浙江大学学报(农业与生命科学版)  2017, Vol. 43 Issue (4): 425-430
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浙江丽水中华蜜蜂线粒体遗传多样性分析[PDF全文]
曹联飞1, 顾佩佩2, 林宇清2    
1. 浙江省农业科学院畜牧兽医研究所,杭州 310021;
2. 丽水市畜牧兽医局,浙江 丽水 32300
摘要: 为了解浙江省丽水市中华蜜蜂(中蜂)的遗传多样性及分类地位,基于mtDNA tRNAleu~COⅡ序列对丽水市9个区县共94个中蜂样本进行序列测定和相关分析。群体多样性分析显示:丽水市中蜂的平均核苷酸多样度(Pi)为0.003 52,平均单倍型多样度(Hd)为0.772±0.036,多样性较高;共发现20个单倍型,其中主体单倍型占总样本数的41.5%,与已报道的福建主体单倍型以及广州序列相同,支持丽水中蜂划为华南中蜂类型;丽水中蜂的第二大单倍型的分布频率与福建中蜂明显不同,同时首次报道2个新发现的单倍型,提示丽水中蜂有其独特的遗传背景。单倍型聚类分析显示,丽水中蜂的单倍型与地理分布有较大关系,说明丽水多山环境的地理隔离可能形成了地区间中蜂的分化。该研究为丽水中华蜜蜂的资源保护及开发利用提供了重要的理论依据。
关键词: 丽水市    中华蜜蜂    遗传多样性    线粒体DNA    
Genetic diversity of Apis cerana cerana based on mitochondrial DNA in Lishui, Zhejiang, China.
CAO Lianfei1, GU Peipei2, LIN Yuqing2    
1. Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou 310021, China;
2. Animal Husbandry and Veterinary Bureau of Lishui City, Lishui, 323000, Zhejiang, China
Abstract: Apis cerana cerana is a native honeybee species in China, which is widely distributed in all parts of the country, especially in the hills and mountains of the South China. Apis mellifera was introduced into China in the end of the 19th century. With interspecific competition and destruction of ecological environment, the number of Apis cerana cerana colonies in China declined sharply. In 2006, Apis cerana cerana was among the List of the Genetic Resources of Livestock and Poultry under Protection in China. Located in the southwest of Zhejiang Province, China, Lishui City is a mountainous area and known as"the first ecological city in China"with the forest coverage rate of 80.8% and a variety of climate and vegetation. Lishui has a long history of raising Apis cerana cerana. In recent years, the number of Apis cerana cerana colonies in Lishui increased significantly. In order to understand the genetic diversity and taxonomic status of Apis cerana cerana in Lishui, the mitochondrial DNA tRNAleu-COⅡ sequences of 94 samples from each district and county of Lishui were determined and further analyzed in the study. It was shown that the nucleotide polymorphism (Pi) was 0.003 52 and the haplotype diversity (Hd) was 0.772±0.036, which indicated that the genetic diversity of Apis cerana cerana in Lishui was high. Twenty haplotypes were found in 94 honeybee colonies. The main haplotype was found in 41.5% of the honeybee colonies and was identical to the main haplotype which was found in Apis cerana cerana in Fujian Province and also was identical to the sequence found in Guangzhou. Therefore, the results support Apis cerana cerana in Lishui belongs to the honeybee type of South China. However, the second most common haplotype in Lishui was different from that in Fujian Province. There were also two new haplotypes found in Lishui. The results indicated that Apis cerana cerana in Lishui had a unique genetic background. Furthermore, cluster analysis showed that the clusters of the haplotypes were closely associated with their geographical distribution, which indicated that different geographic Apis cerana cerana populations had been possibly differentiated by the geographical isolation in mountainous areas of Lishui. The above results are of great significance to the protection and reasonable use of the genetic resources of Apis cerana cerana in Lishui.
Key words: Lishui City    Apis cerana cerana    genetic diversity    mitochondrial DNA    

中华蜜蜂(Apis cerana cerana)简称中蜂,是中国境内东方蜜蜂(Apis cerana)的总称,广泛分布于除新疆以外的全国各地,特别是南方的丘陵、山区[1]。中蜂善于采集零星蜜源,抗逆能力强,适合山区定地饲养,在我国具有悠久的饲养历史,其传粉作用对形成我国独特的植被体系、保证植物繁衍生息和维护生态平衡均起着重要作用。19世纪末西方蜜蜂开始引入我国,中蜂在种间竞争中处于劣势,加之自然生态环境的破坏,我国中蜂数量锐减[2]。2006年,中蜂被列入《国家级畜禽遗传资源保护名录》。

丽水位于浙江省西南部,以山区为主,森林覆盖率达到80.8%,具有多样性的气候与植被,被誉为“中国生态第一市”。丽水市中蜂养殖历史悠久,各个区县均有分布。近年来,基于生态优势,丽水市政府加大了对中蜂资源的保护与利用,同时将中蜂养殖作为山区农民脱贫增收的重要产业,中蜂数量明显增加,2016年丽水市被授予“中国蜜蜂之乡”。

遗传多样性研究是中蜂有效保护与合理利用的基础。目前,我国中蜂可划分为北方中蜂、华南中蜂、华中中蜂、云贵高原中蜂、长白山中蜂、海南中蜂、阿坝中蜂、滇南中蜂和西藏中蜂等9个类型[1]。由于蜜蜂是社会性昆虫,同一个蜂群中的所有工蜂具有相同的母系,因而近年来线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)在中蜂的遗传多样性研究中得到了大量应用[3]。姜玉锁等[4]利用mtDNA分析发现我国境内不同地理型中蜂存在着较明显的遗传分化。周姝婧等[5]、YIN等[6]和谷瑛等[7]利用mtDNA分别对福建、云南、重庆的中蜂进行了遗传多样性分析,均发现遗传分化不明显。赵东绪等[8]通过对浙江省中蜂的形态特征进行研究发现其变异丰富。曹联飞等[9]利用微卫星标记对浙江省中蜂的遗传多样性进行了初步研究,发现其遗传多样性较低。本研究基于目前应用较多的mtDNA tRNAleu~COⅡ序列对丽水地区中蜂进行遗传多样性分析,旨在为丽水地区中蜂资源的保护和合理开发利用提供参考依据。

1 材料与方法 1.1 样本采集

2015—2016年在丽水市9个区县各随机选择3个蜂场,每个蜂场采集5群中华蜜蜂。蜂场的蜂群来源主要为野生收捕,饲养方式主要为无框桶养,以尽可能保证采集的蜂群来自于本地群体。每群随机取几十只工蜂,放入无水乙醇中,置于-20 ℃冰箱保存备用。考虑到有的区县采样蜂场距离较近,按照每个乡镇5群左右选取实验样本,最终样本数量为94群。

1.2 实验方法 1.2.1 基因组DNA提取

取无水乙醇浸泡保存的蜜蜂样本,每群取1只,剪取蜜蜂胸部肌肉,按照细胞/组织基因组DNA提取试剂盒DP1201(北京百泰克生物技术有限公司)的说明和步骤提取蜜蜂总DNA。

1.2.2 mtDNA tRNAleu~COⅡ序列扩增与测序

使用引物E2:5'-GGCAGAATAAGTGCATTG-3'和H2:5'-CAATATCATTGATGACC-3' [10]进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增。PCR反应体系(40 μL):10×缓冲液4 μL,25 mmol/L MgCl2 4 μL,10 mmol/L dNTP 4 μL,10 nmol/L引物各1.6 μL,DNA模板3 μL,Taq酶0.5 μL,用ddH2O补至40 μL。PCR反应程序:94 ℃ 5 min;94 ℃ 1 min,50 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,35个循环;72 ℃ 10 min。PCR产物送生工生物工程(上海)股份有限公司进行双向测序。

1.2.3 数据分析

使用DNAStar 5.0和Clustal X 1.81[11]分别进行序列拼接和比对。利用MEGA 6.0[12]输出碱基组成、变异位点、简约信息位点以及进行聚类分析等。利用DnaSP 5.0[13]进行单倍型分析。

2 结果与分析 2.1 序列扩增结果

94个中蜂样本经扩增后均获得长度接近500 bp的条带(图 1),与目的片段大小一致。

M: DL2000标志物;(1~8):PCR产物。 M: DL2000 marker; (1-8): PCR products. 图1 PCR扩增结果 Fig. 1 PCR amplification results
2.2 序列碱基组成及变异情况

对94条序列进行比对发现,截除两端引物序列后,绝大部分序列长度为414 bp,另外6条序列由于缺失1个碱基为413 bp,1条序列由于4个碱基重复为418 bp。以414 bp序列为标准,1~18 bp为tRNAleu基因部分序列,19~107 bp为非编码区序列,108~414 bp为COⅡ部分序列。4个碱基重复和1个碱基缺失均发生在非编码区。所有序列的A+T含量平均为84.5%。

序列分析结果显示共有16个变异位点,其中7个在非编码区,9个在COⅡ编码区。16个变异位点均为碱基转换,其中A/G有9个,T/C有7个。变异位点包括9个简约信息位点和7个单一多态位点。根据序列变异共获得20个单倍型,分别命名为LS1~20,各个单倍型的序列变异位点如表 1所示。

表1 20个单倍型的序列变异位点 Table 1 Variation of nucleotide sites of 20 haplotypes
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2.3 群体多样性分析

丽水中蜂平均核苷酸差异数k为1.452,平均核苷酸多样度(Pi)为0.003 52,平均单倍型多样度(Hd)为0.772±0.036。

20个单倍型在丽水中蜂中的分布情况如表 2所示。统计发现:单倍型LS1出现在39个样本中,占总样本数的41.5%;单倍型LS2出现在9个样本中,占总样本数的9.6%;单倍型LS3出现在15个样本中,占总样本数的16.0%;单倍型LS4和LS5分别出现在5个样本中,分别占总样本数的5.3%;单倍型LS6和LS20分别出现在3个样本中,分别占总样本数的3.2%;单倍型LS10和LS15分别出现在2个样本中,分别占总样本数的2.1%;其余单倍型的样本数均为1个。

表2 20个单倍型在丽水市各个区县的分布情况 Table 2 Distributions of 20 haplotypes for honeybees (Apis cerana cerana) in each district and county of Lishui, Zhejiang, China
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统计各个区县的单倍型分布发现,缙云、松阳、龙泉、景宁、庆元等地的单倍型类型较多且在样本中的分布较为均匀。在缙云11个样本中共发现5个单倍型,大多分布于2~3个样本中。在景宁6个样本中共发现5个单倍型,分布于1~2个样本中。

2.4 单倍型聚类分析

利用邻接法(neighbor-joining, NJ)对20个单倍型进行聚类分析,得到5个支持率较高的分支(图 2)。其中:单倍型LS2和LS4聚为一支,结合单倍型在样本中的分布,主要来源于松阳;单倍型LS5和LS8聚为一支,主要来源于相邻的莲都和青田;单倍型LS10和LS20聚为一支,主要来源于庆元;单倍型LS6和LS15聚为一支,主要来源于缙云和景宁;单倍型LS13和LS17聚为一支,主要来源于相邻的龙泉和松阳。

图2 基于邻接法的各个单倍型聚类分析 Fig. 2 Cluster analysis of haplotypes based on neighbor-joining (NJ) method
2.5 与已有报道序列比对

将发现的主要单倍型序列与NCBI数据库中已报道的序列进行比对。结果显示:单倍型LS1序列与姜玉锁等[4]报道的广州序列以及周姝婧等[5]报道的福建主体单倍型Acmt01001相同;单倍型LS2序列与周姝婧等[5]报道的福建单倍型Acmt01002相同;单倍型LS3序列与周姝婧等[5]报道的福建单倍型Acmt01018相同;单倍型LS4、LS5、LS6、LS10序列在NCBI中也均有报道;而单倍型LS15和LS20尚未见报道(新申请的NCBI登录号分别为KY964596和KY964597)。

3 讨论

中蜂是我国的本土蜂种,在长期的自然选择过程中,各地中蜂对当地的生态环境产生了极强的适应性,形成了许多不同的类型[1]。近年来,国家非常重视中蜂的遗传资源保护工作,针对不同类型的中蜂建立了多个保种场和保护区。遗传多样性分析是进行中蜂保护和利用的基础,对本地中蜂的选育提高以及新品系培育具有重要的参考意义。本文采用在蜜蜂研究中最为常用的mtDNA tRNAleu~COⅡ序列对丽水地区中蜂进行遗传多样性分析,对该地区中蜂的保护和利用具有重要意义。

研究结果显示,94群丽水中蜂共存在20个单倍型,平均核苷酸多样度(Pi)为0.003 52,平均单倍型多样度(Hd)为0.772。周姝婧等[5]利用相同基因序列分析了福建省中蜂的遗传多样性,其中与丽水相邻的福建政和采样点的样本量为50个,得到的平均核苷酸多样度(Pi)为0.001 79,平均单倍型多样度(Hd)为0.509。说明丽水中蜂的遗传多样性高于福建政和。与国内其他地区相比[6-7],丽水中蜂的平均核苷酸多样度或平均单倍型多样度也相对较高,这可能与丽水较好的生态条件和多样性的气候及植被有关。

单倍型分析发现,单倍型LS1占总样本数的41.5%,为丽水中蜂的主体单倍型。这一单倍型与姜玉锁等[4]报道的广州序列以及周姝婧等[5]报道的福建主体单倍型相同,而福建主体单倍型占福建总样本数的59.9%。目前,以地理分布和形态指标为主要依据,中蜂可分为9大类型,其中广东、福建、浙江(除西部外)均属于华南中蜂类型。本研究结果支持丽水中蜂划为华南中蜂类型。值得注意的是,除了主体单倍型LS1,单倍型LS3占丽水中蜂总样本数的比例最大,为16.0%,且在丽水9个区县中的7个区县均有发现。虽然这个单倍型在周姝婧等[5]报道的福建中蜂中也有发现,但是它的出现频率却只有0.71%。此外,单倍型LS15和LS20目前尚未见报道,而这2个单倍型在丽水各自采样地的样本中也有较高的比例。因此,综合以上结果,本研究认为丽水中蜂虽然属于华南中蜂类型,但是也具有自己独特的遗传背景。这可能与丽水中蜂在本地的适应性进化有关。

聚类分析结果显示,大部分分支内的单倍型主要来源于一个区县或者相邻的区县,单倍型的划分与地理分布有较大关系,说明丽水多山环境的地理隔离、多样性的气候与植被可能促进了地区间中蜂的分化。此外,另一个分支的单倍型却主要来源于距离较远的缙云和景宁,推测可能与近年来交通便利化带来的远距离蜂群引进有关,同时这也可能是缙云中蜂单倍型较多的一个形成因素。龙泉、景宁等地中蜂的单倍型较多则可能与其地理隔离条件较好有关。

近年来,我国许多地区对本地中蜂的遗传多样性进行了相关研究,为各地中蜂的保护和利用提供了宝贵数据。浙江以山地和丘陵为主,生态环境较好,中蜂饲养历史悠久,近年来浙江丽水等地大力发展中蜂养殖,全省中蜂数量增加迅速。尤其值得注意的是,依据目前中蜂类型的划分标准,浙江大部分地区被划为华南中蜂类型,而浙江西部被划为华中中蜂类型。然而,目前关于浙江中蜂遗传多样性的相关研究却鲜有报道,因此,建议加强相关研究工作。

4 结论

浙江省丽水市中华蜜蜂遗传多样性较高,属于我国中蜂9大类型中的华南中蜂类型。由于较好的生态条件和多样性的气候与植被,丽水市中蜂具有独特的遗传背景。丽水市中蜂单倍型的形成可能与多山环境的地理隔离有较大关系。因此,丽水市中蜂具有较大的保种和育种价值。

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