中国医科大学学报  2023, Vol. 52 Issue (6): 487-493

文章信息

付婷婷, 林逸飞, 廖邦华, 杨勇, 陈正龙, 刘悦丹, 黄进
FU Tingting, LIN Yifei, LIAO Banghua, YANG Yong, CHEN Zhenglong, LIU Yuedan, HUANG Jin
Trop-2基因在膀胱尿路上皮癌中的遗传表达和临床意义
Genetic expression and clinical significance of Trop-2 gene in bladder urothelial carcinoma
中国医科大学学报, 2023, 52(6): 487-493
Journal of China Medical University, 2023, 52(6): 487-493

文章历史

收稿日期:2022-08-07
网络出版时间:2023-05-26 10:32:56
Trop-2基因在膀胱尿路上皮癌中的遗传表达和临床意义
付婷婷1,2,3 , 林逸飞1,2,3 , 廖邦华1 , 杨勇2 , 陈正龙2 , 刘悦丹2 , 黄进1,2,3     
1. 四川大学华西医院泌尿外科,成都 610041;
2. 四川大学华西医院医疗器械监管研究与评价中心,成都 610041;
3. 四川大学华西医院疾病分子网络前沿科学中心,成都 610041
摘要目的 通过对癌症基因组图谱(TCGA) 数据库中膀胱尿路上皮癌(BLCA) 的数据挖掘,探讨Trop-2基因的表达及其临床意义,为Trop-2作为临床治疗靶点提供理论依据。方法 利用GEPIA2、cBioportal等在线工具分析Trop-2在泛癌中的表达情况。采用HPA数据库比较正常膀胱组织与BLCA组织Trop-2的免疫组织化学染色结果,分析其蛋白表达差异。利用R4.1.2对从TCGA数据库中提取的BLCA的基因表达信息进行富集分析,以发现潜在通路。采用共表达基因分析和肿瘤免疫浸润分析,研究Trop-2在BLCA发生中的可能作用。结果 免疫组织化学染色结果证实,BLCA组织中Trop-2表达呈上调趋势,且通过参与细胞周期、p53信号通路等过程促进BLCA细胞生长、增殖和转移。肿瘤免疫浸润分析显示,Trop-2及共表达基因与B细胞呈显著正相关,而与T细胞(CD4+ T细胞、CD8+ T细胞) 呈显著负相关,一定程度上说明了免疫过程在肿瘤发生中的作用。结论 Trop-2在BLCA中呈高表达,同时通过多种通路和免疫过程调控肿瘤的发生,因此可能成为BLCA诊断和治疗的潜在靶点。
关键词膀胱肿瘤    Trop-2基因    免疫浸润分析    富集分析    共表达分析    
Genetic expression and clinical significance of Trop-2 gene in bladder urothelial carcinoma
1. Department of Urology, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu 610041, China;
2. Medical Device Regulatory Research and Evaluation Centre, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu 610041, China;
3. Frontiers Science Center for Disease-related Molecular Networks, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu 610041, China
Abstract: Objective To identify the expression and clinical significance of the Trop-2 gene through data mining of bladder urothelial carcinoma (BLCA) in The Cancer Genome Atlas (TCGA) database and discover the function of Trop-2 to provide insights into clinical therapeutic targets. Methods The gene expression of Trop-2 in pan-cancer was analyzed using online tools, GEPIA2 and cBioportal. The immunohistochemical staining results of Trop-2 in normal bladder tissue and BLCA tissue were compared using the Human Protein Atlas (HPA) database to analyze its protein expression differences. Enrichment analysis and survival analysis were performed for all the significant genes of BLCA using R version 4.1.2. Additionally, gene co-expression analysis and immune infiltration analysis were performed to investigate the possible role of Trop-2 in the occurrence of BLCA. Results The expression of Trop-2 is upregulated in BLCA tissues, which was confirmed through immunohistochemical staining results. Its function in promoting the proliferation and metastasis of BLCA cells through participating in diverse biological processes, namely, cell cycle and p53 signaling pathway, was determined using Gene Ontology and pathway analysis. The analysis of tumor immune infiltration showed that Trop-2 and the co-expressed genes were posi-tively associated with B cells but nega-tively associated with T cells (CD4+ T cells and CD8+ T cells). To some extent, it explains the role of immune processes in tumorigenesis. Conclusion Trop-2 was highly expressed in BLCA and helped regulate tumorigenesis through diverse pathways and immune processes. It could be a potential target for BLCA diagnosis and treatment.

膀胱癌是常见的男性泌尿生殖系统恶性肿瘤[1]。国际癌症研究机构2020年全球数据显示,膀胱癌新发病例数为573 278例/年,居全球男性恶性肿瘤的第6位。膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA) 是膀胱癌的主要类型[2],具有局部浸润转移、易进展和复发等特点。其治疗多以手术结合放化疗为主,然而传统化疗方式容易产生较强的不良反应[3]。近年来,随着肿瘤免疫学、肿瘤分子生物学、生物信息学等学科的迅速发展,针对肿瘤的基因诊断、基因治疗、靶向治疗已逐渐成为可能,这为膀胱癌的治疗提供了更加广阔的前景。肿瘤微环境中的免疫浸润物也在肿瘤的发生、发展以及患者结局中起关键作用。因此,肿瘤浸润免疫细胞的全面分析将阐明癌症免疫逃逸的机制,进而为开发新的治疗策略提供机会[4]

人滋养细胞表面糖蛋白抗原2 (trophoblast cell-surface antigen 2,Trop-2) 是由染色体1P32区域TACSTD2基因编码表达的细胞表面糖蛋白。已有研究[5]发现,Trop-2基因高表达于多种肿瘤,如乳腺癌、胰腺癌、卵巢癌、结肠癌和膀胱癌,可促进肿瘤细胞增殖、侵袭、转移、扩散等过程的发生。同时,其高表达往往与肿瘤患者的不良预后密切相关[6]。近期,针对乳腺癌的靶向Trop-2的抗体偶联药物[7]已获得批准,成为首个Trop-2上市药物。目前,Trop-2已成为开发肿瘤抗体偶联药物的新靶点,且已有部分新的抗体偶联药物是针对膀胱癌的,但Trop-2在膀胱癌发生、发展过程中的具体机制尚未明确。

本研究基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA) 数据库的信息,通过分析Trop-2在BLCA中的表达特点,寻找诱发该基因在BLCA中高表达的机制,发现Trop-2相关信号通路;通过cBioPortal工具找到BLCA中与Trop-2共表达基因,通过TIMER工具研究Trop-2表达与BLCA中免疫细胞浸润的关系;探讨Trop-2对BLCA预后的影响,为进一步明确BLCA的发病机制和治疗策略提供依据。

1 材料与方法 1.1 数据来源

从UCSC Xena[8] (https://xena.ucsc.edu/) 下载TCGA-BLCA的RNA-seq数据和生存数据,提取Trop-2基因表达信息,提取年龄、性别、TNM分期、病理分期以及肿瘤的组织学分级等临床信息,最终纳入426例BLCA样本。在人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atlas,HPA) 中检索“TACSTD2”,选择“Tissue”和“Pathology”选项卡,获取Trop-2在正常膀胱组织和BLCA组织中的免疫组织化学染色图像资料。共获得5例正常膀胱组织和23例BLCA组织的免疫组织化学染色图像资料。

1.2 生物信息学分析工具

本研究利用R语言、GEPIA2、UALCAN、TIMER、cBioportal、HPA等在线工具对Trop-2基因进行生物信息学分析。

1.3 Trop-2表达与富集分析

利用GEPIA2工具比较Trop-2在癌组织和正常组织中的表达差异,通过HPA数据库比较Trop-2在正常膀胱组织与BLCA组织中蛋白表达的差异,利用cBioportal工具从表观遗传层面分析Trop-2异常表达的原因。基于TCGA-BLCA样本数据,利用R语言对差异基因进行富集分析,用BH法校正P值,以校正P < 0.05、|log2FC| > 1为标准筛选出差异基因,提取上调基因,对其进行富集,分析影响肿瘤发生的潜在途径。

1.4 Trop-2共表达基因分析和肿瘤免疫浸润分析

利用cBioPortal工具进行数据挖掘,筛选与BLCA Trop-2正向共表达的基因,以FDR≤1.0E-20为标准,按Spearman相关系数r由高到低选择与Trop-2相关的显著基因,再利用TIMER工具验证Trop-2与这些基因的相关性。利用TIMER工具分析Trop-2及其共表达基因与BLCA中免疫细胞浸润的关系,r表示相关性,P < 0.05为差异有统计学意义。

1.5 Trop-2对BLCA预后影响的分析

基于TCGA-BLCA的RNA-seq数据,利用R语言提取Trop-2在不同样本中的表达量,按照中位数分为高表达和低表达,进行生存分析,比较高表达人群与低表达人群的风险比(hazard ratio,HR),P < 0.05为差异有统计学意义。按照肿瘤的TNM分期和肿瘤组织学分级进行亚组生存分析,按照中位数分为高表达和低表达(由于肿瘤Ⅰ期的样本太少,仅对Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期进行分析;由于肿瘤组织学低级样本太少,仅对高级样本进行分析),分析步骤同上。

2 结果 2.1 Trop-2在BLCA中的表达情况

本研究使用GEPIA2在线工具评估了Trop-2在泛癌中的表达水平,发现其在大多数癌症中呈高表达状态,包括BLCA (P < 0.05)。见图 1

T, tumor tissue; N, normal tissue; TPM, transcripts per million. 图 1 Trop-2基因在泛癌中表达情况 Fig.1 Trop-2 expression in pancarcinoma

HPA数据库包含Trop-2在5例正常膀胱组织样本和23例BLCA组织样本中的免疫组织化学染色结果(抗体HPA043104、HPA055067、CAB072852)。与正常膀胱组织相比,BLCA组织中Trop-2蛋白表达(棕黄色颗粒) 数量和深度均明显高于正常膀胱组织。由此可见,Trop-2蛋白在BLCA组织中的表达显著高于正常膀胱组织。见图 2

图 2 Trop-2免疫组织化学染色结果 Fig.2 Immunohistochemical staining result of Trop-2

2.2 Trop-2的DNA甲基化水平

利用cBioPortal数据库进行DNA甲基化状态与Trop-2表达的相关性分析,明确表观遗传因素对调控Trop-2基因表达的作用。结果发现,泛肿瘤中DNA甲基化与Trop-2表达呈负相关(P < 0.05),尤其在BLCA (r =-0.38,P = 1.40E-5)、前列腺癌(r =-0.40,P = 3.48E-20)、乳腺浸润癌(r =-0.49,P = 9.39E-42) 等肿瘤中呈显著负相关。使用UALCAN数据库进一步验证Trop-2启动子DNA甲基化状态的差异,结果发现,在BLCA、前列腺癌、浸润性乳腺癌等肿瘤中,癌组织中Trop-2甲基化比癌旁组织少,符合上述分析结果。见图 3

BLCA, bladder urothelial carcinoma; BRCA, breast invasive carcinoma; PRAD, prostate adenocarcinoma; THCA, thyroid carcinoma. 图 3 DNA甲基化状态与Trop-2表达的关系 Fig.3 Relationship between DNA methylation status and Trop-2 expression

2.3 Trop-2富集分析

对筛选出的1 634个高表达差异基因进行富集,结果显示,KEGG富集共19条显著通路,GO富集共279个生物学过程、69个分子生物学功能、88个细胞组分。研究发现,上调基因通过DNA结合(FDR=2.40E-8)、细胞分裂(FDR=2.90E-20)、细胞周期(FDR=5.50E-12)、病毒致癌作用(FDR=4.90E-6)、p53信号通路(FDR=3.70E-3) 等过程影响BLCA的发生。见图 4

图 4 Trop-2高表达组织样本富集分析结果 Fig.4 Enrichment analysis of tissue samples with high expression of Trop-2

2.4 BLCA中Trop-2共表达基因分析和肿瘤免疫浸润分析

共有57个显著正相关基因,其中MUC20 (r=0.59,FDR=1.94E-34)、RHBDL2 (r=0.58,FDR=4.48E-34)、SPINT1 (r=0.57,FDR=9.19E-33)、GJA9 (r=0.57,FDR=1.03E-31) 与Trop-2显著正相关。见图 5

图 5 BLCA中与Trop-2正相关的基因 Fig.5 Genes positively correlated with Trop-2 in BLCA

肿瘤的发生、发展与肿瘤微环境中免疫细胞浸润、免疫修饰和免疫逃避密切相关。结果显示,Trop-2的表达水平与B细胞浸润程度呈显著正相关(r=0.13,P=0.01),与辅助性T细胞(CD4+ T细胞) 呈负相关(r=-0.12,P=0.03)。与Trop-2表达正相关的7个最显著基因(FDR < 1.0E-30) 是MUC20RHBDL2SPINT1GJA9EPS8L1ADGRF1C1ORF116。分析这些共表达基因与浸润免疫细胞之间的关系,结果发现,MUC20 (r=0.21,P=4.17E-5)、RHBDL2 (r=0.22,P=3.59E-5)、GJA9 (r=0.21,P=8.38E-5) 与B细胞最显著相关;MUC20 (r=0.18,P=6.56E-4)、SPINT1 (r=0.16,P=2.53E-3) 与巨细胞最显著相关;SPINT1 (r=-0.20,P=1.82E-4) 与CD4+ T细胞最显著相关;MUC20 (r=-0.15,P=3.16E-3)、EPS8L1 (r=-0.18,P=6.15E-4) 与细胞毒性T细胞(CD8+ T细胞) 最显著相关。

2.5 Trop-2在BLCA中的预后分析

Trop-2基因表达量的中位数绘制的疾病特异性生存期(disease-specific survival,DSS) 具有边际显著效应(HR=0.74,95%CI:0.52~1.05,P = 0.09)。肿瘤组织学高级,病理分期Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期亚组的DSS无显著差异。见图 6

The red line is the high expression of Trop-2, and the blue line is the low expression. 图 6 Trop-2基因对BLCA预后的影响 Fig.6 Effect of Trop-2 gene on prognosis of BLCA

3 讨论

本研究应用生物信息学方法,发现Trop-2在BLCA中过表达,并与DNA甲基化呈显著负相关。通过富集分析,确认了DNA结合、细胞分裂、细胞周期、病毒致癌作用、p53信号通路等过程可能是Trop-2在BLCA中产生生物学行为的最显著途径。通过分析Trop-2及共表达基因与BLCA浸润免疫细胞的关系,发现Trop-2及多数共表达基因的表达与B细胞和巨噬细胞呈显著正相关,与CD4+ T细胞和CD8+ T细胞呈负相关,一定程度上说明了免疫过程在肿瘤发生中的作用。

2017年NERI等[9]首次证实,DNA突变和甲基化缺失是导致癌症的一个重要原因,正常表观遗传机制的破坏即DNA甲基化,是已知的癌症发生的早期事件。Trop-2是一种与恶性肿瘤发生、侵袭和转移有关的癌基因,本研究发现其表观遗传变化在调控BLCA发育和免疫耐受中发挥重要作用。BLCA中Trop-2的表达与DNA甲基化存在显著负相关,提示Trop-2基因表达量异常升高可能是DNA甲基化水平降低的结果,通过检测Trop-2相关的DNA甲基化水平,可以早期诊断和评估BLCA。此外,在遗传层面,Trop-2的表达与DNA结合、细胞周期、病毒致癌作用、p53信号通路等生物过程相关,具有促进肿瘤细胞生长、增殖和转移的潜在作用。

肿瘤的发生是多因素、多阶段、多基因相互作用的,仅研究单基因对膀胱癌的影响是片面的。因此,探索Trop-2及其共表达基因在膀胱癌发生、发展中的作用具有非常重要的意义。本研究利用在线工具筛选出57个正向共表达基因,其中MUC20RHBDL2SPINT1GJA9EPS8L1ADGRF1C1ORF116等与Trop-2呈明显的共表达。同时,通过肿瘤免疫浸润分析发现,Trop-2及共表达基因与B细胞呈显著正相关,而与T细胞呈显著负相关。B细胞在一定条件下可以抵御肿瘤,主要是通过产生肿瘤特异性抗体和呈递肿瘤抗原,但某些B细胞亚群也可以抑制抗肿瘤免疫、促进肿瘤生长。2021年研究[10]首次发现B细胞会分泌神经递质γ-氨基丁酸,进而抑制细胞毒性T细胞功能,促进肿瘤相关巨噬细胞分化,抑制抗肿瘤免疫。结合本研究的生物信息学分析结果,推测Trop-2及共表达基因可能通过B细胞抑制T细胞功能、促进肿瘤相关巨噬细胞分化,抑制抗肿瘤免疫。

已有研究[11]表明,Trop-2基因高表达在多种癌症中具有不良预后,土耳其大学医学院研究团队回顾性分析了2013至2018年间行前列腺癌根治性切除术的101例患者的组织病理学特征,发现Trop-2在前列腺癌中表达较高且与不良预后相关,此类现象还在乳腺癌、肺癌、胃癌等肿瘤中出现。然而,本研究未能发现基于TCGA-BLCA的Trop-2表达与BLCA的生存资料有显著差异。Trop-2作为癌症驱动因子,调控BLCA发生的分子机制和组织病理通路十分复杂,针对不同种类的癌症,甚至同种类型的癌症,导致癌症发生的结果和预后不尽相同。因此,未来需要更大、更全面的样本,更深入地去探索Trop-2基因在BLCA预后中的临床意义。

Trop-2在多种实体肿瘤中高表达,已经逐渐成为开发抗体偶联药物的主要靶点。本研究同样发现了ERBB2 (酪氨酸激酶受体编码基因,又名HER2) 与Nectin-4在BCLA中为共表达基因。HER2基因变异广泛存在于许多实体肿瘤中,包括乳腺癌、胃癌、肺癌、膀胱癌、卵巢癌、头颈肿瘤等。目前,美国食品药品监督管理局已经批准曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、拉帕替尼、来那替尼、T-DM1用于HER2阳性乳腺癌[12]的治疗,HER1/HER2双靶向抑制剂阿法替尼、达克替尼用于HER1敏感突变的非小细胞肺癌治疗等[13]。此外,Nectin-4作为抗体偶联药物的潜力靶点,已于2019年12月获得美国食品药品监督管理局加速批准,用于治疗接受PD-1/PD-L1抑制剂治疗期间或治疗后病情进展的局部晚期或转移性BLCA患者[14]。近来,Trop-2抗体偶联药物也迎来了多次重大进展,其中sacituzumab govitecan-hziy已经获得批准上市[15]。目前,以Trop-2为靶点的抗体偶联药物药物已逐步开始用于治疗膀胱癌的临床试验,其具体疗效与安全性有待临床研究证实。

尽管本研究从多角度论证了Trop-2基因在BLCA中具有重要意义,但本研究存在一些局限性:缺乏相关的实验验证,且仅利用公开数据库进行研究,缺乏亚裔人群,仍需要更大的样本量进行进一步验证。

综上所述,本研究基于生物信息学数据库的挖掘,发现Trop-2表达在BLCA组织中呈上调趋势,可能作为潜在的癌基因参与BLCA的发生、发展过程,通过参与细胞周期、病毒致癌作用、p53信号通路等生物过程调控BLCA的进展。同时,Trop-2及其多数共表达基因与B细胞和巨噬细胞呈显著正相关,与CD4+ T细胞和CD8+ T细胞呈负相关,提示Trop-2可能通过上调B细胞来抑制CD4+ T细胞和CD8+ T细胞,从而实现免疫逃逸。Trop-2作为良好的抗体偶联靶点,具有精准治疗的特性,针对Trop-2基因的抗体偶联药物临床运用的前景值得期待。

参考文献
[1]
张琳, 平秦榕, 杨萌, 等. 膀胱癌免疫治疗的研究进展[J]. 山东医药, 2021, 61(19): 100-103. DOI:10.3969/j.issn.1002-266X.2021.19.026
[2]
AGRAWAL A, SAHNI S, VULISHA AK, et al. Pulmonary manifestations of urothelial carcinoma of the bladder[J]. Respir Med, 2017, 128: 65-69. DOI:10.1016/j.rmed.2017.05.006
[3]
PHAM A, BALLAS LK. Trimodality therapy for bladder cancer: mo-dern management and future directions[J]. Curr Opin Urol, 2019, 29(3): 210-215. DOI:10.1097/MOU.0000000000000601
[4]
LI B, SEVERSON E, PIGNON JC, et al. Comprehensive analyses of tumor immunity: implications for cancer immunotherapy[J]. Genome Biol, 2016, 17(1): 174. DOI:10.1186/s13059-016-1028-7
[5]
GOLDENBERG DM, STEIN R, SHARKEY RM. The emergence of trophoblast cell-surface antigen 2 (TROP-2) as a novel cancer target[J]. Oncotarget, 2018, 9(48): 28989-29006. DOI:10.18632/oncotarget.25615
[6]
AKARKEN İ, DERE Y. Could trop-2 overexpression indicate tumor aggressiveness among prostatic adenocarcinomas?[J]. Ann Diagn Pathol, 2021, 50: 151680. DOI:10.1016/j.anndiagpath.2020.151680
[7]
BARDIA A, MAYER IA, DIAMOND JR, et al. Efficacy and safety of anti-trop-2 antibody drug conjugate sacituzumab govitecan (IMMU-132) in heavily pretreated patients with metastatic triple-negative breast cancer[J]. J Clin Oncol, 2017, 35(19): 2141-2148. DOI:10.1200/JCO.2016.70.8297
[8]
朱子清, 李奇奇, 赵晓娟, 等. ONCOMINE、cBioPortal和UCSC Xena的介绍, 以EGFR为例[J]. 基因组学与应用生物学, 2018, 37(5): 2207-2213. DOI:10.13417/j.gab.037.002207
[9]
NERI F, RAPELLI S, KREPELOVA A, et al. Intragenic DNA methy-lation prevents spurious transcription initiation[J]. Nature, 2017, 543(7643): 72-77. DOI:10.1038/nature21373
[10]
ZHANG B, VOGELZANG A, MIYAJIMA M, et al. B cell-derived GABA elicits IL-10+ macrophages to limit anti-tumour immunity[J]. Nature, 2021, 599(7885): 471-476. DOI:10.1038/s41586-021-04082-1
[11]
KIZILAY F, ÇELIK S, SÖZEN S, et al. Correlation of Prostate-Imaging Reporting and Data Scoring System scoring on multiparametric prostate magnetic resonance imaging with histopathological factors in radical prostatectomy material in Turkish prostate cancer patients: a multicenter study of the Urooncology Association[J]. Prostate Int, 2020, 8(1): 10-15. DOI:10.1016/j.prnil.2020.01.001
[12]
FIGUEROA-MAGALHÃES MC, JELOVAC D, CONNOLLY R, et al. Treatment of HER2-positive breast cancer[J]. Breast, 2014, 23(2): 128-136. DOI:10.1016/j.breast.2013.11.011
[13]
SOLANGE, PETERS, MD P, et al. Activity of afatinib in heavily pretreated patients with ERBB2 mutation-positive advanced NSCLC: findings from a global named patient use program[J]. J Thorac Oncol, 2018, 13(12): 1897-1905. DOI:10.1016/j.jtho.2018.07.093
[14]
LATTANZI M, ROSENBERG JE. The emerging role of antibody-drug conjugates in urothelial carcinoma[J]. Expert Rev Anticancer Ther, 2020, 20(7): 551-561. DOI:10.1080/14737140.2020.1782201
[15]
SELIGSON JM, PATRON AM, BERGER MJ, et al. Sacituzumab govitecan-hziy: an antibody-drug conjugate for the treatment of refractory, metastatic, triple-negative breast cancer[J]. Ann Pharmacother, 2021, 55(7): 921-931. DOI:10.1177/1060028020966548