林业科学  2007, Vol. 43 Issue (9): 116-122   PDF    
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乌云塔娜, 谭晓风, 李秀根, 张林, 邓建军.
Wuyun Tana, Tan Xiaofeng, Li Xiugen, Zhang Lin, Deng Jianjun.
13个‘新世纪’梨后代品种S基因型的鉴定
Identification of S-Genotypes of 13 Progenies of 'Shinseiki' Pear
林业科学, 2007, 43(9): 116-122.
Scientia Silvae Sinicae, 2007, 43(9): 116-122.

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收稿日期:2006-07-18

作者相关文章

乌云塔娜
谭晓风
李秀根
张林
邓建军

13个‘新世纪’梨后代品种S基因型的鉴定
乌云塔娜1, 谭晓风1, 李秀根2, 张林1, 邓建军1     
1. 中南林业科技大学资源与环境学院 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室 长沙 410004;
2. 中国农业科学院郑州果树研究所 郑州 450009
关键词:沙梨    ‘新世纪’梨    自交不亲和性    S 等位基因    S 基因型    
Identification of S-Genotypes of 13 Progenies of 'Shinseiki' Pear
Wuyun Tana1, Tan Xiaofeng1, Li Xiugen2, Zhang Lin1, Deng Jianjun1     
1. Key Laboratory of Non-Wood Forest Product of State Forestry Administration College of Resources and Environment, Central South University of Forestry and Technology Changsha 410004;
2. Zhengzhou Fruit Institute, Chinese Academy of Agriculture Sciences Zhengzhou 450009
Abstract: 'Shinseiki' pear, a superior cultivars of Pyrus pyrifolia, was bred from a cross of 'Nijisseiki'× 'Chojuro' in Japan. In China, many excellent pear cultivars have been released using 'Shinseiki' as a parent. In this study, the S-genotypes of 13 progenies of 'Shinseiki' were identified by PCR-RFLP analysis, DNA sequencing and bioinformatic method. As a control, 'Shinseiki' was also included. PCR amplification showed that a common fragment of about 370 bp was generated in all the 13 cultivars. Restriction digestion analysis showed that PCR product amplified from ten cultivars 'Huangguan', 'Yaqing', 'Bishanerhao', 'Xinya', 'Cuilv', 'Xizilv', 'Zhonglierhao', 'Zhongliyihao', 'Qingxiang' and 'Qinghua' could be cut by S4-allele-specific endonuclease, and that from 'Xinhang', 'Cuiguan' and 'Zaomeisu' could be cut by S3-allele-specific endonuclease. DNA sequencing and bioinformatic analysis revealed that the undigested PCR fragment of 'Huangguan', 'Cuiguan', 'Zaomeisu', 'Yaqing', 'Bishanerhao', 'Xinhang', 'Cuilv', 'Xizilv', 'Zhonglierhao', 'Zhongliyihao', 'Qingxiang', 'Xinya' and 'Qinghua' was identical to S16, S5, S35, S17, S16, S1, S3, S1, S31, S35, S7, S17 and S1, respectively. Consequently, the S-genotypes of 13 cultivars were as follows: 'Huangguan' (S4S16), 'Yaqing' (S4S17), 'Xinhang' (S1S3), 'Bishanerhao' (S4S16), 'Xinya' (S4S17), 'Cuilv'(S3S4), 'Xizilv' (S1S4), 'Zhonglierhao' (S4S31), 'Zhongliyihao' (S4S35), 'Zaomeisu' (S3S35), 'Cuiguan' (S3S5), 'Qingxiang' (S4S7) and 'Qinghua' (S1S4)
Key words: Pyrus pyrifolia    'Shinseiki' pear    self-incompatibility    S-allele    S-genotype    

‘新世纪’(Shinseiki)梨是日本培育的沙梨(Pyrus pyrifolia)的优良品种(梁林平等, 2001; 杨健等, 2001)。近年来中国、日本、韩国利用‘新世纪’梨进行杂交选育了许多优良品种,并广泛地栽培利用,这些品种都属于沙梨系统。沙梨是配子体自交不亲和品种,生产上常采用配置授粉品种或人工授粉等方法来克服自交不亲和性(佐藤昭宏, 2001)。自交不亲和梨品种无论配置授粉品种或人工授粉,均要考虑品种间的亲和性。而品种间的亲和性和S基因型间存在密切联系,即S基因型相同,则为自交不亲和,否则为自交亲和(Saito et al., 1999; Sassa et al., 1993; Ishimizu et al., 1996)。因此,梨品种S基因型的鉴定,对授粉品种配置、人工授粉以及梨的遗传改良及栽培利用具有一定的指导意义。国内外对梨自交不亲和性方面进行了大量的研究,目前已分离鉴定了35个S等位基因,确定了80多个品种的S基因型(谭晓风等, 2005a; 2005b;乌云塔娜等, 2005; 2006a; 2006b; Saito et al., 1999; Sassa et al., 1993; 1997Ishimizu et al., 1996; 1999a; 1999b; Norioka et al., 1995; 1996; Shin et al., 1995; Kim et al., 2002; Ushijima et al., 1998)。日本通过分子生物学方法已经确定‘新世纪’梨的S基因型,为S3S4(佐藤昭宏, 2001)。梨的自交不亲和性由单基因位点控制,遵循孟德尔分离规律,故‘新世纪’梨的后代品种应该含有S3基因和S4基因中的一个。因此,本文选用13个‘新世纪’梨后代品种,分别用S3和S4基因特异内切酶切割,确定各品种的一个S基因,而另一个S基因通过PCR片段的回收测序来确定。这些品种S基因型的确定为沙梨授粉品种配置及人工授粉提供重要的理论依据。

1 材料与方法 1.1 试验材料

1) 植物材料  ‘新世纪’、‘黄冠’等14个梨品种叶片采集于郑州果树研究所,样品及亲本见表 1。采集叶片2 g左右,保存于-80 ℃备用。

表 1 14个沙梨品种来源及其亲本 Tab.1 The origin and parents of 14 Pyrus pyrifolia cultivars

2) PCR引物   梨S基因由5个保守区、1个高变区及1段内含子组成。梨S等位基因的多态性主要来自于高变区(HV)的变异,通常根据高变区的不同来确认不同的S等位基因。引物设计在S基因高变区周边(图 1)。引物由上海基康有限公司合成。引物序列分别为:P1(FTQQYQ): 5′-TTTACGCAGCAATATCAG-3′;P2(IIWPNVV): 5′-AC(A/G)TTCGGCCAAATAATT-3′。

图 1 梨S基因结构及引物位置 Fig. 1 The structure and primer position of pear S gene SP:信号肽Signal peptide; HV:高变区Hyper variable region; C1-5:保守区Conserved; 空格:外显子Exson.

3) 药品试剂  PCR相关试剂购自大连宝生物技术有限公司,限制酶购自上海生物技术有限公司。

1.2 试验方法

1) 梨叶DNA的提取、纯化,纯度和浓度测定  梨叶DNA的提取采用CTAB法(乌云塔娜等, 2003),DNA纯化采用饱和酚纯化法(乌云塔娜等,2003),纯度和浓度测定采用DU-640核酸蛋白分析仪。

2) PCR扩增反应体系和循环条件  PCR扩增反应体系和循环条件与谭晓风等(2005b)基本相同。

3) 酶切检测  选用‘新世纪’梨的杂交优良后代品种。‘新世纪’梨的S基因型为S3S4(佐藤昭宏, 2001),按照孟德尔分离规律,‘新世纪’梨的后代一定含有S3或S4等位基因。首先利用S4等位基因特异性限制酶来切割所有品种PCR产物,根据是否被切割和酶切片断大小来确定哪些品种含有S 4等位基因。对不含S4等位基因的梨品种PCR产物,再用S3等位基因的特异性限制酶来切割,并根据是否被切割及切割片段大小来确定是否含有S3等位基因。S3和S4等位基因的特异性限制酶切割片段大小见表 2。限制酶反应体系按说明书进行。产物检测用2.0%的琼脂糖凝胶电泳进行检测,以100 bp的DNA ladder作分子质量参照物。

表 2 S3和S4等位基因PCR-RFLP检测系统 Tab.2 The identifying system of S3 and S4 allele by PCR-RFLP

4) DNA序列测定  根据酶切鉴定13个梨品种的1个S等位基因后,另一个S等位基因通过DNA序列测定及生物信息学分析来确定。DNA序列测定时,首先用高保真酶PCR扩增供试品种的基因组DNA,并用S3等位基因或S4等位基因特异性限制酶来切割PCR扩增产物,回收未被酶切的370 bp左右(另一个S等位基因)的DNA片段进行纯化、DNA测序,并利用生物信息学软件进行相似性比较。DNA测序委托上海基康生物技术公司完成。

2 结果与分析 2.1 S基因特异引物PCR检测及酶切检测

供试的14个梨品种基因组DNA进行S基因特异性引物PCR扩增结果表明,14个梨品种均扩增出1条370 bp左右的DNA扩增片段,难以分离2个S等位基因(图 2)。

图 2 S基因HV区PCR扩增 Fig. 2 PCR of the HV region of S-genes 1-14品种编号见表 1。No. 1-14 cultivars are shown in Tab. 1.下同。The same below.

由于‘新世纪’梨的S基因型为S3S4,供试品种均为‘新世纪’梨的后代,因此这些‘新世纪’梨的后代品种中含有S3等位基因或S4等位基因,因此首先利用S4等位基因特异酶NdeⅠ切割供试的14个梨品种S基因特异PCR产物。结果表明:黄冠、雅青、壁山二号、新雅、脆绿、西子绿、中梨二号、中梨一号、清香、青花10个品种PCR产物被NdeⅠ切割,且酶切产物大小与‘新世纪’梨S基因产物被NdeⅠ切割情况一致,大小在140 bp左右和228 bp左右(图 3),因此可确定以上10个品种含有S4等位基因。

图 3 NdeⅠ酶切图 Fig. 3 Restriction pattern of Nde

另外3个品种新杭、翠冠、早美酥未被NdeⅠ切割,可能含有S3等位基因,因此将这3个品种的PCR产物,用S3等位基因的特异性限制酶PpuMⅠ进行切割。结果表明新杭、翠冠、早美酥均被 PpuMⅠ切割,且酶切产物大小与‘新世纪’梨S基因PCR产物被Ppu MⅠ切割情况一致(图 4),大小在107 bp和270 bp左右,因此可以确定新杭、翠冠、早美酥含有一个S3等位基因。

图 4 PpuMⅠ酶切图 Fig. 4 Restriction pattern of PpuMⅠ 1, 3, 4, 7品种编号见表 1 No. 1, 3, 4, 7 cultivars are shown in Tab. 1.

通过NdeⅠ和PpuMⅠ切割,可以确定黄冠等13个品种的1个S等位基因(表 3)。

表 3 13个‘新世纪’梨后代品种S3-和S4-等位基因PCR-RFLP检测及品种S基因型 Tab.3 Detection of S3-and S4-RNase alleles by PCR-RFLP, and S-genotype in 13 progenies of 'Shinseiki' pear
2.2 另一个S等位基因的DNA测序鉴定

DNA序列分析结果表明:用P1和P2可扩增出S基因保守区1和2、HV区、内含子、2条引物序列及外显子序列(图 5图 6)。序列相似性比较表明:黄冠、翠冠、早美酥、雅青、壁山二号、新杭、脆绿、西子绿、中梨二号、中梨一号、清香、新雅、青花的另1条S等位基因产物分别与S16、S5、S35、S17、S16、S1、S3、S1、S31、S35、S7、S17、S1等位基因相似性达100%(图 5图 6)。因此,它们分别含有S16、S5、S35、S17、S16、S1、S 3、S1、S31、S35、S7、S17、S1等位基因。

图 5 S基因的DNA序列比较 Fig. 5 DNA sequence alignment of S-genes HG、BSEH为品种简称,见表 1。下划线:P1,也是保守区1;双下划线:半胱氨酸残基;粗线:保守区2;虚下划线:HV区。HG and BSEH are No. of cultivars, see Tab. 1. Underline:P1,conserved region 1;Crewel:Cys;Heavy line:Conserved region 2;Dashed underline: HV region. S16:A Y249431;S5:AB045711;S35:DQ224344;S17:AY249432;S1:DQ515793;S3:AB025421;S7:AB002143;S31:DQ072113.
图 6 S基因的DNA序列比较(续) Fig. 6 DNA sequence alignment of S-genes(continued) HG、BSEH为品种简称,见表 1。虚下划线:HV区;点式下划线:内含子;波浪线:P2。HG and BSEH are No. of cultivars, see Tab. 1. Dashed underline:HV region; Point underlined: Intron; Cutting plane line:P2. S16:A Y249431;S5:AB045711;S35:DQ224344;S17:AY249432;S1:DQ515793;S3:AB025421; S7:AB002143;S31:DQ072113.
3 结论与讨论

通过分子生物学和生物信息学方法鉴定了‘新世纪’梨后代13个优良品种的S基因型,黄冠、翠冠、早美酥、雅青、壁山二号、新杭、脆绿、西子绿、中梨二号、中梨一号、清香、新雅、青花等品种的S基因型分别为S4S16、S3S 5、S3S35、S4S17、S4S16、S1S3、S3S4、S1S4、S4S31、S4S35、S 4S7、S4S17、S1S4

本文选用的13个梨品种均为‘新世纪’梨的杂交优良后代。梨自交不亲和性是属于配子体自交不亲和性,其特点为被单个S位点的复等位基因所控制,遗传模式上遵循孟德尔分离规律。‘新世纪’梨的S基因型为S3S4,因此以‘新世纪’梨为亲本进行杂交后获得的后代一定含有S3或S4等位基因。故本文利用‘新世纪’梨的S基因型,与它具有亲缘关系的梨品种为试验材料,首先确定是否含有S4等位基因(NdeⅠ比PpuMⅠ便宜),结果表明黄冠、雅青、壁山二号、新雅、脆绿、西子绿、中梨二号、中梨一号、清香、青花10个品种含有S4等位基因。然后对不含S4等位基因的梨品种新杭、翠冠、早美酥,用S3等位基因的特异性内切酶来切割,结果表明这3个品种含有S3等位基因。13个梨品种的另外1条等位基因回收测序后在GenBank中进行Blast,结果表明,测序的序列均可以在GenBank中找到,这样可以成功地鉴定13个梨品种的S基因型。

13个梨品种的亲本基因型有的已被确定,如雪花(S4S1 6)、幸水(S4S5)、鸭梨(S1S17),而其他亲本品种的S基因型的研究鲜见报道,故难以通过亲缘关系来进一步验证这13个梨品种的S基因型。但可以利用本研究结果推测出亲本的S等位基因,如早美酥S基因型为S3S35,亲本为‘新世纪’(S3S4)×早酥,按照孟德尔遗传规律早美酥的S3等位基因来自于‘新世纪’梨,而另一个等位基因S35来自于早酥,故早酥一定含有S35等位基因;中梨一号(S4S35)的S基因型也证明了这一点。中梨二号S基因型为S4S31,其中S4等位基因来自于‘新世纪’梨,S31等位基因来自于大香水,故大香水应该含有1个S31等位基因;同理可以推测三花含有1个S7等位基因,台湾横山梨含有1个S1等位基因。从新杭(S1S3)可以推测出杭青含S1等位基因,从脆绿(S3S4)推测出杭青的另一个S等位基因可能为S3或S4

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