中国医科大学学报  2021, Vol. 50 Issue (1): 51-56

文章信息

王翠翠, 马晓欣
WANG Cuicui, MA Xiaoxin
基于网络药理学探讨当归-菟丝子治疗多囊卵巢综合征的作用靶标和信号通路
Mechanisms of polycystic ovary syndrome treatment using Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen based on network pharmacology
中国医科大学学报, 2021, 50(1): 51-56
Journal of China Medical University, 2021, 50(1): 51-56

文章历史

收稿日期:2019-12-25
网络出版时间:2020-12-22 9:18
基于网络药理学探讨当归-菟丝子治疗多囊卵巢综合征的作用靶标和信号通路
王翠翠 , 马晓欣     
中国医科大学附属盛京医院妇产科, 沈阳 110022
摘要目的 采用网络药理学方法筛选当归-菟丝子的活性成分,预测其治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的潜在作用靶标和信号通路,进一步探究其作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选当归-菟丝子的活性成分和候选靶标,利用GeneCards数据库和基因疾病关联数据库(DisGeNET)去重、合并,预测PCOS的相关靶标,筛选两味中药的活性成分治疗疾病的潜在作用靶标。应用Cytoscape软件构建“疾病-药物-成分-靶点”网络。借助蛋白质相互作用数据库(STRING)构建潜在靶标蛋白相互作用网络,并找到作用的关键基因。使用功能注释生物信息学分析平台(DAVID),对当归-菟丝子治疗PCOS的潜在作用靶标进行生物学功能和代谢通路分析。结果 当归-菟丝子中共筛选出11种有效活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点135个,主要包括丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)和雌激素受体1(ESR1)等,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、液体剪切应力、动脉粥样硬化和内分泌抵抗等信号通路。结论 本研究采用网络药理学方法初步预测了当归-菟丝子治疗PCOS的可能机制,为后续进一步研究提供思路。
关键词当归    菟丝子    多囊卵巢综合征    网络药理学    
Mechanisms of polycystic ovary syndrome treatment using Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen based on network pharmacology
WANG Cuicui , MA Xiaoxin     
Department of Obstetrics and Gynecology, Shengjing Hospital of China Medical University, Shenyang 110022, China
Abstract: Objective To screen the active ingredients of Angelicae Sinensis Radix and Cuscutae Semen and predict the targets and signaling pathways they are involved in, using network pharmacology, thus exploring their potential mechanism in the treatment of polycystic ovary syndrome (PCOS). Methods All the active ingredients and targets of Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen were screened out from the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP). The disease targets in PCOS were determined using the Genecards and DisGeNET databases. The potential targets of the active ingredients were screened using a Venn diagram. Cytoscape software was used to establish the "disease-drug-active ingredients-targets" network. The STRING database was used to construct the protein interaction network of drug-paired targets used for treating PCOS. Lastly, analysis of the biological functions and metabolic pathways of the potential targets was conducted using the Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID). Results A total of 11 effective and active ingredients were screened and 135 targets were predicted. The key target proteins for treating PCOS included AKT1, MAPK1, IL-6, and ESR1, among others. The pathways and mechanisms involved include the AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications, fluid shear stress, atherosclerosis, and endocrine resistance. Conclusion Based on the network pharmacology approach, this study is an initial prediction of the major targets and pathways of Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen in the treatment of PCOS, providing a direction for further studies.

多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)是育龄期女性最常见的妇科内分泌疾病,通常表现为高雄激素血症和排卵障碍。其病因尚不明确,可能是遗传因素与环境因素共同作用的结果。临床上主要采取个性化的对症治疗,以达到满足生育要求、缓解临床症状的目的。从中医角度,PCOS辨证多为脏腑功能失调、痰淤阻滞、虚实夹杂,临床常见有肾虚、痰湿、气血淤滞、肝经郁热等类型,故现代医者多从肾、脾、肝论治PCOS,在调节脏腑功能同时,注重活血燥湿化痰,从而使气血正常运行,排卵如常,胞宫按时满溢[1]。借助中医传承辅助系统,得到治疗PCOS使用频率最高且药物组合频数最多的两味中药——当归和菟丝子[2]。当归味苦、温,无毒,首要功效是补气和血,最宜用于妇女月经不调。菟丝子甘、温,归肾、肝、脾经,具有滋补肝肾、固精缩尿、安胎、明目、止泻之功效。菟丝子还有雌激素样作用,可促进雌性动物卵巢和子宫发育,促进排卵[3],具体机制尚不明确。网络药理学是基于系统生物学的理论,对药物的有效成分进行多靶点、多途径的生物系统网络分析。本文运用网络药理学方法筛选当归-菟丝子两味中药的活性成分,预测其与PCOS相关的靶标与信号通路,构建疾病-药物-成分-靶标的网络,分析当归-菟丝子治疗PCOS可能涉及的作用靶标和信号通路。

1 材料与方法 1.1 当归-菟丝子活性成分的获取

利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)检索当归和菟丝子两味药物所有的化学成分。根据药代动力学原理和平台推荐,在检索结果中限定口服生物利用度≥30%且类药性≥0.18,获得的化学成分作为当归和菟丝子两味中药的活性成分。

1.2 当归-菟丝子活性成分对应靶标的获取

再次利用TCMSP检索当归和菟丝子所有活性成分对应的靶标,并通过Uniprot数据库(https://www.uniprot.org)获取候选靶标对应的基因ID。

1.3 PCOS疾病靶标的获取

分别检索Genecards数据库(https://www.genecards.org)和基因疾病关联数据库(DisGeNET,http://www.disgenet.org)中与PCOS相关的靶基因,去重、合并,获得所有基因数据,将当归-菟丝子的活性成分对应的靶标与疾病的靶标共同映射绘制韦恩图,获得活性成分治疗PCOS的潜在作用靶标。

1.4 药物-成分-疾病靶标网络图构建

运用Cytoscape软件(3.7.2版本)将药物-成分-疾病靶标的网络关系可视化,以进一步了解当归和菟丝子两味中药的活性成分与治疗PCOS潜在作用靶标的对应关系。

1.5 靶标蛋白相互作用网络构建

将当归-菟丝子治疗PCOS潜在作用的靶蛋白导入蛋白质相互作用数据库(STRING,https://string-db.org),限定物种为人,产生蛋白-蛋白相互作用网络,设置最小蛋白间相互作用分值为0.9,将结果以TSV格式导出,并利用R语言(https://www.r-project.org)将每个潜在靶标的连接度进行排序,并以柱状图的形式列出前30位的关键靶标基因。

1.6 基因本体注释(gene ontology,GO)生物学过程及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析

将当归和菟丝子治疗PCOS的潜在靶标基因ID导入DAVID数据库[4]https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp),进行GO和KEGG代谢通路富集分析。选取满足校正后P < 0.05且Q < 0.05的生物学过程和通路,并根据校正后的P值升序排序,选取前20条,使用R语言绘制柱状图。

2 结果 2.1 当归-菟丝子的活性成分及对应靶标

从TCMSP中共获取当归的化学成分125种,菟丝子的化学成分29种。筛选出当归的活性成分2种,菟丝子的活性成分11种,重复1种,见表 1。同时,在数据库中获取当归和菟丝子活性成分的对应候选靶标共375个,其中菟丝子活性成分sophranol未找到相应靶标,故当归-菟丝子关键有效的活性成分共11种。

表 1 当归-菟丝子的活性成分 Tab.1 Active ingredients in Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen
ID Name OB(%) DL Source
MOL000358 β-sitosterol 36.91 0.75 Angelicae Sinensis Radix
MOL000449 Stigmasterol 43.83 0.76 Angelicae Sinensis Radix
MOL001558 Sesamin 56.55 0.83 Cuscutae Semen
MOL000184 NSC63551 39.25 0.76 Cuscutae Semen
MOL000354 Isorhamnetin 49.60 0.31 Cuscutae Semen
MOL000358 β-sitosterol 36.91 0.75 Cuscutae Semen
MOL000422 Kaempferol 41.88 0.24 Cuscutae Semen
MOL005043 Campest-5-en-3β-ol 37.58 0.71 Cuscutae Semen
MOL005440 Isofucosterol 43.78 0.76 Cuscutae Semen
MOL005944 Matrine 63.77 0.25 Cuscutae Semen
MOL006649 Sophranol 55.42 0.28 Cuscutae Semen
MOL000953 CLR 37.87 0.68 Cuscutae Semen
MOL000098 Quercetin 46.43 0.28 Cuscutae Semen
OB,oral bioavailability;DL,drug-likeness.

2.2 当归-菟丝子的活性成分治疗PCOS的潜在作用靶标预测

在Uniprots数据库中输入靶标名称,获得375个候选靶标的相应基因。将其与GeneCards数据库和DisGeNET数据库检索到的与PCOS疾病有关的靶基因相映射,用韦恩图筛选出当归-菟丝子治疗PCOS的潜在作用靶标共135个。

2.3 当归、菟丝子-活性成分-潜在作用靶标网络构建

根据当归、菟丝子两味中药共包含的11种关键有效的活性成分,以及对应的135个与PCOS相关的潜在作用靶标,导入Cytoscape软件进行网络构建,并给予可视化展示。药物-活性成分-潜在作用靶标网络图共包括148个节点,其中当归-菟丝子的关键活性成分11种,与PCOS相关的135个潜在作用靶标形成382种对应关系,见图 1。其中红色代表疾病PCOS,黄色代表当归-菟丝子,紫色代表两味中药中关键有效的活性成分,绿色代表两味中药与疾病有关的潜在作用靶标,相连的线表示两味中药与有效活性成分、有效活性成分与疾病靶标的对应关系。

图 1 当归-菟丝子的关键活性成分与疾病靶标的网络 Fig.1 Network of the key active ingredients of Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen and the disease targets in PCOS

2.4 当归-菟丝子靶标蛋白相互作用网络

将当归-菟丝子中具有治疗PCOS作用的潜在作用靶标导入STRING数据库,从而获得蛋白质之间相互作用的网络图,共135个节点和418条边,结果以TSV文件导出,并利用R语言将每个靶标的邻接节点数进行统计排序,排名前30名的靶标用柱状图的形式进行可视化展示,见图 2。其中AKT1的邻接节点为29个,JUN邻接节点为28个,MAPK1的邻接节点为26个,IL-6的邻接节点为20个,雌激素受体1(estrogen receptor alpha,ESR1)的邻接节点为19个。说明这几个基因可能在蛋白质互作网络中发挥重要的作用,是当归-菟丝子治疗PCOS的关键基因。

图 2 当归-菟丝子治疗PCOS可能的关键基因 Fig.2 Bar graph of the key targets of Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen in PCOS

2.5 GO生物学过程富集分析

利用DAVID数据库对当归-菟丝子活性成分对应的潜在靶标进行生物学过程分析,见图 3P值越小,说明当归-菟丝子治疗PCOS涉及该生物学过程的可能性越大。条形图中,颜色越红,P值越小,说明富集越明显。

图 3 当归-菟丝子治疗PCOS潜在作用靶标的GO富集 Fig.3 GO enrichment of the potential treatment targets of Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen

2.6 KEGG通路富集分析

再次利用DAVID数据库对当归-菟丝子活性成分对应的潜在靶标进行通路分析,见图 4。条形图中,颜色越红,P值越小,富集越明显,说明此通路与治疗疾病的关系可能越大。

图 4 当归-菟丝子治疗PCOS潜在作用靶标的KEGG富集通路 Fig.4 KEGG pathway analysis of the potential treatment targets of Angelicae Sinensis Radix-Cuscutae Semen

3 讨论

PCOS为妇科内分泌常见疾病,中医常以当归-菟丝子作为补肾活血药方之一用于治疗PCOS[5]。本研究利用数据库筛选出当归-菟丝子中11种有效活性成分,其中研究最多的是槲皮素。有研究[6]表明,与安慰剂组相比,槲皮素可增加PCOS患者血清脂联素水平,降低血糖、胰岛素、胆固醇和甘油三酯水平,降低体内雄激素和黄体生成素水平,改善脂联素介导的胰岛素抵抗和异常的激素水平。在脱氢表雄酮诱导的PCOS小鼠模型中,有学者发现槲皮素可显著降低小鼠体质量,减小卵巢体积,改善PCOS小鼠的胰岛素抵抗状态,降低肝脏葡萄糖激酶和己糖激酶的特异性活性,明显增加PCOS小鼠ERαGLUT4基因表达水平,预示槲皮素可能是治疗PCOS胰岛素抵抗和不孕的理想化合物[7]

根据靶点预测技术,预测出当归-菟丝子治疗PCOS潜在的作用靶点共135个,利用蛋白相互作用网络,分析其中可能的关键靶标有AKT1JUNMAPK1IL-6ESR1等。蛋白激酶B即AKT与雄激素之间可形成正反馈,在颗粒黄体细胞增殖和卵泡生长方面具有重要的作用。有研究[8]发现,高雄激素型PCOS患者颗粒黄体细胞中雄激素、AKT1、AKT2的表达增高,说明AKT1和AKT2高表达可能是高雄激素血症型PCOS患者颗粒黄体细胞功能异常的原因之一。有学者利用基因芯片技术筛选出PCOS差异基因,通过拓扑和功能富集分析,构建转录因子-microRNA协同调节网络,发现转录因子SP1与miR-355-5p可能共同作用于靶基因JUN,参与Wnt信号通路、转化生长因子-β信号通路和细胞周期的调控,在PCOS的发生、发展中发挥重要的作用[9]。MAPK可能参与调节细胞的生长、分化、对环境的应激适应、炎症反应等多红细胞生理和病理过程。研究[10]发现,用二甲双胍和氟他胺治疗PCOS小鼠,可上调肝脏和肠管的胰岛素信号通路,包括胰岛素受体、MAPK1和AKT2等,从而改善PCOS小鼠胰岛素抵抗的状态。IL-6是活化的T细胞和成纤维细胞产生的淋巴因子,IL-6可以调节C反应蛋白转录水平,两者联合可以预测PCOS患者发生2型糖尿病和心血管疾病的风险[11]。ESR1编码雌激素受体,可能与雌激素受体2形成同型二聚体或异型二聚体,影响靶组织中的细胞增殖和分化。PCOS患者常因为子宫内膜功能异常,造成生育力降低。有学者发现,来曲唑可增加ESR1的表达,通过Wnt/β-catenin通路,增加子宫内膜厚度,提高PCOS患者的妊娠率[12]

GO注释结果显示,当归-菟丝子的135个潜在作用靶标主要富集在核受体活性、转录因子活性调节序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异源二聚体活性、类固醇结合及近端启动子序列特异性DNA结合等,KEGG的富集通路主要在糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、液体剪切应力、动脉粥样硬化和内分泌抵抗等。解释了PCOS以胰岛素抵抗为特征以及远期易出现2型糖尿病和心血管疾病的可能原因。

综上所述,本研究表明,当归-菟丝子治疗PCOS的活性成分可能为槲皮素、谷固醇、山柰酚、芝麻素和异鼠李素等11种化合物,这些活性成分可能通过AKT1MAPK1IL-6ESR1等靶标作用于糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、液体剪切应力、动脉粥样硬化和内分泌抵抗等信号通路,发挥治疗作用。但是,本研究仅在分子水平初步预测当归-菟丝子治疗PCOS可能涉及的信号通路,今后仍需要更多的研究以进一步阐明其作用机制。

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