文章信息
- circRNAs在肿瘤中的研究进展
- Research Progress of circRNAs in Cancer
- 肿瘤防治研究, 2016, 43(8): 728-730
- Cancer Research on Prevention and Treatment, 2016, 43(8): 728-730
- http://www.zlfzyj.com/CN/10.3971/j.issn.1000-8578.2016.08.016
- 收稿日期: 2015-11-09
- 修回日期: 2015-12-23
环状RNA(circular RNA,circRNA)不同于典型的线性RNA分子,没有5’,3’末端和多聚腺苷酸尾结构,而是形成共价闭合的连续环[1]。研究表明circRNA在基因表达调控中发挥microRNA海绵、结合RNA相关蛋白、调控剪接和转录、修饰亲本基因的表达等重要功能[2]。circRNA可通过调控Wnt信号通路、上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)等影响肿瘤的发生发展、侵袭转移及耐药性等。circRNA已成为RNA研究领域的新热点,其在肿瘤诊断、治疗及预后中的潜在临床价值已受到密切关注。
1 circRNA概述circRNA主要来源于蛋白编码基因的外显子,也可由内含子、基因间区、UTR区、非编码RNA位点和已知转录物的反义位点产生[3]。目前的研究表明,circRNA可以作为miRNA海绵或竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)参与多种疾病(如动脉粥样硬化疾病、朊病毒疾病、肌强直性营养不良等)的发生发展,并且与神经系统疾病(如帕金森病、阿尔兹海默症等)密切相关[4]。此外,circRNA在肿瘤的发生发展、侵袭转移及耐药等方面具有重要的作用,并有望成为肿瘤诊断的新型分子标志物和治疗靶点。
2 circRNA与肿瘤 2.1 circRNA与肿瘤相关miRNA2011年,Hansen等[5]在人类和小鼠的大脑组织中发现了一种编码于人类CDR1基因位点反向基因组的天然环状转录物CDR1as,可作为miR-7海绵即ciRS-7。作为一种ceRNA,ciRS-7可抑制miR-7活性并与miR-7竞争结合其他RNA(如mRNA和long non-coding RNA),从而调控靶基因的表达[3, 6]。比如,HeLa细胞中ciRS-7的稳定表达会导致SNCA、EGFR和IRS2的mRNA水平明显下调,提示其可能与宫颈癌的发生发展密切相关[6]。另有报道,ciRS-7可作为“mRNA圈套”,通过封闭翻译起始位点减少蛋白质的表达水平[7]。此外,ciRS-7还可以作为RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)结合多种蛋白质亚基的“支架”,增强circRNA转录物的稳定性[8]。已有研究表明,ciRS-7在成神经细胞瘤中广泛表达,在星形细胞瘤、肾细胞癌和肺癌中频繁表达[9]。通过RNA荧光原位杂交和免疫荧光杂交发现,HeLa细胞中ciRS-7和miR-7间存在很大程度上的亚细胞共定位[6]。并且,ciRS-7对miR-671敏感,miR-671可以诱导ciRS-7的降解和核酸内切分裂。因此可推测,ciRS-7结合miR-7并转移到特定的亚细胞定位点,随后miR-671通过降解ciRS-7促进miR-7的释放[3, 10],miR-7/miR-671/ciRS-7轴可能在肿瘤的发生发展、侵袭转移等过程中发挥重要作用。
此外,Li等[11]通过生物信息学分析发现了一种含有E3泛素蛋白连接酶(ITCH)外显子的circRNA—cir-ITCH。作为Wnt/β-catenin通路中的重要分子,ITCH可调节蛋白质稳定、免疫应答及肿瘤进展[12],其激活可在多种肿瘤(如肝细胞癌[13]、前列腺癌[14]、卵巢癌[15]等)中产生致癌作用,并且其靶标(包括p63、p73、Dvl2及Notch1等)与肿瘤耐药性密切相关[16]。研究者们运用TaqMan rt-PCR对684例食管鳞状细胞癌和癌旁组织检测发现,相比于癌旁组织,cir-ITCH在癌组织中的表达明显下调。cir-ITCH可作为肿瘤相关miRNA(miR-7、miR-17、miR-214、miR-128以及miR-216b[6])海绵,从而上调ITCH水平,促进磷酸化Dvl2的泛素化和降解,抑制Wnt/β-catenin通路。随后,Huang等[17]在结直肠癌中验证了cir-ITCH的海绵作用,并发现cir-ITCH可抑制c-myc和cyclinD1的表达。c-myc和cyclinD1可触发和调控细胞增殖相关基因的转录,其在包括结直肠癌在内的多种肿瘤中过表达[18]。cir-ITCH对其的抑制作用可导致细胞周期停滞并抑制恶性肿瘤细胞的生长。这些结果均表明,cir-ITCH可通过调节miRNA活性、上调ITCH水平、抑制Wnt通路和调控细胞增殖,从而发挥抑癌作用[11]。
最近,Caiment等[19]首次提出了circRNA在异生物质暴露下的表达模式。他们通过高通量测序(HTS)检测HepG2细胞暴露于苯并芘(BaP)后的完整基因转录组。在6个时间点中只有一种miRNA是持续过表达的,即miR-181a-1_3p。他们提出假说:首先,BaP暴露诱导的miR-181a-1_3p过表达抑制了MGMT(一种DNA损伤修复酶)翻译并显著降低其mRNA水平。24 h后miR-181a-1_3p表达下调,而捕获这一miRNA的circRNA表达上调,从而上调MGMT水平,这一机制可能增加DNA的突变率并最终导致肝癌。
2.2 circRNA与肿瘤相关途径尽管circRNA可通过与miRNA相互作用间接地参与肿瘤的多种生物学进程,但这一“海绵”作用可能只是circRNA功能的一部分。Conn等[20]在EMT中发现,上百种circRNA的表达受TGF-β的影响,而与其同源的mRNA转录物无关。他们用circScreen同时定量线性RNA和circRNA,发现RNA结合蛋白Quaking(QKI)是EMT中circRNA生成的主要调节因子。EMT中大多数circRNA水平是上调的,表明某些circRNA具有间质表型相关功能,并因此影响间质细胞性能(比如迁移、侵袭以及肿瘤转移倾向)。小部分circRNA则相反,这与它们具有上皮特异性功能一致。比如,DOCK1是一种鸟苷酸交换因子(GEF),可激活Rac以提高细胞活性[21]。使用TGF-β诱导EMT过程后,上皮细胞中含量最为丰富的DOCK1 circRNA水平下降了30倍,而DOCK1 mRNA水平则上升了2倍,提示这一circRNA的功能之一可能是引起上皮细胞中mRNA的下调,从而保持细胞的稳定性。然而,鉴于上皮细胞中含有大量的DOCK1 circRNA,其很可能还有其他方面的功能。总而言之,EMT过程中circRNA的生成受QKI的调节,并且某些circRNA可能在EMT中具有重要作用,从而调控肿瘤细胞的侵袭性和转移能力[20]。然而,circRNA在EMT中的确切作用及相关机制仍有待进一步明确。
2.3 circRNA与肿瘤的诊断与治疗最近,Li等[22]在胃癌组织中的研究发现,Hsa_circ_002059的表达显著下调,且其血浆水平在胃癌术前和术后患者中有明显差异,其低水平表达与远处转移、TNM分期、性别和年龄明显相关,提示Hsa_circ_002059可能成为胃癌诊断的一种新型分子标志,并且circRNA的血浆水平检测使得其应用于临床成为可能。另有研究表明,外泌体中含有大量的circRNA。RNA序列分析显示,circRNA在外泌体中的含量明显高于分泌细胞,且这一分泌可被miRNA调控。人类血清外泌体中检测出超过1000种circRNA,并且血清外泌体circRNA在结肠癌中具有特异性,提示circRNA可作为外泌体中的肿瘤标志物,并且外泌体circRNA可能具有潜在的生物学功能[23]。
相比于典型的线性RNA海绵,环状RNA海绵可能对miRNA的致癌活性具有更强的抑制作用,并因此产生更强的抗肿瘤效应。Tay等[24]探讨了恶性黑色素瘤细胞系中不同mRNA海绵表达载体的设计及其效果,他们发现相比于线性载体,环状载体能使mRNA海绵具有更加持久而稳定的作用。环状RNA海绵可以添加更多的特异性miRNA结合位点,从而无限地增强其抗miRNA能力[25],并且特定的circRNA含有许多特定的miRNA结合位点,其具有比典型的miRNA抑制剂更有效和更特异的抑制功能。相信在不久的将来,miRNA环化海绵有望成为一种基于RNA的肿瘤基因治疗新策略。
3 结语circRNA是丰富、稳定、保守、特异的一类RNA分子,反义互补序列和RBP可在circRNA的生物合成中产生重要的作用[26],但大多数circRNA的降解和定位仍需深入研究,circRNA在肿瘤发生发展中的作用及分子机制有待进一步阐明。虽然circRNA具有高度的特异性、保守性和稳定性,但目前检测和定性circRNA的方法仍有局限性,不同的生物信息学方法或测序数据造成circRNA的识别出现偏倚,circRNA的全长序列检测技术也有待进一步发展。研究表明,circRNA在肿瘤组织中、血浆及唾液中的表达具有特异性[23, 27],提示circRNA在疾病诊断和治疗中具有很好的临床应用价值,并有望成为肿瘤早期诊断、预后判断的分子标志物及肿瘤治疗靶点。
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