PCR技术具有高效、灵敏, 特异性强, 应用范围广等特点。DNA序列的快速扩增使在DNA水平上进行大量的种群研究成为可能。单链扩增对几十或几百个个体进行快速测序而不经过以前所需的繁琐的克隆步骤。一旦得到了一组具代表性的序列数据, 可用更方便且简单的分析方法, 来获得等位基因的序列数据。对分析来说, 传统分子技术所需的组织样品用量相对较多, 尤其是许多无脊椎动物, 它们对于进行分子检测所用的一般操作方法来讲太小。因此, 对于小生物、共生生物或那些在培养基中不易生长的生物个体的直接分析是困难的。PCR仪的出现, 扩大了进行分子检测的生物范围。现在可以直接研究象原生物和藻类等单细胞生物自然种群的基因结构。此方法在生物的分布及数量分析中得到广泛的应用。最后, 聚合酶链反应的敏感性使其可以检出及鉴定少量的单细胞生物、共生生物及寄生生物, 既使样品是来自后二者宿主的DNA混合物中也可检出。
PCR仪可做到无损伤样品检验。用于基因分析的样品一般都需要采血样或取组织。这就限制了基因分析在行为学及生态学研究中的应用, 在这些领域中必须把对象所受的干扰减到最低。从诸如单根头发等法医学样品中扩增序列为行为科学家及保留生物学家提供了一个新机会。无损伤样品检验也使收集用于研究的危险生物的样品变得容易了。目前, 实时定量PCR仪的出现对于某个基因在总RNA或总DNA的相对或绝对定量、探索在各种诱导因素下(辐射、转基因动物、细胞的基因转染、癌变等)基因的变化等等提供了可能, 我们应用实时定量PCR仪建立了内参GAPPDH的标准曲线, 内参的扩增曲线见图 1, 在实验研究的过程中, 对基因与内参的扩增曲线和解离进行对比, 研究者就可以对所关心的目的基因进行快速的相对定量分析, 与普通PCR相比, 方便而且快捷。
研究者们利用PCR技术, 做了大量的研究工作, 使许多研究成为可能。其中包括基因在细胞中转录水平的表达; 进行基因扩增, 克隆, 体外表达, 对基因的蛋白水平的研究打下了基础; 进行了基因多态性的研究; 另外还对肿瘤细胞基因的变化进行了充分的研究, 对肿瘤的诊断和治疗提供了依据。在放射医学中, 利用该技术对辐射后细胞中基因的表达进行了系统的研究, 并在生物剂量计中进行了初步的探索。