前言

本标准按照GB/T 1.1－2009给出的规则起草。

本标准由中华预防医学会归口。

本标准起草单位：中国疾病预防控制中心、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、中国医学科学院皮肤病医院(中国医学科学院皮肤病研究所)、中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心、中国科学院微生物研究所、中国医学科学院病原生物学研究所、中国检验检疫科学研究院、首都医科大学附属北京地坛医院、中国科学院武汉病毒研究所、广东省疾病预防控制中心。

本标准主要起草人：魏强、武桂珍、王多春、韩俊、刘维达、马春涛、马俊才、姜孟楠、侯雪新、郭丽、梅嬛、吴林寰、胡孔新、王雅杰、邓菲、柯昌文

病原微生物菌(毒)种保藏数据描述通则 (1) 范围

本标准规定了病原微生物菌(毒)种保藏相关数据描述要求，包括描述要素及其解释，由菌(毒)种保藏基本数据、细菌保藏特征数据、病毒保藏特征数据、真菌保藏特征数据和菌(毒)种共享数据组成。

本标准适用于病原微生物菌(毒)种保藏中心、保藏专业实验室等保藏机构，以及病原微生物菌(毒)种保管和使用等单位。

(2) 规范性引用文件

下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。

WS 315人间传染的病原微生物菌(毒)种保藏机构设置技术规范。

(3) 术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

3.1 病原微生物 pathogenic microorganism

经过保藏机构鉴定、分类并给予固定编号，具有一定保存价值，可以侵犯人体，引起人感染甚至传染病的微生物。

注：主要包括真菌、放线菌、细菌、立克次体、螺旋体、支原体、衣原体、病毒等。

3.2 菌(毒)种 microorganism strain

可培养的真菌、放线菌、细菌、立克次体、螺旋体、支原体、衣原体、病毒等具有保存价值的，经过保藏机构鉴定、分类并给予固定编号的病原微生物。

3.3 保藏 collection

保藏机构依法以适当的方式收集、检定、编目、储存菌(毒)种或样本，维持其活性和生物学特性，并向合法从事病原微生物相关实验活动的单位提供菌(毒)种或样本的活动。

3.4 保藏机构 collective organization

由国家卫生健康委指定的，按照规定接收、检定、集中储存与管理菌(毒)种或样本，并能向合法从事病原微生物实验活动的单位提供菌(毒)种或样本的非营利性机构。

(4) 菌(毒)种保藏基本数据 4.1 资源库编号

描述菌(毒)种的国家病原微生物资源库(NPRC)编号，由前缀(NPRC)和统一生成的资源编号两部分组成，前缀和资源库编号之间留半角空格。

4.2 菌(毒)种保藏编号

描述菌(毒)种在保藏机构的保藏编号，由前缀和菌(毒)株编号两部分组成。前缀为保藏机构名称的英文缩写，前缀和菌(毒)株编号之间留半角空格。不同保藏机构的保藏编号之间用等号“＝”连接。

4.3 中文名称

描述菌(毒)种在分类学上的中文名称。尚无中文名称时，可填“暂无”。

4.4 外文名称

描述菌(毒)种在分类学上的完整科学名称。

4.5 原始编号

描述菌(毒)种在保藏单位内部的编号。

4.6 模式菌(毒)株

描述菌(毒)种是否为模式菌(毒)株。细菌和真菌按照“模式菌株”“非模式菌株”描述，病毒按照“标准毒株”“参比毒株”“参考毒株”等描述。

4.7 来源历史

描述菌(毒)种资源在保藏单位之间的转移情况。保藏单位前以左指向箭头“←”开头，保藏单位之间用左指向箭头连接。

4.8 保藏时间

描述菌(毒)种由保藏机构登记保藏的时间，格式为YYYY-MM-DD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。

4.9 分离时间

描述菌(毒)种的分离时间，格式为YYYY- MM-DD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。

4.10 分离地址

描述菌(毒)种分离地址，指明分离的国家、省份、市、区县。

4.11 分离基物

描述菌(毒)种分离物质的具体名称，如患者咽拭子、患者粪便等，以及动物、水、土壤、食品等。

4.12 基物采集时间

描述基物的采集时间，格式为YYYY-MM-DD，其中YYYY为年，MM为月，DD为日。

4.13 基物采集地址

描述基物采集地址，指明采集的国家、省份、市、区县，如有采集点海拔[单位为米(m)]、经纬度[东经(E)，北纬(N)，单位为度(°)]、采集时温度[单位为摄氏度(℃)]，则注明。

4.14 生物危害程度

依据国家相关规定，描述菌(毒)种生物危害程度，包括危害程度一类、二类、三类、四类等具体类型。未明确危害程度的，按“未定”描述。

4.15 致病对象

描述菌(毒)种的致病对象类群，如人、动物、人兽共患等。

4.16 致病名称

描述菌(毒)种引起的疾病名称(组织部位)。

4.17 传播途径

描述菌(毒)种的传播途径，如空气传播、水传播、食物传播、接触传播、节肢动物传播、土壤传播、垂直传播、医源性传播等。

(5) 细菌保藏特征数据 5.1 大小

描述细菌长度、直径大小或大小范围，单位为微米(μm)。

5.2 形状

描述细菌在显微镜下的形状，如球状、杆状、螺旋状等。

5.3 运动性特征

描述细菌是否有运动性，指明在显微镜下或半固体穿刺后是否有动力。

5.4 细菌染色

描述细菌的染色反应，如革兰阳性(G+)、革兰阴性(G－)、抗酸染色、荧光染色、鞭毛染色、异染颗粒染色、荚膜染色。

5.5 菌落特征

描述细菌菌落特征，包括菌落的大小、形状、边缘、光泽、质地、颜色和透明程度等。并指明描述菌落形态时所用培养基的名称或配方、培养条件。

5.6 培养基

描述细菌适用的培养基名称。

5.7 培养温度

描述细菌的生长温度范围，以及最适培养温度，单位为摄氏度(℃)。

5.8 生化鉴定

描述细菌的主要生化鉴定结果，如糖(醇)类发酵试验、甲基红试验、Voges-Proskauer试验、靛基质(吲哚)试验等。

5.9 抗生素敏感性

描述细菌对抗生素敏感的种类及敏感程度。

5.10 血清学鉴定

描述细菌的血清型别。

5.11 碱基组成

描述细菌的碱基组成，以(G+C)mol%表示。

5.12 16S rRNA序列

描述细菌的16S rRNA序列，如序列已提交GenBank，提供序列号。

5.13 基因组大小

描述细菌的基因组大小，以Mb表示，如序列已提交GenBank，提供序列号。

(6) 病毒保藏特征数据 6.1 大小

描述病毒长度、直径大小或大小范围，单位为纳米(nm)。

6.2 形态

描述病毒形态，如球形、椭圆形、丝状、弹状等。

6.3 纤突

描述病毒有无表面纤突及纤突特征。

6.4 囊膜

描述病毒有无囊膜。

6.5 衣壳对称性

描述病毒衣壳对称性和结构，如二十面体立体对称、螺旋对称、复合对称；立体对称病毒粒子的壳粒数目。

6.6 核酸类型

描述病毒核酸类型，如DNA、RNA。

6.7 基因组的大小

描述病毒基因组的碱基对数目，以kb表示，如序列已提交GenBank，提供序列号。

6.8 碱基链数目及极性

描述病毒的碱基数是单股还是双股，以及极性是正链还是负链。

6.9 基因组连续性

描述病毒基因是否分节段，节段的大小和数目。

6.10 血清型

描述病毒与同种或同属病毒的关系或与标准毒株、参考毒株或疫苗毒株的关系。

6.11 基因型

描述病毒的基因型别。

6.12 宿主名称

描述病毒寄生宿主的中文或拉丁文名称。

(7) 真菌保藏特征数据 7.1 菌落特征

描述真菌菌落直径、质地、形态、边缘、颜色以及其他显著特征，并指明描述菌落形态时所用培养基的名称或配方、培养条件。

7.2 菌丝形态

描述真菌菌丝的直径、分隔特征、典型特征、特化特征及菌丝类型等。

7.3 产孢特征

描述真菌孢子产孢结构的类型、大小、形状等，以及孢子的类型、大小、结构、着生方式、颜色、表面特征等。

7.4 培养基

描述真菌适用的培养基名称。

7.5 培养温度

描述真菌的生长温度范围，以及最适培养温度，单位为摄氏度(℃)。

7.6 生长速度

描述真菌生长速度，以单位时间内菌落直径大小表示，时间单位以天(d)表示，直径大小用厘米(cm)表示。

7.7 生理生化特性

描述真菌特有的生理、生化特性，如糖同化实验，糖发酵实验，尿素酶实验等。

7.8 抗真菌药物敏感性

描述真菌对抗生素敏感的种类及敏感程度。

7.9 核苷酸序列信息

描述真菌的核苷酸序列信息，如ITS序列信息、18S rDNA、D1/D2序列等，如序列已提交GenBank，提供序列号。

7.10 基因组大小

描述真菌的基因组大小，以Mb表示，如序列已提交GenBank，提供序列号。

7.11 宿主名称

描述真菌寄生宿主的中文或拉丁文名称。

(8) 菌(毒)种共享数据 8.1 共享方式

描述菌(毒)种的共享方式，如公益性共享、公益性借用共享、合作研究共享、知识产权性交易共享、资源纯交易性共享、资源租赁性共享、资源交换性共享、收藏地共享、行政许可性共享等。

8.2 提供形式

描述提供给资源利用者的菌(毒)种的形式，如斜面培养物、冻干物、冻结物等。

8.3 提供途径

描述提供菌(毒)种的途径，如现场获取、订购、获赠等。

8.4 联系人

描述提供菌(毒)种的联系人姓名。

8.5 联系电话

描述提供菌(毒)种的联系电话。

8.6 联系地址

描述提供菌(毒)种的联系地址。

8.7 电子邮箱

描述提供菌(毒)种的电子邮箱。

8.8 记录地址

描述提供菌(毒)种详细信息的网址或数据库记录链接。

(9) 菌(毒)种数据描述示例

细菌、病毒、真菌示例见附录A、B、C，放线菌、立克次体、螺旋体、支原体、衣原体等数据描述参照本标准。

附录A、(资料性附录)细菌保藏数据描述示例 (A.1) 细菌保藏基本数据 A.1.1 资源库编号

NPRC xxx

A.1.2 菌(毒)种保藏编号

CHPC 1.571^T＝DSM 104684^T＝CGMCC 1.15982^T

A.1.3 中文名称

天鸽变形杆菌

A.1.4 外文名称

Proteus columbae

A.1.5 原始编号

08MAS2615

A.1.6 模式菌(毒)株

模式菌株

A.1.7 来源历史

←中国疾病预防控制中心病原微生物菌(毒)种保藏中心←中国疾病预防控制中心传染病预防控制所←安徽省马鞍山市疾病预防控制中心

A.1.8 保藏时间

2019-06-26

A.1.9 分离时间

2008-06-12

A.1.10 分离地址

安徽省马鞍山市雨山区，经纬度：118°53′E，31°67′N。

A.1.11 分离基物

动物(鸽子粪便)

A.1.12 基物采集时间

2008-06-11

A.1.13 基物采集地址

安徽省马鞍山市雨山区

A.1.14 生物危害程度

未定

A.1.15 致病对象

人、动物。

A.1.16 致病名称

食物中毒、尿系统感染、肾结石、膀胱结石。

A.1.17 传播途径

食物传播、医源性传播。

(A.2) 细菌保藏特征数据 A.2.1 大小

(0.5~0.8) μm×(1.0~3.0) μm

A.2.2 形状

短杆状

A.2.3 运动性特征

运动活泼

A.2.4 细菌染色

革兰阴性(G－)

A.2.5 菌落特征

接种于固体琼脂培养基平板的中心部位，培养24小时形成以接种部位为中心、厚薄交替的波纹状菌苔，即迁徙生长现象。在血琼脂平板上有溶血现象。

A.2.6 培养基

固体琼脂培养基

A.2.7 培养温度

生长温度范围为10 ℃~45 ℃，最适生长温度为37 ℃。

A.2.8 生化鉴定

H₂S产物(+)；尿素(+)；苯丙氨酸脱氨酶(+)；吲哚(+)；葡萄糖(+)；蔗糖(+)。

A.2.9 抗生素敏感性

氨苄西林，中度敏感；阿奇霉素，中度敏感。

A.2.10 血清学鉴定

未定

A.2.11 碱基组成

37.9 mol%

A.2.12 16S rRNA序列

GenBank序列号MF143629

A.2.13 基因组大小

3.96 Mb，GenBank序列号NGVR00000000。

(A.3) 细菌保藏共享数据 A.3.1 共享方式

合作研究共享

A.3.2 提供形式

冻干物、冻结物。

A.3.3 提供途径

现场获取、订购、其他。

A.3.4 联系人

×××

A.3.5 联系电话

010-××××××××

A.3.6 联系地址

北京市昌平区昌百路155号102206

A.3.7 电子邮箱

×××@icdc.cn

A.3.8 记录地址

提供菌种详细信息的网址或数据库记录链接。

附录B、(资料性附录)病毒保藏数据描述示例 (B.1) 病毒保藏基本数据 B.1.1 资源库编号

NPRC 2020.00001

B.1.2 菌(毒)种保藏编号

CHPC 2020.00001

B.1.3 中文名称

2019年新型冠状病毒

B.1.4 外文名称

SARS-CoV-2

B.1.5 原始编号

新型冠状病毒武汉株01

B.1.6 模式菌(毒)株

首个分离株

B.1.7 来源历史

←中国疾病预防控制中心病原微生物菌(毒)种保藏中心←中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所

B.1.8 保藏时间

2020-01-24

B.1.9 分离时间

2020-01-06

B.1.10 分离地址

北京市昌平区

B.1.11 分离基物

患者支气管肺泡灌洗液

B.1.12 基物采集时间

2019-12-30

B.1.13 基物采集地址

湖北省武汉市江汉区

B.1.14 生物危害程度

二类

B.1.15 致病对象

人

B.1.16 致病名称

呼吸道感染、肺炎。

B.1.17 传播途径

空气传播、接触传播。

(B.2) 病毒保藏特征数据 B.2.1 大小

球形形态直径约为60 nm~140 nm

B.2.2 形态

球形、椭圆形或多形性。

B.2.3 纤突

刺突糖蛋白(Spike，S)：组成病毒粒表面有球棒状的突出部分，属于Ⅰ型跨膜蛋白。

B.2.4 囊膜

有囊膜

B.2.5 衣壳对称性

核衣壳呈螺旋对称

B.2.6 核酸类型

RNA

B.2.7 基因组的大小

约29.9 kb

B.2.8 碱基链数目及极性

单股，正链。

B.2.9 基因组连续性

基因组为线性单股正链RNA。由10个单独的单链RNA片段组成，包括ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a、ORF8、ORF10。

B.2.10 血清型

未知

B.2.11 基因型

L型，S型

B.2.12 宿主名称

人，动物。

(B.3) 病毒保藏共享数据 B.3.1 共享方式

合作研究共享

B.3.2 提供形式

冻干或者液体保存两种形式。

B.3.3 提供途径

现场获取

B.3.4 联系人

×××

B.3.5 联系电话

010-××××××××

B.3.6 联系地址

北京市昌平区昌百路155号102206

B.3.7 电子邮箱

×××@chinacdc.cn

B.3.8 记录地址

提供毒种详细信息的网址或数据库记录链接。

附录C、(资料性附录)真菌保藏数据描述示例 (C.1) 真菌保藏基本数据 C.1.1 资源库编号

NPRC ×××

C.1.2 菌(毒)种保藏编号

CAMS-CCPM-D03383＝CMCC(F) T1i

C.1.3 中文名称

红色毛癣菌

C.1.4 外文名称

Trichophyton rubrum

C.1.5 原始编号

3464

C.1.6 模式菌(毒)株

非模式菌株

C.1.7 来源历史

←中国医学科学院病原微生物菌(毒)种保藏中心医学真菌分中心←中国医学科学院皮肤病医院

C.1.8 保藏时间

2012-03-10

C.1.9 分离时间

无

C.1.10 分离地址

江苏省南京市

C.1.11 分离基物

患者

C.1.12 基物采集时间

无

C.1.13 基物采集地址

江苏省南京市

C.1.14 生物危害程度

三类

C.1.15 致病对象

人

C.1.16 致病名称

体股癣，甲癣，头癣，肉芽肿性病变。

C.1.17 传播途径

接触传播

(C.2) 真菌保藏特征数据 C.2.1 菌落特征

红色毛癣菌在沙氏葡萄糖琼脂(SDA)培养基上菌落平坦，略突起，白色至奶油色，仿皮革样，背面酒红色至橄榄色，有时暗黄。接种于马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)培养基上可以促进酒红色色素和孢子产生。

C.2.2 菌丝形态

镜下红色毛癣菌可见分枝分隔菌丝，陈旧培养基上可出现大量厚壁孢子、球拍状菌丝和结节菌丝。

C.2.3 产孢特征

小分生孢子侧生于菌丝两侧，梨形或棒状，有时可见大分生孢子，棒状或铅笔状，薄壁光滑，3~10分格。

C.2.4 培养基

沙氏葡萄糖琼脂(SDA)，马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)。

C.2.5 培养温度

生长温度范围为25 ℃~37 ℃，最适生长温度为28 ℃。

C.2.6 生长速度

生长速度缓慢到中等生长，PDA培养基上，28 ℃生长10天，菌落直径约2 cm~4.5 cm。

C.2.7 生理生化特征

毛发穿孔实验(－)；山梨糖醇(+)；缺乏维生素B1培养基(+)。

C.2.8 抗真菌药物敏感性

两性霉素B，敏感；伊曲康唑，敏感；特比萘芬，敏感；伏立康唑，敏感。

C.2.9 核苷酸序列信息

ITS：CTTCCGTAGGGGGGACCTGCGGAAGGATCATTAACGCGCAGGCCGGAGGCTGGCCCCCCACGATAGGGACCGACGTTCCATCAGGGGTGAGCAGACGTGCGCCGGCCGTACGCCCCCATTCTTGTCTACCTCACCCGGTTGCCTCGGCGGGCCGCGCTCCCCCTGCCAGGGAGAGCCGTCCGGCGGGCCCCTTCTGGGAGCCTCGAGCCGGACCGCGCCCGCCGGAGGACAGACACCAAGAAAAAATTCTCTGAAGAGCTGTCAGTCTGAGCGTTTAGCAAGCACAATCAGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGCATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCCTCAAGCCCGGCTTGTGTGATGGACGACCGTCCGGCCCCTCCCTTCGGGGGCGGGACGCGCCCGAAAAGCAGTGGCCAGGCCGCGATTCCGGCTTCCTAGGCGAATGGGCAGCCAATTCAGCGCCCTCAGGACCGGCCGCCCTGGCCCCAATCTTTATATATATATATATCTTTTCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAAAGGGGGGGGGAA

D1/D2：TTTGATATATCACCATTAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAGAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCTCCCCCGGGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTCGGGCGCGGCCCCCGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCAGAGAGGGTGAGAATCCCGTCTTGGGCGGGCGGCCCGCGCCCGTGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGCGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCGGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGGTTAAAAGCACCTTGAAAAGGGAGTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGGCCAGACTCGGGGGGCGGGGTTCAGCGGGCGCTCGTCGCCCGTGCACTGCCCGCTCCCCGGGCCAGCATCAGCTTCGACGGCCGGTCAAAGGCCCCCGGAATGTGTCGTCTCTAGGGACGTCTTATAGCCGGGGGTGCAATGCGGCCCGTCGAGACTGAGGAACGCGCTCCGGCTCGGATGCTGGCGTAATGGCCGTAAGCGGCCCGTCTTGACACACAACAGAAACA

C.2.10 基因组大小

4.07 Mb，GenBank序列号LHPM01000018.1。

C.2.11 宿主名称

人

(C.3) 真菌保藏共享数据 C.3.1 共享方式

合作研究共享

C.3.2 提供形式

新鲜斜面培养物

C.3.3 提供途径

现场获取、订购、其他。

C.3.4 联系人

×××

C.3.5 联系电话

025-××××××××

C.3.6 联系地址

南京市玄武区蒋王庙12号210042

C.3.7 电子邮箱

×××@163.com

C.3.8 记录地址

提供菌种详细信息的网址或数据库记录链接。

利益冲突  所有作者均声明不存在利益冲突