杜仲(Eucommia ulmoides)是我国特有的珍贵孑遗树种，二倍体，雌雄异株，适生于年均温9~20 ℃、极端低温不低于-33 ℃、pH5.0~8.4的广大区域(杜红岩，2013)。杜仲的果、叶、皮均含有丰富的天然橡胶，可开发出橡胶弹性材料、热塑性和热弹性等用途的材料；此外，杜仲还是名贵的药用经济树种，具有强筋骨、补肝肾和轻身耐老功效(杜红岩，2013)。目前，从全国范围内收集的千余份杜仲种质资源由于引种资料匮乏等原因存在种质不清和重复收集等问题，含有一定程度的遗传冗余。另外，在杜仲栽培生产逐步向良种化发展的趋势下，一些栽培表现普通的种质面临淘汰和分布区进一步缩减的压力，存在种质灭失的风险。因此，通过构建核心种质，加强现有杜仲种质资源遗传多样性的利用和保护尤为必要。

植物种质资源是遗传改良的物质基础，随着物种多样性消失日益加剧，各国对遗传资源重要性的认知逐渐加深，相继建立了大量的种质资源库，截止2011年，全世界非原生境保存的植物收集品已达740万份(王述民等，2011)。但是种质资源的不断积累，也提高了种质资源的管理费用，增加了优异种质材料筛选和挖掘的难度。Frankel等(1984)提出核心种质的概念，用最少的资源数量和最小的遗传冗余最大限度地代表该物种最丰富的遗传多样性、结构及整个群体的地理分布。核心种质的构建为种质资源的深入评价和有效保护利用开辟了新的途径。早期构建核心种质大多采用形态及农艺性状数据，分子标记技术发明后，因其不受环境影响、精度高、稳定性好等优势，成为构建核心种质的主要手段。

目前已利用分子标记的方法在新疆野杏(Armeniaca vulgaris)(刘娟等，2015)、桂花(Osmanthus fragrans)(张维瑞等，2012)、葡萄(Vitis vinifera)(郭大龙等，2012)、柿(Diospyros kaki)(张艳芳，2010)、水稻(Oryza sativa)(王建成等，2007)等林木、花卉及农作物上建立了核心种质。本研究以887份杜仲资源为试验材料，利用9对基因组SSR引物，基于等位基因数最大化原则构建杜仲的核心种质，为杜仲种质资源的保护、利用、种质创新和建立育种群体提供依据。

试验材料为以嫁接方式保存在杜仲基因库内54个收集区的887份杜仲种质，不同材料收集区的样本数见表 1。将‘华仲1号’、‘华仲5号’-‘华仲12号’、‘华仲16号’-‘华仲18号’、‘大果1号’及‘密叶杜仲’、‘龙拐杜仲’、‘大叶杜仲’、‘小果杜仲’和‘红木杜仲’18个有特异表型或在生产中应用较广的种质作为必选材料(表 2)。于春季采集枝条顶端的幼叶装入自封塑料袋中，置于放有干冰的便携式冰箱，带回实验室超低温保存(-80 ℃)。

表 1 试验材料 Tab.1 Experimental materials

表 1 试验材料 Tab.1 Experimental materials 收集区编号 Collectioncode 样本数 Samplenumber 种质来源 Germplasm sources 1 15 安徽毫州Bozhou, Anhui 2 216 北京杜仲公园Eucommia Park, Beijing 3 12 北京清华大学Tsinghua University, Beijing 4 64 北京万泉河路Wanquanhe Road, Beijing 5 7 福建建阳Jianyang, Fujian 6 12 甘肃康县Kangxian, Gansu 7 10 广东乐昌Lechang, Guangdong 8 10 广西兴安Xing’an, Guangxi 9 22 贵州遵义Zunyi, Guizhou 10 36 河北安国Anguo, Hebei 11 9 河南鹤壁Hebi, Henan 12 10 河南开封Kaifeng, Henan 13 10 河南洛阳Luoyang, Henan 14 9 河南南阳Nanyang, Henan 15 13 河南汝阳Ruyang, Henan 16 5 河南三门峡Sanmenxia, Henan 17 35 河南商丘Shangqiu, Henan 18 13 河南新乡Xinxiang, Henan 19 8 河南郑州Zhengzhou, Henan 20 18 湖北神农架Shennongjia, Hubei 21 8 湖北武汉Wuhan, Hubei 22 28 湖南慈利Cili, Hunan 23 12 湖南株洲Zhuzhou, Hunan 24 14 吉林集安Ji’an, Jilin 25 17 江苏响水Xiangshui, Jiangsu 26 10 江西九连山Jiulianshan, Jiangxi 27 90 洛阳林科所Luoyang Research Institute of Forestry 28 10 日本东京Tokyo, Japan 29 8 日本岩手Iwate, Japan 30 11 山东青岛Qingdao, Shandong 31 11 山西运城Yuncheng, Shanxi 32 10 陕西安康Ankang, Shaanxi 33 14 陕西略阳Lüeyang, Shaanxi 34 12 上海Shanghai 35 16 四川广元Guangyuan, Sichuan 36 16 天津蓟县Jixian, Tianjin 37 11 新疆阿克苏Aksu, Xinjiang 38 6 新疆乌鲁木齐Urumqi, Xinjiang 39 6 新疆伊宁Yining, Xinjiang 40 4 云南盐津Yanjin, Yunnan 41 13 浙江杭州Hangzhou, Zhejiang 42 7 重庆沙坪坝Shapingba, Chongqing 43 1 河南许昌Xuchang, Henan 44 1 湖北郧西Yunxi, Hubei 45 1 江西龙南Longnan, Jiangxi 46 1 江西南昌Nanchang, Jiangxi 47 1 辽宁营口Yingkou, Liaoning 48 3 山东济南Jinan, Shandong 49 3 山东临淄Linzi, Shandong 50 2 山东青州Qingzhou, Shandong 51 3 陕西杨凌Yangling, Shaanxi 52 1 新疆喀什Kashi, Xinjiang 53 1 江苏南京Nanjing, Jiangsu 54 1 河南原阳Yuanyang, Henan

表 2 必选种质名单^① Tab.2 List of important samples

表 2 必选种质名单① Tab.2 List of important samples 种质编号 Sample code 收集区编号 Collection code 种质特征 Germplasm characteristics ‘华仲1号’ ‘Huazhong 1’ 43 良种。耐旱、耐寒、少病虫害。速生，雄花及杜仲皮产量高。Improved varieties. Cold, drought and insect tolerance, fast growing, high and stable yield of male flower and bark. ‘华仲5号’ ‘Huazhong 5’ 22 良种。耐旱、耐寒、少病虫害。速生，果实及杜仲皮产量高。Improved varieties. Cold, drought and insect tolerance, fast growing, high and stable yield of fruit and bark. ‘华仲6号’ ‘Huazhong 6’ 13 良种。少病虫害。果皮含胶量、种仁粗脂肪及α-亚麻酸含量高，早实、高产、稳产。Improved varieties. Insect tolerance, early fruit, high and stable yield of fruit. High content of rubber in peel, crude fat and α-linolenic acid in seed. ‘华仲7号’ ‘Huazhong 7’ 22 良种。果皮含胶量、种仁粗脂肪及α-亚麻酸含量高，早实、高产、稳产。Improved varieties. early fruit, high and stable yield of fruit. High content of rubber in peel, crude fat and α-linolenic acid in seed. ‘华仲8号’ ‘Huazhong 8’ 9 良种。果皮含胶量、种仁粗脂肪及α-亚麻酸含量高，早实、高产、稳产。Improved varieties. Early fruit, high and stable yield of fruit. High content of rubber in peel, crude fat and α-linolenic acid in seed. ‘华仲9号’ ‘Huazhong 9’ 44 良种。果皮含胶量、种仁粗脂肪及α-亚麻酸含量高，早实、高产、稳产。Improved varieties. Early fruit, high and stable yield of fruit. High content of rubber in peel, crude fat and α-linolenic acid in seed. ‘华仲10号’ ‘Huazhong 10’ 19 良种。果皮含胶量、种仁粗脂肪及α-亚麻酸含量高，是目前α-亚麻酸含量最高的良种。早实、高产、稳产。Improved varieties. Early fruit, high and stable yield of fruit. High content of rubber in peel, crude fat and the highest α-linolenic acid in seed. ‘华仲11号’ ‘Huazhong 11’ 27 良种。雄花产量高，速生、稳产，少病虫害。Improved varieties. Insect tolerance, fast growing, high and stable yield of male flower. ‘华仲12号’ ‘Huazhong 12’ 13 良种。特殊变异类型(叶片红色或紫红色)。少病虫害。Improved varieties and special variation type(red leaf), insect tolerance. ‘大果1号’ ‘Daguo 1’ 27 良种及特殊变异类型(果实大)。杜仲胶含量高，早实、高产、稳产，少病虫害。Improved varieties and special variation type(large fruit). Early fruit, high and stable yield of fruit, insect tolerance. High content of rubber in peel. ‘密叶’ ‘Miye’ 13 良种及特殊变异类型(叶片密生)，少病虫害。Improved varieties and special variation type(high leaf density), insect tolerance. ‘华仲16号’ ‘Huazhong 16’ 10 良种。速生，高产、稳产，耐旱、耐寒。Improved varieties. Cold and drought tolerance, fast growing, high and stable yield of fruit. ‘华仲17号’ ‘Huazhong 17’ 4 良种。耐旱、耐寒。果皮含胶量、种仁粗脂肪及α-亚麻酸含量高，早实、高产、稳产。Improved varieties. Early fruit, high and stable yield of fruit. High content of rubber in peel, crude fat and α-linolenic acid in seed. ‘华仲18号’ ‘Huazhong 18’ 17 良种。耐旱、耐寒。果皮含胶量、种仁粗脂肪及α-亚麻酸含量高，早实、高产、稳产。Improved varieties.Cold and drought tolerance, early fruit, high and stable yield of fruit. High content of rubber in peel, crude fat and α-linolenic acid in seed. ‘龙拐’ ‘Longguai’ 13 特殊变异类型(枝条规律性左右曲折)。Special variation type (branch zigzag regularly). ‘大叶’‘Daye’ 11 特殊变异类型(叶片大)。Special variation type (large leaf area). ‘小果’‘Xiaoguo’ 27 特殊变异类型(果实小)。Special variation type (small fruit). ‘红木’‘Hongmu’ 54 特殊变异类型(木材心材呈红色)。Special variation type (red heartwood). ①收集区编号对应的收集区见表 1。下同。Collection areafor each collection codeis shown in Tab. 1. The same below.

DNA提取按天根生化科技有限公司生产的DP320离心柱型植物基因组DNA提取试剂盒说明书进行。提取结束后，取1 μL DNA产物，用超微量紫外可见光光度计P330测量记录DNA浓度及纯度，再取2 μL DNA产物与6×Loading buffer混匀后，用1.2%的琼脂糖凝胶电泳检测。根据已报道的杜仲基因组SSR引物，筛选出扩增产物多态性高、重复性好的9对引物(表 3)用于887份杜仲种质的分子生物学分析。

表 3 9对SSR引物信息 Tab.3 The information of nine SSR primers

表 3 9对SSR引物信息 Tab.3 The information of nine SSR primers 引物 Primer 重复单元 Repeat motifs SSR类型 SSR type 正向引物 Forward primer sequence(5′—3′) 反向引物 Reverse primer sequence(5′—3′) 退火温度 Annealing temperature(Tm)/℃ 产物范围 Product size/bp GEU026 (ATTCCTA)6 p7 CAGCCACTCAATACCGAATC CACCAGAGGCACAAGCATAA 60 152~194 GEU045 (GATA)11 p4 CATCGTCATTCTTCTCCTTGC CACGACACACTGAAGATCCA 58 233~301 GEU053 (TTTAAAA)6 p7 GGTATGAGCATGAACGATGG AACTTCTTCGGTCAACCTTGT 57 195~251 GEU150 (ATATAC)8 p6 CGCACCGAAGCATAGAACTT CATGGCAATGCAAGCTAGAC 60 250~304 GEU155 (TAC)15 p3 CTGCCGATTCTCAGCCTATG TTCGTGCACTTGCGAGTATT 60 214~250 GEU158 (GCCATC)8 p6 TCTCCAAGCTACACGCAATG CTCCACAGTCCATTCAACGA 60 70~154 GEU191 (TCT)12 p3 CCAATCTACGAAGTTGCCAAG TTGACCGAAGCACTAGGTGA 60 125~164 GEU219 (AAC)10 p3 ATCGATCTGAAGGCGTGATT ATGGTCCTTGATCGCTCATT 60 208~247 GEU271 (AGA)11 p3 TGCTCTCCTGCTAACTGCAA GGTGCGAACAGAGAATCGTC 60 142~172

引物合成及SSR检测由北京金唯智生物科技有限公司完成。SSR反应体系照参吴敏(2014)的反应体系。荧光PCR产物用ABI3730测序仪进行毛细管电泳检测，经Gene-Mapper软件分析。湖南株洲群体(23)中10003C种质基于9对引物的毛细管电泳检测结果(图 1)表明，扩增的目的片段清晰、准确、可靠。其中GEU045引物的结果呈现双峰现象，可能是由于PCR循环结束后，延伸时间不够长或延伸温度不够高，导致大部分扩增片段未能添加上额外的腺苷酸(+A)，从而产生的分裂峰，而非四倍体材料或非特异扩增。该现象可以通过优化扩增条件体系(如提高终延伸温度、增加终延伸时间或选择高质量的Taq酶)加以改善，但由于毛细管电泳的信号正常，峰形也在可判读范围内，从检测结果的各项指标来看可以用于后续分析，所以未进行重新检测消除该分裂峰，而是统一选择荧光值高的片段作为毛细管电泳检测的最终结果。

图 1 湖南株洲群体10003C样品基于9对PCR引物扩增的毛细管电泳检测结果 Figure 1 Capillary electropherogram of 10003C from Zhuzhou, Hunan population amplified by nine primers

1) 提出必选材料名单    根据现有资料和长期观测的结果，将曾在生产上大面积使用的、在育种中起过重要作用的、有独特利用价值的种质作为必选材料(董玉琛等，2003)。

2) 核心种质的获得    采用不分组的方法，把所有种质作为整体构建核心种质。将887份资源的毛细管电泳检测结果输入Power Core软件中，基于等位基因数最大化原则运算获得核心种质(Kim et al., 2007)。原始种质扣除核心种质后剩余的种质作为保留种质。

3) 核心种质的代表性检验    核心种质构建完成后，通过比较核心种质、保留种质、原始种质之间的遗传多样性参数及其保留比例，结合各群体相关遗传参数t检验法检验核心种质的代表性。

4) 核心种质的确认    核心种质经代表性检验后，采用主坐标分析法(PCoA)生成核心种质、原始种质样品在主坐标中的分布图，对核心种质作进一步确认。

选择9个SSR位点检测到的全部等位基因数(n)、平均等位基因数(N_a)、平均有效等位基因数(N_e)、平均Shannon指数(I)、平均Nei’s遗传多样性指数(H)、平均基因型数(N_g)、平均多态信息含量(PIC)及以上7个参数的保留比例作为验证核心种质对原始种质代表性的评价参数。PIC通过公式PIC=1-∑f_ij计算，式中，f_ij为第i个位点第j个等位基因出现的频率(Botstein et al., 1980)。其余6个遗传参数通过GenAlex6.5软件和PowerCore软件计算。评价标准：等位基因的保留比例需大于70%，其他遗传参数越大越好(Brown，2011；Franco et al., 2006；张艳芳，2010)。用SPSS16.0软件对核心种质、保留种质和原始种质的群体遗传参数进行t检验，二者差异不显著，说明构建的核心种质具有代表性。利用NTSYS-2.10e软件计算SM相似系数和进行PCoA分析，生成核心种质和原始种质在主坐标上的样品分布图，二者的分布结构越相似，构建的核心种质代表性越好。

887份原始材料在Power Core软件运算得到包含18份必选材料在内的189份核心种质，取样比例为21.3%。由原始种质、核心种质、保留种质的遗传多样性结果(表 4)可知，887份种质在9个SSR位点上共扩增出107个等位基因(n)，每个位点的平均等位基因数(N_a)、平均有效等位基因数(N_e)、平均Shannon指数(I)、平均Nei’s遗传多样性指数(H)、平均基因型数(N_g)和平均多态信息含量(PIC)分别为11.889、5.096、1.812、0.925、46.889和0.795。核心种质包含了原始种质21.3%的样品，但保存了原始种质100%的等位基因(n)和基因型(N_g)，对其他5个遗传多样性参数(N_a、N_e、I、H、PIC)的保留比例分别为100%、116.5%、108.7%、101.5%、103.3%。保留种质包含了原始种质78.7%的样品，保存了原始种质86.9%的等位基因(n)，对其他6个遗传多样性参数(N_a、N_e、I、H、N_g、PIC)的保留比例分别为86.9%、95.7%、96.7%、99.4%、77.0%、99.0%。根据等位基因保留比例需大于70%，其他遗传参数越大越好的评价标准(Mckhann et al., 2004; Ronfort et al., 2006)，本研究构建的核心种质各个遗传参数较优，符合核心种质的要求。

表 4 原始种质、核心种质和保留种质的遗传多样性比较^① Tab.4 Comparison of the genetic diversity between total collection, core collection and reserve collection

表 4 原始种质、核心种质和保留种质的遗传多样性比较① Tab.4 Comparison of the genetic diversity between total collection, core collection and reserve collection 种质Collection N n Na Ne I H Ng PIC 原始种质Total collection 887 107 11.889 5.096 1.812 0.925 46.889 0.795 核心种质Core collection 189 107 11.889 5.937 1.970 0.939 46.889 0.821 (保留比例Percentage of reserve, %) (21.3) (100) (100) (116.5) (108.7) (101.5) (100) (103.3) 保留种质Reserve collection 698 93 10.333 4.877 1.753 0.919 36.111 0.787 (保留比例Percentage of reserve, %) (78.7) (86.9) (86.9) (95.7) (96.7) (99.4) (77.0) (99.0) ①N：样本数；n：等位基因数；Na:平均等位基因数；Ne：平均有效等位基因数；I：平均Shannon指数；H：平均Nei’s遗传多样性指数；Ng：平均基因型数；PIC：平均多态信息含量。下同。N: Sample number; n: Number of allele; Na: Average number of allele; Ne: Average effective number of allele; I: Average Shannon’s information index; H: Average Nei’s diversity index; Ng: Average genotype number; PIC: Average polymorphism information content. The same below.

为进一步验证核心种质对原始种质的代表性，将核心种质和保留种质对原始种质在9个SSR位点上的平均等位基因数(N_a)、平均有效等位基因数(N_e)、平均Shannon指数(I)、平均Nei’s遗传多样性指数(H)、平均基因型数(N_g)、平均多态信息含量(PIC)进行t检验(表 5)，结果表明，核心种质、保留种质的6个遗传多样性参数与原始种质相比在0.01水平上差异不显著，说明构建的核心种质具有很好的代表性。

表 5 核心种质、保留种质与原始种质的t检验^① Tab.5 t-test result between total collection, core collection and reserve collection

表 5 核心种质、保留种质与原始种质的t检验① Tab.5 t-test result between total collection, core collection and reserve collection 评价参数 Evaluation parameters 均值 Mean 标准差 Std.deviation 标准误 Std.error 平均差 Meandifference 均差标准差 Std. error difference F t 原始种质:Na Total collection:Na 11.890 2.759 0.920 核心种质:Na Core collection:Na 11.890 2.759 0.920 0.000 1.301 1.000 1.000 保留种质:Na Reserve collection:Na 10.330 2.784 0.928 1.556 1.306 0.935 0.251 原始种质:Ne Total collection:Ne 5.096 1.072 0.357 核心种质:Ne Core collection:Ne 5.937 1.550 0.517 -0.841 0.628 0.071 0.199 保留种质:Ne Reserve collection:Ne 4.877 0.964 0.321 0.218 0.480 0.649 0.656 原始种质:I Total collection:I 1.812 0.219 0.073 核心种质:I Core collection:I 1.970 0.262 0.087 -0.159 0.114 0.418 0.182 保留种质:I Reserve collection:I 1.753 0.204 0.068 0.059 0.100 0.757 0.562 原始种质:H Total collection:H 0.925 0.283 0.009 核心种质:H Core collection:H 0.939 0.258 0.009 -0.014 0.013 0.922 0.285 保留种质:H Reserve collection:H 0.919 0.029 0.010 0.006 0.014 0.926 0.682 原始种质:Ng Total collection:Ng 46.890 17.047 5.682 核心种质:Ng Core collection:Ng 46.890 17.047 5.682 0.000 8.036 1.000 1.000 保留种质:Ng Reserve collection:Ng 36.110 11.667 3.889 10.778 6.886 0.131 0.137 原始种质:PIC Total collection:PIC 0.795 0.046 0.015 核心种质:PIC Core collection:PIC 0.821 0.048 0.016 -0.026 0.022 0.641 0.263 保留种质:PIC Reserve collection:PIC 0.787 0.046 0.015 0.008 0.022 0.890 0.712 ①t0.05=1.960 0; t0.01=2.575 8.

核心种质与保留种质基于6个遗传多样性参数的t检验结果表明二者在0.01水平上差异不显著(表 6)，说明所构建的核心种质不仅有效反映了原始种质的遗传多样性，也没有显著影响保留种质的遗传多样性。从表 6还可以看出，核心种质的6个遗传多样性评价参数均高于保留种质，在建立杜仲育种群体时应该优先使用核心种质。

表 6 核心种质与保留种质的t检验^① Tab.6 t-test result between core collection and reserve collection

表 6 核心种质与保留种质的t检验① Tab.6 t-test result between core collection and reserve collection 评价参数 Evaluation parameters 均值 Mean 标准差 Std.deviation 标准误 Std.error 平均差 Meandifference 均差标准差 Std. error difference F t 核心种质:Na Core collection:Na 11.890 2.759 0.920 保留种质:Na Reserve collection:Na 10.330 2.784 0.928 1.556 1.306 0.935 0.251 核心种质:Ne Core collection:Ne 5.937 1.550 0.517 保留种质:Ne Reserve collection:Ne 4.877 0.964 0.321 1.060 0.609 0.029 0.105 核心种质:I Core collection:I 1.970 0.262 0.087 保留种质:I Reserve collection:I 1.753 0.204 0.068 0.218 0.111 0.269 0.067 核心种质:H Core collection:H 0.939 0.258 0.009 保留种质:H Reserve collection:H 0.919 0.029 0.010 0.020 0.013 0.843 0.148 核心种质:Ng Core collection:Ng 46.890 17.047 5.682 保留种质:Ng Reserve collection:Ng 36.110 11.667 3.889 10.778 6.886 0.131 0.137 核心种质:PIC Core collection:PIC 0.821 0.048 0.016 保留种质:PIC Reserve collection:PIC 0.787 0.046 0.015 0.034 0.022 0.551 0.145 ①t0.05=1.960 0; t0.01=2.575 8.

利用主坐标分析法(PCoA)对构建的核心种质进行确认。主坐标分析法是研究数据相似性或差异性的可视化方法，通过一系列的特征值和特征向量进行排序后，找到距离矩阵中最主要的坐标，其结果是数据矩阵的一个旋转，并不改变样品点之间的相互位置关系，通过PCoA可以观察个体或群体间的差异(Jiang et al., 2013)。采用主坐标分析法(PCoA)查看核心种质样品在原始种质样品中的分布情况(图 2)，结果表明：核心种质均匀分布在整个主坐标图中，较好地反映了原始样品在主坐标中的分布情况，说明所构建的核心种质具有很好的代表性。

图 2 核心种质和保留种质的主坐标分布 Figure 2 Principal coordinates plots of core collection and reserve collection

数据选择。常用的构建核心种质的数据主要是形态标记数据和分子标记数据(王建成等，2008；杨汉波等，2017)。对多年生的杜仲而言，要准确测量其相关的表型数据往往需要多年的持续观测，尤其是叶、花、果和产量等经济性状数据，还需要种质保存地的立地条件、栽植年份、抚育措施等尽可能一致，以减小因环境因素引起的表型差异。因此，表型数据较难收集且易受环境等因素的影响，构建核心种质的准确性相对分子标记数据要差。分子标记以DNA多态性为基础，通常不具生物功能活性，不会或极少受植物生长期和外界环境的影响，较形态标记更适合构建核心种质和遗传多样性评价(刘新龙等，2014；杨汉波等，2017)。SSR标记是多态性最高的遗传标记之一，在基因组中分布着大量的简单重复序列，且同一个位点上重复序列的数量变化很大。因此，本研究选用9对多态性较高的SSR引物，基于等位基因数最大化策略获得189份杜仲核心材料，对杜仲资源深入研究和利用具有重要意义。

种质分组。分组的目的是为了保证取样的代表性和反映不同条件下的遗传多样性差异。在核心种质构建过程中，常将种质材料按照地理起源、植物学分类、生态区等进行分组，在分组的基础上构建核心种质(郑轶琦等，2014；李秀兰等，2013)。也有采用不分组的方法，如van Hintum等(1994)为避免具有共同亲本的种质同时选入核心种质，提出了系谱法；Hu等(2000)为避免在聚类图上选择划分切点的困难，提出了逐步聚类法；Wang等(2007)提出了最小距离逐步聚类法。杜仲是地质史上残留下来的孑遗植物，现存杜仲仅一属一种。我国历史上对杜仲的栽培利用较早，2 000多年来不同地区之间相互引种的情况一直存在。长期相互引种使杜仲地理多样性和遗传多样性的关系逐渐变得模糊，材料间地理起源的差异已不能反映其在遗传及形态上的差异。因此，常见的按植物学分类、地理起源、生态区、品种分类体系等分组的方法并不适用于杜仲分组，本研究采用了不分组的方法，将所有参试群体作为整体构建核心种质，以等位基因数最大化为标准构建杜仲的核心种质，最终用189份种质保存了887份原始材料中检测到的全部的等位基因，达到了精简杜仲基因库的目的。

构建方法。自核心种质的概念被提出以来，很多学者对其构建方法给出了不同的建议，如等位基因数目最大化法(张艳芳，2010)、基于遗传距离的聚类法(何建文等，2015)、稀有等位基因优先法(刘娟等，2015)等。迄今为止，等位基因数最大化法是其中最具优势的一种方法，已在一些模式植物和农作物的核心种质构建过程中被采用，如拟南芥(Arabidopsis thaliana)(Brown，2011)、葡萄(郭大龙等，2012)等。此策略的最大优点在于能够保存遗传多样性最为丰富的种质资源，满足分类学家和遗传学家的需要(Marita et al., 2000)。Power Core软件基于等位基因数目最大化策略构建核心种质的有效性已在葡萄、柿等作物和林木上得到验证和应用(郭大龙等，2012；张艳芳，2010)。因此，本研究采用等位基因数最大化法在Power Core软件中获得杜仲核心种质，核心种质对原始种质中7个遗传参数的保留比例均在100%及以上，保留效果较好。

评价参数及代表性检验。代表性是核心种质最重要的性质，常用的核心种质遗传多样性评价参数有：等位基因数、基因型数、Shannon多样性指数和Nei’s基因多样性指数。等位基因数被认为是最相关的指标(Mousadik et al., 1996; Petit et al., 1998)，等位基因数最大化意味着保存了遗传多样性最为丰富的种质资源。王建成等(2007)在研究水稻核心种质的评价参数时认为平均Shannon多样性指数、平均多态信息含量和平均Simpson指数是评价核心种质代表性的重要参数。也有学者将多态位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数等参数用于核心种质的遗传多样性评价(李谋强等，2015)。综合前人的研究结果，本研究选择等位基因数、平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均Shannon多样性指数、平均Nei’s基因多样性指数、平均基因型数和平均多态信息含量7个参数及其保留比例作为核心种质代表性的评价参数，结合不同群体相关遗传参数的t检验法和主坐标分析法(PCoA)对构建的核心种质代表性进行验证和确认，效果较好。保留比例是核心种质各个遗传参数占原始种质各个遗传参数的百分比(赵冰，2008；张艳芳，2010)。本研究中，核心种质和原始种质基于9个SSR位点的等位基因数、平均等位基因数、平均基因型数3个参数的保留比例为100%；平均有效等位基因数、平均Shannon指数、平均Nei’s遗传多样性指数、平均多态信息含量4个参数的保留比例大于100%，这主要是由于群体内样本数和等位基因频率改变引起的。这些遗传参数均基于等位基因频率按不同的方法估算获得，用于度量不同群体(原始种质、核心种质、保留种质)在多样性上的遗传冗余情况，而核心种质的构建过程是一个减少出现频率高的等位基因、增加稀有等位基因比例的过程，在去除遗传冗余的过程中，各等位基因频率的不规律增减易导致相应遗传多样性参数保留比例大于100%，这一现象在新疆野杏(刘娟等，2015)、蜡梅(Chimonanthus praecox)(赵冰，2008)、柿(张艳芳，2010)和桂花(张维瑞等，2012)等的核心种质构建中均存在。根据等位基因保留比例需大于70%，其他遗传参数越大越好的评价标准(Mckhann et al., 2004; Ronfort et al., 2006)，在等位基因没有丢失的情况下，本研究构建的核心种质各个遗传参数较优，符合核心种质的要求，对原始种质的遗传多样性保留效果较好。

887份杜仲种质资源基于等位基因数目最大化原则得到189份核心种质，包含了原始种质21.3%的样品，保存了原始种质100%的等位基因和基因型。核心种质与原始种质、保留种质的6个遗传多样性参数(平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均Shannon多样性指数、平均Nei’s基因多样性指数、平均基因型数和平均多态信息含量)经t检验，在0.01水平上差异不显著；主坐标分析也表明，核心种质与原始种质在分布图上有着相似的分布结构。以上说明构建的核心种质具有很好的代表性，可为杜仲优异基因资源发掘、育种群体建立和新品种选育提供参考，获得的189份核心种质可用于营建杜仲核心种质保存库。