面向数据密集型应用的细粒度内存管理方案
郝晓冉, 倪茂, 王力玉, 陈岚     
中国科学院 微电子研究所 EDA中心, 北京 100029
摘要

提出并实现了一种细粒度内存管理方案.该方案以用户数据对象为粒度对内存进行管理,当需要将部分内存数据换出以获得空闲内存空间时,不再像传统操作系统以页为单位换出,而是将多个冷数据对象换出到底层存储设备中,最大限度地保证了被换出的数据近期内不会再次被访问,从而有效减少了额外的I/O开销.测试结果表明,本方案与操作系统页交换机制相比,系统响应速度平均提高了37.5%.

关键词: 计算机系统结构     页交换     数据密集型应用     虚拟内存管理     物理内存管理    
中图分类号:TP302.1 文献标志码:A 文章编号:1007-5321(2017)03-0091-06 DOI:10.13190/j.jbupt.2017.03.013
Fine-Grained Memory Management Scheme for Data Intensive Applications
HAO Xiao-ran, NI Mao, WANG Li-yu, CHEN Lan     
Institute of Microelectronics of Chinese Academy of Sciences, the EDA Center of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100029, China
Abstract

For data intensive applications, a fine-Grained memory management scheme was proposed. The object-granularity data exchange between dynamic random access memory (DRAM) and swap device scheme was achieved. When DRAM is to be exhausted, the proposed scheme will swap data objects with low access frequency out to swap device, which reduces extra system I/O effectively. Compared to Linux-swap system, the proposed scheme improves system performance up to 37.5% in average.

Key words: computer system architecture     page swapping     data intensive application     virtual memory management     physical memory management    

数据密集型应用在运行过程中往往需要占用大量的物理内存空间[1-2],当系统空闲物理内存小于某一阈值时,页面交换机制把被访问概率较小的冷内存页临时换出至交换分区中[3]. 1个4 KB的内存页中往往包含多个冷热度不同的用户数据,当被换出页中的某一数据再次被访问时,系统需要将该内存页从交换分区中换入内存,增加了系统的I/O开销.由于底层存储设备的访问速度与动态随机存取存储器内存(DRAM, dynamic random access memory)相比相差甚远,因此对于数据密集型应用,内存与交换分区之间的数据交换将严重影响系统的响应速度.

越来越多的企业,如Facebook[4]、Google[5]、MySpace[6]等,使用基于闪存的固态硬盘(SSD, solid state drives)部分或全部替代传统的硬盘.针对闪存的特性,提出了SSD交换分区的优化方案. Sohyang Ko[7-8]、Guangxia Xu[9]等通过优化SSD垃圾回收算法,减少对SSD的擦除和数据拷贝的次数. Yunjoo Park[10]等将新型非挥发存储器件相变存储器(PCM, phase change memory)作为交换分区的存储介质,通过减小页的尺寸,关闭read-ahead选项,提高了基于PCM的交换分区的性能.上述研究根据存储介质特性,通过优化其自身的管理过程,从一定程度上克服了将其作为交换分区存储介质时存在的问题.

笔者针对数据密集型应用,从优化DRAM与SSD交换设备之间的数据交换过程入手,提出了一种细粒度内存管理方案(FG_MM, fine grained_memory management).定义用户1次申请的数据空间为1个数据对象,FG_MM以数据对象为粒度对内存进行管理[11],尽可能保证被换出的数据全部为冷数据对象,有效防止了因部分热点数据一并被换出而导致的底层存储设备访问次数的增加.

1 FG_MM 1.1 整体架构

FG_MM的整体架构如图 1所示. FG_MM首先向系统申请一段连续内存空间供其自行管理,当用户通过FG_MM中的内存分配接口申请内存空间时,FG_MM将从这段内存空间中为其分配所需的空间,当申请的这段内存空间用尽时,FG_MM将再次向系统申请一段内存空间进行分配.当用户需要访问内存数据时,如果所访问的数据在DRAM内存中,则系统将所需数据直接返回给用户;如果所访问的数据不在DRAM内存中,发生了系统缺页异常,将触发FG_MM中的缺页异常(FGMM_Page-Fault, fine grained_memory management page-fault)处理过程:若该数据空间由系统分配,将转向系统的缺页异常处理函数进行缺页异常处理;若该数据空间由FG_MM分配,则通过查询数据对象查找表(OT, object table),其中记录了虚拟地址到SSD逻辑地址的映射关系,根据被访问页的虚拟地址获得该页在SSD中的逻辑地址,然后根据该逻辑地址,将数据从SSD换入DRAM中,然后返回给用户.

图 1 FG_MM系统框图
1.2 虚拟页的管理及其与物理页的映射

要实现DRAM与SSD之间以数据对象为粒度的数据交换,在进行虚拟内存分配时每个虚拟内存页只保存1个数据对象[11].如果虚拟页与物理页仍然保持一一对应的关系,将造成大量物理内存的浪费.因此采用多个虚拟页映射到同一个物理页的多对一的映射机制[12].

1个物理页被划分成多个大小相同的细粒度页(FG_page, fine-grained page),划分的粒度G可以是0.5、1、1.5、2、3.5、4 KB.当4 KB不能被G整除时,4 KB中剩余的部分将被划分到相应粒度大小的内存空间中,例如当G=1.5 KB时,4 KB中剩余的1 KB将被划分到G=1 KB的内存空间中.

图 2所示,要实现多个虚拟页向同一个物理页的映射,在分配虚拟页时,需要按照不同的页内偏移量保存数据对象,这样虽然3个虚拟页映射到同一物理页中,仍然可以根据不同的页内偏移量访问所需的数据对象.通过手动填写页表(PTE, page table entry)中物理地址的方式,完成多个虚拟页向同一个物理页的映射.

图 2 虚拟页的管理及其与物理页的映射
1.3 物理内存的管理

每当FG_MM管理的内存用尽时,FG_MM会向系统申请1 MB连续的内存空间,称为1个内存块,并根据当次用户请求中数据对象的大小(size)将这一内存块划分成多个相同大小、不同偏移量(offset)的FG_page,并称一种数据对象大小、偏移量的组合(size, offset)为1个内存分配模式(shape),每个模式都有一个空闲内存列表(free-list),划分好的FG_page被链入相应的空闲内存列表中.每个shape还对应两个先进先出(FIFO, first in first out)链表,活跃的FIFO链表和不活跃的FIFO链表,活跃的FIFO链表用于存放具有此种模式的活跃FG_page,不活跃的FIFO链表则用来存放不活跃的FG_page,当系统没有1 MB的连续空间可以分配给FG_MM时,FG_MM将从不活跃FIFO中淘汰数据.

首次写入用户数据的FG_page,根据FG_page的shape,链入相应的活跃的FIFO的头部,并将其PTE中访问控制位置1,表示该FG_ page刚刚被访问过,是活跃页.当活跃的FIFO链表满时,将从其尾部开始检测每个FG_ page的访问控制位,若该位为1,则将其置0,并重新链入到活跃的FIFO的头部;若该位为0,则将其淘汰至不活跃的FIFO中.当不活跃的FIFO满时,检测其尾部FG_ page的访问控制位,若该位为1,则将此FG_ page对应的访问控制位置0,并重新链入到活跃的FIFO的头部;若该位为0,则将其淘汰至SSD中. 图 3以size=1为例说明了物理内存的管理过程.

图 3 物理内存管理
1.4 SSD的管理

为了建立虚拟地址与SSD逻辑地址之间的映射,FG_MM定义了OT,OT以虚拟地址为索引,其内保存了数据对象的大小、页内偏移及在SSD中的逻辑地址.当成功分配1个虚拟内存页时,FG_MM会将该虚拟页中数据对象的大小及页内偏移量写入OT中.当该数据对象被淘汰至SSD中时,FG_MM将把它在SSD中的逻辑地址写入OT中.

基于闪存的SSD采用日志管理的方式管理[13-14],SSD以4 KB为单位读取数据,而以块(如块大小为256 KB)为单位写入数据,为了适应SSD这一读写特性,FG_MM预留了1个块缓存,需要被淘汰至SSD的数据对象连同其虚拟地址先被保存在块缓存中,当块缓存存满后,会将整个块缓存中的数据一起写入SSD中.根据每个块头部保存的其内所包含的数据对象的虚拟地址,FG_MM将每个数据对象在SSD中的逻辑地址写入OT中.

因为SSD是按块写入,所以需要对SSD的逻辑地址空间进行垃圾回收.当SSD可用的逻辑空间小于某个阈值时,FG_MM将在后台启动垃圾回收过程,系统为整个SSD逻辑地址空间创建了垃圾回收表,表中保存了每个数据块中无效数据的总量,当1个数据块中所包含的无效数据量超过某个阈值时,该数据块将成为垃圾回收过程的备选数据块.

1.5 系统实现

为了方便用户使用以及与Linux系统的集成,本方案的设计遵循以下原则:FG_MM提供的内存分配、释放接口,数据读、写接口完全独立于系统原有的接口,且两者管理的虚拟地址空间与物理地址空间也完全独立.这样用户可以根据应用的特点(如用户数据的大小或数据的重要程度),灵活选择调用的接口.例如,当用户数据对象大小大于4 KB或者用户数据对象为经常被访问的元数据时,用户可以调用系统原有接口进行内存的分配与管理.

本方案以库的形式对FG_MM内存管理系统进行封装,提供了以下6个接口供用户调用.

1) void sysInit(),void sysQuit():sysInit()用于初始化FG_MM系统中的元数据;sysQuit()用于在系统退出前释放所用的内存空间.

2) void* nv_malloc(SIZE_t userReqSize):该函数用于为每个数据对象分配大小为userReqSize的内存空间.

3) void*nv_calloc(SIZE_t nmemb, SIZE_t userReqSize):该函数为nmemb个数据对象分别分配大小为userReqSize的内存空间.

4) void* nv_realloc(void* vaddr, SIZE_t userReqSize):该函数把由vaddr指向的内存空间的大小调整为userReqSize字节.

5) void nv_free(void* vaddr):该函数用于释放指针vaddr指向的内存空间.

1.6 适用的应用场景

FG_MM适用于用户所需物理内存空间远大于系统所能提供的最大物理内存空间的应用场景,如内存数据库、内存缓存系统等.例如在内存数据库的应用中,为了提高数据的处理速度,用户数据被存储在DRAM中而非底层存储设备中.这就需要系统能够提供足够的物理内存空间存放数据,但是由于DRAM在存储容量、功耗以及成本等方面的局限性,使得系统不可能无限制增加DRAM容量以满足用户的需求.当内存中无法容纳更多用户数据时,就会发生DRAM与底层存储设备之间的数据交换.在这种情况下,FG_MM的细粒度内存管理方案可以有效减少内存与底层存储设备间不必要的换入换出操作,从而减少数据交换过程对系统性能的影响.

注意,对于大部分数据对象大小都较小(远小于最小划分粒度,如256 B)的情况,本方案并不适用,因为这将造成大量物理内存空间的浪费以及元数据的大量增加,此时建议调用系统原有的内存管理函数进行内存空间的分配与管理.

2 测试结果及分析

选择不同的测试用例对FG_MM与Linux操作系统内存交换机制之间的性能进行比较.包括随机访问测试程序、数据索引测试程序B-tree,以及快速排序测试程序Quicksort等.

实验中,测试用服务器为8核i7-4790 3.6 GHz处理器,存储系统使用6 GB的DRAM和120 GB的金士顿SSD.服务器操作系统是以64-bit Linux 2.6.32为核心的CentOS系统.该系统为FG_MM预留了一段物理内存空间供其自行管理. FG_MM与系统内存交换机制用于与DRAM进行数据交换的SSD存储区域相互独立.为了测试大内存数据下系统的性能,设定由FG_MM自行管理的DRAM内存容量为64 MB,而测试程序的数据总量为10 GB,远大于FG_MM管理的内存空间,这样只有少部分数据驻留在DRAM中,而大部分数据需要保存在SSD中,在随机访问内存数据时就会频繁产生DRAM与SSD之间的数据交换.由于FG_MM系统元数据(OT,free-list, 活跃的/不活跃的FIFO)将占用部分系统DRAM空间,因此FG_MM实际占用的DRAM空间大于64 MB,为了比较的公正性,在测试内存交换机制系统性能时,也将为其设置与FG_MM实际占用内存总量相等的内存空间.

2.1 随机访问

对大量内存数据进行随机访问,为了使访问特性更符合实际情况,设计数据访问特性符合Zipf定律,即80%的访问集中在20%的数据中.内存数据集总大小为10 GB,被访问的数据总量为1 GB.不同的读写比例下,FG_MM与系统内存交换机制之间的性能比较如图 4所示.图中,纵坐标响应时间为测试程序的运行时间(以下各实验同).从图 4可以看出,在相同的运行环境下,FG_MM系统的数据响应速度与系统内存交换机制相比提高了42%~44%. FG_MM以数据对象为粒度对数据进行管理,当DRAM无可用空间,需要向SSD淘汰数据时,也将以数据对象为粒度进行淘汰,这样最大程度保证了所淘汰的数据为冷数据.而系统内存交换机制以4 KB为单位进行数据的淘汰,如果被淘汰的页中包含热点数据对象,那么被淘汰的页可能会在短期内再次被换入内存,增加了系统访问底层设备的开销.当读写比例为8:2时,在不同数据对象大小下,FG_MM与系统内存交换机制之间的性能比较如图 5所示.图中固定512 B、固定1 KB、固定2 KB分别表示数据对象大小固定为512 B、1 KB和2 KB;随机512 B、随机1 KB、随机2 KB分别表示数据对象大小随机,平均值为512 B,1 KB和2 KB.由图 5可以看出,FG_MM系统的数据响应速度与系统内存交换机制相比提高了30.6%~47.5%,无论数据对象是固定大小还是随机大小,随着数据对象大小与4 KB不断接近,FG_MM与系统内存交换机制之间的性能差异逐渐减小.因为当数据对象大小逐渐增大时,其与原Linux系统中4 KB的交换粒度逐渐接近,因此FG_MM与原Linux系统之间的性能差异也将逐渐减小.

图 4 不同读写比例下随机访部测试结果

图 5 不同数据对象大小下随机访部测试结果
2.2 B-tree

B-tree平衡多路查找树用于快速查找数据,树中每个节点根据实际情况可以包含大量的关键字信息和分支,这样树的深度降低了,能够快速访问到要查找的数据.在该测试程序中,B-tree树结构占用的内存空间由Linux系统分配和管理,树结构中每个关键字对应的数据空间由FG_MM进行分配和管理.测试中,内存数据总量为10 GB,被访问的数据总量为1 GB,读写比例为8:2.

不同数据对象大小下,FG_MM与系统内存交换机制对测试程序B-tree的响应时间如图 6所示.从图中可以看出,当数据对象大小固定时,FG_MM的响应速度与系统内存交换机制相比提高了24%~45%;当数据对象大小随机时,FG_MM的响应速度与系统内存交换机制相比提高了42%~50%.

图 6 不同数据对象大小下B-tree测试结果
2.3 Quicksorting

Quicksorting测试程序随机从10 GB的数据集中选取1 GB的数据,按照一定的规则进行排序.此应用的读、写操作都较为频繁.因进行排序的数据通常为同一类型的数据,因此,数据对象大小为固定大小.在不同固定数据对象大小下,FG_MM与系统内存交换机制的系统响应时间如图 7所示.由图 7可见,由于FG_MM采用了以数据对象为粒度的内存管理方式,使得内存数据的换入、换出更加高效,有效减少了不必要的换入换出操作,从而响应速度提高了27%~57%.

图 7 不同数据对象大小下Quicksorting测试结果
2.4 Bloom filter

Bloom filter测试用例通过8个哈希表实现关键字的插入和索引.当需要插入1个关键字时,该关键字最多可以映射到8个不同的数据对象中,这时就需要读取这8个数据对象并对相应的映射位进行修改,当修改后的数据对象需要被换出时,需要将其写回到SSD中.因此,该测试用例属于读写操作都较多的应用.由于Bloom filter测试用例本身的特性,测试只能选择固定的数据对象大小.由图 8可以看出,FG_MM系统响应速度与系统内存交换机制相比提高了16%~31%.

图 8 不同数据对象大小下Bloom filter测试结果
2.5 元数据开销

FG_MM方案额外的元数据内存开销主要由两部分组成.

1) FG_MM为每个细粒度物理页分配1个24 B的结构体对其进行管理.在极端情况下,当用户请求的数据对象大小都小于最小页粒度Cmin时,所有物理页都按照最小页粒度的大小进行划分,此时,管理物理内存所需要的元数据开销Pmeta也将达到最大值(假设FG_MM管理的物理内存大小为M):

${P_{{\rm{meta}}}} = \frac{M}{{{C_{\min }}}} \times 24$

2) FG_MM为用户虚拟地址和SSD逻辑地址之间建立了基于数据对象的映射表OT.该表的每个表项大小为8 B,保存了数据对象的大小、偏移和SSD逻辑地址等信息.该表的总大小Ometa与用户请求的数据对象个数Nobj有关,随着Nobj的增加,Ometa的大小线性增长.

${O_{{\rm{meta}}}} = {N_{{\rm{obj}}}} \times 8$

对于操作系统原有内存管理过程,当用户通过系统库函数malloc()等分配内存空间时,系统也需要利用一定大小的元数据记录数据大小等信息.当物理页被换出到交换分区中时,物理页在交换分区中的索引信息被记录在页表项PTE中的物理地址字段中,无需额外建立映射表.因此FG_MM的元数据内存开销主要来源于OT.但是,因为FG_MM采用细粒度的内存管理方案,减小了不必要的内存数据换入换出。上述实验结果表明,本方案能够有效减少程序运行时间,元数据增加对系统性能产生的不良影响小于本方案对系统带来的利好.

3 结束语

在Linux等传统的操作系统中,内存系统都是以页为单位进行管理的,当物理内存占用量超过一定阈值时,为保证有足够的内存供系统使用,系统将部分内存数据换出到交换分区中,当被换出的数据再次被访问时,需要将该数据从交换分区中换入内存以供系统访问. 1个页中往往包含多个冷热度不同的用户数据,当被换出的页中包含热点数据时,该页就可能在短时间内再次被换入内存,造成了不必要的内存数据换入换出操作,影响了系统的响应速度.

笔者针对数据密集型应用,提出并实现了一种细粒度的内存管理方案FG_MM,该方案不再以4 KB为粒度对内存空间进行管理,而是以数据对象为粒度分配、管理内存.当内存用尽,需要与底层存储设备发生数据交换时,内存数据的换入、换出也将以数据对象为粒度进行管理,这样系统可以将多个冷的数据对象换出到底层存储设备中,减少了不必要的内存数据换入换出操作,提高了系统的响应速度.实验结果表明,在不同的应用场景下,FG_MM与系统内存交换机制相比,响应速度平均提高了37.5%.

FG_MM内存管理粒度为固定大小(256 B, 512 B, 1 KB,…,4 KB),会在一定程度上造成物理内存的浪费.例如,当用户申请128 B的内存空间时,系统也将为其分配256 B的内存空间,产生内存碎片,如何对产生的碎片内存进行合理的管理与利用将是本方案未来优化的重点.

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