武汉大学学报(医学版)   2018, Vol. 39Issue (2): 258-263, 304   DOI: 10.14188/j.1671-8852.2017.0260.
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引用本文 

代洋, 石伟林, 宋如晦, 徐瑶. CART免疫疗法中慢病毒拷贝数检测的实验研究[J]. 武汉大学学报(医学版), 2018, 39(2): 258-263, 304. DOI: 10.14188/j.1671-8852.2017.0260.
DAI Yang, SHI Weilin, SONG Ruhui, XU Yao. Detection of Lentivirus Copy Number in the Chimeric Antigen Receptor T Cell Immumotherapy[J]. Medical Journal of Wuhan University, 2018, 39(2): 258-263, 304. DOI: 10.14188/j.1671-8852.2017.0260.

作者简介

代洋,男,1992-,医学硕士生,主要从事抗肿瘤研究,E-mail:dy861992@163.com

基金项目

国家自然科学基金资助项目(编号:31600617);湖北省自然科学基金资助项目(编号:2016CFB171)

通讯作者

徐瑶,女,1987-,讲师,遗传学博士,硕士生导师,主要从事抗肿瘤分子机制及肿瘤免疫研究,E-mail: xuyao0307@wust.edu.cn

文章历史

收稿日期:2017-03-22
CART免疫疗法中慢病毒拷贝数检测的实验研究
代洋 , 石伟林 , 宋如晦 , 徐瑶     
武汉科技大学生命科学与健康学院生物医学研究院 湖北 武汉 430081
[摘要] 目的: 利用特异探针检测慢病毒拷贝数,在CART免疫治疗中准确区分携带不同靶点的CART细胞在体内的增殖情况。方法: 采用分子克隆技术构建含CD19和CD22 CAR结构的慢病毒重组质粒;通过流式和ELISA技术检测两种CART细胞在体外与Raji共培养时的杀瘤效率;通过TaqMan技术检测293T细胞及病人基因组中的病毒拷贝数。结果: CD19和CD22的慢病毒载体成功构建,并收集具有高滴度的病毒颗粒;体外研究结果显示感染病毒的T细胞(CD19-CART和CD22-CART)分别与Raji共培养组的杀瘤效率和IL-6释放水平均显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于对照组,在293T细胞中,转染了病毒与重组质粒组的慢病毒拷贝数均显著高于未转染组(P<0.05);CD19-CART和CD22-CART序贯回输20 min后,均可在体内检测到102-104个病毒拷贝,到第10天显著上升(P<0.05),随后变化平稳,且均高于初始回输水平。结论: 跟踪监测病毒拷贝数,能确定特定CART细胞在体内的存续时间,为选择合适的治疗时机提供实验依据。
关键词CART免疫治疗    慢病毒拷贝数    TaqMan实时定量技术    
Detection of Lentivirus Copy Number in the Chimeric Antigen Receptor T Cell Immumotherapy
DAI Yang, SHI Weilin, SONG Ruhui, XU Yao     
Institute of Biology and Medicine, College of Life and Health Sciences, Wuhan University of Science and Technology, Wuhan 430081, China
[Abstract] Objective: To detect lentivirus copy number by using specific probes, and to accurately distinguish the chimeric antigen receptor T (CART) cells that target different antigens. Methods: Lentivirus re-plasmids containing CD19/CD22 CAR element were constructed by molecular cloning technology. The tumor killing efficiency and cytokine IL-6 level in coculture of CART and Raji cells were determined by FACS (fluorescent activated cell sorter) and enzyme linked immunosorbent assay, respectively. Lentivirus copy numbers in 293T cell and patients' genomes were detected using TaqMan real-time fluorescent quantitative PCR technology. Results: The re-plasmids pTK881-CD19scfv and pTK881-CD22scfv were successfully constructed, and infectious virus particle was collected. Preclinical study revealed that the tumor killing efficiency and IL-6 level in coculture of CD19-CART/ CD22-CART and Raji cells were significantly higher than control groups (P < 0.05 or P < 0.01). In 293T cell, the lentivirus copy numbers transfected with virus and plasmid groups were significantly higher than untransfected group (P < 0.05). In addition, we were tracking to detect the virus copy numbers in leukemia patient (sequential transfusion of CD19-CART and CD22-CART), and found that the copy numbe was range from 102 to 104, which significantly increased in 10 d (P < 0.05) and followed by a subsequent stable changes, but they were higher than the initial transfusion level. Conclusion: Lentivirus copy number detection can be used for evaluating the existing time of CART cell, and further to provide evidence for the clinical treatment.
Key words: Chimeric Antigen Receptor T Cell Immunotherapy    Lentivirus Copy Number    TaqMan Real-Time Quantitative Technique    

对于肿瘤的治疗,除手术外,临床上的传统方案主要是化疗或放疗,然而此种方案的副作用大,增加患者的死亡风险。近年来,免疫疗法作为一种全新的治疗手段逐渐被应用于临床。其中,嵌合抗原受体T细胞免疫疗法(chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy, CART)以其独特的抗肿瘤优势[1],已成为全球生物医学领域研究的热点。CART技术是指将能识别某种肿瘤抗原的抗体单链可变区(Single chain antibody fragment, Scfv)与胞内信号区在体外偶联为一个嵌合蛋白,通过基因转导的方法转染体外培养的患者T细胞,使其表达嵌合抗原受体(CAR)[2]。患者的T细胞被“重编程”后,生成大量具有杀伤性的CART细胞,然后静脉回输入患者体内,能够特异性的识别并靶向肿瘤细胞[3]。CART与传统的免疫疗法相比,具有治疗更精确、靶向更精准、杀瘤更广泛、效果更持久等显著优势。

目前,CART免疫疗法在血液系统肿瘤中的治疗效果尤为突出[4, 5],其中以CD19-CART的临床应用最为广泛,已成为国内外大多数临床研究机构针对B淋巴细胞血液肿瘤的模式疗法[6, 7]。此外,CD22-CART作为CD19肿瘤靶点丢失时的补救疗法,逐渐开展临床研究[8, 9]。因此,有研究者提出序贯回输CD19和CD22多靶点CART细胞,将成为治疗难治复发性B淋巴细胞白血病的有效措施。大量临床报道显示,CART细胞在体内持续增殖是保证治疗效果的关键因素[10],如何快速、准确检测出CART细胞的增殖情况至关重要。对于单靶点CART疗法,国内外主要通过流式细胞仪技术进行检测,然而,对于双靶点甚至多靶点CART疗法,流式技术无法准确区分而受到限制。本研究采用TaqMan实时荧光定量技术,通过设计特异探针能够准确检测不同靶点的慢病毒拷贝数,进而确定CART在体内的增殖情况,为制定下一步临床治疗方案提供可靠依据。

1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 实验材料

本研究所用细胞株293T保存于武汉科技大学生物医学研究院中心实验室;Raji细胞由华中科技大学同济医学院附属同济医院血液科惠赠;pTK881慢病毒质粒系统由美国北卡大学惠赠;本研究中的CART细胞治疗患者均来自华中科技大学同济医学院附属同济医院,T细胞从其血液中分离得到。该研究已获得华中科技大学附属同济医院伦理委员会批准,患者均已签署知情同意书。

1.1.2 相关试剂

DMEM培养基、T细胞培养基OpTmizerTM CTSTM T-Cell Expansion SFM和胎牛血清购自Gibco公司;病毒浓缩液Lentivirus Concentration Solution(6×)购自GeneCopoeia公司;Lipfectamine 3000转染试剂购自Invitrogen公司;IL-6细胞因子ELISA检测试剂盒购自Biolegend公司;血液全基因组DNA提取试剂盒购自QIAGEN公司;TaqMan实时荧光定量PCR试剂盒Probe qPCR Mix购自大连宝生物工程有限公司。全波长分光光度计为Molecular Devices公司产品,实时定量PCR仪CFX 96为Bio-Rad公司产品。

1.2 方法 1.2.1 细胞培养与转染

细胞培养:293T细胞用含10%胎牛血清的DMEM培养基培养;T细胞和Raji细胞用含105 U/L的人重组IL-2的OpTmizerTM CTSTM T-Cell Expansion SFM培养基培养。

重组质粒转染293T细胞:将293T细胞铺于10 cm皿中,待细胞长到对数生长期时,将构建好的pTK881-CD19scfv/pTK881-CD22scfv质粒12 μg与包膜蛋白VSVG 4 μg、结构蛋白NRF 8 μg混匀,加入24 μl的Lipfectamine 3000转染试剂,室温孵育25 min,缓慢的滴加入293T细胞,在37 ℃含5% CO2的培养箱中培养6-7 h换成完全培养基,继续培养72 h后从上清中收取病毒。

病毒感染293T或原代T细胞:将处于对数生长期的细胞接种于6孔板中,分成转染组和阴性对照组,按照感染复数(multiple of infection, MOI)=10进行感染,48 h后,收集细胞进行后续检测。

1.2.2 病毒浓缩

将转染慢病毒质粒的293T细胞上清经0.45 μm微孔滤膜过滤收集病毒,将慢病毒与浓缩试剂按照5:1的比例混合,4 ℃孵育过夜。完成孵育后,将混合液在4 ℃温度下3 500 g离心25 min,小心弃去上清液。根据收集的慢病毒上清液体积,量取其1/100体积的PBS,轻轻吹打悬起慢病毒沉淀。将浓缩的病毒分装后保存在-80 ℃,并同时取少量测定病毒滴度确保病毒包装成功。

1.2.3 TaqMan探针与引物设计

以前期研究中确定有效的CD19和CD22的scfv序列为靶标,用ABI Primer Express 2.0软件设计TaqMan探针和引物(见表 1),然后将设计好的序列在NCBI上进行Blast比对,以确保探针和引物的特异性。探针5′端荧光标记为FAM,3′端荧光标记为MGB,探针和引物送于武汉擎科生物技术有限公司合成。

表 1 antiCD19-CART和antiCD22-CART的检测探针及引物序列
1.2.4 体外杀瘤效率检测

将转染CD19和CD22慢病毒的CART细胞与Raji细胞分别按照1:1、10:1和20:1的比例混合,培养于48孔板中,单独培养CART细胞和Raji细胞设为阴性对照组,每孔中加入终浓度为5 μmol/L的活细胞荧光染料CMTMR,每组均设定3个复孔。细胞培养24 h后,通过流式检测活细胞数,计算杀瘤效率。此外,取细胞培养上清,根据ELISA试剂盒操作说明,检测每组的细胞因子IL-6的表达水平,通过制作标准曲线,计算IL-6的释放量。

1.2.5 TaqMan实时定量技术检测病毒拷贝数

将构建好的包含CD19或CD22 scfv片段的重组质粒,在大肠杆菌DH5α中扩大培养,提取质粒,用作建立荧光定量方法的标准品。将标准品浓度调整为1.0×108 copies/ml,按每管20 μl分装后冻存于-80 ℃备用。本研究所用的模板为10倍系列稀释的标准品,浓度从1.0×107 copies/ml至1.0×102 copies/ml。TaqMan荧光定量PCR的反应体系为20 μl,内含Probe qPCR Mix 10 μl,TaqMan Probe (10 μmol/L)2 μl,上下游引物(10 μmol/L)各1 μl,模板1 μl,PCR级水5 μl。循环条件为94 ℃ 5 min;94 ℃ 15 s和60 ℃ 30 s共40个循环。检测回输CART细胞后的临床血液样本中病毒拷贝数时,使用回输前的样本作为阴性对照组,浓度为1.0×108 copies/ml的标准品作为阳性对照组。

1.2.6 统计分析

本研究中的所有实验均至少做3个重复。以SPSS 20.0软件对数据进行统计学处理;数据资料以x±s表示,组间比较均采用t检验,P<0.05为差异有统计学意义。

2 结果 2.1 成功构建CD19和CD22 scfv-CAR慢病毒载体

本研究选用的第三代CAR包含共刺激分子CD28、41BB和CD3z链(图 1A),能更大程度的激活T细胞[11]。B淋巴细胞白血病相关抗原的抗体scfv区(CD19和CD22)由引导序列(Leader)、抗体轻链(Light chain)、连接序列(Linker)和抗体重链(Heavy chain)组成(图 1CD),能够特异性的靶向肿瘤细胞。本研究将完整的CAR结构连接至慢病毒载体pTK881上,酶切位点为Xba Ⅰ和Xho Ⅰ,重组载体的双酶切鉴定见图 1B,CD19和CD22的目标序列大小分别为1 554 bp和1 611 bp。此外,为了更直观地检测载体的转染效率,本实验同时将目标片段连接至含EGFP蛋白的pTK642载体上,从图 2可以看出,载体转染效率约80%。重组载体经测序验证正确后,-80 ℃保存备用。

图 1 CD19和CD22抗体单链可变区慢病毒载体构建 A:载体构建示意图;B:重组载体酶切验证;C和D分别是CD19和CD22抗体scfv序列结构
图 2 慢病毒包装检测(×100) A:自然光下的293T细胞;B:蓝光激发下的293T细胞
2.2 体外验证CD19和CD22 scfv-CART的作用效应

为保证临床治疗效果,本研究在回输前对CART细胞的杀瘤效率进行体外验证。结果如图 3所示,CART细胞与Raji细胞20:1共培养组的杀瘤效率极显著高于1:1培养组(图 3A, 3CP<0.01),10:1共培养组的杀瘤效率显著高于1:1培养组(图 3A, 3CP<0.05)。CART细胞与Raji细胞共培养组(1:1, 10:1, 20:1)的IL-6水平显著或极显著高于CART细胞或Raji细胞单独培养组(图 3B, 3D, P<0.05或P<0.01)。由此可见,携带CAR的重编程T细胞在体外具有杀伤瘤细胞、刺激其释放细胞因子的作用。

图 3 体外检测CART细胞的杀瘤效率 A:CD19-CART细胞的杀瘤效率;B:CD19-CART组IL-6的释放水平;C:CD22-CART细胞的杀瘤效率;D:CD22-CART组IL-6的释放水平, *P<0.05, **P<0.01
2.3 不同处理条件下293T细胞中CD19和CD22慢病毒拷贝数变化

标准曲线的灵敏度检测是TaqMan实时定量PCR技术的关键环节。本研究对系列稀释的标准品(1.0×101-1.0×108 copies/ml)进行测试,结果如图 4所示,CD19和CD22的检测下限均为1.0×102,检测上限设定为1.0×107(可以满足临床样本不同回输时期的检测需求)。相邻浓度梯度之间的Ct值相差3左右,标准曲线斜率在-3.3--3.4之间。

图 4 定量PCR标准曲线的灵敏度检测 A:标准品对应的Ct值;B:CD19和CD22的标准曲线

为了体外评估TaqMan检测技术,本研究对293T细胞进行不同的转染处理,分为空白对照组、空病毒对照组、空质粒对照组、CD19/CD22慢病毒组和CD19/CD22质粒组,然后检测CD19-CAR和CD22-CAR的病毒拷贝数。结果如图 5所示,转染病毒和质粒组的慢病毒拷贝数均显著高于对照组(P<0.05),其中感染病毒组的拷贝数稍高于质粒组,说明CD19和CD22 CAR均成功嵌合,且TaqMan实时定量技术能够精确地检测慢病毒拷贝数。

图 5 293T细胞中慢病毒拷贝数检测 A:CD19的质粒和慢病毒转染293T细胞的拷贝数检测;B:CD22的质粒和慢病毒转染293T细胞的拷贝数检测
2.4 通过检测慢病毒拷贝数分析CART的体内增殖情况

本研究入组4名急性B淋巴细胞白血病患者,所有患者接受CD19-CART和CD22-CART序贯治疗。以回输体外培养的CART细胞当天为第0天计算,回输20 min后采集2 ml血液,随后在回输后的第10,15,30,35天分别采集血液样本,提取血浆基因组DNA,检测慢病毒拷贝数,以此反映CART细胞在病人体内的增殖情况,通过持续检测该指标分析CART在体内的存续时间。检测结果如图 6所示,4名患者分别在第0天回输CD19-CART和CD22-CART细胞20 min后,体内病毒拷贝数迅速上升至102-104,且均在第10天急剧上升至104-107,与第0天相比呈现显著升高(P<0.05)。Donor1和Donor2两名患者的CD19-CART在第15,30,35天变化平稳,Donor3和Donor4在第30,35天有所下降,但均显著高于初始回输水平(P<0.05)。Donor1、Donor2和Donor4的CD22-CART病毒拷贝数在第30天达到最高,Donor3在第30,35天有所下降,但均高于初始回输水平。由此可见,通过检测病毒拷贝数有助于临床医生准确掌握携带不同靶点的CART细胞在体内的变化,为制定进一步治疗方案提供科学依据。

图 6 患者回输CART细胞后体内病毒拷贝数监测
3 讨论

早期的CART细胞是通过质粒电转获得的,由于转染效率低,体外培养周期长,回输入患者体内后迅速衰减,临床效果极差[10]。随后研究者们利用慢病毒质粒挂载CAR结构,实现T细胞修饰,体外培养周期缩短,CART细胞表现更“年轻”,具有较强的持续扩增潜能[13]

经修饰的CART细胞回输入患者体内后,与靶细胞相互作用会刺激释放细胞因子(如IL-6),一定水平的细胞因子释放可以反映CART免疫细胞的治疗效果[14]。然而,过度的细胞因子释放会造成严重的不良反应。本研究通过在体外检测CART细胞与Raji瘤细胞共培养时的杀瘤效率和细胞因子IL-6水平,综合反映CART细胞的杀瘤功效。

CART研究初期,科学家们认为CART细胞的输注量与治疗效果直接相关。然而,June等人报道了一例在输注较低量的CART-CD19后,CART细胞在体内扩增了1 000倍,白血病得到很好的控制[15]。由此说明,CART细胞在体内是否有效扩增对于癌细胞的杀伤至关重要,因此,对CART扩增水平的跟踪监测就显得尤为重要。对于单靶点CART疗法,研究者们主要通过流式细胞仪技术,采用通用抗体检测CART在体内的变化[16]。然而,对于多靶点的CART序贯疗法,由于缺乏特异性抗体,流式细胞检测技术受到限制,无法在病人体内区分多种CART细胞。因此,本研究采用TaqMan技术,通过设计特异探针,靶向每种CAR结构中的scfv片段,跟踪监测回输CART后不同时间段慢病毒拷贝数变化。该技术具有快速、准确、成本低等显著优势,能够在CART序贯疗法中准确判断特定CART细胞的增殖情况,为下一步临床干预提供重要依据。

总之,抗肿瘤是一场漫长而艰难的“微观战斗”。CART免疫疗法的临床效果评估需长期的随访和复查。本研究监测了回输CART后患者体内的病毒拷贝数,结果显示,回输后第35天时患者病情仍处于缓解状态。这些结果表明,动态观察CART细胞在体内的变化情况,有助于临床治疗的判断和干预。然而,采用慢病毒挂载CAR结构的安全问题还有待探讨,一些新的技术思路逐渐发展起来并有望应用于临床,如通过电转mRNA制备短期效应的CART、引入自杀基因提高CART在体内的可控性、诱导激活CART等。随着技术的不断优化和改进,CART在实体肿瘤治疗中的也将“崭露头角”,成为肿瘤治疗事业的一个里程碑。

参考文献
[1] Chicaybam L, Sodre AL, Bonamino M. Chimeric antigen receptors in cancer immuno-gene therapy: current status and future directions[J]. Int Rev Immunol, 2011, 30(5-6): 294-311. DOI: 10.3109/08830185.2011.595855.
[2] Ramos CA, Dotti G. Chimeric antigen receptor (CAR)-engineered lymphocytes for cancer therapy[J]. Expert Opin Biol Ther, 2011, 11(7): 855-873. DOI: 10.1517/14712598.2011.573476.
[3] Figueroa JA, Reidy A, Mirandola L, et al. Chimeric antigen receptor engineering: a right step in the evolution of adoptive cellular immunotherapy[J]. Int Rev Immunol, 2015, 34(2): 154-187. DOI: 10.3109/08830185.2015.1018419.
[4] Kochenderfer JN, Wilson WH, Janik JE, et al. Eradication of B-lineage cells and regression of lymphoma in a patient treated with autologous T cells genetically engineered to recognize CD19[J]. Blood, 2010, 116(20): 4 099-4 102. DOI: 10.1182/blood-2010-04-281931.
[5] 韩为东, 魏建树, 罗灿. CART细胞在血液系统恶性肿瘤疾病中的临床转化研究[J]. 临床血液学杂志, 2016, 29(4): 547-552.
Han WD, Wei JS, Luo C. Clinical translational research of chimeric antigen receptor modified T cells in hematological malignancies[J]. J Clin Hematol(China), 2016, 29(4): 547-552.
[6] Zhang Y, Zhang W, Dai H, et al. An analytical biomarker for treatment of patients with recurrent B-ALL after remission induced by infusion of anti-CD19 chimeric antigen receptor T (CAR-T) cells[J]. Sci China Life Sci, 2016, 59(4): 379-385. DOI: 10.1007/s11427-016-5035-4.
[7] Zhu Y, Tan Y, Ou R, et al. Anti-CD19 chimeric antigen receptor-modified T cells for B-cell malignancies: a systematic review of efficacy and safety in clinical trials[J]. Eur J Haematol, 2016, 96(4): 389-396. DOI: 10.1111/ejh.2016.96.issue-4.
[8] Jahn L, Hagedoorn RS, van der Steen DM, et al. A CD22-reactive TCR from the T-cell allorepertoire for the treatment of acute lymphoblastic leukemia by TCR gene transfer[J]. Oncotarget, 2016, 7(44): 715 36-71 547.
[9] James SE, Greenberg PD, Jensen MC, et al. Antigen sensitivity of CD22-specific chimeric TCR is modulated by target epitope distance from the cell membrane[J]. J Immunol, 2008, 180(10): 7 028-7 038. DOI: 10.4049/jimmunol.180.10.7028.
[10] Jensen MC, Popplewell L, Cooper LJ, et al. Antitransgene rejection responses contribute to attenuated persistence of adoptively transferred CD20/CD19-specific chimeric antigen receptor redirected T cells in humans[J]. Biol Blood Marrow Transplant, 2010, 16(9): 1 245-1 256. DOI: 10.1016/j.bbmt.2010.03.014.
[11] Gargett T, Brown MP. Different cytokine and stimulation conditions influence the expansion and immune phenotype of third-generation chimeric antigen receptor T cells specific for tumor antigen GD2[J]. Cytotherapy, 2015, 17(4): 487-495. DOI: 10.1016/j.jcyt.2014.12.002.
[12] Puig M, Mihalik K, Yu MY, et al. Sensitivity and reproducibility of HCV quantitation in chimpanzee sera using TaqMan real-time PCR assay[J]. J Virol Methods, 2002, 105(2): 253-263. DOI: 10.1016/S0166-0934(02)00119-2.
[13] Maude SL, Frey N, Shaw PA, et al. Chimeric antigen receptor T cells for sustained remissions in leukemia[J]. N Engl J Med, 2014, 371(16): 1 507-1 517. DOI: 10.1056/NEJMoa1407222.
[14] Ataca P, Arslan O. Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapy in Hematology[J]. Turk J Haematol, 2015, 32(4): 285-294. DOI: 10.4274/tjh.
[15] Porter DL, Levine BL, Kalos M, et al. Chimeric antigen receptor-modified T cells in chronic lymphoid leukemia[J]. N Engl J Med, 2011, 365(8): 725-733. DOI: 10.1056/NEJMoa1103849.
[16] Brentjens RJ, Riviere I, Park JH, et al. Safety and persistence of adoptively transferred autologous CD19-targeted T cells in patients with relapsed or chemotherapy refractory B-cell leukemias[J]. Blood, 2011, 118(18): 4 817-4 828. DOI: 10.1182/blood-2011-04-348540.