文章信息
- 碱基切除修复因子SmuG1与肿瘤的研究进展
- Research Advances on Base Excision Repair Factor SmuG1 and Tumor
- 肿瘤防治研究, 2019, 46(8): 750-753
- Cancer Research on Prevention and Treatment, 2019, 46(8): 750-753
- http://www.zlfzyj.com/CN/10.3971/j.issn.1000-8578.2019.19.0236
- 收稿日期: 2019-02-27
- 修回日期: 2019-06-13
机体细胞中的DNA会不断受到体内外多种因素的影响,有害化学物品、紫外线、放射线、有害的细胞代谢产物、机体的自发突变等均能导致DNA的损伤[1]。而人体在受到各种内外因素的影响下仍能保持遗传信息的稳定性,与机体的DNA损伤修复功能密切相关[1-2]。DNA修复效率存在个体差异,不同个体或细胞具有不同DNA修复效率,与恶性肿瘤发生发展、预后、治疗效果密切相关。在过去几年中,研究表明通过调控肿瘤中DNA修复基因是改善或预测癌症疗法功效的有效策略[3]。DNA损伤修复通路包括直接修复、碱基切除修复(base excision repair, BER)、错配修复、核苷酸切除修复和双链断裂修复等基本形式。碱基切除修复是解决自发性、烷化和氧化性DNA损伤的主要途径,至少20个蛋白质参与NER修复过程, 包括ERCC1、XRCC1、XRCC3等。BER途径基因的表达异常或缺陷与多种实体肿瘤有关[4]。单链选择性单功能尿嘧啶DNA糖基化酶(single-strand selective monofunctional uracil DNA glycosylase, SmuG1)是人类中由SmuG1基因编码的酶。SmuG1是BER途径重要的一种糖基化酶,可从核染色质中的单链和双链DNA中去除尿嘧啶(Uracil, U),从而有助于BER。SmuG1被证实与结直肠癌、乳腺癌、宫颈癌、胃食管癌等多种肿瘤的遗传易感性、化疗敏感度、生存率以及侵袭转移等相关[5-8]。本文主要对SmuG1的结构表达、生物学特性、参与的信号通路、与肿瘤发生发展及耐药的关系等作以下综述。
1 SmuG1的基本结构和表达方式人类总共有四种糖基化酶负责去除U病变:尿嘧啶DNA糖基化酶(UNG/UDG),单链选择性单功能尿嘧啶DNA糖基化酶(SmuG1),胸腺嘧啶DNA糖基化酶(TDG)和甲基结合域4(MBD4)[9]。除MBD4外,其他三种糖基化酶都属于UDG超家族。虽然UDG超家族的三个成员都删除了U,但它们扮演的角色却显著不同[10]。BER识别并切割尿嘧啶的糖苷键,产生脱碱基位点,随后由脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(APE1)切割,然后由聚合酶β(polβ)去除脱氧核糖磷酸(dRP)并插入与未配对的鸟嘌呤(G)相对的胞嘧啶(C),最后由连接酶连接切口[11-12]。SmuG1是蛋白质编码基因,参与BER的相关途径包括端粒C-链合成和脱嘧啶化。SmuG1具有增加的底物耐受性,能够从ssDNA、U相对的A或G以及卤化和氧化的尿嘧啶衍生物中切除U。与超家族的其他两个成员不同,SmuG1不经历细胞周期调节,而是以恒定的低水平表达。有趣的是,SmuG1倾向于在核仁中积累,其中包含活性转录和浓缩染色质的区域[13],即使在UNG存在的情况下,SmuG1也能有效地防止基因组尿嘧啶积累。因此,SmuG1在非复制染色质中修复脱氨基胞嘧啶(U:G)可能更为重要。
2 SmuG1的生物学特性及相关信号通路细胞DNA暴露于多种外源性和内源性损伤剂,损伤可使细胞发生诱变、凋亡,甚至获得转化的潜力。核碱基损伤,例如C至U的脱氨基,通过BER途径修复。BER可以在体外核小体核心颗粒中进行,但修复效率受到尿嘧啶-DNA糖基化酶和DNA聚合酶b在核小体核心上的活性降低的限制。UNG2和SmuG1都能够从U:A以及U:G碱基对中去除尿嘧啶,最后由AP位点通过短补丁BER途径修复。SmuG1和UNG2通过不同的机制协调BER的初始步骤[6]。SmuG1以前被认为是尿嘧啶-DNA糖基化酶的备用酶,最近已被证明可以切除5-羟基尿嘧啶、5-羟甲基尿嘧啶、5-甲酰尿嘧啶、带有氧化的基团环C5以及尿嘧啶[14]。同时,SmuG1被证实不受细胞周期调节并且均匀分布在核质中,具有更广泛的底物特异性[15]。SmuG1识别基因组中的基础病变并通过从单链和双链DNA中去除尿嘧啶来启动碱基切除修复系统,但作为尿嘧啶残基特异性的单功能DNA糖基化酶,SmuG1首选单链DNA作为底物。该基因存在许多可变剪接的转录物变体,仍有不少变体的全长性质尚不清楚[16-17]。
尿嘧啶-DNA修复对于防止突变至关重要[18],目前有证据表明SmuG1从U:A以及U:G碱基对中去除尿嘧啶,得到的AP位点通过BER途径修复。尿嘧啶也被引入DNA作为抗体基因多样化的一部分,其去除对抗体多样化同样至关重要[6]。已知UNG是尿嘧啶去除的主要参与者,但当耗尽时,SmuG1可以为抗体多样化过程中的UNG提供支持。除尿嘧啶外,SmuG1还除去了几种嘧啶氧化产物[19]。并具有从DNA中去除胸腺嘧啶氧化产物5-羟甲基尿嘧啶的特定功能。
SmuG1具有广泛的核定位,核仁有一定的富集。研究表明SmuG1与交互假尿苷合成酶Dyskerin(DKC1)共定位在核仁和Cajal体内。SmuG1切除了RNA中的修饰碱基,并证明SmuG1含有5-羟甲基脱氧尿苷的单链RNA,但不是假尿苷,核苷由DKC1的尿苷异构化产生。SmuG1的消耗,特别是SmuG1和DKC1的组合损失,导致成熟的28S和18S rRNA种类中5-hm(Urd)的积累。SmuG1在rRNA质量控制中起作用,部分是通过调节rRNA中的5-hm(Urd)水平。此外,DKC1参与SmuG1与47S rRNA结合。所以,BER酶SmuG1是DKC1互动合作伙伴。该SmuG1/DKC1的互动目标是复杂的核仁,它通过调节5-hm(Urd)的水平有助于它rRNA质量控制[20]。Korourian等研究还发现Wnt信号通路E2F6和RhoA和SmuG1之间存在显著相关性,揭示Wnt信号通路与BER途径之间存在某种联系[6]。
3 SmuG1与肿瘤的关系对BER基因表达的精细调节,例如微小RNA(miRNA)所施加的转录后调节,可能影响该修复系统的效率。靶基因30个非翻译区(UTR)内单核苷酸多态性(SNP)的存在可以改变与特异性miRNA的结合,调节基因表达,并最终影响癌症易感性、预后和治疗结果[21-22]。
SmuG1是蛋白质编码基因。SmuG1的异常表达与乳腺癌、直肠乙状结肠肿瘤、骨淋巴瘤、宫颈癌等癌症的发生发展密切相关[5]。其相关途径是端粒C链(Lagging Strand)合成和识别以及DNA糖基化酶与含有受影响的嘧啶的位点的关联。与该基因相关的基因本体论(GO)注释包括DNA N-糖基化酶活性和氧化的嘧啶核碱基损伤DNA N-糖基化酶活性[22]。
低SmuG1转录物可损害DNA修复,从而增加突变率,增强染色体不稳定性并促进更多具有攻击行为的恶性克隆的选择。低SmuG1表达也与BRCA1、ATM和XRCC1相关,暗示低SmuG1肿瘤中的基因组不稳定。在小鼠研究中,SmuG1的丢失被证明可以增加癌症的易感性[23]。此外,低SmuG1转录物可能与较差的存活率相关[7],并与乳腺癌中的侵袭性表型相关[24];与正常脑组织相比,星形细胞瘤中SmuG1表达显著下降;SmuG1被确定为预测结肠癌患者存活率低的独立预后因素[17];宫颈癌患者SmuG1低表达与不良临床病理类型相关[25]。SmuG1单核苷酸多态性(SNPs)与食管癌和胃癌患病风险相关[26]。
然而,胃癌中的低SmuG1显示出相反的结果[27],SmuG1表达与患者的不良生存率相关。一种可能的解释是,在胃癌中,炎性反应是致癌作用的驱动因素,并且低浓度的SmuG1可有益于修复氧化性碱基损伤(通常见于炎性环境中),在这种情况下,与耗尽相反,SmuG1的表达升高可以作为存活的潜在生物标志物。因此,SmuG1在肿瘤发生发展中具有复杂的作用,可能基于癌症的类型及其性质而扮演不同的角色[8]。
4 SmuG1与化疗耐药的关系铂是多种肿瘤的一线化疗药物,其细胞毒性作用主要通过进入细胞与DNA结合并激活凋亡途径。SmuG1编码参与BER途径的DNA去甲基化和DNA修复的蛋白。其上调表明对铂类诱导的DNA损伤的反应增强,并在联合治疗中靶向SmuG1可能通过增加细胞对DNA损伤的易感性来增加铂类活性。据报道,SmuG1表达的变化与铂类化学敏感度呈负相关。
5-氟尿嘧啶(Fu)已被广泛用于治疗一系列常见癌症超过四十年[5]。氟取代的尿嘧啶类似物转化为几种活性代谢物,但细胞毒性的机制仍不清楚。在广泛引用但未经证实的模型中,Fu被认为通过抑制胸苷酸合酶来杀死细胞,并且在DNA复制期间增加使用dUTP代替TTP,随后切除高水平的尿嘧啶导致新合成的DNA的片段化[19]。UNG和SmuG1最有可能在复制过程中解决尿嘧啶和5-Fu的基因组掺入问题。体外研究表明UNG对Fu:A与U:A碱基对的活性大大降低,这可以解释为什么UNG对体内Fu修复没有贡献,因为相比UNG,SmuG1在体内对5-Fu敏感度明显增加[10]。有人提出,SmuG1可作为预测药物反应生物标志物,并可解释某些类型肿瘤的获得性耐药机制[10, 28]。
5 小结综上, SmuG1是UDG超家族三大糖基化酶之一,与UNG、TDG共同参与BER,在DNA损伤修复中发挥着不可替代的作用,对于维持机体基因稳定性至关重要。研究发现SmuG1在多种实体肿瘤细胞中存在异常表达, 且与肿瘤临床病理类型、癌细胞的侵袭转移以及患者生存率均相关,且由于它的DNA损伤修复能力, 促使化疗药物引起的癌细胞凋亡受到抑制, 从而产生化疗耐药。所以,研究SmuG1作为新型抗肿瘤药物的治疗靶点具有重大意义。虽然研究发现SmuG1和Wnt信号通路E2F6和RhoA以及DKC1相关,但目前关于SmuG1与肿瘤关系的具体分子机制尚不清楚,仍需进一步研究。
作者贡献
郑丽娇:文献整理,文章撰写
彭冬先:思路指导,文章修改
王观凤、黄洁:文献查阅
| [1] | Samstein RM, Riaz N. The DNA damage response in immunotherapy and radiation[J]. Adv Radiat Oncol, 2018, 3(4): 527–533. |
| [2] | Chatterjee N, Walker GC. Mechanisms of DNA damage, repair, and mutagenesis[J]. Environ Mol Mutagen, 2017, 58(5): 235–263. DOI:10.1002/em.22087 |
| [3] | Foksinski M, Zarakowska E, Gackowski D, et al. Profiles of a broad spectrum of epigenetic DNA modifications in normal and malignant human cell lines: Proliferation rate is not the major factor responsible for the 5-hydroxymethyl-2'-deoxycytidine level in cultured cancerous cell lines[J]. PLoS One, 2017, 12(11): e0188856. DOI:10.1371/journal.pone.0188856 |
| [4] | Shinmura K, Kato H, Goto M, et al. Mutation Spectrum Induced by 8-Bromoguanine, a Base Damaged by Reactive Brominating Species, in Human Cells[J]. Oxid Med Cell Longev, 2017, 2017: 7308501. |
| [5] | Oliveira DM, Laudanna C, Migliozzi S, et al. Identification of different mutational profiles in cancers arising in specific colon segments by next generation sequencing[J]. Oncotarget, 2018, 9(35): 23960–23974. |
| [6] | Korourian A, Roudi R, Shariftabrizi A, et al. Differential role of Wnt signaling and base excision repair pathways in gastric adenocarcinoma aggressiveness[J]. Clin Exp Med, 2017, 17(4): 505–517. |
| [7] | Abdel-Fatah TM, Arora A, Alsubhi N, et al. Clinicopathological Significance of ATM-Chk2 Expression in Sporadic Breast Cancers: a Comprehensive Analysis in Large Cohorts[J]. Neoplasia, 2014, 16(11): 982–991. DOI:10.1016/j.neo.2014.09.009 |
| [8] | Kuznetsova AA, Iakovlev DA, Misovets IV, et al. Pre-steady-state kinetic analysis of damage recognition by human single-strand selective monofunctional uracil-DNA glycosylase SMUG1[J]. Mol Biosyst, 2017, 13(12): 2638–2649. DOI:10.1039/C7MB00457E |
| [9] | Antoniali G, Malfatti MC, Tell G. Unveiling the non-repair face of the Base Excision Repair pathway in RNA processing: A missing link between DNA repair and gene expression?[J]. DNA Repair(Amst), 2017, 56: 65–74. DOI:10.1016/j.dnarep.2017.06.008 |
| [10] | Pang P, Yang Y, Li J, et al. SMUG2 DNA glycosylase from Pedobacter heparinus as a new subfamily of the UDG superfamily[J]. Biochem J, 2017, 474(6): 923–938. DOI:10.1042/BCJ20160934 |
| [11] | Juul M, Bertl J, Guo Q, et al. Non-coding cancer driver candidates identified with a sample- and position-specific model of the somatic mutation rate[J]. Elife, 2017, 6: pii: e21778. DOI:10.7554/eLife.21778 |
| [12] | Ye F, Wang H, Liu J, et al. Association of SMUG1 SNPs in Intron Region and Linkage Disequilibrium with Occurrence of Cervical Carcinoma and HPV Infection in Chinese Population[J]. J Cancer, 2019, 10(1): 238–248. DOI:10.7150/jca.27103 |
| [13] | Bonyadia M, Mehdizadeh F, Jabbarpoor Bonyadi MH, et al. Association of the DNA repair SMUG1 rs3087404 polymorphism and its interaction with high sensitivity C-reactive protein for age-related macular degeneration in Iranian patients[J]. Ophthalmic Genet, 2017, 38(5): 422–427. DOI:10.1080/13816810.2016.1251947 |
| [14] | Tarantino ME, Dow BJ, Drohat AC, et al. Nucleosomes and the three glycosylases: High, medium, and low levels of excision by the uracil DNA glycosylase superfamily[J]. DNA Repair(Amst), 2018, 72: 56–63. DOI:10.1016/j.dnarep.2018.09.008 |
| [15] | Zhang Z, Shen J, Yang Y, et al. Structural Basis of Substrate Specificity in Geobacter metallireducens SMUG1[J]. ACS Chem Biol, 2016, 11(6): 1729–1736. DOI:10.1021/acschembio.6b00164 |
| [16] | Shinmura K, Kato H, Kawanishi Y, et al. Defective repair capacity of variant proteins of the DNA glycosylase NTHL1for 5-hydroxyuracil, an oxidation product of cytosine[J]. Free Radic Biol Med, 2019, 131: 264–273. DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2018.12.010 |
| [17] | Oliveira DM, Laudanna C, Migliozzi S, et al. Identification of different mutational profiles in cancers arising in specific colon segments by next generation sequencing[J]. Oncotarget, 2018, 9(35): 23960–23974. |
| [18] | Korourian A, Madjd Z, Roudi R, et al. Induction of miR-31 causes increased sensitivity to 5-FU and decreased migration and cell invasion in gastric adenocarcinoma[J]. Bratisl Lek Listy, 2019, 120(1): 35–39. |
| [19] | Alsøe L, Sarno A, Carracedo S, et al. Uracil Accumulation and Mutagenesis Dominated by Cytosine Deamination in CpG Dinucleotides in Mice Lacking UNG and SMUG1[J]. Sci Rep, 2017, 7(1): 7199. |
| [20] | Jobert L, Skjeldam HK, Dalhus B, et al. The human base excision repair enzyme SMUG1 directly interacts with DKC1 and contributes to RNA quality control[J]. Mol Cell, 2013, 49(2): 339–345. DOI:10.1016/j.molcel.2012.11.010 |
| [21] | Foksinski M, Zarakowska E, Gackowski D, et al. Profiles of a broad spectrum of epigenetic DNA modifications in normal and malignant human cell lines: Proliferation rate is not the major factor responsible for the 5-hydroxymethyl-2'-deoxycytidine level in cultured cancerous cell lines[J]. PLoS One, 2018, 13(4): e0195819. DOI:10.1371/journal.pone.0195819 |
| [22] | Shinmura K, Kato H, Goto M, et al. Mutation Spectrum Induced by 8-Bromoguanine, a Base Damaged by Reactive Brominating Species, in Human Cells[J]. Oxid Med Cell Longev, 2017, 2017: 7308501. |
| [23] | Kemmerich K, Dingler FA, Rada C, et al. Germline ablation of SMUG1 DNA glycosylase causes loss of 5-hydroxymethyluracil- and UNG-backup uracil-excision activities and increases cancer predisposition of Ung-/-Msh2-/- mice[J]. Nucleic Acids Res, 2012, 40(13): 6016–6025. DOI:10.1093/nar/gks259 |
| [24] | Abdel-Fatah TM, Albarakati N, Bowell L, et al. Single-strand selective monofunctional uracil-DNA glycosylase (SMUG1) deficiency is linked to aggressive breast cancer and predicts response to adjuvant therapy[J]. Breast Cancer Res Treat, 2013, 142(3): 515–527. |
| [25] | An JS, Huang MN, Song YM, et al. A preliminary study of genes related to concomitant chemoradiotherapy resistance in advanced uterine cervical squamous cell carcinoma[J]. Chin Med J(Engl), 2013, 126(21): 4109–4115. |
| [26] | Xie H, Gong Y, Dai J, et al. Genetic variations in base excision repair pathway and risk of bladder cancer: A case-control study in the United States[J]. Mol Carcinog, 2015, 54(1): 50–57. DOI:10.1002/mc.22073 |
| [27] | Abdel-Fatah T, Arora A, Gorguc I, et al. Are DNA Repair Factors Promising Biomarkers for Personalized Therapy in Gastric Cancer?[J]. Antioxid Redox Signal, 2013, 18(18): 2392–2398. DOI:10.1089/ars.2012.4873 |
| [28] | Czarny P, Wigner P, Strycharz J, et al. Single-nucleotide polymorphisms of uracil-processing genes affect the occurrence and the onset of recurrent depressive disorder[J]. Peer J, 2018, 6: e5116. DOI:10.7717/peerj.5116 |
2019, Vol. 46


