林业科学  2017, Vol. 53 Issue (4): 96-104   PDF    
DOI: 10.11707/j.1001-7488.20170411
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文章信息

张琴, 莫有迪, 张亚波, 舒金平, 王浩杰, 吴鸿
Zhang Qin, Mo Youdi, Zhang Yabo, Shu Jinping, Wang Haojie, Wu Hong
基于线粒体COⅠ基因的竹笋夜蛾亲缘关系
Genetic Relationship of Shoot-Boring Noctuids Based on Mitochondrial Cytochrome Oxidase Ⅰ Gene
林业科学, 2017, 53(4): 96-104.
Scientia Silvae Sinicae, 2017, 53(4): 96-104.
DOI: 10.11707/j.1001-7488.20170411

文章历史

收稿日期:2015-05-14
修回日期:2016-12-07

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张琴
莫有迪
张亚波
舒金平
王浩杰
吴鸿

基于线粒体COⅠ基因的竹笋夜蛾亲缘关系
张琴1,2, 莫有迪3, 张亚波1, 舒金平1, 王浩杰1, 吴鸿1    
1. 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 富阳 311400;
2. 杭州市林业科学研究院 杭州 311300;
3. 广东省肇庆市怀集县林业局 肇庆 526400
摘要:【目的】基于mtDNA COⅠ基因探究竹笋夜蛾的亲缘关系,以确定其分类地位,为系统进化轨迹提供分子理论基础。【方法】以分布于浙江杭州周边竹子产区的4种竹笋夜蛾为研究对象,使用通用引物分别克隆4种竹笋夜蛾线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ)基因5'端709 bp片段序列,通过构建系统进化树,分析4种竹笋夜蛾亲缘关系。【结果】1)4种竹笋夜蛾遗传距离较小;2)与比对昆虫相比,4种竹笋夜蛾同属一个进化群,分支支持率达到100%。【结论】4种竹笋夜蛾亲缘关系接近,除萨夜蛾外,建议将其他3种竹笋夜蛾归为一个属。4种竹笋夜蛾形态差异较小,生态习性相似,分布区域基本一致,可作为理想的同域物种进化研究素材。本研究可为4种竹笋夜蛾分类地位的确定提供初步分子基础,同时可为竹笋夜蛾DNA条形码鉴定提供理论基础。
关键词:竹笋夜蛾    COⅠ基因    序列比较    亲缘关系    
Genetic Relationship of Shoot-Boring Noctuids Based on Mitochondrial Cytochrome Oxidase Ⅰ Gene
Zhang Qin1,2, Mo Youdi3, Zhang Yabo1, Shu Jinping1 , Wang Haojie1, Wu Hong1    
1. Research Institute of Subtropical Forestry, CAF Fuyang 311400;
2. Hangzhou Academy of Forestry Hangzhou 311300;
3. Huaiji Forestry Bureau of Zhaoqing, Guangdong Province Zhaoging 526000
Abstract: 【Objective】The bamboo shoot-boring noctuid is a joint name for several species of moths which are hamful to bamboo shoot stage in southern China. There are four dominant species that have sympatric distribution and the same host. Their biological and ecological characteristics are similar. However, the classification status and evolutionary approach are still controversial. To determine their classification status and provide a molecular theory foundation for the system evolution, their genetic relationship was studied in the paper.【Method】The bamboo shoot borers, distributing in the bamboo production areas surrounding in Hangzhou, Zhejiang Province, were used as the research object, and four 709 bp segments of cytochrome C oxidase subunit Ⅰ(COⅠ) gene were cloned, using universal primers, from mitochondrial DNA of different bamboo shoot borers' individuals and compared with homologous sequences from other lepidopterous insects to analyze their base composition characteristics and the genetic relationship for accurate identification of bamboo shoot borers at molecular level by building system evolutionary trees.【Result】1) The results indicated that the genetic distance between the four kinds of bamboo shoot borers was small.2) Three phylogenetic trees showed that they got 100% support on the branch.【Conclusion】The four bamboo shoot borers have closed genetic relationship, among which three species can be classified into one genus except Sapporia repetita.Furthermore, the four kinds of bamboo shoot borers could be used as ideal samples for sympatric speciation research for its similarity in body and habits and distribution.This study provides preliminary molecular basis for the genetic relationship and DNA barcoding technology of the 4 kinds of bamboo shoot moths at the same time.
Key words: shoot-boring noctuids    mitochondrial cytochrome oxidaseⅠgene    sequence comparison    genetic relationship    

竹笋夜蛾属鳞翅目 (Lepidoptera) 夜蛾科 (Noctuidae),是竹子笋期的主要害虫之一。竹笋夜蛾钻蛀取食竹笋,活动场所隐蔽,且幼虫期较长,竹笋被危害严重时,被害率高达95%以上。被害竹笋能生长成竹者,亦为断头、折梢、虫孔累累、材质硬脆,竹材利用率低 (徐天森,1962徐天森等,2004)。被害竹林大量退笋,使竹林日趋退化,影响笋用林产业的发展 (胡正坚等,1992梁光红等;2003Yoshimatsu et al., 2005舒金平等,2012叶碧欢等,2014)。在我国,研究报道的竹笋夜蛾主要有基夜蛾 (Kumasia kumaso)、竹笋禾夜蛾 (Oligia vulgaris)、笋秀夜蛾 (Apamea apameoides) 和萨夜蛾 (Sapporia repetita)(徐天森等,2004舒金平等,2012)。这4种竹笋夜蛾均钻蛀取食竹笋,属寡食性昆虫,生活史极其相似,生态位严重重叠,在时间、空间和营养等资源利用上存在激烈竞争 (罗梅浩等,2002黄琼瑶等,2009),且在同一地区均有分布 (黄焕华等,2003)。此外,4种竹笋夜蛾成虫体色差异小,大小接近,实际生产生活中难以区分,人们常将其混淆,统称为竹笋夜蛾,导致研究和生产防治中对象模糊,目标不清。

传统昆虫分类学对这4种竹笋夜蛾的分类一直存在争议,拉丁学名一再变更,属的归属难以确定 (徐天森等,2004)。例如:基夜蛾,曾用名淡竹笋夜蛾,其拉丁学名曾为Apamea(秀夜蛾属)kumaso(Sugi)(朱弘复,1964Inoue et al, 1982陈一心,19851992);笋秀夜蛾,曾用名笋秀禾夜蛾,其拉丁学名曾为Oligia(禾夜蛾属)apameoidis(Draudt)(陈一心,1985);竹笋禾夜蛾,曾用名竹笋夜蛾,其拉丁学名曾为Polydesma(纷夜蛾属)vulgaris(Butler)、Oligia vulgaris(Hampson)、Bambusiphila vulgaris(Sugi)(朱弘复,1964Inoue et al., 1982陈一心,1985; 1992);萨夜蛾,曾用名笋连秀夜蛾,其拉丁学名曾为Apamea(秀夜蛾属)repetita(Butler)、Trachea(陌夜蛾属)repetita(Hampson)、Apamea(秀夜蛾属)repetita(Chen)、Sapporia(萨夜蛾属)repetita(Sugi)(Inoue et al., 1982陈一心,19851992)。在研究中更显混乱,竹笋夜蛾的学名难以统一。

随着分子生物学的快速发展,基于DNA所携带的遗传信息进行生物分类已逐渐成为研究热点。其中,昆虫线粒体基因组中细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ) 基因序列因既具有高度保守序列,又具有足够变异位点的特性,被广泛用于昆虫分类、种群和进化关系研究 (Lunt et al., 1996)。2002年,德国进化生物学家Tautz等首先提出将DNA作为生物分类研究平台的观点,即以DNA序列为基础建立物种鉴定体系 (Tautz et al., 2003)。2003年,加拿大学者Hebert等提出建立DNA条形码鉴定系统,即以线粒体细胞色素氧化酶亚基I (COⅠ) 基因5′端648 bp的序列多样性为基础进行物种鉴定。Hebert等 (2003)还发现这段序列在鳞翅目200个近缘种中鉴定的成功率为100%。本研究针对4种竹笋夜蛾近缘种生物学和生态学特性相似、分类地位上存在争议的问题,克隆4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因5′端709 bp片段系列,通过构建系统进化树,分析其亲缘关系,为其进一步明确其分类地位提供分子理论基础。

1 材料与方法 1.1 供试虫源

2013年4月—2014年4月,在浙江省安吉市竹博园和富阳竹子产区采集4种供试竹笋夜蛾幼虫各200头,室内饲养至成虫羽化,拍照,搜集活体成虫浸泡于无水乙醇中,-20 ℃保存备用。

1.2 试验材料

TAKALA MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit VER.5.0试剂盒,TaKaRa MiniBest DNA Fragment Purification Kit Ver 3.0试剂盒,PMD-19-T载体,大肠杆菌 (Escherichia coli)感受态细胞,其中扩增4种竹笋夜蛾的线粒体COⅠ基因所用引物来自通用引物 (Folmer et al., 1994):

L1490-5’-GGTCAACAAATCATAAAGATATT G-3’;

H2198-5’-TAAACTTCAGGGTGACCAAAA AA T-3’。

引物由生工生物工程 (上海) 股份有限公司合成。

1.3 试验方法 1.3.1 4种竹笋夜蛾总基因组DNA的提取

分别选取4种竹笋夜蛾成虫样本,按照TAKALA MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit VER.5.0试剂盒操作步骤提取4种竹笋夜蛾总基因组DNA。产物经1%琼脂糖凝胶进行检测,使用紫外成像系统对电泳条带进行观察和拍照。

1.3.2 4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因的扩增

以提取到的竹笋夜蛾总基因组DNA为模板,引物为上述通用引物,按照如下反应体系和反应条件对4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因进行扩增。反应体系为:25 μL,其中上下游引物各1 μL,10×扩增缓冲液2.5 μL,4种dNTP混合物2 μL,DNA模板5 μL,Taq DNA聚合酶0.3 μL,ddH2O 13.2 μL。反应条件为:预变性94 ℃ 2 min,变性94 ℃1 min,退火50 ℃1 min,延伸72 ℃1 min,进行35个循环。取3 μL PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,使用紫外成像系统对电泳条带进行观察和拍照。

1.3.3 4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因PCR产物纯化、克隆和测序

产物经电泳后,按照TaKaRa MiniBest DNA Fragment Purification Kit Ver 3.0试剂盒操作步骤对4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因PCR产物进行纯化,纯化的PCR产物与PMD-19-T载体进行连接反应,16 ℃过夜。将连接反应的产物转化至大肠杆菌JM109感受态细胞,待菌落长出来后,挑选单个阳性菌落进行菌落PCR验证,鉴定重组质粒。测序公司为生工生物工程 (上海) 测序部,要求双向测通并进行拼接。

1.3.4 数据处理

利用MEGA 5.0软件分析4种竹笋夜蛾的碱基组成、结构特点、碱基替换模式和遗传距离等特性。登录NCBI对4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因进行同源性搜索,选取其他21条 (15属21种) 线粒体COⅠ基因 (表 1) 的氨基酸序列,分别采用邻接法 (NJ)、最大简约法 (ML) 和最大似然法 (MP) 构建系统发育树。分析其系统进化关系,其中NJ法选用的模型是P-Distance。所有方法均运用Bootstrap检验重复,抽样1 000次,其余参数为默认。

表 1 21种蛾类昆虫COⅠ基因信息 Tab.1 Information of COⅠ genes of 21 noctuid insects
2 结果与分析 2.1 4种竹笋夜蛾成虫形态特征

图 1可知,4种竹笋夜蛾成虫形态基本接近,主要区别在于其体色和斑纹。4种竹笋夜蛾成虫形态相关指标见表 2

图 1 4种竹笋夜蛾成虫形态 Fig.1 Adult morphological characteristic of 4 bamboo shoot-boring noctuids
表 2 4种竹笋夜蛾成虫形态特征 Tab.2 Adult morphological characteristic of 4 bamboo shoot-boring noctuids
2.2 4种竹笋夜蛾COⅠ基因目的片段序列的克隆与鉴定

对4种竹笋夜蛾COⅠ基因片段克隆产物进行电泳检测,每个扩增产物均出现1条700 bp左右的特异性条带 (图 2),与试验目的相符。样品经测序公司测序拼接后,获得4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段碱基序列,每个样品重复测序3次,结果相同,长度均为709 bp (登录号分别为基夜蛾KR780071、萨夜蛾KR780072、竹笋禾夜蛾KR780073、笋秀夜蛾KR780074)。将该片段序列在NCBI上进行同源性搜索,结果同比对的夜蛾科中Noctua atlantic(AY600452.1) 等昆虫的线粒体COⅠ基因序列相似度极高 (94%以上)。

图 2 竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因克隆阳性菌落PCR电泳 Fig.2 MtDNA COⅠgene's positive colony PCR electrophoregram of bamboo shoot borers
2.3 4种竹笋夜蛾及其比对昆虫mtDNA COⅠ基因片段的序列特征

4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段碱基序列同源性达98.2%。在4种竹笋夜蛾样本mtDNA COⅠ基因709 bp序列片段中,多态性位点为30个,仅占整个序列的4.2%,与其他物种同源基因序列进行碱基比对发现,获得的4条样本基因片段均为编码区序列,并且没有碱基插入和缺失。氨基酸序列比对发现,4种竹笋夜蛾的mtDNA COⅠ基因片段均从第3个碱基开始翻译,无移码现象,编码235个氨基酸,同源性高达99.89%,其中仅萨夜蛾第162个氨基酸与其他3种夜蛾不同,其余3种夜蛾氨基酸片段完全相同。

2.4 4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段的遗传变异分析

使用MEG5.0软件计算4种竹笋夜蛾及其比对昆虫mtDNA COⅠ基因序列的遗传距离,计算模型为p-Distance。结果表明,笋秀夜蛾与基夜蛾间的遗传距离为0.014,与竹笋禾夜蛾间的遗传距离为0.006,与萨夜蛾间的遗传距离为0.069;基夜蛾与竹笋禾夜蛾间的遗传距离为0.008,与萨夜蛾间的遗传距离为0.067;竹笋禾夜蛾与萨夜蛾间的遗传距离为0.063(表 3)。4种竹笋夜蛾中,除了萨夜蛾与其他3种夜蛾的种间遗传距离较大,大于所有比对昆虫的平均种间距离外,其他3种种间遗传距离均较小,与比对昆虫的种内距离相近。

表 3 4种竹笋夜蛾种间遗传距离 Tab.3 Interspecific genetic distance between the our kinds of bamboo shoot borers

4种竹笋夜蛾及其比对昆虫的碱基替换模式为:Ts >Tv,R值为12.6(表 4)。TC间发生碱基转换次数最多,达16次,占替换总数 (19) 的84.2%;TA发生碱基颠换次数最多,达13次,占颠换总数 (16) 的81.25%,CA和TG间的颠换次数较少,分别为2次和1次,CG间没有替换发生。

表 4 4种竹笋夜蛾及其比对昆虫mtDNA COⅠ基因的碱基替换频次 Tab.4 Base substitution frequencies in mitochondrial DNA COⅠ gene from bamboo Shoot borers and other lepidopterous insects

在4种竹笋夜蛾样本mtDNA COⅠ基因709 bp序列片段中,检测到保守性位点 (conserved sites)555个,多态性位点 (variable sites)154个,占总检测位点的21.72%;简约信息位点 (parsimony-informative sites)118个,占16.64%;单突变位点 (singleton site)36个,占5.07%。

2.5 4种竹笋夜蛾基于mtDNA COⅠ基因片段的系统进化分析

用4种竹笋夜蛾及其比对昆虫的mtDNA COⅠ氨基酸序列在Mega5.0中构建进化树, 结果如图 345所示,3种进化树显示结果大致相同。与比对序列相比,4种竹笋夜蛾分属同一支,分支支持率达100%,亲缘关系最近,其中萨夜蛾与其他3种夜蛾分属2个分支,分支支持率为70%左右。MP法进化树中,基夜蛾又与竹笋禾夜蛾和笋秀夜蛾分为2支,分支支持率为30%。3种进化树均显示,4种竹笋夜蛾与禾夜蛾属、秀夜蛾属的昆虫遗传距离较远。

图 3 基于mtDNA COⅠ基因构建的4种竹笋夜蛾系统进化树 (NJ法) Fig.3 Molecular phylogenetic tree of mtDNA COⅠ for bamboo shoot borers sequence with methods of Neighbor-Joining
图 4 基于mtDNA COⅠ基因构建的4种竹笋夜蛾系统进化树 (ML法) Fig.4 Molecular phylogenetic tree of mtDNA COⅠ for bamboo shoot borers sequence with methods of Maximum Likelihood
图 5 基于mtDNA COⅠ基因构建的4种竹笋夜蛾系统进化树 (MP法) Fig.5 Molecular phylogenetic tree of mtDNA COⅠ for bamboo shoot borers sequence with methods of maximum parsimony (MP)
3 讨论

Foster等 (1997)认为,线粒体基因密码子位点在物种进化过程中由于受选择压力影响,会表现出不同程度的碱基突变。在不同的密码子位点上,4种竹笋夜蛾及其比对昆虫mtDNA COⅠ基因片段碱基含量变化规律一致。但密码子第2位点的A+T含量显著高于第1、3位点,说明4种竹笋夜蛾密码子第2位点上的碱基突变由纯化选择导致 (陈星等,2012)。此外,密码子第2位点的碱基突变大多属于同义突变,容易在进化过程中通过自然选择固定下来 (周继亮等,2001)。本研究结果与栎黄掌舟蛾 (Phalera assimilis) mtDNA COⅠ基因密码子位点变异特点不同,其密码子第3位点的A+T含量显著高于第1、2位点 (杨瑞生等,2013),可能是由于夜蛾种类不同导致。在碱基替换模式上,本研究中4种竹笋夜蛾的mtDNA COⅠ基因均为碱基转换高于颠换,其R值为12.6,与鳞翅目蛾类昆虫的碱基替换模式一致 (杨瑞生等,200820112013)。生物进化可以说是生物体在基因水平上碱基突变不断累积的结果,一旦同种生物不同个体间的碱基突变累积到一定程度 (量变),就会产生种的分化 (质变)。Hebert (2003)等对动物界11门13 320种的COⅠ基因序列进行比较研究发现,超过98%的物种间的遗传距离大于0.002,而种内遗传距离多小于0.001,很少超过0.002,而同属种之间的mtDNA COⅠ基因平均距离为0.011 3,除刺细胞动物门的物种外,COⅠ基因的序列多样性足以区分所有动物中的近缘种。本研究结果表明,4种竹笋夜蛾及其比对昆虫种间遗传距离为0.002~0.093,符合Hebert等 (2003)的研究结果。

基于COⅠ基因建立的系统发育树显示,4种夜蛾亲缘关系非常接近,而与秀夜蛾属和禾夜蛾属其他昆虫亲缘关系较远,因未能检索到基夜蛾属和萨夜蛾属其他昆虫COⅠ基因,故无法比较其亲缘关系。分类学上对4种竹笋夜蛾的归属研究一直存在争议,本研究或可提供部分参考。本研究中笋秀夜蛾与基夜蛾、竹笋禾夜蛾、萨夜蛾的遗传距离分别为0.014、0.006、0.069,所建进化树也表明笋秀夜蛾与竹笋禾夜蛾亲缘关系较近,其次为基夜蛾,与萨夜蛾亲缘关系较远。综上所述,本研究建议可将基夜蛾、竹笋禾夜蛾和笋秀夜蛾归为同一个属,萨夜蛾由于其在浙江分布较少,主要分布于广东茶秆竹上,与这3种竹笋夜蛾亲缘关系相对较远,其分类地位可进一步进行确认。此外,4种竹笋夜蛾成虫形态差异较小,生态习性相似,分布区域基本一致,分子进化树初步确定其亲缘关系接近,可作为理想的同域物种进化研究素材。

昆虫线粒体DNA相对于核基因来说,具有进化速率快、物种间序列保守等特点,因而成为筛选条形码标准基因的首选 (Hebert et al., 2003)。研究发现,昆虫线粒体DNA含有13个蛋白质编码基因 (Boore,1999Taanman,1999),其中因为mtDNA COⅠ基因的序列保守性强,在种间鉴定上具有较高的可靠性,且易于扩增,被绝大多数研究者选为昆虫的DNA条形码基因。利用DNA条形码鉴定的研究中,63.7%的研究样本来自昆虫,其中又以鳞翅目的研究居多 (李青青等,2010),其次为双翅目 (Nelson et al., 2007)、鞘翅目 (Monaghan et al., 2005) 等。本研究克隆了4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段,可为竹笋夜蛾DNA条形码鉴定提供理论基础。线粒体基因上保守基因众多,多基因片段联合的DNA条形码鉴定系统已经成为一个探索的趋势 (肖金花等,2004),进一步验证DNA条形码技术在物种鉴定和物种亲缘关系研究中的适用性。此外,由于4种竹笋夜蛾亲缘关系较近,今后可通过采集不同地理种群,克隆其mtDNA COⅠ基因及其他保守序列 (COⅡ、16sRNA等),研究其进化过程,进一步揭示4种竹笋夜蛾的进化关系。

4 结论

本研究利用4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段构建了进化树,结果表明4种竹笋夜蛾亲缘关系接近,可为4种竹笋夜蛾分类地位的确定提供初步分子基础,同时可为竹笋夜蛾DNA条形码鉴定提供理论基础。鉴于本研究克隆的只是4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因的5′端部分序列,今后可通过设计特异性引物,对竹笋夜蛾mtDNA COⅠ序列全长进行扩增,以提高mtDNA COⅠ基因DNA条形码的可靠性。4种竹笋夜蛾形态差异较小,生态习性相似,分布区域基本一致,可作为理想的同域物种进化研究素材。

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