPD5的生物信息分析结果 2.4.1 理化性质分析

利用ExPASy的在线分析软件Protparam预测蛋白的理化性质, 结果显示:BcPPD5蛋白的分子式为C1572H2483N419O483S8, 含有314个氨基酸, 相对分子质量为35.2×103, 等电点为7.73, 其中包含正电残基(Asp+Glu)40个, 负电残基(Arg+Lys)41个, 该蛋白的不稳定系数为56.19, 脂肪系数为82.61, 平均亲水性系数为-0.413。图 6显示:该蛋白的C端和N端都偏向亲水性, 中间部分亲水性与疏水性交替出现, 总体而言该蛋白亲水性表现更强。BcPPD5蛋白的氨基酸序列存在一个跨膜区, 位于81~88(DAS)个氨基酸或78~95(PredictProtein)个氨基酸。

图 6 BcPPD5蛋白亲水/疏水性分析 Figure 6 Analysis of hydrophilicity and hydrophobicity for BcPPD5 protein
2.4.2 蛋白结构分析

SignalP 4.0 Server软件预测BcPPD5蛋白不含信号肽。对其二级结构(图 7)和三维结构(图 8)的分析发现, BcPPD5蛋白中不规则卷曲结构所占比例最大, 为43.31%;α螺旋次之, 比例为32.48%;β转角最少, 仅为6.05%。Pfam分析该蛋白163和296氨基酸残基之间存在一个PsbP结构域。

图 7 BcPPD5蛋白二级结构 Figure 7 Secondary structure of BcPPD5 protein 蓝色表示α螺旋, 绿色表示β转角, 红色表示延伸链, 紫色表示不规则卷曲。 Blue represents for α-helix, green represents for β-turn, red represents for extended strand, purple represents for random coil. The same as follows.
图 8 BcPPD5蛋白三维结构 Figure 8 Three-dimensional structure of deduced BcPPD5 protein
2.5 筛选互作蛋白BcVHA-E1的生物信息分析结果 2.5.1 理化性质分析

BcVHA-E1蛋白的分子式为C1131H1858N320O356S9, 含有230个氨基酸, 相对分子质量为25.9×103, 等电点为5.32, 其中包含正电残基(Asp+Glu)40个, 负电残基(Arg+Lys)32个, 该蛋白的不稳定系数为46.08, 脂肪系数为97.09, 平均亲水性系数为-0.447。ProtScale氨基酸疏水性图谱预测表明, 该蛋白N端偏向亲水性, C端偏向疏水性, 总体而言亲水性表现较强(图 9)。DAS、PredictProtein在线软件预测均无跨膜区。

图 9 BcVHA-E1蛋白亲水/疏水性分析 Figure 9 Analyzed of hydrophilicity and hydrophobicity for BcVHA-E1 protein
2.5.2 蛋白结构分析

SignalP 4.0 Server软件分析BcVHA-E1蛋白不含信号肽。对其二级结构(图 10)和三维结构(图 11)的分析发现:BcVHA-E1蛋白中α螺旋所占比例最大, 为66.96%;不规则卷曲结构次之, 比例为17.83%;β转角最少, 仅为3.91%。Pfam在线软件分析表明该蛋白无特定结构域。

图 10 BcVHA-E1蛋白二级结构预测 Figure 10 Secondary structure of BcVHA-E1 protein
图 11 BcVHA-E1蛋白三维结构 Figure 11 Three-dimensional structure of deduced BcVHA-E1 protein
3 讨论

很多植物基因组测序工作已经完成[14], 为我们提供了大量基因组信息, 研究热点正趋向对基因组功能的探索。

植物体内蛋白-蛋白相互作用是一个非常复杂的过程, 酵母双杂交技术是分析真核细胞内蛋白质相互作用非常有效的方法。该方法不仅可以检测已知蛋白质之间的互作, 还可以通过筛选cDNA文库得到与已知蛋白互作的未知蛋白。到目前为止, 很多与FT互作的蛋白都是通过酵母双杂交方法得到的, 如FD蛋白[10]、FTIP1(FT INTERACTING PROTEIN 1) 蛋白[15]。在玉米中, DLF1基因编码的蛋白可以与FT互作[16-17]。小麦FT与TaFDL2互作, 最终通过调控VRN1的表达来调控开花[10]。在油菜花序轴韧皮部汁液中检测到FT同源蛋白, 以及协助其在细胞间转运的伴侣蛋白[18]

本试验首先确定了BcFT蛋白在细胞中的定位情况, 发现在整个细胞中均有表达, 为分析其生物学功能奠定了基础。利用酵母双杂交技术, 筛选出2个与BcFT互作的蛋白, 分别是BcPPD5和BcVHA-E1。

PPD5蛋白是一个由核基因编码, 定位在叶绿体类囊体上的蛋白。在拟南芥中, 通过观察PPD5的T-DNA插入突变体和RNAi株系发现, 与野生型植株相比, 功能缺失型植株的侧根和侧芽都有所增加, 侧根增多的表现型可以被外源GR24抑制, 表明PPD5与独脚金内酯的合成路径相关[19]。同时外源GR24能直接抑制不结球白菜腋芽的萌发和伸长[20]。独脚金内酯信号转导路径中, MAX2蛋白形成SCF复合体, 作为激素受体存在。在研究光形态建成的过程中发现, 光敏色素和隐花色素受光激活, 引起COP1蛋白从细胞质转移到细胞核, 导致HY5蛋白积累, 最终激活SCF复合体[21]。可见COP1基因可通过SCF复合体间接调控PPD 5, 而COP1可以通过光周期路径影响植物开花时间。

VHA-E1是V型H+-ATPase的一个亚基, V型H+-ATPase是广泛存在于内膜系统的液泡型质子泵, 被称为“生态酶”, 对细胞内物质的转运和各种新陈代谢过程具有重要作用[22]。当用茉莉酸处理拟南芥, AtVHA-E1的表达量上调[23]。虽然目前已有茉莉酸与植物开花之间的相关报道[24-25], 但具体的分子调控机制尚不清楚。我们发现的茉莉酸响应基因BcVHA-E1与BcFT互作, 从另一个方面解释了茉莉酸和植物开花时间具有一定的关联性。COP1/SPA复合体也参与茉莉酸应答[26-27]

COP1在控制生物节律钟输出、调控光周期信号中具有重要作用[28], 作为E3泛素连接酶复合体, COP1/SPA在黑暗条件下可以特异降解CO蛋白[29]。CO蛋白也是光周期信号路径中的关键调控因子, 可以激活下游FTSOC1基因的转录, 促进开花[30]。在不结球白菜中, BcPPD5和BcVHA-E1蛋白很有可能是通过光周期路径影响开花, 具体的调控机制还需要进一步验证。在不结球白菜中, 这2个基因在不同发育阶段均有表达[31], 同时, 对BcPPD5和BcVHA-E1蛋白的生物信息学分析也为蛋白互作提供了物理化学基础, 这为我们从不同角度了解不结球白菜BcFT蛋白功能提供了理论依据。这些工作有利于提高农作物适应外界环境的能力, 为定向调控植物开花时间奠定基础。

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