文章信息
- 张琴, 莫有迪, 张亚波, 舒金平, 王浩杰, 吴鸿
- Zhang Qin, Mo Youdi, Zhang Yabo, Shu Jinping, Wang Haojie, Wu Hong
- 基于线粒体COⅠ基因的竹笋夜蛾亲缘关系
- Genetic Relationship of Shoot-Boring Noctuids Based on Mitochondrial Cytochrome Oxidase Ⅰ Gene
- 林业科学, 2017, 53(4): 96-104.
- Scientia Silvae Sinicae, 2017, 53(4): 96-104.
- DOI: 10.11707/j.1001-7488.20170411
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文章历史
- 收稿日期:2015-05-14
- 修回日期:2016-12-07
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作者相关文章
2. 杭州市林业科学研究院 杭州 311300;
3. 广东省肇庆市怀集县林业局 肇庆 526400
2. Hangzhou Academy of Forestry Hangzhou 311300;
3. Huaiji Forestry Bureau of Zhaoqing, Guangdong Province Zhaoging 526000
竹笋夜蛾属鳞翅目 (Lepidoptera) 夜蛾科 (Noctuidae),是竹子笋期的主要害虫之一。竹笋夜蛾钻蛀取食竹笋,活动场所隐蔽,且幼虫期较长,竹笋被危害严重时,被害率高达95%以上。被害竹笋能生长成竹者,亦为断头、折梢、虫孔累累、材质硬脆,竹材利用率低 (徐天森,1962;徐天森等,2004)。被害竹林大量退笋,使竹林日趋退化,影响笋用林产业的发展 (胡正坚等,1992;梁光红等;2003;Yoshimatsu et al., 2005;舒金平等,2012;叶碧欢等,2014)。在我国,研究报道的竹笋夜蛾主要有基夜蛾 (Kumasia kumaso)、竹笋禾夜蛾 (Oligia vulgaris)、笋秀夜蛾 (Apamea apameoides) 和萨夜蛾 (Sapporia repetita)(徐天森等,2004;舒金平等,2012)。这4种竹笋夜蛾均钻蛀取食竹笋,属寡食性昆虫,生活史极其相似,生态位严重重叠,在时间、空间和营养等资源利用上存在激烈竞争 (罗梅浩等,2002;黄琼瑶等,2009),且在同一地区均有分布 (黄焕华等,2003)。此外,4种竹笋夜蛾成虫体色差异小,大小接近,实际生产生活中难以区分,人们常将其混淆,统称为竹笋夜蛾,导致研究和生产防治中对象模糊,目标不清。
传统昆虫分类学对这4种竹笋夜蛾的分类一直存在争议,拉丁学名一再变更,属的归属难以确定 (徐天森等,2004)。例如:基夜蛾,曾用名淡竹笋夜蛾,其拉丁学名曾为Apamea(秀夜蛾属)kumaso(Sugi)(朱弘复,1964;Inoue et al, 1982;陈一心,1985;1992);笋秀夜蛾,曾用名笋秀禾夜蛾,其拉丁学名曾为Oligia(禾夜蛾属)apameoidis(Draudt)(陈一心,1985);竹笋禾夜蛾,曾用名竹笋夜蛾,其拉丁学名曾为Polydesma(纷夜蛾属)vulgaris(Butler)、Oligia vulgaris(Hampson)、Bambusiphila vulgaris(Sugi)(朱弘复,1964;Inoue et al., 1982;陈一心,1985; 1992);萨夜蛾,曾用名笋连秀夜蛾,其拉丁学名曾为Apamea(秀夜蛾属)repetita(Butler)、Trachea(陌夜蛾属)repetita(Hampson)、Apamea(秀夜蛾属)repetita(Chen)、Sapporia(萨夜蛾属)repetita(Sugi)(Inoue et al., 1982;陈一心,1985;1992)。在研究中更显混乱,竹笋夜蛾的学名难以统一。
随着分子生物学的快速发展,基于DNA所携带的遗传信息进行生物分类已逐渐成为研究热点。其中,昆虫线粒体基因组中细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ) 基因序列因既具有高度保守序列,又具有足够变异位点的特性,被广泛用于昆虫分类、种群和进化关系研究 (Lunt et al., 1996)。2002年,德国进化生物学家Tautz等首先提出将DNA作为生物分类研究平台的观点,即以DNA序列为基础建立物种鉴定体系 (Tautz et al., 2003)。2003年,加拿大学者Hebert等提出建立DNA条形码鉴定系统,即以线粒体细胞色素氧化酶亚基I (COⅠ) 基因5′端648 bp的序列多样性为基础进行物种鉴定。Hebert等 (2003)还发现这段序列在鳞翅目200个近缘种中鉴定的成功率为100%。本研究针对4种竹笋夜蛾近缘种生物学和生态学特性相似、分类地位上存在争议的问题,克隆4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因5′端709 bp片段系列,通过构建系统进化树,分析其亲缘关系,为其进一步明确其分类地位提供分子理论基础。
1 材料与方法 1.1 供试虫源2013年4月—2014年4月,在浙江省安吉市竹博园和富阳竹子产区采集4种供试竹笋夜蛾幼虫各200头,室内饲养至成虫羽化,拍照,搜集活体成虫浸泡于无水乙醇中,-20 ℃保存备用。
1.2 试验材料TAKALA MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit VER.5.0试剂盒,TaKaRa MiniBest DNA Fragment Purification Kit Ver 3.0试剂盒,PMD-19-T载体,大肠杆菌 (Escherichia coli)感受态细胞,其中扩增4种竹笋夜蛾的线粒体COⅠ基因所用引物来自通用引物 (Folmer et al., 1994):
L1490-5’-GGTCAACAAATCATAAAGATATT G-3’;
H2198-5’-TAAACTTCAGGGTGACCAAAA AA T-3’。
引物由生工生物工程 (上海) 股份有限公司合成。
1.3 试验方法 1.3.1 4种竹笋夜蛾总基因组DNA的提取分别选取4种竹笋夜蛾成虫样本,按照TAKALA MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit VER.5.0试剂盒操作步骤提取4种竹笋夜蛾总基因组DNA。产物经1%琼脂糖凝胶进行检测,使用紫外成像系统对电泳条带进行观察和拍照。
1.3.2 4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因的扩增以提取到的竹笋夜蛾总基因组DNA为模板,引物为上述通用引物,按照如下反应体系和反应条件对4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因进行扩增。反应体系为:25 μL,其中上下游引物各1 μL,10×扩增缓冲液2.5 μL,4种dNTP混合物2 μL,DNA模板5 μL,Taq DNA聚合酶0.3 μL,ddH2O 13.2 μL。反应条件为:预变性94 ℃ 2 min,变性94 ℃1 min,退火50 ℃1 min,延伸72 ℃1 min,进行35个循环。取3 μL PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,使用紫外成像系统对电泳条带进行观察和拍照。
1.3.3 4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因PCR产物纯化、克隆和测序产物经电泳后,按照TaKaRa MiniBest DNA Fragment Purification Kit Ver 3.0试剂盒操作步骤对4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因PCR产物进行纯化,纯化的PCR产物与PMD-19-T载体进行连接反应,16 ℃过夜。将连接反应的产物转化至大肠杆菌JM109感受态细胞,待菌落长出来后,挑选单个阳性菌落进行菌落PCR验证,鉴定重组质粒。测序公司为生工生物工程 (上海) 测序部,要求双向测通并进行拼接。
1.3.4 数据处理利用MEGA 5.0软件分析4种竹笋夜蛾的碱基组成、结构特点、碱基替换模式和遗传距离等特性。登录NCBI对4种竹笋夜蛾线粒体COⅠ基因进行同源性搜索,选取其他21条 (15属21种) 线粒体COⅠ基因 (表 1) 的氨基酸序列,分别采用邻接法 (NJ)、最大简约法 (ML) 和最大似然法 (MP) 构建系统发育树。分析其系统进化关系,其中NJ法选用的模型是P-Distance。所有方法均运用Bootstrap检验重复,抽样1 000次,其余参数为默认。
由图 1可知,4种竹笋夜蛾成虫形态基本接近,主要区别在于其体色和斑纹。4种竹笋夜蛾成虫形态相关指标见表 2。
对4种竹笋夜蛾COⅠ基因片段克隆产物进行电泳检测,每个扩增产物均出现1条700 bp左右的特异性条带 (图 2),与试验目的相符。样品经测序公司测序拼接后,获得4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段碱基序列,每个样品重复测序3次,结果相同,长度均为709 bp (登录号分别为基夜蛾KR780071、萨夜蛾KR780072、竹笋禾夜蛾KR780073、笋秀夜蛾KR780074)。将该片段序列在NCBI上进行同源性搜索,结果同比对的夜蛾科中Noctua atlantic(AY600452.1) 等昆虫的线粒体COⅠ基因序列相似度极高 (94%以上)。
4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段碱基序列同源性达98.2%。在4种竹笋夜蛾样本mtDNA COⅠ基因709 bp序列片段中,多态性位点为30个,仅占整个序列的4.2%,与其他物种同源基因序列进行碱基比对发现,获得的4条样本基因片段均为编码区序列,并且没有碱基插入和缺失。氨基酸序列比对发现,4种竹笋夜蛾的mtDNA COⅠ基因片段均从第3个碱基开始翻译,无移码现象,编码235个氨基酸,同源性高达99.89%,其中仅萨夜蛾第162个氨基酸与其他3种夜蛾不同,其余3种夜蛾氨基酸片段完全相同。
2.4 4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段的遗传变异分析使用MEG5.0软件计算4种竹笋夜蛾及其比对昆虫mtDNA COⅠ基因序列的遗传距离,计算模型为p-Distance。结果表明,笋秀夜蛾与基夜蛾间的遗传距离为0.014,与竹笋禾夜蛾间的遗传距离为0.006,与萨夜蛾间的遗传距离为0.069;基夜蛾与竹笋禾夜蛾间的遗传距离为0.008,与萨夜蛾间的遗传距离为0.067;竹笋禾夜蛾与萨夜蛾间的遗传距离为0.063(表 3)。4种竹笋夜蛾中,除了萨夜蛾与其他3种夜蛾的种间遗传距离较大,大于所有比对昆虫的平均种间距离外,其他3种种间遗传距离均较小,与比对昆虫的种内距离相近。
4种竹笋夜蛾及其比对昆虫的碱基替换模式为:Ts >Tv,R值为12.6(表 4)。TC间发生碱基转换次数最多,达16次,占替换总数 (19) 的84.2%;TA发生碱基颠换次数最多,达13次,占颠换总数 (16) 的81.25%,CA和TG间的颠换次数较少,分别为2次和1次,CG间没有替换发生。
在4种竹笋夜蛾样本mtDNA COⅠ基因709 bp序列片段中,检测到保守性位点 (conserved sites)555个,多态性位点 (variable sites)154个,占总检测位点的21.72%;简约信息位点 (parsimony-informative sites)118个,占16.64%;单突变位点 (singleton site)36个,占5.07%。
2.5 4种竹笋夜蛾基于mtDNA COⅠ基因片段的系统进化分析用4种竹笋夜蛾及其比对昆虫的mtDNA COⅠ氨基酸序列在Mega5.0中构建进化树, 结果如图 3、4、5所示,3种进化树显示结果大致相同。与比对序列相比,4种竹笋夜蛾分属同一支,分支支持率达100%,亲缘关系最近,其中萨夜蛾与其他3种夜蛾分属2个分支,分支支持率为70%左右。MP法进化树中,基夜蛾又与竹笋禾夜蛾和笋秀夜蛾分为2支,分支支持率为30%。3种进化树均显示,4种竹笋夜蛾与禾夜蛾属、秀夜蛾属的昆虫遗传距离较远。
Foster等 (1997)认为,线粒体基因密码子位点在物种进化过程中由于受选择压力影响,会表现出不同程度的碱基突变。在不同的密码子位点上,4种竹笋夜蛾及其比对昆虫mtDNA COⅠ基因片段碱基含量变化规律一致。但密码子第2位点的A+T含量显著高于第1、3位点,说明4种竹笋夜蛾密码子第2位点上的碱基突变由纯化选择导致 (陈星等,2012)。此外,密码子第2位点的碱基突变大多属于同义突变,容易在进化过程中通过自然选择固定下来 (周继亮等,2001)。本研究结果与栎黄掌舟蛾 (Phalera assimilis) mtDNA COⅠ基因密码子位点变异特点不同,其密码子第3位点的A+T含量显著高于第1、2位点 (杨瑞生等,2013),可能是由于夜蛾种类不同导致。在碱基替换模式上,本研究中4种竹笋夜蛾的mtDNA COⅠ基因均为碱基转换高于颠换,其R值为12.6,与鳞翅目蛾类昆虫的碱基替换模式一致 (杨瑞生等,2008;2011;2013)。生物进化可以说是生物体在基因水平上碱基突变不断累积的结果,一旦同种生物不同个体间的碱基突变累积到一定程度 (量变),就会产生种的分化 (质变)。Hebert (2003)等对动物界11门13 320种的COⅠ基因序列进行比较研究发现,超过98%的物种间的遗传距离大于0.002,而种内遗传距离多小于0.001,很少超过0.002,而同属种之间的mtDNA COⅠ基因平均距离为0.011 3,除刺细胞动物门的物种外,COⅠ基因的序列多样性足以区分所有动物中的近缘种。本研究结果表明,4种竹笋夜蛾及其比对昆虫种间遗传距离为0.002~0.093,符合Hebert等 (2003)的研究结果。
基于COⅠ基因建立的系统发育树显示,4种夜蛾亲缘关系非常接近,而与秀夜蛾属和禾夜蛾属其他昆虫亲缘关系较远,因未能检索到基夜蛾属和萨夜蛾属其他昆虫COⅠ基因,故无法比较其亲缘关系。分类学上对4种竹笋夜蛾的归属研究一直存在争议,本研究或可提供部分参考。本研究中笋秀夜蛾与基夜蛾、竹笋禾夜蛾、萨夜蛾的遗传距离分别为0.014、0.006、0.069,所建进化树也表明笋秀夜蛾与竹笋禾夜蛾亲缘关系较近,其次为基夜蛾,与萨夜蛾亲缘关系较远。综上所述,本研究建议可将基夜蛾、竹笋禾夜蛾和笋秀夜蛾归为同一个属,萨夜蛾由于其在浙江分布较少,主要分布于广东茶秆竹上,与这3种竹笋夜蛾亲缘关系相对较远,其分类地位可进一步进行确认。此外,4种竹笋夜蛾成虫形态差异较小,生态习性相似,分布区域基本一致,分子进化树初步确定其亲缘关系接近,可作为理想的同域物种进化研究素材。
昆虫线粒体DNA相对于核基因来说,具有进化速率快、物种间序列保守等特点,因而成为筛选条形码标准基因的首选 (Hebert et al., 2003)。研究发现,昆虫线粒体DNA含有13个蛋白质编码基因 (Boore,1999;Taanman,1999),其中因为mtDNA COⅠ基因的序列保守性强,在种间鉴定上具有较高的可靠性,且易于扩增,被绝大多数研究者选为昆虫的DNA条形码基因。利用DNA条形码鉴定的研究中,63.7%的研究样本来自昆虫,其中又以鳞翅目的研究居多 (李青青等,2010),其次为双翅目 (Nelson et al., 2007)、鞘翅目 (Monaghan et al., 2005) 等。本研究克隆了4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段,可为竹笋夜蛾DNA条形码鉴定提供理论基础。线粒体基因上保守基因众多,多基因片段联合的DNA条形码鉴定系统已经成为一个探索的趋势 (肖金花等,2004),进一步验证DNA条形码技术在物种鉴定和物种亲缘关系研究中的适用性。此外,由于4种竹笋夜蛾亲缘关系较近,今后可通过采集不同地理种群,克隆其mtDNA COⅠ基因及其他保守序列 (COⅡ、16sRNA等),研究其进化过程,进一步揭示4种竹笋夜蛾的进化关系。
4 结论本研究利用4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因片段构建了进化树,结果表明4种竹笋夜蛾亲缘关系接近,可为4种竹笋夜蛾分类地位的确定提供初步分子基础,同时可为竹笋夜蛾DNA条形码鉴定提供理论基础。鉴于本研究克隆的只是4种竹笋夜蛾mtDNA COⅠ基因的5′端部分序列,今后可通过设计特异性引物,对竹笋夜蛾mtDNA COⅠ序列全长进行扩增,以提高mtDNA COⅠ基因DNA条形码的可靠性。4种竹笋夜蛾形态差异较小,生态习性相似,分布区域基本一致,可作为理想的同域物种进化研究素材。
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