林业科学  2009, Vol. 45 Issue (8): 39-43   PDF    
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臧德奎, 陈红, 郑林, 郭先锋.
Zang Dekui, Chen Hong, Zheng Lin, Guo Xianfeng
木瓜属优良品种亲缘关系的AFLP分析
Analysis on the Phylogenetic Relationship of Elite Cultivars in Chaenomeles Using AFLP
林业科学, 2009, 45(8): 39-43.
Scientia Silvae Sinicae, 2009, 45(8): 39-43.

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收稿日期:2008-06-02

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臧德奎
陈红
郑林
郭先锋

木瓜属优良品种亲缘关系的AFLP分析
臧德奎, 陈红, 郑林, 郭先锋     
山东农业大学林学院 泰安 271018
摘要: 用AFLP技术对29个木瓜属品种的亲缘关系进行分析. 用8对引物(EcoRⅠ+3/MseⅠ+3)对基因组DNA进行选择性扩增, 共获得1 095条扩增带, 其中1 035条具有多态性, 多态带百分率达94.52%, 揭示木瓜品种具有丰富的遗传多样性. 采用NTSYS-PC软件的DICE法计算样本间的相似系数, UPGMA法进行聚类分析. 结果表明: 品种间的相似系数在0.465 0~0.833 9之间, 具有相似形态特征的品种优先相聚, 29个品种可以划分为4类, 且基本对应着贴梗海棠、日本木瓜、木瓜海棠和傲大贴梗海棠, 但品种‘猩红与金黄’宜归入贴梗海棠内, 而‘碧雪’的分类地位值得进一步探讨. 说明AFLP标记技术能较好地揭示木瓜属种质资源的亲缘关系及演化规律.
关键词:木瓜属    优良品种    亲缘关系    AFLP    相似系数    
Analysis on the Phylogenetic Relationship of Elite Cultivars in Chaenomeles Using AFLP
Zang Dekui, Chen Hong, Zheng Lin, Guo Xianfeng    
Forestry College, Shandong Agricultural University Tai'an271018
Abstract: The phylogenetic relationship of 29 Chaenomeles cultivars was analyzed using AFLP. Eight pairs of primers (EcoRⅠ+3/MseⅠ+3) were used to selectively amplify the genomic DNA of the cultivars. In total, 1 095 bands were obtained, and 1 035 of them were polymorphic. The percentage of polymorphic bands was 94.52%. This showed that Chaenomeles had abundant genetic diversity. The similarity coefficients were calculated using DICE method of NTSYS-PC software, and clustering was carried with UPGMA. The similarity coefficients among cultivars varied from 0.465 0 to 0.833 9. Those cultivars with similar morphological characteristics were usually clustered preferably, and therefore, the 29 cultivars could be classified into 4 groups based on AFLP molecular markers data. The 4 groups apparently matched to C. speciosa, C. japonica, C. cathayensis and C. × superba respectively. The cultivar 'Crimson and Gold' should be included into C. speciosa, however the taxonomy for cultivar 'Bixue' needed further work. It showed that AFLP was efficient to reveal the phylogenetic relationship and the evolutionary course of Chaenomeles germplasms.
Key words: Chaenomeles    elite cultivars    phylogenetic relationship    AFLP    similarity coefficient    

木瓜属(Chaenomeles)是重要的观赏和药用植物, 有5种和1个杂交种, 即贴梗海棠(C. speciosa)、木瓜海棠(C. cathayensis)、木瓜(C. sinensis)、西藏木瓜(C. tibetica)、日本木瓜(C. japonica)和傲大贴梗海棠(C. × superba)(俞德浚, 1974; Brickell, 1996). 我国是木瓜属植物的分布中心和栽培中心, 品种资源丰富, 对其进行遗传多样性及亲缘关系的研究, 有助于了解品种起源和演化, 为杂交育种和品种选育及核心种质构建提供依据. 前人对木瓜属植物的研究集中在品种调查和形态学标记等方面, 赵红霞(2003)王嘉祥(2004)张茜等(2005)先后探讨过木瓜属栽培品种的形态分类, 但品种的植物学归属和品种划分存在较大争议. AFLP分子标记具有带型丰富、用样量少、灵敏度高、快速高效等特点, 已成为遗传多样性和品种分类研究的有效手段(Bohn et al., 1999; Dong et al., 2000; Tomkins et al., 2001; 杨朝东等, 2005; 沈镝等, 2005; 黄久香等, 2008). 本研究利用荧光AFLP技术, 对木瓜属主要栽培品种进行评价, 从分子水平上探讨品种间的遗传多样性及亲缘关系, 以期为核心种质构建和育种亲本选配提供理论指导.

1 材料与方法 1.1 材料与来源

供试木瓜属品种共29份, 为本属常见的优良品种, 分别来自山东农业大学木瓜种质资源圃(泰安)和山东临沂市河东区汤河镇. 29份种质材料的编号、名称及来源见表 1.

表 1 供试材料一览表 Tab.1 The list of cultivars used in the study
1.2 研究方法 1.2.1 总DNA制备

采用改进的CTAB法(Fang et al., 1992)从硅胶干燥的幼叶中提取总DNA.

1.2.2 AFLP分析

利用北京鼎国生物技术公司的试剂盒及其操作指南进行. 各样品基因组DNA的酶切和接头的连接在同一反应中进行. 在20 μL反应体系中含有DNA模板4 μL (50 ng·μL-1), Adapter 1 μL, EcoRⅠ/MseⅠ (4 U·μL-1) 2 μL, 10 × Reaction buffer 2.5 μL, ATP (10 mmol·L-1) 2.5 μL, 4 Ligase (4 U·μL-1) 1 μL, AFLP-Water 7 μL. 将上述混合液在0.5 mL离心管中混匀离心数秒, 37 ℃保温5 h, 8 ℃保温4 h, 4 ℃过夜.

用预扩增引物组合进行扩增. 反应体系为25 μL. Pre-ampmix 1 μL, dNTPs 1 μL, 10×PCR buffer 2.5 μL, Taq DNA polymerase (2 U·μL-1) 0.5 μL, AFLP-Water 18 μL. 预扩增反应程序为: 94 ℃变性2 min; 94 ℃变性30 s, 56 ℃复性30 s, 72 ℃延伸80 s, 循环30轮; 72 ℃延伸5 min. 预扩增产物稀释20倍, -20 ℃保存备用.

用荧光标记的经过筛选的8对引物(表 2)进行选择性扩增. 反应体系为25 μL. 含预扩增稀释样品2 μL, dNTPs 2.5 μL, 10×PCR buffer 0.5 μL, EcoRⅠ引物1 μL, MseⅠ引物(荧光标记) 1 μL, Taq DNA polymease (2 U·μL-1) 0.5 μL, AFLP-Water 17.5 μL.

表 2 8对AFLP选择性扩增引物产生的条带多态性 Tab.2 Polymorphism of AFLP bands obtained by selective amplification based on the 8 primer pairs

扩增反应按下列参数PCR循环: 94 ℃ 2 min; 一轮扩增参数: 94 ℃ 30 s, 65 ℃ 30 s, 72 ℃ 80 s; 以后每轮循环退火温度递减0.7 ℃或1 ℃, 扩增12轮; 接着按下列参数扩增23轮: 94 ℃ 30 s, 55 ℃ 30 s, 72 ℃ 80 s; 最后延伸72 ℃ 5 min.

1.2.3 电泳与数据处理

取选择性扩增后的样品在ABI 377自动测序仪上电泳分离检测, 得到AFLP的DNA指纹图谱. 利用GeneScan 3.1软件将8对荧光引物产生的电泳胶图转换为(0, 1)矩阵. 根据PCR扩增的结果, 有带计为1, 无带则计为0, 依据CGS=m/(m+n)计算遗传相似系数, 式中m为基因型间共有带的数目, n为差异带的数目. 采用NTSYS-PC2.11版软件中的DICE法计算样本间的相似系数, 按非加权类平均法(UPGMA)进行聚类.

2 结果与分析 2.1 扩增产物的多态性

利用从64对引物中筛选出的8对AFLP引物对供试品种的基因组DNA进行片段长度多态性扩增, 获得了较好的扩增结果(表 2). 共扩增出1 095条谱带(70~500 bp), 其中1 035条具有多态性, 占94.52%, 平均每对引物扩增出137条可统计的带, 其中129条具有多态性. 带数最多的是引物组合E-AAG/ M-CAT, 为183条, 其中多态性条带177条. 可见, AFLP检测木瓜属品种遗传多样性的效率很高, 也充分体现了该类植物丰富的遗传多样性.

从DNA分子水平上而言, 遗传多样性越高, 表明其遗传背景越复杂(Aggarwal et al., 1999), 高达94.52%的多态性表明木瓜属植物的遗传背景非常复杂, 我国木瓜属栽培品种形成较早, 在遗传进化过程中基因组DNA发生了丰富的变异.

2.2 木瓜属品种的亲缘关系

29个木瓜属品种的相似系数在0.465 0~0.833 9之间(表 3). 其中, ‘凤凰木’与‘夕照’的相似系数最大, 为0.833 9, 表明2个品种间的亲缘关系最近; ‘红星’与‘长俊’的相似系数最小, 为0.465 0, 表明二者的亲缘关系最远. AFLP能将所有的材料分辨开, 品种间区分率达到100%. 另外, 在供试品种中, ‘长俊’与其他品种的平均相似系数最小, 为0.539 0, 而‘报春’与其他品种间的平均相似系数最大, 为0.715 5, 这表明材料间的相似系数变化较大, 供试品种遗传变异大.

表 3 品种间的相似性系数 Tab.3 The similarity coefficients of different cultivars

采用UPGMA进行聚类分析, 结果见图 1. 从聚类图可以看出, 以相似系数0.62为标准可以将29个品种分为4类. 第1类由5个品种组成, 包括‘红霞’、‘醉杨妃’、‘罗扶’、‘一品香’和‘长俊’, 均属于木瓜海棠, 植株高大, 除了‘醉杨妃’外均为单瓣花、子房发育正常、果实大. 该类品种与其他3类亲缘关系较为疏远, 最先聚为一类. 在相似系数为0.68时又可分为2组, 其中果实较大、呈细长纺锤状的‘长俊’单独聚为第1小组; 其余3个品种聚为第2组, 均果实较小、呈圆形或圆柱形. 这表明‘长俊’与该种的其他品种关系较为疏远, 而‘红霞’和‘一品香’亲缘关系最近. 而且, 结合形态特征的相似性, 可以推断‘醉杨妃’系由‘一品香’通过芽变而产生.

图 1 29个木瓜属优良品种的AFLP聚类图 Figure 1 Dendrogram of 29 elite cultivars in Chaenomeles based on AFLP

第2类由7个品种组成, 即‘单白’、‘碧雪’、‘单粉’、‘日落’、‘矮红’、‘日本红’和‘四季红’, 除‘碧雪’外, 均为日本木瓜的品种. 在相似系数0.68时, 该类也可分为2组, 其中, ‘单白’、‘碧雪’、‘单粉’和‘日落’单独相聚, 这几个品种在形态上表现为植株矮小, 具有日本木瓜的典型特征, 而且花色较浅, 为乳白色或淡粉色, 花朵较小, 全开时杯形; ‘矮红’、‘四季红’和‘日本红’聚为一组, 这3个品种比较特别, 花均为红色、重瓣, 直径较大, 植株也较前一组稍高大, 代表着日本木瓜内的1个特殊类型.

第3类由11个品种组成, 包括‘长寿乐’、‘绿宝石’、‘紫衣’、‘大富贵’、‘红宝石’、‘复长寿’、‘沂红’、‘粉蝶’、‘红舞’、‘沂橙’和‘骄阳’. 该类品种均属于傲大贴梗海棠, 来源于日本木瓜和贴梗海棠的杂交, 植株大多较贴梗海棠矮小. 相对于其他种类, 本类品种聚合较早, 品种间的遗传多样性差别较小. 该类在相似系数0.73处分为3组, 第1组由‘红舞’、‘沂橙’、‘骄阳’、‘复长寿’组成, 花红色或浅橙色, 花瓣轮数较少, 并有显著的雄蕊瓣化现象; 第2组包括‘绿宝石’和‘粉蝶’, 花重瓣, 花色浅, 白色或粉红色; 第3组包括‘长寿乐’、‘紫衣’、‘大富贵’、‘红宝石’和‘沂红’, 均为重瓣花, 红色或鲜红色.

第4类由6个品种组成, 包括‘猩红与金黄’、‘报春’、‘多彩’、‘凤凰木’、‘红星’和‘夕照’, 除‘猩红与金黄’外, 均属于贴梗海棠. 在相似系数为0.68时该类又可分为2组, ‘多彩’因花复色, 花冠呈红、白、粉等色, 与其他品种迥异而单独聚为一组; 其他品种聚为一组, 其中‘凤凰木’和‘夕照’的花瓣均具有长的瓣爪、花色橙红, 前者是从实生苗中选育的, 而后者是从前者的扦插苗变异中选育的, 因此, 二者相似性系数最大, 但是一为单瓣花, 一为重瓣花, 从观赏角度而言, 2个品种不宜合并.

可见, 除了目前归于傲大贴梗海棠的2个品种(‘猩红与金黄’、‘碧雪’)外, 同一个种内的品种优先相聚, 具有相似形态特征的品种优先相聚, 品种间的亲缘关系比较清晰. 而且, 从聚类图上还可看出, 贴梗海棠、日本木瓜和傲大贴梗海棠三者的亲缘关系较近, 而与木瓜海棠的亲缘关系较为疏远.

3 讨论

我国木瓜属植物种质资源较为丰富, 但栽培品种的植物学归属存在争议. 传统的经典分类以表型的形态标记为依据, 而分子标记的分类基于基因组DNA多态性检测结果. AFLP分析表明, 相同来源的品种优先聚为一类, 木瓜海棠内品种的多态性带最多, 含有最丰富的遗传多态性位点; 傲大贴梗海棠位于日本木瓜和贴梗海棠之间, 且与后者先聚类, 既验证了傲大贴梗海棠的杂交起源, 也说明它与贴梗海棠的亲缘关系比与日本木瓜的亲缘关系更近.

关于木瓜属观赏品种的分类, 王嘉祥(2004)曾提出按照“种源”(即品种的来源)作为品种分类的前提, 但还是将所有观赏品种均归入了贴梗海棠, 而该文中所记载的品种实际上应归于贴梗海棠、木瓜海棠、日本木瓜和傲大贴梗海棠等不同种类; 张茜等(2005)则将‘红宝石’、‘绿宝石’等品种归入毛叶木瓜, 这些品种的植物学归类均没有得到遗传多样性分析的支持. 本研究基本支持Brickell(1996)凯特·易斯瑞顿等(2004)等的分类处理, 但比较特别的是‘猩红与金黄’和‘碧雪’2个品种. Brickell(1996)凯特·易斯瑞顿等(2004)均将‘猩红与金黄’放在傲大贴梗海棠内, 但该品种与贴梗海棠关系密切, 除花色为红色外, 其余特征如花朵较小、单瓣等与贴梗海棠原种的差别很小, 因此与贴梗海棠的其他品种相聚成一类, 结合孢粉学(郑林等, 2008)和数量分类的研究结果, 该品种归入贴梗海棠内为宜. 臧德奎等(2007)基于形态学资料, 亦将‘碧雪’归入傲大贴梗海棠, 但该分类也没有得到分子标记的支持, 该品种的地位值得进一步研究.

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