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  药物分析杂志   2017, Vol. 37 Issue (1): 64-73.  DOI: 10.16155/j.0254-1793.2017.01.08
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生物检定

引用本文 [复制中英文]

陈康, 蒋超, 金艳, 赵玉洋, 黄璐琦, 袁媛. 人参属中药材高分辨率熔解曲线鉴定及其方法学考察[J]. 药物分析杂志, 2017, 37(1): 64-73. DOI: 10.16155/j.0254-1793.2017.01.08.
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CHEN Kang, JIANG Chao, JIN Yan, ZHAO Yu-yang, HUANG Lu-qi, YUAN Yuan. Identification of high resolution melting curves of Panax species and methodological investigation[J]. Chinese Journal of Pharmaceutical Analysis, 2017, 37(1): 64-73. DOI: 10.16155/j.0254-1793.2017.01.08.
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基金项目

中医药行业科研专项“常用大宗中药材质量现场快速检测技术研究”(201407003)

第一作者

陈康, Tel: (010)64014411-2956; E-mail: yylx1990@163.com

通信作者

袁媛, Tel: (010)64014411-2956; E-mail: y_yuan0732@163.com

文章历史

收稿日期:2015-01-25
人参属中药材高分辨率熔解曲线鉴定及其方法学考察
陈康 1,2, 蒋超 1, 金艳 1, 赵玉洋 1, 黄璐琦 1, 袁媛 1    
1. 道地药材国家重点实验室培育基地, 中国中医科学院中药资源中心, 北京 100700;
2. 安徽中医药大学, 合肥 230038
摘要目的:建立基于高分辨率熔解曲线鉴别人参属中药材的方法,并进行系统性方法学考察。方法:采集不同产地的人参属中药材人参、西洋参、三七以及市场上常见混伪品竹节参、珠子参、羽叶三七。所有样品提取总DNA,筛选合适的引物,构建人参属正品中药材熔解曲线。同时对不同比例混合样品进行了鉴别,对该方法的灵敏性与特异性、重复性、稳健性、检出限进行了系统性考察。结果:选择psbA-F/trnH-R引物,在模板质量浓度1.6~200 ng·μL-1,退火温度为54~60℃,引物浓度为0.1~0.3 μmol·L-1范围内,对人参属中药材共75份样品进行高分辨熔解曲线分析,人参、西洋参、三七、羽叶三七、竹节参、珠子参等均获得正确稳定的分析结果。结论:高分辨熔解曲线依据分型分析可以区分人参属中药材,并对其混伪品进行检测。在此基础上,本文提出了中药分子鉴定方法学研究标准程序,为进一步规范中药分子鉴定方法学研究提供依据。
关键词中药材    DNA分析    人参属    掺伪品    分子鉴定    高分辨率熔解曲线    方法学考察    
Identification of high resolution melting curves of Panax species and methodological investigation
CHEN Kang1,2, JIANG Chao1, JIN Yan1, ZHAO Yu-yang1, HUANG Lu-qi1, YUAN Yuan1    
1. National Key Laboratory Breeding Base of Dao-di Herbals, National Resource Center for Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China;
2. Anhui University of Chinese Medicine, Hefei 230038, China
Abstract: Objective: To establish a method for the identification of Panax species based on high resolution melting(HRM), and to carry out systematic methodological study.Methods: Panax species such as:Panax ginseng, Panax quinquefolium, Panax notoginseng, Panax japonicus, Panax japonicas var. major, Panax pseudoginseng var. bipinnatifidus were collected.The DNA of all the collected samples were extracted; the suitable primers were selected and the melting curve for Panax species was developed.The fakes and adulterants of different mix were also tested.Molecular identification, including the sensitivity, specificity, repeatability, robustness, and the limit of detection was systematically investigated.Results: A total of 75 samples of Panax ginseng were selected by using primer psbA-F/trnH-R.The template concentration was 1.6-200 ng·μL-1, primer concentration for the psbA-F/trnH-R primer was 0.1-0.3 μmol·L-1, and annealing temperature was 54-60℃.The analysis of high-resolution melting curve on Panax species can obtain the correct stable identification.Conclusion: High resolution melting curve analysis can distinguish Panax species by genotyping, and its adulterants can be detected.On this basis, this paper presents a standard method for the molecular identification of traditional Chinese medicine, which provides a basis for further standardizing the molecular identification of traditional Chinese medicine.
Key words: TCM    DNA analysis    Panax species    adulterant    molecular authentication    HRM    methodological investigation    

人参属植物是我国传统名贵中药材,多具补气、安神、益智、提高免疫力的作用,广泛用于传统中医药及民间医学。2015年版中国药典收载了人参(Panax ginseng)、西洋参(P. quinquefolium)、三七(P. notoginseng)、竹节参(P. japonicus)、珠子参(P. japonicas var. major)以及羽叶三七(P. pseudoginseng var. bipinnatifidus)6种人参属植物。然而,由于人参属植物亲缘关系很近,其形态学、化学成分均很相似,难以进行区分,尤其是人参和西洋参[1-2]。DNA分子鉴定因其不受环境、药材形态、取样部位的影响,并且鉴别能力强、结果准确,在近年来快速发展[3-4]。基于DNA扩增图谱多态性的RAPD(随机扩增多态DNA)[5]、AFLP(扩增片段长度多态性)[6]、PCR-RFLP(PCR-限制酶切长度多态性)[7-8]、SCAR(序列特异性扩增区域)[9]、AS-PCR(位点特异性PCR)[7, 10]、MARMS(多重位点特异性PCR)[2, 11]以及基于分子杂交信号的芯片技术[12-13]等分子鉴定技术均已应用于人参属药用植物鉴定,然而这些方法往往稳定性差(如RAPD),只能鉴定单个物种(如PCR-RFLP),要求严谨的实验条件(如MARMS)或操作复杂(如DNA芯片)。DNA条形码技术(DNA barcoding)是利用标准的,具有足够变异的,易扩增且相对较短的DNA片段,并基于种内特异性和种间多样性创建的一种新的生物身份识别系统[14-21],可用于人参属中药材的鉴定[1, 22],但DNA条形码需要进行PCR产物纯化和DNA测序,其操作复杂,检测时间较长,无法满足中药分子鉴定快速、简单、可视化方面的要求。

高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)是一种基于双链DNA熔解温度不同而形成不同形态熔解曲线的基因分型技术。DNA序列长度不同,排列差异均会造成熔解曲线峰形(melting curve shapes)及熔解温度(melting temperature,Tm)的差异[23]。由于HRM技术具有很高的灵敏性,已成功用于物种鉴别[24]、SSR检测[25]、甲基化分析[26]乃至SNP分型[27]。由于其操作简单,结果容易判读,并能同时检测正伪品及其混杂品,在中药分子鉴定中具有很好的应用前景。

2011年前后,Jaakola等[28]及Ganopoulos等[29]尝试将HRM分析引入鉴定领域,已用于浆果[28]、果汁[30]、豆科植物[31]、植物油[32]等鉴定。该方法不但具有HRM分析的优点,且通用性好,可同时检测正伪品,扩增与检测可在同一PCR管内进行,避免了开盖污染。本研究把HRM分析引入人参属多来源药材物种鉴别,为中国药典收载的人参属中药真实性鉴别提供一种简单快捷的方法。在此基础上,对该分子鉴别方法的灵敏性与特异性、重复性、稳定性、检出限进行了系统考察,提出了中药分子鉴定方法学研究标准程序,为进一步规范中药分子鉴定方法学研究提供依据。

1 材料与方法 1.1 仪器

LightCycler 480型实时荧光定量PCR仪(Roche公司),5810R型低温冷冻离心机(Eppendorf公司),MM 400型混合型球磨仪(Retsch公司),ND-1000型核酸定量仪(Gene公司),微量移液器(Eppendorf公司)。

1.2 试剂

CTAB(Merck公司)、SpeedStar HS Taq DNA聚合酶(Takara公司)、LC Green Plus(Idaho公司)。三氯甲烷﹑无水乙醇﹑异丙醇等均为国产分析纯。

1.3 样品

15份西洋参样品分别采自河北、吉林,经安徽中医药大学周建理教授鉴定;20份人参样品分别采自辽宁、吉林,经中国农业科学院许世友研究员鉴定;10份三七样品分别采自云南文山州文山县,经文山三七研究院崔秀明研究员鉴定;竹节参和珠子参样品各10份采自湖北,均由湖北轻工大学陈平研究员提供并鉴定;10份羽叶三七样品采自云南,经湖北轻工大学陈平研究员鉴定。取人参属样品的根部,硅胶干燥。凭证标本均保存于中国中医科学院中药资源中心。实验植物材料详见表 1

表 1 植物材料 Table 1 Information of plant materials
1.4 总DNA提取

用75%乙醇擦拭药材表面后,刮去外表皮,取内部的药材样品约20 mg,依据CTAB法[33]提取总DNA,使用ND-1000核酸定量仪测定DNA浓度及A260/A280,并用双蒸水(ddH2O)调整终浓度约50ng·μL-1,用于PCR扩增。

1.5 PCR扩增

以所提DNA为模板,在LightCycler 480型实时荧光定量PCR仪上进行HRM分析。25 μL反应体系:2.5 μL 10×buffer,1 μL 10 mmol·L-1 dNTPs,0.25 μmol·L-1上游及下游引物,0.25 U Speed Star HS Taq DNA聚合酶,1 μL(约50 ng)DNA模板,2 μL 100×LC Green Plus,加ddH2O补齐至25 μL。PCR反应条件见表 2。PCR扩增反应结束后,添加HRM分析程序:95 ℃变性1 min,40 ℃ 1 min形成异源双链DNA,而后升温至70 ℃,最后从70 ℃至97 ℃,期间每1 ℃采集15个荧光值。实验结束后使用Light Cycler 480 1.5.1软件进行HRM分析。因DNA模板或加入试剂过程中可能会存在污染或抑制而影响HRM分析准确性[34],本研究在进行HRM分析之前,通过扩增曲线排除扩增强度低于最大扩增60%的样品。

表 2 引物序列和PCR程序 Table 2 Sequence of primers and PCR program
1.6 引物筛选

考察了引物psbA-F/ trnH-R、rbcL 1F/724R、ITS2/ITS3、matK 3F/1R、trnL/trnF、trnL(Intron)[1]对人参属各物种熔解曲线峰形和熔解温度(Tm)值差异的影响,筛选出合适的鉴别引物,扩增片段,引物序列及PCR反应条件如表 2所示。

1.7 HRM分析

HRM分析分别采用2种方式:(1)熔解温度峰值法,对熔解曲线进行求导,获得其解链温度和求导曲线,建立标准模型,如图 1-A;(2)高分辨率熔解曲线分型(HRM genotyping),直接对熔解曲线进行比较,通过Light Cycler 480 1.5.1软件归一化后,加以对比分析,并建立标准模型,如图 1-B

图 1 人参属HRM分析模型的建立 Figure 1 The establishment of standard model for HRM analysis of Panax species
1.8 方法学考察 1.8.1 灵敏性与特异性

测试方法灵敏性,随机选取人参、西洋参、三七、竹节参、珠子参、羽叶三七材料各3份,提取DNA并用ddH2O调整适宜浓度,进行HRM分析,参考已建立的模型,计算比对阳性与实际阳性结果之间的百分比;测试方法特异性,计算比对阴性与实际阴性结果之间的百分比。

1.8.2 重复性

测试操作重复性,取1个人参属材料DNA,分成7份,使用psbA-F/trnH-R引物进行扩增,同时进样,分析其高分辨率熔解曲线分型结果,计算其Tm值标准差及RSD。为测试仪器稳定性,取1个人参属材料DNA,分成7份,使用psbA-F/trnH-R引物进行扩增,分7 d连续进样,计算其Tm值标准差及RSD。

1.8.3 稳健性

测试HRM鉴定的DNA浓度稳健性,以人参为例,取人参DNA各1个,用ddH2O调整DNA质量浓度至200 ng·μL-1,用双蒸水进行梯度稀释,形成质量浓度为200、40、8、1.6、0.32 ng·μL-1的DNA浓度梯度,使用psbA-F/trnH-R引物进行扩增,每个反应重复3次,检测其分型结果准确性,以3个重复中至少有2个重复结果与实际结果一致判定为结果准确。为测试HRM分析的退火温度稳健性,取人参属材料DNA各1个,用ddH2O调整DNA质量浓度至50 ng·μL-1,使用psbA-F/trnH-R引物,依次调整退火温度为56、58、60、62、64、66 ℃进行扩增温度,每个反应重复3次,以3个重复中至少有2个重复结果与实际结果一致判定为结果准确。为测试HRM分析的引物浓度温度稳健性,取人参属材料DNA各1个,用ddH2O调整DNA质量浓度至50 ng·μL-1,使用psbA-F/trnH-R引物,依次用ddH2O调整引物浓度为0.1、0.2、0.3、0.4 μmol·L-1进行扩增,每个反应重复3次,以3个重复中至少有2个重复结果与实际结果一致判定为结果准确。

1.8.4 线性关系与检出限

测试人参属HRM分析方法的检出限,以人参为例,取人参DNA 7个,用ddH2O调整DNA质量浓度至200 ng·μL-1,用ddH2O梯度稀释,形成质量浓度为200、40、8、1.6、0.32 ng·μL-1的DNA浓度梯度,并以ddH2O为空白对照,以psbA-F/trnH-R为引物扩增,分析其HRM分析结果,记录人参属各物种对应Tm值时的荧光强度值,将DNA浓度与对应荧光强度值进行线性回归,得到线性关系,并以空白样品荧光强度值与所得标准曲线斜率的比值的3倍作为该方法检出限。

1.9 混伪品的检出

针对人参和西洋参的混伪品,取两者DNA样品进行不同比例混合,再以psbA-F/trnH-R为引物扩增后进行HRM分析,分析其HRM结果。

2 结果 2.1 引物筛选

为了获得适用于人参属药材HRM鉴别的引物,分别以5个人参、西洋参、三七、竹节参、珠子参、羽叶三七DNA作为模板,选择psbA-F/ trnH-R,rbcL 1F/724R,ITS2/ ITS3,matK 3F/1R,trnL/trnF,trnL(Intron)片段,分别在其适宜的退火温度及35个循环的条件下进行熔解曲线分析,对其熔解曲线Tm值及HRM分型结果进行比较,见表 3,筛选出差异最显著的引物用于HRM鉴别。结果表明,引物psbA-F/trnH-R与trnL(Intron)2个片段均可以鉴别人参属中人参、西洋参、三七、珠子参,羽叶三七、竹节参,其中在HRM分型方法中,人参属在psbA-F/trnH-R片段中差别最为明显,见图 2

表 3 人参属不同片段熔解温度(Tm Table 3 Melting temperature(Tm) of different fragments of Panax species

图 2 人参属HRM分型结果 Figure 2 The results of HRM genotyping for Panax species
2.2 HRM分析

psbA-F/trnH-R引物对所有人参属共75份样品进行扩增,利用LightCycler 480 1.5.1软件分别选择2种方法进行数据分析:(1)熔解温度峰值法,人参属6个物种均为双峰,依其Tm值,人参、西洋参、三七、竹节参均能相互鉴别,而羽叶三七与珠子参由于两者的Tm值接近,Tm熔解过程相近,无法区分,见图 3-A;(2)HRM分型,人参、西洋参、三七、羽叶三七、竹节参、珠子参样品均获得准确的HRM分型结果和HRM归一化图(the normalized graph of HRM),见图 3-B;同时也可以将珠子参熔解曲线作为基线,得到衍生出来具有放大差异作用的HRM差异化图(the difference graph of HRM),见图 3-C

A.人参属熔解峰型图(the melting peaks for Panax species)B.人参属HRM归一化图(the normalized graph of HRM for Panax species)C.人参属HRM差异化图(the difference graph of HRM for Panax species) 图 3 人参属HRM高分辨率熔解曲线分析结果(psbA-trnH片段上) Figure 3 The results of HRM analysis for Panax species in psbA-trnH region
2.3 方法学考察 2.3.1 灵敏性与特异性

人参、西洋参、三七、竹节参、珠子参、羽叶三七人参属HRM分型结果均与实际结果一致,故其灵敏性与特异性均为100%。

2.3.2 重复性

为测试操作重复性,取1个人参属材料DNA,分成7份,使用psbA-F/trnH-R引物同时进行扩增,分析其HRM分型结果,计算其峰Tm值±标准差为(81.28±0.06)℃、(84.30±0.08)℃,RSD为0.08%和0.09%。为测试仪器稳定性,取1个人参属材料DNA,分成7份,使用psbA-F/trnH-R引物进行扩增,分7次连续进样,计算其峰Tm值±标准差为(81.30±0.06)℃、(84.33±0.09)℃,RSD为0.06%和0.09%。结果表明该方法重复性较高。

2.3.3 稳健性

为测试HRM鉴定的DNA浓度稳健性,以人参为例,取1个人参DNA,以ddH2O调整DNA质量浓度至200 ng·μL-1,以ddH2O梯度稀释,形成质量浓度为200、40、8、1.6、0.32 ng·μL-1的DNA浓度梯度,使用psbA-F/trnH-R引物进行扩增,每个反应重复3次,检测其分型结果准确性,以3个重复中至少有2个重复结果与实际结果一致判定为结果准确。结果表明,其DNA质量浓度稳健范围为1.6~200 ng·μL-1,如图 4。测试HRM分析方法,结果表明其退火温度稳健范围为54~60 ℃,其引物浓度稳健范围为0.1~0.3 μmol·L-1

图 4 不同模板浓度下的HRM分型 Figure 4 HRM genotyping for different concentrations of Panax species
2.3.4 线性关系与检出限

DNA浓度与对应的熔解峰荧光强度值进行线性回归,得到回归方程:

Y=12.893ln X+26.354 R2=0.914 6

线性范围为200~1.6 ng·μL-1。参考检出限定义(即空白样品荧光强度值与所得标准曲线斜率的比值的3倍),人参属HRM方法检出限为0.39 ng·μL-1

2.4 混伪品的检出

以人参和三七的混伪品为例,取人参和三七DNA样品各1份,以ddH2O调整质量浓度至50 ng·μL-1,将两者混合,使三七中人参DNA所占比例,形成100%、50%、25%、12.5%、0%的浓度比例,以psbA-F/trnH-R为引物扩增后进行HRM分型分析,记录对应各浓度比例样品的Tm值,分析其HRM分型结果。结果表明,混伪品与正品信号形成明显区别,从而可以对混伪品进行检测,如图 5-AC。针对人参和西洋参的混伪品,采用相同扩增方法,分析其HRM分型结果,如图 5-BD

图 5 不同人参属中药材不同比例混合的HRM分型 Figure 5 Panax species detected by HRM genotyping
3 讨论 3.1 HRM分析方法的比较

通过对熔解温度峰值法和HRM分型2个方法进行了分析和对比,可以看出熔解温度峰值法Tm值,虽然在操作重复性与仪器重复性具有较为稳定的表现,但是熔解曲线峰位置仍然是相对的,该位置在试剂、染料或者是模板DNA浓度变化后,位置也会发生相对变化,如图 6所示,但是HRM分型分析却不存在这样的问题,故而使用归一化分析进行HRM分型时具有更好的稳健性。另一方面,目的片段越短,HRM分型结果越准确[35],为提高HRM分析精确性,寻找较短,合适的DNA条形码序列,采用精密度更高的HRM分析仪器以及使用稳定性更好的饱和染料是一种可行的途径。

图 6 不同模板浓度对熔解峰的影响 Figure 6 Effect of DNA concentration on melting peaks
3.2 分子鉴定方法学检验的确立

在分子鉴定领域内新方法的提出,往往需要方法学的验证。方法学验证包括:(1)灵敏性与特异性。灵敏性是指待测样品中测试阳性与实际阳性结果之间的百分比,即阳性结果/(阳性+假阴性),特异性是所测样品中测试阴性与实际阴性结果之间的百分比,即阴性结果/(阴性+假阳性)。灵敏性的考察主要是避免假阴性结果的出现,特异性的考察主要是避免假阳性结果的出现;(2)重复性。如操作重复性,即同一的操作者在同一天内操作的结果的稳定性,与仪器重复性,即同一操作者在不同时期内的结果的稳定性;(3)稳健性,即条件发生微小改变时结果保持稳定的能力,包括分子鉴定关键条件的稳健性;(4)检出限,是方法和仪器灵敏度体现的重要指标之一。1998年,IUPAC发表的《分析术语纲要》(IUPAC Compendium of Analysis Nomenclature)中规定:检出限以浓度(或质量)表示,是指由特定的分析步骤能够合理地检测出的最小分析信号从而求得的最低浓度(或质量),并规定应通过实验以足够多(测定次数n≥20)的测定次数求出。参考分析方法验证的指导原则,检出限的测定可分为仪器的检出限(instrument detection limit,IDL)和方法检出限(method detection limit,MDL)2种。IDL是指分析仪器能够检测的被分析物的最低量或浓度,这个浓度与特定的仪器能够从背景噪音中辨别的最小响应信号相对,即是通过已知低浓度的被测物的检测信号与基线噪音比较,确定可被检测出的最小量或浓度(一般将信噪比为3:1或2:1的量或浓度作为检出限)。该方法主要用于仪器检出限的测量和判断。MDL是指在通过某一种分析方法的全部处理和测定过程后,被测定物质产生的信号能以99%置信度区别于空白样品而被测定出来的最低浓度。方法检出限与仪器检出限相似,但考虑了样品分析前所有制备过程的影响。分析方法的检出限不仅与仪器噪音有关,还取决于整个分析过程的误差总和,与样品性质、基质及预处理过程等都有关系[36];(5)混伪品的检出,即在正品样品中混入不同比例伪品样品时伪品的检出能力。对新建立的分子鉴定方法进行此类方法学验证才能保证方法的准确与可靠性,本文建立了人参属HRM分子鉴别方法,并对其灵敏性、特异性、重复性、稳健性、检出限和混伪品检出限进行了考察[37-39]

HRM分析方法不受样品DNA双链突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,且闭管操作避免污染,同时实验操作与后期数据分析简单、易懂。本文以HRM分析方法建立人参属物种为例,引入了方法学验证进入中药分子鉴定方法,为分子鉴定新方法的建立,提供了一套可行性评价系统。

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