改革开放以来，随着科技体制改革的深入推进，以及新时期国家发展对科学技术进步的更高要求，我国财政科技投入增长迅速。尤其是2006年以来，随着《国家中长期科学和技术发展规划纲要》的颁布，科技投入更是突飞猛进，显著高于国家财政经常性收入的增长幅度。但与此同时，财政科技投入的效果却不尽如人意，引起了社会各界越来越多的批评声音。

许多学者对国家科技拨款体系展开了研究，具体分析经费分配结构和制度所存在的问题。大体上可归纳为：(1)科研经费管理部门过多，且各自为政，缺乏统筹协调，导致单个项目投入不足与重复投入的问题并存，经费整体使用效率较低。(2)基础研究经费比重过低，制约了原始创新能力的提升。(3)过分依赖竞争性拨款方式，对科研活动缺乏稳定的经费投入，甚至公立科研机构日常运行所需经费明显不足。(4)现行科技项目管理不规范，从编制战略目标到项目评审、组织、监督、验收等一系列环节均存在各种问题，由此滋生了权力寻租、腐败现象。(5)科研项目成本核算机制尚不完善，项目运行中的间接成本、人力成本等难以得到有效补偿。等等。

针对上述问题，参考发达国家科研体制状况，结合我国实际情况，我认为，应当从宏观、中观、微观等三个层面，对我国现行财政科技拨款体制实施系统性改革。

1.宏观层面：提高科研经费稳定性拨款比例，实现科研经费的合理配置。提高稳定性经费拨款比例。将每年新增国家财政科技拨款的主要部分投入于对科研机构的稳定支持，使基本科研事业费在国家财政科技拨款中的比重稳步提升至合理水平。创新拨款机制，针对不同学科领域的特点建立稳定的科研经费支持渠道以支持公共目标驱动的研究项目，同时注重与现有科技计划的有机衔接，避免交叉重复。

同时，统筹协调科研经费拨款渠道。解决科研经费多头管理问题，一种做法是强化专业对口管理，改革项目经费管理方式，科技部和发改委仅保留政策制定的功能，全面负责国家科技发展战略与规划、科技政策和重大科技计划的制定，统筹协调国家重大科技计划与各部门科技投入经费预算编报，预算下达后由科技部分配至各部门，监督并考核各部门和各领域科技计划和科技投入使用的合理性及效率，而不参与直接的项目管理，将科技计划的决策权力移交给农业部、工信部、环保部等行业部门，基金委则保留支持基础研究的功能；另一种做法则是建立第三方经费管理平台，由第一方发改委、科技部等制定经费管理政策，由第二方农业部、工信部、环保部行使科技计划决策权力，而第三方经费管理平台则根据第一方经费管理政策对第二方的科技计划预算和最终决算进行审核，三者之间职责与功能互不重叠又能统筹协调，并且能够起到相互制约的作用。

2.中观层面：设立国家预算编制机构，加强对预算的审批和监管。设立相对独立的科技预算咨询机构,可由国家科教领导小组领导，成员由熟悉我国科技发展需求的战略科学家、财经专家等构成。其职责为：负责为每年国家科技预算编制提供咨询,使科技预算更加符合国家科技及经济发展需求。同时这个机构也可以对预算执行情况进行监督质询。

关于预算编制，一是适当延长预算准备期。每年年初开始着手下一个预算年度科技预算草案的编制工作。二是延长预算编制时间。争取每年年底前完成下一年度预算，实现年度预算的完整性,确保新预算年度的顺利开始。

关于预算程序。应针对不同科技项目类型编制科技预算指南，对预算编制、批准、执行和监督等环节制定具体详细的规定；从预算管理、部门预算、项目类型预算三个维度构筑完整的预算体系，实现科技预算程序的规范化。在制度安排上，应实现预算编制、执行和监督间的分离，同时建立相应的激励和惩罚制度，保证科技预算制度的严肃性。

3.微观层面：改进和完善间接成本补偿和人力资本补偿机制。关于间接补偿。首先从科研项目经费预算编制着手，提高间接成本比例，实现科研预算的结构性调整；其次，政府应制定并完善适合所有项目归口管理部门以及适合各类高校和科研机构的科研成本管理政策体系。科研成本管理政策应对科研项目直接成本和间接成本的组成及费用明细作出详实的、可核查的规定。

关于人力资本补偿。提高人员待遇的现有标准，基于政府项目的特殊性考虑，科研院所的科研人力资本定价至少达到市场平均价格的90%以上。提高科研项目人力资本费用支出比例，将这笔经费预算划入单独账户，由科研依托单位管理。将科研人力资本的补偿与科研产出质量挂钩，于己于它皆百利而无一害。