文章信息
- 付婷婷, 林逸飞, 廖邦华, 杨勇, 陈正龙, 刘悦丹, 黄进
- FU Tingting, LIN Yifei, LIAO Banghua, YANG Yong, CHEN Zhenglong, LIU Yuedan, HUANG Jin
- Trop-2基因在膀胱尿路上皮癌中的遗传表达和临床意义
- Genetic expression and clinical significance of Trop-2 gene in bladder urothelial carcinoma
- 中国医科大学学报, 2023, 52(6): 487-493
- Journal of China Medical University, 2023, 52(6): 487-493
-
文章历史
- 收稿日期:2022-08-07
- 网络出版时间:2023-05-26 10:32:56
2. 四川大学华西医院医疗器械监管研究与评价中心,成都 610041;
3. 四川大学华西医院疾病分子网络前沿科学中心,成都 610041
2. Medical Device Regulatory Research and Evaluation Centre, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu 610041, China;
3. Frontiers Science Center for Disease-related Molecular Networks, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu 610041, China
膀胱癌是常见的男性泌尿生殖系统恶性肿瘤[1]。国际癌症研究机构2020年全球数据显示,膀胱癌新发病例数为573 278例/年,居全球男性恶性肿瘤的第6位。膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA) 是膀胱癌的主要类型[2],具有局部浸润转移、易进展和复发等特点。其治疗多以手术结合放化疗为主,然而传统化疗方式容易产生较强的不良反应[3]。近年来,随着肿瘤免疫学、肿瘤分子生物学、生物信息学等学科的迅速发展,针对肿瘤的基因诊断、基因治疗、靶向治疗已逐渐成为可能,这为膀胱癌的治疗提供了更加广阔的前景。肿瘤微环境中的免疫浸润物也在肿瘤的发生、发展以及患者结局中起关键作用。因此,肿瘤浸润免疫细胞的全面分析将阐明癌症免疫逃逸的机制,进而为开发新的治疗策略提供机会[4]。
人滋养细胞表面糖蛋白抗原2 (trophoblast cell-surface antigen 2,Trop-2) 是由染色体1P32区域TACSTD2基因编码表达的细胞表面糖蛋白。已有研究[5]发现,Trop-2基因高表达于多种肿瘤,如乳腺癌、胰腺癌、卵巢癌、结肠癌和膀胱癌,可促进肿瘤细胞增殖、侵袭、转移、扩散等过程的发生。同时,其高表达往往与肿瘤患者的不良预后密切相关[6]。近期,针对乳腺癌的靶向Trop-2的抗体偶联药物[7]已获得批准,成为首个Trop-2上市药物。目前,Trop-2已成为开发肿瘤抗体偶联药物的新靶点,且已有部分新的抗体偶联药物是针对膀胱癌的,但Trop-2在膀胱癌发生、发展过程中的具体机制尚未明确。
本研究基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA) 数据库的信息,通过分析Trop-2在BLCA中的表达特点,寻找诱发该基因在BLCA中高表达的机制,发现Trop-2相关信号通路;通过cBioPortal工具找到BLCA中与Trop-2共表达基因,通过TIMER工具研究Trop-2表达与BLCA中免疫细胞浸润的关系;探讨Trop-2对BLCA预后的影响,为进一步明确BLCA的发病机制和治疗策略提供依据。
1 材料与方法 1.1 数据来源从UCSC Xena[8] (https://xena.ucsc.edu/) 下载TCGA-BLCA的RNA-seq数据和生存数据,提取Trop-2基因表达信息,提取年龄、性别、TNM分期、病理分期以及肿瘤的组织学分级等临床信息,最终纳入426例BLCA样本。在人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atlas,HPA) 中检索“TACSTD2”,选择“Tissue”和“Pathology”选项卡,获取Trop-2在正常膀胱组织和BLCA组织中的免疫组织化学染色图像资料。共获得5例正常膀胱组织和23例BLCA组织的免疫组织化学染色图像资料。
1.2 生物信息学分析工具本研究利用R语言、GEPIA2、UALCAN、TIMER、cBioportal、HPA等在线工具对Trop-2基因进行生物信息学分析。
1.3 Trop-2表达与富集分析利用GEPIA2工具比较Trop-2在癌组织和正常组织中的表达差异,通过HPA数据库比较Trop-2在正常膀胱组织与BLCA组织中蛋白表达的差异,利用cBioportal工具从表观遗传层面分析Trop-2异常表达的原因。基于TCGA-BLCA样本数据,利用R语言对差异基因进行富集分析,用BH法校正P值,以校正P < 0.05、|log2FC| > 1为标准筛选出差异基因,提取上调基因,对其进行富集,分析影响肿瘤发生的潜在途径。
1.4 Trop-2共表达基因分析和肿瘤免疫浸润分析利用cBioPortal工具进行数据挖掘,筛选与BLCA Trop-2正向共表达的基因,以FDR≤1.0E-20为标准,按Spearman相关系数r由高到低选择与Trop-2相关的显著基因,再利用TIMER工具验证Trop-2与这些基因的相关性。利用TIMER工具分析Trop-2及其共表达基因与BLCA中免疫细胞浸润的关系,r表示相关性,P < 0.05为差异有统计学意义。
1.5 Trop-2对BLCA预后影响的分析基于TCGA-BLCA的RNA-seq数据,利用R语言提取Trop-2在不同样本中的表达量,按照中位数分为高表达和低表达,进行生存分析,比较高表达人群与低表达人群的风险比(hazard ratio,HR),P < 0.05为差异有统计学意义。按照肿瘤的TNM分期和肿瘤组织学分级进行亚组生存分析,按照中位数分为高表达和低表达(由于肿瘤Ⅰ期的样本太少,仅对Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期进行分析;由于肿瘤组织学低级样本太少,仅对高级样本进行分析),分析步骤同上。
2 结果 2.1 Trop-2在BLCA中的表达情况本研究使用GEPIA2在线工具评估了Trop-2在泛癌中的表达水平,发现其在大多数癌症中呈高表达状态,包括BLCA (P < 0.05)。见图 1。
![]() |
T, tumor tissue; N, normal tissue; TPM, transcripts per million. 图 1 Trop-2基因在泛癌中表达情况 Fig.1 Trop-2 expression in pancarcinoma |
HPA数据库包含Trop-2在5例正常膀胱组织样本和23例BLCA组织样本中的免疫组织化学染色结果(抗体HPA043104、HPA055067、CAB072852)。与正常膀胱组织相比,BLCA组织中Trop-2蛋白表达(棕黄色颗粒) 数量和深度均明显高于正常膀胱组织。由此可见,Trop-2蛋白在BLCA组织中的表达显著高于正常膀胱组织。见图 2。
![]() |
图 2 Trop-2免疫组织化学染色结果 Fig.2 Immunohistochemical staining result of Trop-2 |
2.2 Trop-2的DNA甲基化水平
利用cBioPortal数据库进行DNA甲基化状态与Trop-2表达的相关性分析,明确表观遗传因素对调控Trop-2基因表达的作用。结果发现,泛肿瘤中DNA甲基化与Trop-2表达呈负相关(P < 0.05),尤其在BLCA (r =-0.38,P = 1.40E-5)、前列腺癌(r =-0.40,P = 3.48E-20)、乳腺浸润癌(r =-0.49,P = 9.39E-42) 等肿瘤中呈显著负相关。使用UALCAN数据库进一步验证Trop-2启动子DNA甲基化状态的差异,结果发现,在BLCA、前列腺癌、浸润性乳腺癌等肿瘤中,癌组织中Trop-2甲基化比癌旁组织少,符合上述分析结果。见图 3。
![]() |
BLCA, bladder urothelial carcinoma; BRCA, breast invasive carcinoma; PRAD, prostate adenocarcinoma; THCA, thyroid carcinoma. 图 3 DNA甲基化状态与Trop-2表达的关系 Fig.3 Relationship between DNA methylation status and Trop-2 expression |
2.3 Trop-2富集分析
对筛选出的1 634个高表达差异基因进行富集,结果显示,KEGG富集共19条显著通路,GO富集共279个生物学过程、69个分子生物学功能、88个细胞组分。研究发现,上调基因通过DNA结合(FDR=2.40E-8)、细胞分裂(FDR=2.90E-20)、细胞周期(FDR=5.50E-12)、病毒致癌作用(FDR=4.90E-6)、p53信号通路(FDR=3.70E-3) 等过程影响BLCA的发生。见图 4。
![]() |
图 4 Trop-2高表达组织样本富集分析结果 Fig.4 Enrichment analysis of tissue samples with high expression of Trop-2 |
2.4 BLCA中Trop-2共表达基因分析和肿瘤免疫浸润分析
共有57个显著正相关基因,其中MUC20 (r=0.59,FDR=1.94E-34)、RHBDL2 (r=0.58,FDR=4.48E-34)、SPINT1 (r=0.57,FDR=9.19E-33)、GJA9 (r=0.57,FDR=1.03E-31) 与Trop-2显著正相关。见图 5。
![]() |
图 5 BLCA中与Trop-2正相关的基因 Fig.5 Genes positively correlated with Trop-2 in BLCA |
肿瘤的发生、发展与肿瘤微环境中免疫细胞浸润、免疫修饰和免疫逃避密切相关。结果显示,Trop-2的表达水平与B细胞浸润程度呈显著正相关(r=0.13,P=0.01),与辅助性T细胞(CD4+ T细胞) 呈负相关(r=-0.12,P=0.03)。与Trop-2表达正相关的7个最显著基因(FDR < 1.0E-30) 是MUC20、RHBDL2、SPINT1、GJA9、EPS8L1、ADGRF1和C1ORF116。分析这些共表达基因与浸润免疫细胞之间的关系,结果发现,MUC20 (r=0.21,P=4.17E-5)、RHBDL2 (r=0.22,P=3.59E-5)、GJA9 (r=0.21,P=8.38E-5) 与B细胞最显著相关;MUC20 (r=0.18,P=6.56E-4)、SPINT1 (r=0.16,P=2.53E-3) 与巨细胞最显著相关;SPINT1 (r=-0.20,P=1.82E-4) 与CD4+ T细胞最显著相关;MUC20 (r=-0.15,P=3.16E-3)、EPS8L1 (r=-0.18,P=6.15E-4) 与细胞毒性T细胞(CD8+ T细胞) 最显著相关。
2.5 Trop-2在BLCA中的预后分析按Trop-2基因表达量的中位数绘制的疾病特异性生存期(disease-specific survival,DSS) 具有边际显著效应(HR=0.74,95%CI:0.52~1.05,P = 0.09)。肿瘤组织学高级,病理分期Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期亚组的DSS无显著差异。见图 6。
![]() |
The red line is the high expression of Trop-2, and the blue line is the low expression. 图 6 Trop-2基因对BLCA预后的影响 Fig.6 Effect of Trop-2 gene on prognosis of BLCA |
3 讨论
本研究应用生物信息学方法,发现Trop-2在BLCA中过表达,并与DNA甲基化呈显著负相关。通过富集分析,确认了DNA结合、细胞分裂、细胞周期、病毒致癌作用、p53信号通路等过程可能是Trop-2在BLCA中产生生物学行为的最显著途径。通过分析Trop-2及共表达基因与BLCA浸润免疫细胞的关系,发现Trop-2及多数共表达基因的表达与B细胞和巨噬细胞呈显著正相关,与CD4+ T细胞和CD8+ T细胞呈负相关,一定程度上说明了免疫过程在肿瘤发生中的作用。
2017年NERI等[9]首次证实,DNA突变和甲基化缺失是导致癌症的一个重要原因,正常表观遗传机制的破坏即DNA甲基化,是已知的癌症发生的早期事件。Trop-2是一种与恶性肿瘤发生、侵袭和转移有关的癌基因,本研究发现其表观遗传变化在调控BLCA发育和免疫耐受中发挥重要作用。BLCA中Trop-2的表达与DNA甲基化存在显著负相关,提示Trop-2基因表达量异常升高可能是DNA甲基化水平降低的结果,通过检测Trop-2相关的DNA甲基化水平,可以早期诊断和评估BLCA。此外,在遗传层面,Trop-2的表达与DNA结合、细胞周期、病毒致癌作用、p53信号通路等生物过程相关,具有促进肿瘤细胞生长、增殖和转移的潜在作用。
肿瘤的发生是多因素、多阶段、多基因相互作用的,仅研究单基因对膀胱癌的影响是片面的。因此,探索Trop-2及其共表达基因在膀胱癌发生、发展中的作用具有非常重要的意义。本研究利用在线工具筛选出57个正向共表达基因,其中MUC20、RHBDL2、SPINT1、GJA9、EPS8L1、ADGRF1和C1ORF116等与Trop-2呈明显的共表达。同时,通过肿瘤免疫浸润分析发现,Trop-2及共表达基因与B细胞呈显著正相关,而与T细胞呈显著负相关。B细胞在一定条件下可以抵御肿瘤,主要是通过产生肿瘤特异性抗体和呈递肿瘤抗原,但某些B细胞亚群也可以抑制抗肿瘤免疫、促进肿瘤生长。2021年研究[10]首次发现B细胞会分泌神经递质γ-氨基丁酸,进而抑制细胞毒性T细胞功能,促进肿瘤相关巨噬细胞分化,抑制抗肿瘤免疫。结合本研究的生物信息学分析结果,推测Trop-2及共表达基因可能通过B细胞抑制T细胞功能、促进肿瘤相关巨噬细胞分化,抑制抗肿瘤免疫。
已有研究[11]表明,Trop-2基因高表达在多种癌症中具有不良预后,土耳其大学医学院研究团队回顾性分析了2013至2018年间行前列腺癌根治性切除术的101例患者的组织病理学特征,发现Trop-2在前列腺癌中表达较高且与不良预后相关,此类现象还在乳腺癌、肺癌、胃癌等肿瘤中出现。然而,本研究未能发现基于TCGA-BLCA的Trop-2表达与BLCA的生存资料有显著差异。Trop-2作为癌症驱动因子,调控BLCA发生的分子机制和组织病理通路十分复杂,针对不同种类的癌症,甚至同种类型的癌症,导致癌症发生的结果和预后不尽相同。因此,未来需要更大、更全面的样本,更深入地去探索Trop-2基因在BLCA预后中的临床意义。
Trop-2在多种实体肿瘤中高表达,已经逐渐成为开发抗体偶联药物的主要靶点。本研究同样发现了ERBB2 (酪氨酸激酶受体编码基因,又名HER2) 与Nectin-4在BCLA中为共表达基因。HER2基因变异广泛存在于许多实体肿瘤中,包括乳腺癌、胃癌、肺癌、膀胱癌、卵巢癌、头颈肿瘤等。目前,美国食品药品监督管理局已经批准曲妥珠单抗、帕妥珠单抗、拉帕替尼、来那替尼、T-DM1用于HER2阳性乳腺癌[12]的治疗,HER1/HER2双靶向抑制剂阿法替尼、达克替尼用于HER1敏感突变的非小细胞肺癌治疗等[13]。此外,Nectin-4作为抗体偶联药物的潜力靶点,已于2019年12月获得美国食品药品监督管理局加速批准,用于治疗接受PD-1/PD-L1抑制剂治疗期间或治疗后病情进展的局部晚期或转移性BLCA患者[14]。近来,Trop-2抗体偶联药物也迎来了多次重大进展,其中sacituzumab govitecan-hziy已经获得批准上市[15]。目前,以Trop-2为靶点的抗体偶联药物药物已逐步开始用于治疗膀胱癌的临床试验,其具体疗效与安全性有待临床研究证实。
尽管本研究从多角度论证了Trop-2基因在BLCA中具有重要意义,但本研究存在一些局限性:缺乏相关的实验验证,且仅利用公开数据库进行研究,缺乏亚裔人群,仍需要更大的样本量进行进一步验证。
综上所述,本研究基于生物信息学数据库的挖掘,发现Trop-2表达在BLCA组织中呈上调趋势,可能作为潜在的癌基因参与BLCA的发生、发展过程,通过参与细胞周期、病毒致癌作用、p53信号通路等生物过程调控BLCA的进展。同时,Trop-2及其多数共表达基因与B细胞和巨噬细胞呈显著正相关,与CD4+ T细胞和CD8+ T细胞呈负相关,提示Trop-2可能通过上调B细胞来抑制CD4+ T细胞和CD8+ T细胞,从而实现免疫逃逸。Trop-2作为良好的抗体偶联靶点,具有精准治疗的特性,针对Trop-2基因的抗体偶联药物临床运用的前景值得期待。
[1] |
张琳, 平秦榕, 杨萌, 等. 膀胱癌免疫治疗的研究进展[J]. 山东医药, 2021, 61(19): 100-103. DOI:10.3969/j.issn.1002-266X.2021.19.026 |
[2] |
AGRAWAL A, SAHNI S, VULISHA AK, et al. Pulmonary manifestations of urothelial carcinoma of the bladder[J]. Respir Med, 2017, 128: 65-69. DOI:10.1016/j.rmed.2017.05.006 |
[3] |
PHAM A, BALLAS LK. Trimodality therapy for bladder cancer: mo-dern management and future directions[J]. Curr Opin Urol, 2019, 29(3): 210-215. DOI:10.1097/MOU.0000000000000601 |
[4] |
LI B, SEVERSON E, PIGNON JC, et al. Comprehensive analyses of tumor immunity: implications for cancer immunotherapy[J]. Genome Biol, 2016, 17(1): 174. DOI:10.1186/s13059-016-1028-7 |
[5] |
GOLDENBERG DM, STEIN R, SHARKEY RM. The emergence of trophoblast cell-surface antigen 2 (TROP-2) as a novel cancer target[J]. Oncotarget, 2018, 9(48): 28989-29006. DOI:10.18632/oncotarget.25615 |
[6] |
AKARKEN İ, DERE Y. Could trop-2 overexpression indicate tumor aggressiveness among prostatic adenocarcinomas?[J]. Ann Diagn Pathol, 2021, 50: 151680. DOI:10.1016/j.anndiagpath.2020.151680 |
[7] |
BARDIA A, MAYER IA, DIAMOND JR, et al. Efficacy and safety of anti-trop-2 antibody drug conjugate sacituzumab govitecan (IMMU-132) in heavily pretreated patients with metastatic triple-negative breast cancer[J]. J Clin Oncol, 2017, 35(19): 2141-2148. DOI:10.1200/JCO.2016.70.8297 |
[8] |
朱子清, 李奇奇, 赵晓娟, 等. ONCOMINE、cBioPortal和UCSC Xena的介绍, 以EGFR为例[J]. 基因组学与应用生物学, 2018, 37(5): 2207-2213. DOI:10.13417/j.gab.037.002207 |
[9] |
NERI F, RAPELLI S, KREPELOVA A, et al. Intragenic DNA methy-lation prevents spurious transcription initiation[J]. Nature, 2017, 543(7643): 72-77. DOI:10.1038/nature21373 |
[10] |
ZHANG B, VOGELZANG A, MIYAJIMA M, et al. B cell-derived GABA elicits IL-10+ macrophages to limit anti-tumour immunity[J]. Nature, 2021, 599(7885): 471-476. DOI:10.1038/s41586-021-04082-1 |
[11] |
KIZILAY F, ÇELIK S, SÖZEN S, et al. Correlation of Prostate-Imaging Reporting and Data Scoring System scoring on multiparametric prostate magnetic resonance imaging with histopathological factors in radical prostatectomy material in Turkish prostate cancer patients: a multicenter study of the Urooncology Association[J]. Prostate Int, 2020, 8(1): 10-15. DOI:10.1016/j.prnil.2020.01.001 |
[12] |
FIGUEROA-MAGALHÃES MC, JELOVAC D, CONNOLLY R, et al. Treatment of HER2-positive breast cancer[J]. Breast, 2014, 23(2): 128-136. DOI:10.1016/j.breast.2013.11.011 |
[13] |
SOLANGE, PETERS, MD P, et al. Activity of afatinib in heavily pretreated patients with ERBB2 mutation-positive advanced NSCLC: findings from a global named patient use program[J]. J Thorac Oncol, 2018, 13(12): 1897-1905. DOI:10.1016/j.jtho.2018.07.093 |
[14] |
LATTANZI M, ROSENBERG JE. The emerging role of antibody-drug conjugates in urothelial carcinoma[J]. Expert Rev Anticancer Ther, 2020, 20(7): 551-561. DOI:10.1080/14737140.2020.1782201 |
[15] |
SELIGSON JM, PATRON AM, BERGER MJ, et al. Sacituzumab govitecan-hziy: an antibody-drug conjugate for the treatment of refractory, metastatic, triple-negative breast cancer[J]. Ann Pharmacother, 2021, 55(7): 921-931. DOI:10.1177/1060028020966548 |