中国生物工程杂志  2015, Vol. 35 Issue (1): 61-66

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张旭, 王晶晶, 刘建平
ZHANG Xu, WANG Jing-jing, LIU Jian-ping
基于启动子和宿主改造的酿酒酵母表达系统优化研究
The Optimization of Saccharomyces cerevisiae Expression System by Mutagenesis of Promoter and Host Strain
中国生物工程杂志, 2015, 35(1): 61-66
China Biotechnology, 2015, 35(1): 61-66
http://dx.doi.org/10.13523/j.cb.20150109

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收稿日期:2014-10-21
修回日期:2014-11-19
基于启动子和宿主改造的酿酒酵母表达系统优化研究
张旭, 王晶晶, 刘建平     
复旦大学生命科学学院 遗传工程国家重点实验室 上海 200433
摘要:生物医药领域中一套高效表达系统对于重组蛋白的生产至关重要。酿酒酵母作为一种食品级真核微生物,具有繁殖迅速、培养简单、遗传操作便捷等特点,是生产重组蛋白较理想的表达系统之一。对实验室已有的pHR酿酒酵母表达系统进行优化。分别通过易错PCR技术和菌株诱变技术对酿酒酵母启动子PTEF和宿主酿酒酵母Y16进行突变改造,经筛选、鉴定获得表达性能提高的启动子PTEFV1和酿酒酵母Y16-E14、Y16-E19。随后,利用启动子PTEFV1构建以Y16-E14为宿主的pHR-N酿酒酵母表达系统,以绿色荧光蛋白和人血清白蛋白为对象,比较表达系统改造前后性能变化。结果显示pHR-N酿酒酵母表达系统无论胞内表达绿色荧光蛋白还是分泌表达人血清白蛋白的能力均较改造前明显提高。pHR-N系统为获得更多具有重要应用价值的重组蛋白提供了有利的工具。
关键词酿酒酵母     表达系统     启动子     宿主     优化改造    
The Optimization of Saccharomyces cerevisiae Expression System by Mutagenesis of Promoter and Host Strain
ZHANG Xu, WANG Jing-jing, LIU Jian-ping     
State Key Laboratory of Genetic Engineering, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200433, China
Abstract:An expression system with high efficiency is very important for recombinant proteins production in biopharmaceutical field. Saccharomyces cerevisiae is a food-graded eukayotic organism. The features of short generation time, simple culture condition and well-characterized manipulation techniques make yeast S. cerevisiae an attractive cell factory for production of heterologous protein. Here, for the purpose to improve the efficiency of pHR expression system which was constructed in our lab previously., the promoter of pHR expression vector (PTEF) and host strain Y16 were modified by the way of error-prone PCR and mutagenesis respectively. After several rounds of screening, a mutant PTEFv1 with higher efficiency than the mother promoter PTEF was obtained. Two modified yeast strains Y16-E14 and Y16-E19 were identified with higher productivity of heterologous protein than yeast Y16. Then PTEFv1 and yeast Y16-E14 were used to construct the novel pHR-N expression system. To evaluate the ability of pHR-N expression system, yeast green fluorescent protein (GFP) and human serum albumin (HSA) were chosed to be expressed intracellularly and extracellularly respectively. The results showed that pHR-N system had higher ability to produce either intracellular GFP or extracellular HSA than pHR system. The pHR-N yeast expression system provides a valuable resource for future application in recombinant protein production.
Key words: Saccharomyces cerevisiae     Expression system     Promoter     Host strain optimization    

酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是一种低等单细胞真核生物,具有安全、生长繁殖快、培养简单、遗传操作便捷等特点,广泛应用于酿造、食品、医药等领域,一直是基础和应用研究的重要对象。酿酒酵母系统是最早发展起来用于表达异源蛋白的真核表达系统,第一个商品化的重组疫苗—乙肝疫苗即来自酿酒酵母,随后陆续有很多外源基因在该系统中成功表达[1, 2]

影响外源基因在宿主内表达有多方面因素,包括启动子效率、宿主遗传特性、外源基因拷贝数及稳定性、培养条件等。近年来,利用基因工程方法和诱变育种来提高酿酒酵母表达蛋白能力、代谢产物等的研究进展较快。Miura S等人利用亚硝基胍诱变1 株 L-乳酸产生菌,突变株的乳酸产量超过90 g/L,达原始菌株产量的2倍[3]。张丽杰等以酿酒酵母 HY01 为出发菌,选用2 种低毒性化学诱变剂5-BU 和盐酸平阳霉素,在确定最佳配比的基础上,通过联用这2 种诱变剂进行复合诱变,获得了一定数量的正突变株,其中产能提高最高的1株发酵物中海藻糖含量达到16%,比出发菌株提高了10%[4]

启动子(promoter)位于结构基因5'端上游区,是RNA聚合酶的结合区。启动子区的结构影响其与RNA聚合酶的亲和力,进而影响基因的转录表达效率。通过对启动子改造,筛选强启动子,是提高宿主重组蛋白表达水平的一种重要的方法[5]。Partow S等都通过筛选、构建强启动子实现了重组蛋白的高效表达[6, 7]

pHR酿酒酵母表达系统是本实验室前期研究中基于酵母2μ质粒构建的一种新型酿酒酵母表达系统[8, 9]。与传统的以抗生素抗性基因作为筛选标记的酵母表达载体不同,除需表达的外源基因外,pHR表达载体所有元件序列均来自酿酒酵母自身,不携带抗药基因序列和任何大肠杆菌基因序列,以酿酒酵母Leu2基因作为营养筛选标记。外源基因表达质粒只能在酵母细胞内生存。外源基因通过同源重组方式克隆于表达载体上,通用性好、效率高。该系统以酿酒酵母Y16为宿主,表达载体为 pHR-PTEF-A,其启动子元件PTEF为酿酒酵母翻译延伸因子EF-1a基因的启动子。本研究通过诱变剂处理和易错PCR技术分别对宿主Y16和启动子PTEF进行突变改造,构建pHR-N酿酒酵母表达系统,提高其生产重组蛋白的能力。 1 材料与方法 1.1 菌株和质粒

大肠杆菌E.coli DH5α;酵母菌:S.cerevisiae S1502B (MATa ura3-52 leu2-3,112 trp1-289 his3-Δ),简称Y16。大肠杆菌-酿酒酵母穿梭质粒YEP353(ATCC number 37725)。酿酒酵母表达载体pHR-PTEF-A由本实验室构建。 1.2 主要试剂与仪器

KOD Plus Neo高保真DNA聚合酶,限制性内切酶、T4 DNA连接酶购于TaKaRa。质粒提取试剂盒和DNA凝胶回收试剂盒购于Axygen。甲基磺酸乙酯(Ethylmethyl sulfone,EMS)、X-Gal 和ONPG(o-Nitrophenyl-β-D-Galactopyranoside)购于Sigma。易错PCR试剂盒购于北京天恩泽生物技术公司。PCR扩增仪(Applied Biosystems);流式细胞仪(BD);分光光度仪(尤尼柯UV-2000)。 1.3 方 法 1.3.1 引物设计

所用引物由上海桑尼生物科技有限公司合成(表 1)。

表1 引物序列 Table 1 The sequences of primers
Primer applicationPrimer namePrimer sequence (5′-3′)
PCR PTEFPTEF-F1ATGGATCCCATAGCTTCAAAATGTTTCTACTCC
PTEF-R1CGGAAGCTTTCATAAAACTTAGATTAGATTGCTATGCTTTC
PCR HSAHSA-F1AGATCCGATGCACACAAGAGTGAGGTTGC
HSA-R1ACGTCGACTCATTATAAGCCTAAGGCAGCTTGACT
PCR GFPGFP-F1CGTCGACAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTG
GFP-R1CACTAGTTCATTATTTGTATAGTTCATCCATGCCA
1.3.2 分子克隆和质粒转化

PCR获得的PTEF序列经酶切后克隆于YEP353载体。突变改造的PTEF、人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)基因或绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)基因分别经酶切后克隆于酿酒酵母表达载体pHR-PTEF-A。大肠杆菌转化采用42℃ 热激方法,酿酒酵母转化采用LiAC化学法[10]。分子生物学操作方法参考《分子克隆实验指南》(1996年第二版)和《酵母遗传学方法实验指南》(2000年第一版)。 1.3.3 易错PCR突变[11, 12]

按照易错PCR试剂盒说明书进行操作,反应总体系为60μl,PCR程序设定如下:

1.3.4 甲基磺酸乙酯(ethly methane sulfonate,EMS)诱变处理[13, 14]

挑取少许YEPD固体培养基上的酿酒酵母Y16,接入新鲜YEPD液体培养中,30℃培养后,离心,无菌水洗涤2次,1ml PBS悬浮,加入40 μl EMS溶液,30℃温浴处理一定时间;离心收获菌体,5% 硫代硫酸钠溶液 1ml 洗涤2次,得到的酵母菌体用于转化筛选。 1.3.5 突变筛选方法1.3.5 .1 初筛

(1)启动子突变初筛[15]

YEP353载体携带LacZ报告基因,通过检测LacZ基因产物β-半乳糖苷酶(β-galactosidase,β-gal)的活性,能够反映LacZ前多克隆位点克隆的启动子的转录效率。经易错PCR突变后的启动子PTEF连接到质粒YEP353上,构建YEP353- PTEF-mutant质粒,连接产物转化Y16,涂布于选择性SD固体培养基上,30℃培养2~3天获得酵母转化子。随后转化子转接于含有X-Gal的固体培养基上,30℃继续培养,根据菌落蓝斑出现时间和颜色深浅(与对照酵母比较)筛选候选阳性克隆。

(2)诱变酵母菌株初筛

质粒YEP353-PTEF转化经EMS诱变处理的Y16菌体,涂布于选择性SD固体培养基上,30℃培养2~3天后获得转化子克隆,候选阳性克隆筛选方法同上所述。

(3)复筛[16, 17]

对于初筛获得的候选阳性克隆进行复筛,确认其可靠性。采用的方法为ONPG法。重组酵母中表达的β-gal能够将ONPG解为半乳糖和黄色的邻-硝基苯酚(ONP)。将酵母克隆接入选择性SD液体培养基中30℃摇床培养24 h;按10%(V/V)接入1ml YEPD培养基中,培养48h,测OD600值;取100 μl菌液离心去上清,用1ml Z-Buffer洗一次;再用800μl Z-Buffer悬浮,置于-80℃,反复冻融3~4次;加入200μl ONPG反应一段时间,加入400μl 1mol/L NaCO3 终止反应;离心,取上清分光光度计测OD420。β-gal酶活性= (OD420×1000)/(OD600×V(ml)×T(min)) 2 结果 2.1 宿主酿酒酵母Y16诱变改造

选择YEPD中培养10h后的Y16酵母细胞,利用EMS进行诱变处理,测定EMS处理不同时间菌株的死亡率(结果略)。EMS最佳诱变条件为:PBS(pH=7.2)溶液中,EMS浓度40μl/ml,处理55min,Y16菌株死亡率为70%~80%。收集EMS诱变处理后存活的Y16酵母,继续培养待用。

质粒YEP353-PTEF转化诱变处理后的Y16酵母,获得的转化子分别测定β-gal酶活性,经过筛选鉴定,编号E14和E19的两个转化子β-gal酶活较未处理的Y16转化子(对照)酶活分别提高22.31%和26.53%(表 2)。

表 2 Y16诱变处理后转化子β-gal酶活性检测 Table 2 β-gal activity assay results of Y16 transformants after treatment with EMS
转化子β-gal酶活性提高比率(%)
对照120.90±10.230.00
A13129.94±9.657.50%
A17123.87±15.062.46%
E14147.87±2.9522.31%
E19152.98±11.2526.53%

将E14和E19在非选择性YEPD培养基中连续传代培养,丢失酵母细胞中YEP353-PTEF质粒,经表型验证正确后,获得诱变菌株Y16-E14和Y16-E19。为确认菌株发生有利突变,将质粒YEP353-PTEF分别回转Y16-E14和Y16-E19,检测细胞β-gal酶活性。结果如表 3所示,Y16-E14和Y16-E19菌株产生β-gal酶活性分别比未改造的Y16菌株高73.53%和55.60%,由此获得了两株有利于重组β-gal酶表达的诱变酵母菌株Y16-E14和Y16-E19。

表 3 质粒YEP353-PTEF回转诱变菌株所得转化子β-gal酶活性检测 Table 3 β-gal activity assay results of Y16 mutant strains re-transformed with YEP353-PTEF
菌株β-gal酶活性提高比率(%)
Y16-E14334.34±11.9073.53
Y16-E19299.80±17.0355.60
对照(Y16)192.67±13.210.00
2.2 启动子PTEF突变改造

以启动子PTEF序列为模板,以PTEF-F1/PTEF-R1为引物进行易错PCR,PCR产物经BamHⅠ/HindⅢ酶切后,克隆于YEP353 载体,重组载体转化酵母Y16。经过初筛和复筛鉴定,发现编号E49-24、N36、N37三个转化子的β-gal酶活性较对照组分别提高了47.09%、46.55%、55.43%。三个转化子中YEP353-PTEF-mutant质粒抽提出来测序,发现三个质粒PTEF启动子区均在234位发生突变,即由T变为C(T234C),将突变启动子命名为PTEFv1

为确认突变启动子PTEFv1的有效性和稳定性,将质粒YEP353-PTEFv1回转酵母Y16,检测重组酵母β-gal酶活,结果如表 4所示,装配突变启动子PTEFv1的重组酵母产生的β-gal酶活较对照重组酵母(启动子PTEF)提高61.47%,说明突变启动子PTEFv1转录效率明显强于野生型启动子PTEF

表 4 质粒PTEFV1-YEP353回转Y16转化子β-gal酶活性检测 Table 4 β-gal activity assay of Y16 strain re-transformed with PTEFv1-YEP353
重组酵母β-gal酶活性提高比例(%)
Y16/PTEF-YEP353127.52±29.580.00
Y16/PTEFV1-YEP353205.91±4.8461.47
2.3 表达系统改造效果评价

经过突变改造,我们获得了较PTEF启动子效率更高的PTEFv1启动子和有利于重组蛋白表达的诱变改造菌株Y16-E14、Y16-E19。随后将PTEFv1启动子和Y16-E14菌株应用于改造pHR酿酒酵母表达系统。将PTEFV1启动子替换酿酒酵母表达载体pHR-PTEF-A上的PTEF启动子,以Y16-E14作为宿主细胞,构建胞内表达GFP或分泌表达HSA的重组酵母,评价新构建的pHR-N表达系统的效能(表 5)。

表 5 基于pHR-N表达系统构建的重组酵母 Table 5 List of the recombinant yeasts utilizing pHR-N system
组别Y16宿主Y16-E14宿主
GFP组Y16/pHR-PTEF-GFP(Y1)Y16-E14/pHR-PTEF-GFP(E1)
Y16/pHR-PTEFv1-GFP(Y2)Y16-E14/pHR-PTEFv1-GFP(E2)
HSA组Y16/pHR-PTEF-αF-HSA(Y3)Y16-E14/pHR-PTEF-αF-HSA(E3)
Y16/pHR-PTEFv1-αF-HSA(Y4)

Y16-E14/pHR-PTEFv1-αF-HSA(E4)

对照组分别为Y16/pHR-PTEF(YC)和Y16-E14/ pHR-PTEF(EC). αF,α-Factor信号肽分别利用荧光显微镜和流式细胞仪检测重组酵母表达GFP情况。荧光显微镜观察显示E2组酵母(Y16-E14/pHR-PTEFv1-GFP)荧光不仅强于E1组(Y16-E14/ pHR-PTEF-GFP)也明显强于Y1组(Y16/pHR-PTEF-GFP)或Y2组(Y16/pHR-PTEFv1-GFP),说明突变启动子PTEFv1和诱变改造后的宿主Y16-E14能够增强GFP蛋白表达(图 1)。流式细胞仪对重组酵母荧光强度进行定量检测分析,结果显示E2组酵母荧光强度显著高于其他各组(图 2),证实突变启动子PTEFv1和宿主Y16-E14对重组GFP产生的促进作用。

图 1 荧光显微镜检测重组酵母表达GFP情况 Fig. 1 Fluorescence microscope analysis of the recombinant yeasts expressing GFP
图 2 流式细胞仪检测重组酵母平均荧光强度Fig. 2 Flow cytometry analysis of geometric mean fluorescence intensity of the recombinant yeastsCell number of each test sample is 5×104.*,P<0.05;**,P<0.01;***,P<0.001

HSA组重组酵母培养2天后,取培养液上清进行SDS-PAGE分析,结果显示E4组的分泌的HSA量明显多于其他各组(图 3),说明E4组重组酵母(Y16-E14/pHR-PTEFv1-αF-HSA)分泌表达HSA能力最强,即改造的Y16-E14宿主和PTEFV1启动子有助于重组蛋白HSA的分泌表达。

图 3 SDS-PAGE鉴定各重组酵母分泌表达HSA情况Fig. 3 SDS-PAGE analysis of HSA secreted by the recombinant yeasts1:Marker;2: Corotrol YC;3: Corotrol EC;4:Y3;5:Y4;6:E3;7:E4
3 讨 论

YEP353是一种大肠杆菌-酿酒酵母穿梭载体,将启动子克隆于该载体LacZ基因上游的多克隆位点区域,构建的重组载体转化酿酒酵母,通过重组酵母中LacZ基因表达产生的β-半乳糖苷酶(β-gal)活性测定可鉴别YEP353所克隆的启动子在酵母中的效率。本研究中,为了获得较已有的酿酒酵母强启动子PTEF效率更高的启动子,以PTEF序列为模板,易错PCR产生突变PTEF序列。突变启动子克隆于YEP353载体后转化酿酒酵母Y16菌株,获得重组酵母转化子文库。经过含X-Gal培养基平板初筛以及ONPG法复筛鉴定,N36等三个转化子产生的β-gal明显高于启动子未改造的对照酵母。测序后分析发现三个转化子重组YEP353质粒上克隆的突变PTEF序列完全一致,均仅有一个碱基突变(T234C)。筛选获得的三个突变启动子来自不同批次的易错PCR产物。实验中,虽然为了获得尽可能多的突变启动子,进行了多管多次易错PCR,但每一次PCR的退火温度、延伸时间等程序完全一致,在相同条件下,可能存在偏好突变位点的情况。T234C位点突变显著提高PTEF启动子的转录效率可能与该位点突变后影响启动子区结构,促进RNA聚合酶与启动子区结合有关,其具体机制有待实验确认。本研究证实通过易错PCR优化酵母启动子是一种行之有效的方法。

宿主也是表达系统需要考虑的重要因素,宿主细胞内生化环境(RNA转录和翻译速率、蛋白质折叠速率、稳定性等)对重组蛋白的产生具有重要影响[2, 18]。诱变、代谢工程等可以通过各种途径改变宿主细胞内环境,进而改善宿主生产重组蛋白的能力。国内外不少研究报道证实了化学诱变剂EMS改造宿主的有效性。为了提高酿酒酵母Y16生产重组蛋白(特别是分泌重组蛋白)的能力,我们采用EMS对Y16进行诱变处理。通过EMS对Y16酵母的处理,筛选获得了表达β-gal能力提高的二株突变酵母Y16-E14、Y16-E19。研究中发现与未诱变的Y16比较,Y16-E14酵母形态发生了明显变化,即Y16-E14酵母细胞个体更大。诱变改造的菌株生理特性是否发生变化、通过何种途径提高重组蛋白表达水平需要后续进一步研究探究。

将原有的pHR酿酒酵母表达载体启动子PTEF替换为突变启动子PTEFv1 、宿主酵母Y16替换为Y16-E14,获得预期性能有所改进的pHR-N酵母表达系统。为了解pHR-N酵母表达系统的普适性,我们分别以GFP、HSA为报告基因验证pHR-N系统胞内表达或分泌表达重组蛋白的能力。研究结果显示,相对启动子或宿主单一因素优化,PTEFv1和Y16-E14协同应用大大提高了重组蛋白胞内表达或分泌表达水平。

通过启动子和宿主两方面的改造,优化后的pHR-N表达系统表达外源基因的能力进一步提升,为拓展新型pHR酿酒酵母表达系统在生物医药领域的应用奠定了良好的基础。

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