中国医科大学学报  2022, Vol. 51 Issue (10): 889-895

文章信息

王玲玲, 谢守军, 李爽, 郑华川, 任春丽, 曹秀艳
WANG Lingling, XIE Shoujun, LI Shuang, ZHENG Huachuan, REN Chunli, CAO Xiuyan
基于生物信息学的妊娠期糖尿病关键基因的筛选及验证
Screening and validation of hub genes in gestational diabetes mellitus based on bioinformatics
中国医科大学学报, 2022, 51(10): 889-895
Journal of China Medical University, 2022, 51(10): 889-895

文章历史

收稿日期:2022-03-11
网络出版时间:2022-09-30 18:22
基于生物信息学的妊娠期糖尿病关键基因的筛选及验证
1. 承德医学院附属医院检验科, 河北 承德 067000;
2. 承德医学院附属医院中心实验室, 河北 承德 067000;
3. 承德医学院附属医院产科, 河北 承德 067000;
4. 承德市双滦区人民医院检验科, 河北 承德 067000
摘要目的 利用生物信息学分析和验证妊娠期糖尿病的关键基因, 明确妊娠期糖尿病的发病机制。方法 利用基因表达图谱(GEO) 数据库在线分析工具GEOR2对数据集GSE49524进行分析, 筛选妊娠期糖尿病的差异表达基因, 并进行基因本体(GO) 和京都基因和基因组数据库(KEGG) 富集分析。利用String和Cytoscape软件绘制蛋白-蛋白相互作用(PPI) 网络, 筛选妊娠期糖尿病关键基因。利用GSE103552数据集验证关键基因; ELISA法和实时PCR检测妊娠期糖尿病患者(妊娠糖尿病组) 与正常妊娠患者(对照组) 外周血COL4A1、P4HA2蛋白和mRNA表达水平。结果 共鉴定出差异表达基因99个, 其中表达上调69个, 表达下调30个。GO和KEGG富集分析显示, 差异表达基因在AGE-RAGE信号通路、TGF-β信号通路; 蛋白质消化吸收、胶原三聚体复合物、血小板衍生生长因子、细胞外基质组织结构、内质网等方面显著富集。PPI鉴定出与妊娠期糖尿病相关的5个关键基因为COL4A1P4HA2COL1A1COL3A1COL5A2。在数据集GSE103552中COL4A1P4HA2表达差异显著(均P < 0.05);实时PCR和ELISA法检测结果显示, 与对照组比较, 妊娠期糖尿病组COL4A1P4HA2 mRNA及蛋白表达水平增高(均P < 0.05)。结论 与妊娠期糖尿病相关的5个关键基因为COL4A1P4HA2COL1A1COL3A1COL5A2COL4A1P4HA2表达上调可能促进了妊娠期糖尿病的发生。
关键词妊娠期糖尿病    差异表达基因    生物信息学    筛选    验证    
Screening and validation of hub genes in gestational diabetes mellitus based on bioinformatics
1. Department of Laboratory Diagnosis, The Affiliated Hospital of Chengde Medical University, Chengde 067000, China;
2. Department of Experimental Center, The Affiliated Hospital of Chengde Medical University, Chengde 067000, China;
3. Department of Maternity, The Affiliated Hospital of Chengde Medical University, Chengde 067000, China;
4. Department of Laboratory Diagnosis, Shuangluan District People's Hospital, Chengde 067000, China
Abstract: Objective To analyze and verify the hub genes of gestational diabetes mellitus (GDM) using bioinformatics and to clarify the pathogenesis of GDM. Methods The Gene Expression Omnibus database online analysis tool GEOR2 was used to analyze the GSE49524 dataset and to screen the differentially expression genes in gestational diabetes mellitus. Gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment analyses were performed. The protein-protein interaction (PPI) network was mapped using String and Cytoscape software to identify hub genes. The GSE103552 dataset was applied to verify these results. ELISA and real-time PCR were used to detect the protein and mRNA expression levels of COL4A1 and P4HA2 in the peripheral blood of patients with GDM (GDM group) and healthy pregnant patients (control group). Results In total, 99 differentially expression genes were identified, of which 69 were up-regulated and 30 were down-regulated. GO and KEGG enrichment analyses showed that differentially expression genes were significantly enriched in the AGE-RAGE, TGF-β, protein digestion and absorption pathways, platelet-derived growth factors, extracellular matrix structure, collagen trimer complex, and endoplasmic reticulum lumen. The PPI network identified five key genes associated with GDM, namely COL4A1, P4HA2, COL1A1, COL3A1, and COL5A2.COL4A1 and P4HA2 were significantly differentially expressed in the validation dataset GSE103552(P < 0.05). The results of real-time PCR and ELISA showed that, compared with the control group, the mRNA and protein expression levels of COL4A1 and P4HA2 were higher in the GDM group (both P < 0.05). Conclusion The five hub genes associated with GDM were COL4A1, P4HA2, COL1A1, COL3A1, and COL5A2. Up-regulation of COL4A1 and P4HA2 may promote the development of GDM.

妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)是指妊娠期间出现的糖代谢障碍,病因包括环境、遗传等多种因素[1-2]。随着肥胖、超重人口和高龄孕妇的增加,GDM患病率逐年递增,已达9.3%~19.7%[3]。研究[4]显示,GDM严重危害母婴的健康,增加孕妇高血压、感染、流产、早产、胎儿发育滞后等风险。GDM发病主要与妊娠期的胰岛素分泌不足或作用缺陷相关,但发病机制尚未明确。已有学者[5]发现,脂联素、性激素结合蛋白、血管生成素样蛋白8、CD59分子、血清纤维蛋白凝胶素3、血清糖化纤连蛋白等多种分子与GDM相关。但是,目前关于GDM生物标志物相互作用的网络和机制还不明确。

生物信息学是运用计算机技术和数学思维,同时结合生物学工具来挖掘和阐明各种数据库中隐藏的潜在生物学意义[6]。随着学科的发展和技术的进步,生物信息学可为GDM的研究提供新的思路。迄今为止,尚未见COL4A1、P4HA2与GDM的相关报道。本研究利用生物信息学分析和验证GDM的关键基因,明确GDM的发病机制,进而完善GDM生物标志物网络,为GDM的早期诊断和治疗提供新的策略。

1 材料与方法 1.1 数据来源

利用基因表达图谱(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)检索,关键词为“gestational diabetes mellitus”。筛选条件为“Homo sapiens” “Expression profiling by array”。选择数据集GSE49524(GSE49524数据集基于GPL7020平台,包括3例GDM患者和3例健康妊娠对照的脐静脉内皮细胞基因表达信息)为分析数据集,数据集GSE103552(GSE103552数据集基于GPL6244平台,包括21例GDM患者和16健康妊娠对照的胎盘内皮细胞基因表达信息)为关键基因验证数据集。

1.2 差异表达基因筛选

选择数据集GSE49524,利用在线分析工具GEOR2对GDM样本和健康妊娠样本进行分组和差异表达基因筛选。以|logFC| > 1且P < 0.05为阈值,利用R软件(3.6.3)获得差异表达基因。

1.3 差异表达基因的基因本体(Gene Ontology,GO)与京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析

在仙桃学术网站(https://www.xiantao.love/products)运用R软件(3.6.3版本)、R语言clusterProfiler(3.14.3版本)和org.Hs.eg.db包(3.10.0版本),在调整后的P < 0.05和q < 0.2条件下进行GO和KEGG富集分析。

1.4 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络绘制和关键基因筛选

利用STRING数据库(https://www.cn.string-db.org/),将差异表达基因输入STRING网站分析工具中,限制“minimum required interaction score”为“high confidence(0.7)”,筛选PPI网络,利用Cytoscape软件(3.7.0版本)绘制PPI网络。利用Cytoscape软件中“MCODE”程序,限制条件为“Degree Cutoff = 2”“Node Score Cutoff = 0.2”“K-Core = 2”“Max. Depth = 100”,评分最高的5个基因为关键基因。

1.5 关键基因验证

1.5.1 数据库验证

选择GEO数据库中GSE103552基因芯片数据集进行关键基因表达情况的验证。

1.5.2 实时PCR和ELISA法检测

选取PPI网络筛选的关键基因,且验证数据集也显著上调的差异表达基因COL4A1P4HA2作为验证对象。

1.5.2.1 临床资料及分组

选取2018年1月至2021年1月承德医学院附属医院产科住院的GDM孕妇(GDM组)和健康妊娠孕妇(对照组)各50例。纳入标准:GDM组均符合GDM的诊断标准[7],患者基本资料齐全。排除标准:妊娠前有糖尿病或者其他急、慢性疾病。本研究获得承德医学院附属医院伦理委员会批准,所有患者均知情同意并署知情同意书。2组患者年龄、孕次、产次等指标比较差异无统计学意义(均P > 0.05),见表 1

表 1 GDM组和对照组患者基本临床指标比较 Tab.1 Comparison of the basic clinical data between the GDM and control groups
Group n Age(year) Pregnancy Delivery Pregnant(week) BMI(kg/m2
GDM 50 29.12±1.67 1.76±1.42 0.52±0.15 36.52±1.24 23.45±1.23
Control 50 30.34±1.92 1.84±1.51 0.56±0.18 37.28±1.13 23.50±1.14
t 1.53 1.81 0.53 1.82 0.87
p 0.13 0.79 0.87 0.68 0.39
BMI,body mass index.

1.5.2.2 实时PCR检测COL4A1P4HA2 mRNA表达

采集2组孕妇的外周静脉血,收集受试者外周血单个核细胞,-80 ℃保存备用。使用RNA提取试剂盒(中实基因科技有限公司)、cDNA合成扩增试剂盒(天根生化科技有限公司)和实时荧光定量PCR仪(Roche480)完成mRNA检测。实验条件:预变性95 ℃ 15 min,40个循环,95 ℃ 10 s,60 ℃ 20 s,72 ℃ 30 s。利用2-∆∆Ct法计算。PrimerBank(https://www.pga.mgh.harvard.edu/primerbank/)在线设计引物,由北京博迈德基因技术有限公司合成,引物序列见表 2

表 2 引物序列 Tab.2 Primer sequences
Gene Sequence(5’-3’) Product size(bp)
GAPDH F:GTCTCCTCTGACTTCAACAGCG 131
R:ACCACCCTGTTGCTGTAGCCAA
COL4A1 F:GGGATGCTGTTGAAAGGTGAA 113
R:GGTGGTCCGGTAAATCCTGG
P4HA2 F:GGCCTGGTTTGGTGTCCTG 156
R:GCCCAGCTCTTAATCTTGGAAAG

1.5.2.3 ELISA法检测COL4A1和P4HA2蛋白表达

采集2组孕妇的外周静脉血,收集受试者血清,-80 ℃保存备用;使用COL4A1 ELISA试剂盒(武汉楚锐科药业科技有限公司)、P4HA2 ELISA试剂盒(武汉菲恩生物科技有限公司)和酶标仪(美国Thermo Fisher Scientific公司)检测血清中COL4A1和P4HA2的水平。

1.6 统计学分析

利用SPSS 25.0软件进行数据分析,符合正态分布的计量资料以x±s表示;2组比较采用t检验;非正态分布的计量资料以MP25~P75)表示,组间比较采用Mann-Whitney U检验,P < 0.05为差异有统计学意义。

2 结果 2.1 差异表达基因的筛选

结果显示,共获得GDM差异表达基因99个,其中表达上调69个,表达下调30个,见表 34

表 3 上调的差异表达基因 Tab.3 Up-regulated differentially expression genes
Gene logFC P Gene logFC P
FST 5.80 0.000 003 73 KRT7 1.43 0.000 831 82
TGFB2 4.29 0.009 611 92 TNS3 1.43 0.010 676 30
IGFBP3 4.10 0.034 416 39 CDKN2B 1.42 0.031 674 27
LOC728392 3.31 0.010 199 68 FBN2 1.40 0.010 574 60
TGFBI 3.28 0.019 832 09 APCDD1L 1.39 0.026 429 12
COL3A1 3.27 0.029 420 82 ORMDL1 1.38 0.015 218 75
PCSK7 3.27 0.045 566 88 BAMBI 1.36 0.041 240 15
IGFBP5 3.21 0.001 013 05 ZNF365 1.35 0.006 344 87
GJA5 3.19 0.002 000 28 COL4A1 1.34 0.011 174 34
TFAP2A 3.18 0.032 501 14 STAT1 1.32 0.012 443 04
COL1A1 3.00 0.037 147 78 RPL27A 1.31 0.019 690 74
PNMAL1 2.62 0.032 911 48 CD163L1 1.28 0.000 514 15
CCND2 2.46 0.028 727 55 BCHE 1.27 0.023 537 86
CNTN1 2.43 0.032 838 86 IL15 1.25 0.012 107 40
CERKL 2.39 0.025 096 82 FZD8 1.23 0.006 917 92
FOXF1 2.32 0.007 462 97 ZNF804A 1.22 0.024 280 76
MATN2 2.20 0.024 355 56 DIRAS3 1.19 0.020 383 37
SUSD5 2.18 0.028 217 22 TMEM35A 1.16 0.020 763 51
BDNF 2.15 0.031 950 64 CRISPLD1 1.16 0.024 908 30
CCDC85A 2.10 0.028 722 87 ICAM1 1.16 0.029 409 94
FAT1 2.08 0.009 534 05 ALDH1A3 1.13 0.019 025 53
COL8A1 2.03 0.021 644 66 CARD11 1.11 0.017 456 05
ARID5B 1.83 0.027 897 17 ARMCX2 1.11 0.019 988 86
FGF2 1.83 0.034 817 93 ROR1 1.09 0.010 433 98
CLIC3 1.77 0.034 079 46 COL5A2 1.09 0.018 890 91
PKP2 1.74 0.007 380 72 MIPOL1 1.07 0.000 046 79
LOXL1 1.69 0.002 633 26 ZC3H8 1.07 0.007 998 86
NPPB 1.64 0.046 025 84 STAT1 1.06 0.029 457 91
LTBP1 1.61 0.037 981 97 KDELR3 1.06 0.035 826 04
LIPG 1.60 0.019 549 51 FOSL2 1.05 0.000 566 93
PTGS1 1.57 0.007 114 03 FSTL3 1.02 0.047 393 97
FILIP1L 1.57 0.008 992 84 P4HA2 1.01 0.001 319 43
TUSC3 1.50 0.003 545 77 LMO1 1.01 0.002 818 23
FBN1 1.49 0.042 675 24 HLCS 1.01 0.043 099 61
DMD 1.45 0.041 280 79

表 4 下调的差异表达基因 Tab.4 Down-regulated differentially expression genes
Gene logFC P Gene logFC P
TAF8 -1.01 0.024 486 58 LY75 -1.35 0.026 282 69
OSGEP -1.02 0.003 820 71 CLIC2 -1.36 0.000 454 88
ENPP4 -1.06 0.031 598 17 GPX7 -1.38 0.002 720 63
MYCN -1.07 0.036 765 84 ALDH1A2 -1.50 0.000 041 12
RPH3AL -1.10 0.039 073 83 C19orf33 -1.50 0.034 505 81
DDR2 -1.11 0.001 316 22 AUTS2 -1.52 0.031 380 58
CGNL1 -1.11 0.018 382 06 PLEC -1.58 0.017 726 17
PSMB8 -1.12 0.001 333 37 MME -1.65 0.041 845 22
PNMA2 -1.12 0.033 221 94 FRMD3 -1.66 0.001 933 33
CCDC69 -1.14 0.032 933 61 PLAT -1.66 0.015 709 29
CLEC1A -1.14 0.039 616 89 C20orf27 -1.66 0.031 688 16
HMOX1 -1.15 0.004 845 92 TNFSF18 -1.79 0.025 602 22
AP1S2 -1.21 0.001 515 36 NAMPT -1.80 0.001 843 57
RC3H1 -1.32 0.046 138 62 USF1 -2.65 0.008 857 09
PLAC9 -1.33 0.031 198 93 CYTL1 -3.83 0.006 903 34

2.2 差异表达基因GO和KEGG分析

KEEG通路富集显示,差异表达基因参与的信号通路主要包括AGE-RAGE信号通路、TGF-β信号通路和蛋白质消化吸收等信号通路。GO功能分析结果显示,在分子功能上,差异表达基因在血小板衍生生长因子活性、细胞外基质组织结构的抗张性和细胞外基质结构成分等功能上显著富集;在细胞成分上,差异表达基因主要分布在胶原三聚体复合物、内质网腔和细胞外基质中;在生物学过程中,差异表达基因主要参与肾脏系统的发育、细胞外基质组织和细胞外结构组织等生物学过程。见图 1

BP, biological process; CC, cellular component; MF, molecular function. 图 1 差异表达基因的GO和KEGG富集分析 Fig.1 GO and KEGG analysis of differential expression gene

2.3 PPI网络的构建和关键基因的筛选

通过STRING和Cytoscape软件,将评分 > 4.5的Module构建99个差异表达基因PPI网络,在cytoHubba插件中选择Top5 nodes ranked by degree,获得5个关键基因,分别为:COL4A1P4HA2COL1A1COL3A1COL5A2,见图 2

图 2 关键基因PPI网络 Fig.2 PPI network of hub genes

2.4 关键基因的验证

结果显示,在GSE103552基因芯片数据集中,与对照组比较,GDM组COL4A1P4HA2表达显著上调(均P < 0.05),而COL1A1COL3A1COL5A2表达2组差异没有统计学意义(均P > 0.05),见图 3

图 3 GSE103552数据集中GDM组与对照组关键基因表达比较 Fig.3 Expression levels of hub genes between the GDM and control groups in GSE103552 datasets

2.5 实时PCR和ELISA法检测COL4A1P4HA2 mRNA和蛋白结果

结果显示,与对照组比较,GDM组COL4A1P4HA2的mRNA和蛋白表达显著增高,差异均有统计学意义(均P < 0.05),见表 5

表 5 GDM组与对照组COL4A1、P4HA2的mRNA和蛋白表达比较 Tab.5 Comparison of mRNA and protein expression of COL4A1 and P4HA2 between the GDM group and control group
Group COL4A1 P4HA2
mRNA Protein(ng/mL) mRNA Protein(ng/mL)
GDM 0.002(0.001-0.007) 1) 14.620(10.075-17.100) 2) 0.001(0-0.002) 2) 37.250(24.200-41.825) 2)
Control 0.001(0.000-0.003) 10.700(5.850-13.125) 0.000(0-0.001) 13.950(10.850-22.875)
1)P < 0.05,2)P < 0.001 vs control group.

3 讨论

COL4A1的编码基因位于染色体13q34,全长158 199 bp,共有52个外显子,它是人体多种组织结构的重要组成部分,在Ⅳ型胶原蛋白的合成过程中发挥重要作用[8]。有研究[9]发现COL4A1基因与糖尿病的发展有显著相关性;CUROVIC等[10]研究表明COL4A1与糖尿病视网膜病变的发生有关,但是并没有证明其参与了疾病的进一步恶化。另外,研究[11-13]发现COL4A1与肝细胞癌、胃癌和胶质瘤等恶性肿瘤的进展也相关。脊椎动物的脯氨酸4-羟化酶有3个α同工酶,分别是P4HA1、P4HA2、P4HA3[14]。P4HA2是细胞外基质重构的胶原修饰酶成员之一,有研究[15-16]发现P4HA2可以通过胶原依赖的PI3K/AKT信号通路促进上皮-间质转化和胶质瘤恶性转化;也可以通过调节胶原蛋白沉积促进乳腺癌进展和转移。还有研究[17]报道P4HA2与常染色体显性近视相关。

本研究基于GEO数据库中的GSE49524数据集,对3例GDM患者和3例健康妊娠对照的脐静脉内皮细胞基因表达信息进行分析,共筛选出差异表达基因99个,其中表达上调69个,表达下调30个。应用STRIN和Cytoscape软件构建了PPI网络,共获得COL4A1P4HA2COL1A1COL3A1COL5A2 5个关键基因。对5个关键基因验证的结果显示,与对照组比较,COL4A1P4HA2表达显著上调(均P < 0.05),表明COL4A1和P4HA2可能参与了GDM的发生过程,与以往研究结果一致。

为了进一步研究GDM发病的可能机制,本研究GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达基因在细胞外基质组织结构的抗张性、细胞外基质结构成分、胶原三聚体复合物、细胞外基质组织和细胞外结构组织等部分富集。细胞外基质是由结构蛋白、蛋白聚糖、生长因子/细胞因子和酶等组成的三维网络,主要成分是胶原蛋白,形成生物活性支架,为细胞提供结构和生化支持。目前已发现的胶原蛋白有28种,其中Ⅳ型胶原蛋白是细胞基底膜的重要组成部分,广泛分布于全身各处;细胞外基质中胶原蛋白的调控可以作为疾病治疗的靶点[18]。GDM是妊娠期常见的病症之一,世界卫生组织已经将其列为糖尿病的独立类型,其发病机制与糖尿病有许多相似之处。研究[19]显示,在糖尿病发生和发展过程中,细胞外基质蛋白表达发生变化,导致细胞外基质网络的结构改变以及细胞-细胞外基质和细胞-细胞相互作用的改变。随后,这些变化导致糖尿病相关并发症(肾病、视网膜病变和糖尿病心肌病)的发生。关于糖尿病相关心脏细胞外基质表达的研究[19]表明,糖尿病相关心脏病和非糖尿病相关心脏病2组患者心脏中Ⅰ型、Ⅲ型和Ⅵ型胶原蛋白的含量均增加;但2组间仅Ⅲ型胶原表达有显著差异,未检测到Ⅳ和Ⅴ胶原蛋白的增加;糖尿病诱导的细胞外基质重构也可能影响心肌病、动脉粥样硬化、颈动脉疾病和间质纤维化的发展。在糖尿病心肌病中,过量的胶原沉积,尤其是Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ型胶原沉积,会导致左心室功能受损[19]。四氧嘧啶诱导的大鼠糖尿病模型研究[19]显示,与Ⅰ型胶原和Ⅳ型胶原以及其他细胞外基质蛋白比较,Ⅵ型胶原蛋白显著增加。因此推测COL4A1P4HA2等差异表达基因可能通过细胞外基质相关通路在GDM的疾病发展过程中发挥作用。

综上所述,本研究利用生物信息学分析和验证了GDM的关键基因,分别为COL4A1P4HA2COL1A1COL3A1COL5A2。其中COL4A1P4HA2上调可能促进了GDM的发生。COL4A1和P4HA2可能是GDM的潜在生物学标志物,本研究为GDM的诊断及个性化治疗提供一定理论支持。由于本研究的样本量相对较小,可能存在一定的局限性,所以研究结果尚需扩大样本量进行临床实验验证。

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