中国公共卫生  2012, Vol. 28 Issue (4): 415-417   PDF    
结核分枝杆菌毒力基因片段Rv0450c分子克隆及原核表达
吴俐健, 李嵚, 孙美秋, 邹傅, 贾本智, 苍保宏, 王笑歌     
中国医科大学附属第四医院结核科, 辽宁 沈阳 110032
摘要: 目的 通过分子克隆的方法对结核分枝杆菌H37Rv中编码MMPL4蛋白的Rv0450c基因以及编码该蛋白一个161氨基酸的膜内区域(I161)和一个371氨基酸的膜外区域(O371)的基因片段在大肠杆菌中的表达和纯化方法进行研究,为进一步探讨MMPL4与结核分枝杆菌耐药相关功能性研究以及抗体制备提供依据。方法 以结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增Rv0450c基因片段,并克隆到原核表达载体pET28b质粒中,获得的重组质粒转化原核表达宿主大肠杆菌BL2 1(DE3)pLysS中,经IPTG诱导后SDS-PAGE电泳方法检测重组蛋白的表达,并进行纯化。结果 从结核分枝杆菌基因组H37RvDNA中成功扩增出Rv0450c基因及编码I161/O371的DNA片段,并构建原核表达质粒pET28b-Rv0450c,pET28b-I161和pET28b-O371重组MMPL4蛋白和I161在大肠杆菌中表达不明显,而膜外区域O371以包涵体形式高表达。结论 Rv0450c基因原核表达质粒可以成功构建并在大肠杆菌内较好表达,为进一步MMPL4功能研究和抗体制备打下良好基础。
关键词: 结核分枝杆菌     多药耐药外排泵系统     Rv0450c     表达    
Molecuar cloning of Rv0405c virulence gene in Mycobacterium tuberculosis and its expression in Escherichia coli
WU Li-jian, LI Qin, SNU Mei-qiu,et al     
Department of Tuberculosis, the Fourth Affiliated Hospital of China Medical University Shenyang 110032, China
Abstract: Objective To explore the biological functions of the efflux apparatus with cloning and expression of Rv0450c gene of Mycobacterium turberculosis(M.turberculosis) H37Rv strain.Methods The location and in/out orintation of MMPL4 were analyzed by TMHMM and HMMTOP program.Full length Rv0450c gene and 2 fragments,mmp14-161 and mmp14-371,which encoding an inner(161 amino acids) and an outer membrane region(371 amino acides) of MMPL4 were amplified by PCR from genome of M.tuberculosis H37Rv strain and inserted into prokaryotic expression vector pET28b.The recombinant plasmids were confirmed by double digestion with the enzymes and the DNA sequence were transformed into Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS strain and induced by isoprogyl B-D-thiogalactopyranoside(IPTG).The expression of the recombinant protein with 6×histidine(His) tag was identified by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophosesis(SDS-PAGE) and was purified through the 6 × His affinity chromatography method.Results The size of the constructed recombinant plasmids digested by restricted enzymes of Nhe Ⅰ and Hind Ⅲ was coincident with the expected size.The inserted target gene and its reading frame were coincident w ith the expression vectors.Expressions of the full legnth MMPL4 and the small inner membrane region were low,while the small outer membrane region was overexpressed in E.coli,but as inclusion bodies.Fruther purification of the intact MMPL4 protein resulted in a purification of a much smaller degradative product.Conclusion The expressions of intact of MMPL4 protein and inner/outer membrane region in E.coli were analyzed,which may facilitate fruther functional study of the Rv0450c gene.
Key words: Mycobacteria tuberculosis     mmpl system     Rv0405c     expression    

目前,结核分枝杆菌 ( Mycobacterium tuberculosis,MTB)抵制抗结核药物的机制主要有 3种类型,即降低细胞膜的通透性和外排泵活性机制,产生降解或灭活酶类,药物靶位的改变。研究表明,结核分枝杆菌阻止药物通过细胞壁,引起细胞壁渗透性改变从而引起获得性耐药。近些年人们发现主动外排泵的表达,是另一种重要耐药机制 1, 2,并在获得性耐药中起主要作用。结核分枝杆菌的外排泵 RND超家族,为质子依赖型多药耐药外排泵,也称为 MMPL系统,首先在结核分枝杆菌 H37Rv中3发现,13个编码结核分枝杆菌的蛋白命名为 MmpL( mycobacterial membrane proteins),其中大部分功能尚不清楚。一些 MmpL蛋白共区域化,与多聚乙酰的生物合成有关 ( pks基因),并且这些基因与脂质代谢( papA,fadD )有关,其中 11个与膜通道蛋白及膜融合蛋白序列外排泵蛋白相关。序列分析发现,MmpL4不仅与细菌的增殖有关,而且与细菌毒力有关。为此,本研究构建了原核基因表达载体,研究其在大肠杆菌中的表达,为其进一步的功能研究提供依据。

1 材料与方法 1.1 细菌菌株及培养情况

结核分枝杆菌标准菌株 H37Rv及无毒菌株 H37Ra由中国疾病预防控制中心万康林研究员惠赠,7H9培养基 (内含终浓度为 0. 05% Tween 80,终浓度为10%的 ADC营养物 )上培养,37 ℃培养 2~3周。大肠埃希菌在 L-B培养基生长 (内含卡那霉素 5 μg /mL)。

1.2 MMPL4跨膜结构分析

利用TMHMM和 HMMTOP软件对 MMPL4蛋白跨膜结构域的数目、拓扑结构以及膜内外区域的分布进行预测。

1.3 引物设计

根据 genebank中 Rv0450c基因序列设计引物,其中扩增全长 Rv0450c基因的上游引物为 5'-GCATGCTAGCAGTACTAAATTCGCGAACGACT-3',下游引物为 5'-GCATAAGCTTTCAGCCGAGGCGGTCG-3'。扩增 I161片段的引物为 5'-GCATGCTAGCTTTGTCCCGTCACTGGAAG3'和 5'-GCATAAGCTTTCACATGGTGATCCTGGCCAT-3';扩增 0371片段的引物为 5'-GCATGCTAGCCTCGCCCTGCCTGGATA-3'和 5'-GCATAAGCTTTCAAAGGTCCCATTGGGC-G-3',并在引物 5端分别设计引入 Nhe I和 Hind III酶切位点 (下划线部分 )。引物由英国 Invitation公司合成。 PCR扩增试剂盒购自美国 Takara公司。

1.4 质粒

pET28b购自德国 Novagen公司,质粒提取试剂盒、大肠埃希菌 DH5α和 BL21( DE3) pLysS感受态菌株购自天根生化科技有限公司,DNA限制性核酸内切酶 Hind III、 Nhe I、核酸 markerDL 1000、蛋白分子质量 marker分别购自美国 Takara公司; DNA marker IV购自天根生化科技有限公司; DNA胶回收及 PCR产物纯化试剂盒购自美国 Takara公司。

1.5 DNA提取

固体培养基上刮取菌落,悬浮于 500 μL TE( pH 8. 0),80 ℃水浴灭活至少 30 min。加入溶菌酶至终浓度 2 mg /mL,37 ℃孵育 2h。提取方法按照分子生物学实验手册 DNA抽取酚-氯仿提取方法4提取 DNA,-20 ℃保存。

1.6 PCR反应条件

以结核分枝杆菌 H37Rv株的基因组为模板进行 PCR扩增目的基因。PCR扩增反应条件 : 94 ℃ 5 min; 94℃ 45s,59℃ 45s,72℃ 2min30 s,30个循环 ; 72℃ 10min。1. 2%琼脂糖凝胶电泳鉴定 PCR结果。

1.7 克隆PCR产物及重组转化子的鉴定

扩增的 DNA片段经纯化后,用 Nhe I、Hind III 2种限制性内切酶在 37 ℃酶切 4h,将酶切产物经琼脂糖凝胶电泳,应用胶试剂盒回收纯化,将纯化产品与经同样酶切的 pET28b载体用 fermentase T4连接酶连接,转化大肠杆菌克隆感受态细胞 DH5α,于 LB固体培养基 37 ℃培养过夜。挑取培养好的单菌落,37 ℃恒温箱 250 rpm培养过夜。提取质粒,经 Nhe I和 Hind III双酶切鉴定,得到重组质粒 pET28b-Rv0450c。将重组质粒送往上海生工公司测序。

1.8 Rv0450c融合蛋白的诱导表达

将上述正确构建的重组质粒转化 BL21( DE3) pLysS宿主菌,LB培养基 37 ℃培养过夜。挑取培养好的单菌落,37 ℃恒温箱 250 rpm培养过夜。将培养产物 1∶ 50稀释到接种于新鲜 LB液体培养基,加终浓度为 lmM的 IPTG诱导 3h后,5 000×g离心 10 min收集菌体,沉淀经 B-PER大肠杆菌裂解液 ( Invitrogen公司 )室温涡旋振荡处理 10 min后,离心,分别对上清和沉淀中的总蛋白进行 10% SDS-PAGE蛋白电泳分析,考马斯亮蓝 R250染色并脱色,分析融合蛋白的表达及重组蛋白的可溶性。

1.9 重组蛋白的纯化带

6-His标签的重组蛋白的纯化按照 Invitrogen公司 B-PER 6 × His fusion protein purification kit试剂盒操作。约 150 mL含重组质粒的 BL21( DE3) pLysS宿主菌经诱导 3h后,离心收集菌体。菌体沉淀重悬在 5 mL B-PER裂解液中,并加入适量 complete miniEDTA-free prote-ase inhibitor cocktail蛋白酶抑制剂 ( Roche公司),室温涡旋振荡处理 10 min后,15 000 rpm离心 15 min,将离心上清加入到亲和层析柱中,待总蛋白完全通过后,分别用洗涤液 l和 2洗柱,最后用洗脱液收集重组蛋白,收集各步组分,进行 SDS-PAGE电泳分析。

2 结果 2.1 MTB H37Rv基因组

Rv0450c基因编码蛋白质 MMPL4的特征 MMPL4总长为 966个氨基酸,理论分子量为 103 kDa,等电点预测为 9. 83。TMHMM和 HMMTOP软件预测该蛋白具有 11个跨膜螺旋结构,其中氨基酸 44~204和400~ 770分别为最大的膜内结构域和膜外结构域。

2.2 PCR扩增产物琼脂糖电泳结果(图 1)
注: A为 H37Rv和 H37Ra基因组中 Rv0450c基因的扩增 ; M : DNA marker Ⅳ; 1: H37Rv基因组 DNA为模板 ; 2: H37Ra基因组 DNA为模板。B为 H37Rv基因组中 I161和 O371片段的扩增。M : DNA marker DL 1000; 1: O371编码基因片段 ; 2: I161编码基因片段。 图 1 Rv0450c基因和基因片段的 PCR扩增

以结核杆菌 H37Rv基因组 DNA为模板,以对应引物进行 PCR扩增,分别得到约 3 kb、1 kb以及 0.5 kb的特异性片段,与预期目的基因片段大小相符,且 H37Rv与 H37Ra基因组中 Rv0450c基因片段大小无明显差别。

2.3 重组质粒双酶切电泳检测结果 (图 2)
注: A为重组质粒 pET28b-Rv0450c与空白载体 pET28b电泳比较; l:空载体 ; 2:重组质粒 pET28b-Rv0450c。B为重组质粒 pET28b-Rv0450c双酶切检测 ; 1:不完全双酶切后的重组质粒; 2: MMPL4 PCR扩增产物。C为重组质粒 pET28b-I161和 pET28b-O371双酶切检测 ; 1:空质粒 pET28b; 2: pET28b-I161; 3: pET28b-O371。 图 2 重组质粒的鉴定

琼脂糖凝胶电泳对 H37Rv重组质粒 pET28b-Rv0450c与空载体 ( 5.4 kb)进行比较,重组质粒在胶上的移动速度明显慢于空载体 (图 2A)。进行 Hind III/Nhe I不完全酶切后产生 3条片段,其中重组质粒不完全酶切产生约 8.4 kb的线性载体片段,完全酶切产生约 5.4 kb的载体片段及与 PCR产物大小吻合的 3 kb插入片段 (图 2B)。重组质粒 pET28b-I16l和 pET28b-O371经 Nhe I/Hind III双酶切后,分别释放出大小约为 500和 1 000 bp的插入片段 (图 2C)。

2.4 重组质粒的测序鉴定

重组质粒测序结果表明,克隆的目的基因核苷酸序列无碱基突变,与 Genebank上 Rv0450c编码序列完全一致,且插入片段读码框与表达载体读码框相吻合。

2.5 重组 MMPL4蛋白的诱导表达(图 3 )
注: M :蛋白 marker; 1:诱导前 ; 2:诱导后 ; 3:诱导上清 ; 4:诱导沉淀; 5:亲和柱流出液 ; 6:纯化蛋白。 图 3 重组 MMPIA在大肠杆菌中的表达及纯化

重组质粒 PET28b-Rv0450c转化大肠杆菌表达菌株 BL21( DE3) pLysS,经 1mM IPTG诱导 3h后,进行 SDS-PAGE分析,如图 3所示,在理论分子量 100 kDa位置未见明显表达条带,但在 44 kDa附近有明显差异(比较图 3泳道 1和 2),该蛋白主要集中在上清中,在沉淀液中也见极少量表达。经 6 × His亲和层 析纯化后,该蛋白被特异性的分离出来 (图 3,泳道 6),表明重组 MMPL4蛋白在大肠杆菌表达过程中可能由于不正确折叠,缺乏糖基化保护等原因被降解。

2.6 重组 MMPL4蛋白膜内和膜外结构域的诱导表达(图 4)
注: A: M :蛋白 marker; 1:诱导前 ; 2:诱导后。B: 1:诱导上清 ; 2:诱导沉淀 ; 3:亲和柱流出液 ; 4:纯化蛋白。 图 4 重组蛋白在大肠杆菌中的诱导表达

重组表达载体 pET28b-I161和 pET28b-O37l转化大肠杆 菌表达宿主 BL2l( DE3) pLysS,经 1 mM IPTG诱导 3h后,SDS-PAGE检测重组蛋白表达。膜内结构域 I161( 161个氨基酸,理论分子量 19 kDa)在诱导后未见清晰表达 (图 4A),而 O371( 371个氨基酸,理论分子量 44 kDa)表达量较高,在理论分子量附近出现清晰条带。进一步分析表明该蛋自主要为包涵体形式表达(图 4B)。

3 讨论

外排泵蛋白由 Dano等51972年在哺乳动物细胞中发现,与多耐药密切相关6,目前已发现数个与结核分枝杆菌和龟分支杆菌相关的外排 RND家族成员,与 10、36、98、154、 204和 205基因相关,运输不同的抗生素如利福平、氟喹诺同类、土霉素、氨基糖甙类等,还可能与异烟肼及乙胺丁醇的运输有关。但目前在临床中对菌株与耐药的研究尚不清楚。

Domeneeh等7研究结核分枝杆菌所有 MmpL蛋白,发现 MmpL4是鼠类结核模型复制有效生长的必需因素,缺少该蛋白可引起细菌毒力衰减。MmpL4抑制 IdeR相关的离子运输,MmpL4相关蛋白可能为结核分枝杆菌生长的调节基因。MmpL蛋白由 Rv0405c编码产生,本研究成功构建的结核分枝杆菌真核表达质粒 PET28b-Rv0450c,并在 BL21重组菌内表达,为进一步进行外排泵基因的相关研究提供了基础。但在表达中发现,该蛋白在理论分子量 100 kDa位置未见明显表达条带,在 44 kDa附近有明显差异,考虑该蛋白是一种膜蛋白,在转运过程中可能被降解或衰减,不以完全蛋白形式表达,从而使蛋白分子量变小。这一现象在构建的 MMPL4膜内结构域片段 I161的表达中也有体现。Lamichhane等8应用高通量 DNA探针检查小鼠肺内结核分枝杆菌生存基因,结果发现包括 MmpL4在内的 6个基因存在变异,并且 MmpL4衰减较明显,提示 MmpL4较其他膜蛋白更不稳定,容易降解,不易在重组菌中完全表达。由于 MmpL4衰减较快,干扰该蛋白的代谢,可以使结核分枝杆菌生长减慢或死亡,从而为新药研发提供理论依据。此外,本研究中 MMPL4蛋白膜外结构域 O371在大肠杆菌中的成功表达,为对 MMPL4的功能研究以及特异性抗体的制备提供了便利条件和实验基础。

参考文献
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