急性呼吸道感染是全球严重的公共卫生问题之一，是感染性疾病中引起死亡的重要病因之一^[1-3]。急性呼吸道感染的病原体多样，近年来，严重急性呼吸综合征（Severe Acute Respiratory Syndromes，SARS）、中东呼吸综合征（Middle East Respiratory Syndrome，MERS）、人感染H7N9禽流感等新发急性呼吸道传染病又层出不穷，给传染病的监测和防控带来很大挑战。为进一步了解急性呼吸道感染的流行病学和病原学特征，及时发现输入及新发急性呼吸道传染病，2014年底，上海市开始实施急性呼吸道感染综合监测试点项目，本研究通过对上海地区门诊急性呼吸道感染病例进行流行病学和病原学特征的分析，为进一步开展急性呼吸道感染的监测和防控提供科学依据。

对象与方法

1.研究对象：不同研究对于急性呼吸道感染的病例定义因基础信息、急性起病的时间、发热的具体体温、出现的急性呼吸道感染的症状定义不同而略有区别。本研究采用的病例定义为既往10 d内，具有发热（实测体温≥38 ℃）伴有咳嗽的病例^[4-11]。

纳入条件：2015-2017年在上海交通大学医学院附属仁济医院（东院）、上海市瑞金医院（卢湾分院）、上海市普陀区桃浦社区卫生服务中心的发热门诊就诊，符合上述病例定义，经患者知情同意后，按照系统抽样后的采样病例将纳入研究。其中系统抽样是根据3家医院发热门诊的历史就诊量，综合考虑成本和代表性后^[12-13]，上海交通大学医学院附属仁济医院（东院）按照每间隔10例病例采样1例，上海市瑞金医院（卢湾分院）和上海市普陀区桃浦社区卫生服务中心按照每间隔5例病例采样1例。

2研究方法：

（1）资料收集：各项目医院发热门诊的医务人员登记就诊急性呼吸道感染采样病例的基础信息、临床表现以及用药情况等。

（2）病原体检测：发热门诊医务人员采集被纳入病例2份鼻咽拭子标本，一份用于RT-PCR的核酸检测，检测项目包括甲型流感病毒、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、鼻病毒/肠道病毒（鼻/肠病毒）、冠状病毒、人偏肺病毒、博卡病毒、肺炎支原体、肺炎衣原体、嗜肺军团杆菌和百日咳鲍特菌病原体的检测，在4 ℃条件下保存，24 h内送至相应的网络实验室，如未能在48 h内进行检测的，置≤-70℃保存，采用的试剂盒为荷兰PathoFinder公司生产的RespiFinder 2SMART；另外一份用于肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌的细菌学检测，在室温（20~25 ℃）条件下保存，当天进行增菌和分离实验。

3.统计学方法：采用SPSS 19.0软件进行统计分析。定量资料的集中趋势和离散趋势的描述用x±s或M（IQR），两组间的比较用t检验或非参数检验，多组间的比较用方差分析或非参数检验，两组间的相关用Pearson相关系数。年龄的集中趋势和离散趋势的描述用M（IQR），流感病毒的检出率与发热门诊急性呼吸道感染病例阳性率的相关性检测用Pearson相关系数。分类资料的描述用构成比或率，统计方法用χ²检验或非参数检验。用检出率描述病原体的检出情况，描述病原体的检出构成情况用构成比；用χ²检验进行不同病原体检出情况的比较。

结果

1.基本特征：2015-2017年共纳入急性呼吸道感染病例806例，其中上海交通大学医学院附属仁济医院（东院）纳入229例（28.41%）、上海市瑞金医院（卢湾分院）纳入199例（24.69%）、上海市普陀区桃浦社区卫生服务中心纳入378例（46.90%）。

806例急性呼吸道感染病例中，2015年纳入的病例数最多，为493例（61.17%）。所有病例的现住址主要集中在3家医院所在的辖区，普陀区、浦东新区、黄浦区合计占92.06%（742/806）；年龄M=53岁，IQR=29岁，范围14~89岁，66.00%（532/806）的急性呼吸道感染病例为＞40岁人群；女性多于男性，男女性别比为0.8 : 1；职业以退休和职员为主，占69.98%（564/806）。见表 1。

临床体征、症状以及用药方面：93.55%（754/806）的病例体温在38.1~41.0 ℃之间；除咳嗽外，58.93%（475/806）的病例伴有咽痛，39.83%（321/806）的病例伴有全身酸痛症状；发病后采样前34.24%（276/806）的病例使用了退热药，31.27%（252/806）的病例使用了抗生素。

2.呼吸道病原体检出情况：806例急性呼吸道感染病例中，检出病原体阳性592例，总阳性检出率为73.45%，其中病毒阳性为538例，阳性检出率为66.75%；细菌阳性为130例，阳性检出率为16.13%，肺炎支原体阳性43例，阳性检出率为5.33%，肺炎衣原体阳性3例，阳性检出率为0.37%。

病毒阳性率前3位的病原体为甲型流感病毒（40.45%，326/806）、乙型流感病毒（14.39%，116/806）、鼻/肠病毒（4.84%，39/806）。后续依次为冠状病毒（2.85%，23/806）、腺病毒（2.36%，19/806）、副流感病毒（2.23%，18/806）、人偏肺病毒（1.86%，15/806）、博卡病毒（1.36%，11/806）、呼吸道合胞病毒（1.12%，9/806）。另外，冠状病毒分型中以冠状病毒OC43为主；副流感病毒分型中以3型为主；呼吸道合胞病毒分型中以B型为主。检出两种细菌病原体，分别为肺炎克雷伯菌（11.17%，90/806）和金黄色葡萄球菌（5.71%，46/806）。

在发病后采样前服用抗生素的病例中，总病原体检出率（67.46%）、细菌检出率（15.48%）、金黄色葡萄球菌检出率（3.17%）、肺炎支原体检出率（4.37%）均低于在发病后采样前未服用抗生素的急性呼吸道感染病例的76.17%、16.43%、6.86%、5.78%，其中两者间合计的病原体检出率差异有统计学意义（χ²=6.74，P=0.009），金黄色葡萄球菌检出率差异有统计学意义（χ²=4.37，P=0.037）。

3.呼吸道病原体感染的时间分布：虽然2015-2017年病原体检出均以流感等病毒类病原体为主，但不同年份的病原体检出种类差异有统计学意义（χ²=148.41，P＜0.001），2015-2017年病毒类感染病例阳性率分别为69.15%、60.34%、63.97%；细菌、肺炎支原体、肺炎衣原体感染为辅，2015-2017年上述病原体合计感染病例的阳性率分别为20.36%、26.44%、19.12%。

不同季度的主要病原体检出率差异有统计学意义（χ²=545.62，P＜0.001），2015-2017年不同季度间主要病原体的检出率变异较大，甲型流感病毒、乙型流感病毒、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、肺炎支原体、鼻/肠病毒最高和最低检出率分别为77.17% vs. 0.00%、46.71% vs. 0.00%、15.38% vs. 4.35%、13.04% vs. 0.00%、17.39% vs. 0.00%17.86% vs. 0.00%，其中甲、乙型流感病毒在第二季度的检出率相对最低，其他季度相对较高；肺炎支原体则主要出现在每年的第一、四季度。整体上病原体检出结果呈现一定的周期性变化趋势（图 1）。此外，流感病毒的检出率与急性呼吸道感染病例的阳性率密切相关（r=0.882，P＜0.001）。

4.呼吸道病原体感染的地区分布：不同现住址的急性呼吸道感染病例的病原体检出种类存在显著性差异（χ²=101.42，P＜0.001），806例病例中现住址为普陀区、浦东新区、黄浦区的病例合计742例，分别为372、218、152例。现住址为普陀区的流感病毒检出率（61.56%）、金黄色葡萄球菌检出率（18.01%）和肺炎克雷伯菌检出率（11.29%）高于其他两区，现住址为浦东新区的其他病毒检出率（26.15%）和肺炎支原体检出率（10.55%）高于其他两区。

5.呼吸道病原体感染与基本特征的关系：在不同年龄分组中，肺炎支原体（χ²=17.94，P＜0.001）、细菌（χ²=8.10，P=0.044）以及其中肺炎克雷伯菌（χ²=21.73，P＜0.001）、金黄色葡萄球菌（χ²=10.39，P=0.015）的检出率差异有统计学意义；细菌以及其中的肺炎克雷伯菌在≥40岁急性呼吸道感染病例中检出率更高，而金黄色葡萄球菌和肺炎支原体的检出率在≤39岁的病例中检出率更高。出现全身酸痛的急性呼吸道感染病例中，流感的检出率（60.44%）明显高于无全身酸痛症状的病例（50.31%），且差异有统计学意义（χ²=7.984，P=0.005）。见表 2。

6.混合感染情况：806例急性呼吸道感染病例中，经检测共发现150例混合感染情况，混合感染率18.61%，其中以二重感染为主，占90.00%（135/150），三重感染和四重感染分别占9.33%（14/150）和0.67%（1/150）。见表 3。150例混合感染中，主要重复检出病原体为甲型流感病毒、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、肺炎支原体。与单病原体感染比较，甲型流感病毒（69.33%）在混合感染中重复检出率更高（χ²=16.52，P＜0.001），且有4例病例中同时检出甲型流感病毒和乙型流感病毒；肺炎克雷伯菌（44.67%，χ²=135.29，P＜0.001）、金黄色葡萄球菌（22.00%，χ²=56.76，P＜0.001）、肺炎支原体（18.00%，χ²=34.38，P＜0.001）在混合感染中更易检出，差异有统计学意义。此外，博卡病毒和肺炎衣原体的检出，均出现在混合感染中，单病原体感染的病例中未检出博卡病毒和肺炎衣原体。

讨论

本研究对2015-2017年上海地区的发热门诊急性呼吸道感染病例的流行病学和病原学特征分析发现，上海地区急性呼吸道感染病例呼吸道病原体检出率较高（73.45%），病毒检出率为66.75%，其中以流感病毒为主，合并检出率54.84%（甲型流感病毒40.45%、乙型流感病毒14.39%）细菌检出率16.13%，均为肺炎克雷伯菌（11.17%）或金黄色葡萄球菌（5.71%）；另外肺炎支原体的检出率（5.33%）较肺炎衣原体的检出率（0.37%）高。

本研究报告的发热门诊急性呼吸道感染病例病原体检出率（73.45%）高于国内其他地区的检出率^[14-17]，同时也高于芬兰的检出率^[18]，但符合门诊急性呼吸道感染病例较住院病例的病原体检出率更高的倾向性^[19]。本研究检测的病原体种类多，包括9种病毒、7种细菌以及肺炎支原体和肺炎衣原体，而多数研究只检测常见的呼吸道病毒^[20-22]，这可能是本研究病原体检出率较高的原因之一。本研究发现病毒的检出率（66.75%）高于细菌检出率（16.13%），与上海地区过往研究结果基本一致^{[20, 23]}。

本研究显示流感病毒的活动水平与上海地区的急性呼吸道感染病例的病原体检出阳性率关系密切，从侧面印证了流感病毒是上海地区急性呼吸道感染病例中最主要的病原体，与过往研究结果相符^{[7, 14, 17, 24-27]}。本研究也显示急性呼吸道感染病例中其他病毒感染率较低，检出率在1%~5%之间，与北京市结果基本一致^{[17, 28]}。但因目标人群不同，本研究未发现上海地区成年人群急性呼吸道感染病例中呼吸道合胞病毒检出率高的现象，与过往研究结果不一致^{[21, 23, 29]}。

本研究中采用核酸检测技术发现肺炎支原体的检出率为5.33%，部分研究的急性呼吸道感染病例中肺炎支原体检出率为1.25%~1.82%^{[15, 30]}，而其他研究为10.66%~19.14%^{[9, 31]}。前者多采用核酸检测技术，后者多采用免疫学检测技术，而应用肺炎支原体的免疫学检测技术的检出率一般会高于应用核酸技术^[32]。

不同病原体感染人群的年龄分布特征不同。本研究发现肺炎支原体在＜60岁组中的检出率高于≥60岁组，与过往研究的结果一致^[30-31]。本研究中肺炎克雷伯菌和金黄色葡萄球菌检出率分别为11.17%和5.71%，高于甘肃省（2.47%和0.3%）^[15]，但低于在吉林省老年人群的23.04%和16.75%^[33]。肺炎克雷伯菌在中老年人群中感染率高^[34]，本研究的研究对象以≥40岁人群为主，年龄中位数高于甘肃省研究的人群年龄（14岁），但低于吉林省人群年龄（＞61岁），金黄色葡萄球菌检出率以及本研究其他未检出的细菌可能与不同年龄等人群分布特征有关^[30]。

本研究发现了较高的混合感染率（18.61%），高于部分过往研究报告的0.91%~12.55%^{[4-5, 22-23, 35]}，但低于其他研究报告的19.25%~22.13%^{[30, 36-37]}。混合感染率的高低与总检出率的高低和检出的病原体种类有关。混合感染率较低的研究多数仅检测病毒，而混合感染率较高的研究往往还会检测细菌。本研究主要病原体的重复检出率与各病原体总检出率的高低基本一致，甲型流感病毒、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、肺炎支原体的混合感染率高，但混合感染的机制和临床意义有待进一步研究。本研究检出的博卡病毒（1.36%）和肺炎衣原体（0.37%）均出现混合感染问题，据有关报道博卡病毒在成年人急性呼吸道感染病例中的混合感染类型的构成比为50%^[38]，在社区获得性肺炎的人群中可高达85%^[39]，亦有国内学者研究肺炎衣原体的混合感染在急性呼吸道感染病例中常见^[40]。

本研究存在局限性。首先，本研究通过连续3年对上海地区3个不同行政辖区的3家不同级别的当地主要医院纳入一定数量的病例，纳入病例的条件主要为发热和咳嗽，并且未包含＜14岁的儿童病例，研究结果的外推性受到一定限制。其次，部分病原体存在周期性活动，可能夸大或缩小了部分病原体检出率。最后，本研究中部分病例在采样前曾服用过抗生素和抗病毒药物，可能影响细菌和病毒的检出，尤其是未检出的细菌。此外，细菌检出率低与是否在医院开展现场平板接种等因素有关，有待进一步研究。

综上所述，本研究通过长时间、多病原体的急性呼吸道感染病例流行病学特征和病原体学特征分析，发现以流感病毒等病原体感染为主的动态变化特征以及较高比例的以流感病毒为主的混合感染问题，不仅为指导上海地区急性呼吸道感染病例的临床诊疗，同时为进一步制定针对性的防控策略提供了一定的科学依据。

利益冲突 所有作者均声明不存在利益冲突

志谢 感谢所有参与该研究的医院工作人员、CDC专业人员以及上海市现场流行病学培训项目的相关专家