浙江丽水中华蜜蜂线粒体遗传多样性分析 | [PDF全文] |
2. 丽水市畜牧兽医局,浙江 丽水 32300
2. Animal Husbandry and Veterinary Bureau of Lishui City, Lishui, 323000, Zhejiang, China
中华蜜蜂(Apis cerana cerana)简称中蜂,是中国境内东方蜜蜂(Apis cerana)的总称,广泛分布于除新疆以外的全国各地,特别是南方的丘陵、山区[1]。中蜂善于采集零星蜜源,抗逆能力强,适合山区定地饲养,在我国具有悠久的饲养历史,其传粉作用对形成我国独特的植被体系、保证植物繁衍生息和维护生态平衡均起着重要作用。19世纪末西方蜜蜂开始引入我国,中蜂在种间竞争中处于劣势,加之自然生态环境的破坏,我国中蜂数量锐减[2]。2006年,中蜂被列入《国家级畜禽遗传资源保护名录》。
丽水位于浙江省西南部,以山区为主,森林覆盖率达到80.8%,具有多样性的气候与植被,被誉为“中国生态第一市”。丽水市中蜂养殖历史悠久,各个区县均有分布。近年来,基于生态优势,丽水市政府加大了对中蜂资源的保护与利用,同时将中蜂养殖作为山区农民脱贫增收的重要产业,中蜂数量明显增加,2016年丽水市被授予“中国蜜蜂之乡”。
遗传多样性研究是中蜂有效保护与合理利用的基础。目前,我国中蜂可划分为北方中蜂、华南中蜂、华中中蜂、云贵高原中蜂、长白山中蜂、海南中蜂、阿坝中蜂、滇南中蜂和西藏中蜂等9个类型[1]。由于蜜蜂是社会性昆虫,同一个蜂群中的所有工蜂具有相同的母系,因而近年来线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)在中蜂的遗传多样性研究中得到了大量应用[3]。姜玉锁等[4]利用mtDNA分析发现我国境内不同地理型中蜂存在着较明显的遗传分化。周姝婧等[5]、YIN等[6]和谷瑛等[7]利用mtDNA分别对福建、云南、重庆的中蜂进行了遗传多样性分析,均发现遗传分化不明显。赵东绪等[8]通过对浙江省中蜂的形态特征进行研究发现其变异丰富。曹联飞等[9]利用微卫星标记对浙江省中蜂的遗传多样性进行了初步研究,发现其遗传多样性较低。本研究基于目前应用较多的mtDNA tRNAleu~COⅡ序列对丽水地区中蜂进行遗传多样性分析,旨在为丽水地区中蜂资源的保护和合理开发利用提供参考依据。
1 材料与方法 1.1 样本采集2015—2016年在丽水市9个区县各随机选择3个蜂场,每个蜂场采集5群中华蜜蜂。蜂场的蜂群来源主要为野生收捕,饲养方式主要为无框桶养,以尽可能保证采集的蜂群来自于本地群体。每群随机取几十只工蜂,放入无水乙醇中,置于-20 ℃冰箱保存备用。考虑到有的区县采样蜂场距离较近,按照每个乡镇5群左右选取实验样本,最终样本数量为94群。
1.2 实验方法 1.2.1 基因组DNA提取取无水乙醇浸泡保存的蜜蜂样本,每群取1只,剪取蜜蜂胸部肌肉,按照细胞/组织基因组DNA提取试剂盒DP1201(北京百泰克生物技术有限公司)的说明和步骤提取蜜蜂总DNA。
1.2.2 mtDNA tRNAleu~COⅡ序列扩增与测序使用引物E2:5'-GGCAGAATAAGTGCATTG-3'和H2:5'-CAATATCATTGATGACC-3' [10]进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增。PCR反应体系(40 μL):10×缓冲液4 μL,25 mmol/L MgCl2 4 μL,10 mmol/L dNTP 4 μL,10 nmol/L引物各1.6 μL,DNA模板3 μL,Taq酶0.5 μL,用ddH2O补至40 μL。PCR反应程序:94 ℃ 5 min;94 ℃ 1 min,50 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,35个循环;72 ℃ 10 min。PCR产物送生工生物工程(上海)股份有限公司进行双向测序。
1.2.3 数据分析使用DNAStar 5.0和Clustal X 1.81[11]分别进行序列拼接和比对。利用MEGA 6.0[12]输出碱基组成、变异位点、简约信息位点以及进行聚类分析等。利用DnaSP 5.0[13]进行单倍型分析。
2 结果与分析 2.1 序列扩增结果94个中蜂样本经扩增后均获得长度接近500 bp的条带(图 1),与目的片段大小一致。
对94条序列进行比对发现,截除两端引物序列后,绝大部分序列长度为414 bp,另外6条序列由于缺失1个碱基为413 bp,1条序列由于4个碱基重复为418 bp。以414 bp序列为标准,1~18 bp为tRNAleu基因部分序列,19~107 bp为非编码区序列,108~414 bp为COⅡ部分序列。4个碱基重复和1个碱基缺失均发生在非编码区。所有序列的A+T含量平均为84.5%。
序列分析结果显示共有16个变异位点,其中7个在非编码区,9个在COⅡ编码区。16个变异位点均为碱基转换,其中A/G有9个,T/C有7个。变异位点包括9个简约信息位点和7个单一多态位点。根据序列变异共获得20个单倍型,分别命名为LS1~20,各个单倍型的序列变异位点如表 1所示。
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丽水中蜂平均核苷酸差异数k为1.452,平均核苷酸多样度(Pi)为0.003 52,平均单倍型多样度(Hd)为0.772±0.036。
20个单倍型在丽水中蜂中的分布情况如表 2所示。统计发现:单倍型LS1出现在39个样本中,占总样本数的41.5%;单倍型LS2出现在9个样本中,占总样本数的9.6%;单倍型LS3出现在15个样本中,占总样本数的16.0%;单倍型LS4和LS5分别出现在5个样本中,分别占总样本数的5.3%;单倍型LS6和LS20分别出现在3个样本中,分别占总样本数的3.2%;单倍型LS10和LS15分别出现在2个样本中,分别占总样本数的2.1%;其余单倍型的样本数均为1个。
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统计各个区县的单倍型分布发现,缙云、松阳、龙泉、景宁、庆元等地的单倍型类型较多且在样本中的分布较为均匀。在缙云11个样本中共发现5个单倍型,大多分布于2~3个样本中。在景宁6个样本中共发现5个单倍型,分布于1~2个样本中。
2.4 单倍型聚类分析利用邻接法(neighbor-joining, NJ)对20个单倍型进行聚类分析,得到5个支持率较高的分支(图 2)。其中:单倍型LS2和LS4聚为一支,结合单倍型在样本中的分布,主要来源于松阳;单倍型LS5和LS8聚为一支,主要来源于相邻的莲都和青田;单倍型LS10和LS20聚为一支,主要来源于庆元;单倍型LS6和LS15聚为一支,主要来源于缙云和景宁;单倍型LS13和LS17聚为一支,主要来源于相邻的龙泉和松阳。
将发现的主要单倍型序列与NCBI数据库中已报道的序列进行比对。结果显示:单倍型LS1序列与姜玉锁等[4]报道的广州序列以及周姝婧等[5]报道的福建主体单倍型Acmt01001相同;单倍型LS2序列与周姝婧等[5]报道的福建单倍型Acmt01002相同;单倍型LS3序列与周姝婧等[5]报道的福建单倍型Acmt01018相同;单倍型LS4、LS5、LS6、LS10序列在NCBI中也均有报道;而单倍型LS15和LS20尚未见报道(新申请的NCBI登录号分别为KY964596和KY964597)。
3 讨论中蜂是我国的本土蜂种,在长期的自然选择过程中,各地中蜂对当地的生态环境产生了极强的适应性,形成了许多不同的类型[1]。近年来,国家非常重视中蜂的遗传资源保护工作,针对不同类型的中蜂建立了多个保种场和保护区。遗传多样性分析是进行中蜂保护和利用的基础,对本地中蜂的选育提高以及新品系培育具有重要的参考意义。本文采用在蜜蜂研究中最为常用的mtDNA tRNAleu~COⅡ序列对丽水地区中蜂进行遗传多样性分析,对该地区中蜂的保护和利用具有重要意义。
研究结果显示,94群丽水中蜂共存在20个单倍型,平均核苷酸多样度(Pi)为0.003 52,平均单倍型多样度(Hd)为0.772。周姝婧等[5]利用相同基因序列分析了福建省中蜂的遗传多样性,其中与丽水相邻的福建政和采样点的样本量为50个,得到的平均核苷酸多样度(Pi)为0.001 79,平均单倍型多样度(Hd)为0.509。说明丽水中蜂的遗传多样性高于福建政和。与国内其他地区相比[6-7],丽水中蜂的平均核苷酸多样度或平均单倍型多样度也相对较高,这可能与丽水较好的生态条件和多样性的气候及植被有关。
单倍型分析发现,单倍型LS1占总样本数的41.5%,为丽水中蜂的主体单倍型。这一单倍型与姜玉锁等[4]报道的广州序列以及周姝婧等[5]报道的福建主体单倍型相同,而福建主体单倍型占福建总样本数的59.9%。目前,以地理分布和形态指标为主要依据,中蜂可分为9大类型,其中广东、福建、浙江(除西部外)均属于华南中蜂类型。本研究结果支持丽水中蜂划为华南中蜂类型。值得注意的是,除了主体单倍型LS1,单倍型LS3占丽水中蜂总样本数的比例最大,为16.0%,且在丽水9个区县中的7个区县均有发现。虽然这个单倍型在周姝婧等[5]报道的福建中蜂中也有发现,但是它的出现频率却只有0.71%。此外,单倍型LS15和LS20目前尚未见报道,而这2个单倍型在丽水各自采样地的样本中也有较高的比例。因此,综合以上结果,本研究认为丽水中蜂虽然属于华南中蜂类型,但是也具有自己独特的遗传背景。这可能与丽水中蜂在本地的适应性进化有关。
聚类分析结果显示,大部分分支内的单倍型主要来源于一个区县或者相邻的区县,单倍型的划分与地理分布有较大关系,说明丽水多山环境的地理隔离、多样性的气候与植被可能促进了地区间中蜂的分化。此外,另一个分支的单倍型却主要来源于距离较远的缙云和景宁,推测可能与近年来交通便利化带来的远距离蜂群引进有关,同时这也可能是缙云中蜂单倍型较多的一个形成因素。龙泉、景宁等地中蜂的单倍型较多则可能与其地理隔离条件较好有关。
近年来,我国许多地区对本地中蜂的遗传多样性进行了相关研究,为各地中蜂的保护和利用提供了宝贵数据。浙江以山地和丘陵为主,生态环境较好,中蜂饲养历史悠久,近年来浙江丽水等地大力发展中蜂养殖,全省中蜂数量增加迅速。尤其值得注意的是,依据目前中蜂类型的划分标准,浙江大部分地区被划为华南中蜂类型,而浙江西部被划为华中中蜂类型。然而,目前关于浙江中蜂遗传多样性的相关研究却鲜有报道,因此,建议加强相关研究工作。
4 结论浙江省丽水市中华蜜蜂遗传多样性较高,属于我国中蜂9大类型中的华南中蜂类型。由于较好的生态条件和多样性的气候与植被,丽水市中蜂具有独特的遗传背景。丽水市中蜂单倍型的形成可能与多山环境的地理隔离有较大关系。因此,丽水市中蜂具有较大的保种和育种价值。
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