文章信息
- 蔺美娜, 卢永平, 陈薪任, 赵宁, 隋钰, 姜淼
- LIN Meina, LU Yongping, CHEN Xinren, ZHAO Ning, SUI Yu, JIANG Miao
- 眼皮肤白化病新的TYR基因突变位点报道分析
- Analysis of novel mutations of TYR gene in oculocutaneous albinism
- 中国医科大学学报, 2020, 49(7): 664-666
- Journal of China Medical University, 2020, 49(7): 664-666
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文章历史
- 收稿日期:2019-08-15
- 网络出版时间:2020-06-24 10:20
眼皮肤白化病(oculocutaneous albinism,OCA)是一组以眼、皮肤、毛发黑色素沉着减少或缺乏为主要临床表现的常染色体隐性遗传病,全世界发病率约为1/20 000,中国汉族人口中发病率为1/18 000。OCA一般是由黑色素合成或转运相关基因突变所引起的,主要临床表现为普遍色素沉着不足,眼部改变包括黄斑中心凹发育不良、屈光不正、视力低下、畏光、虹膜半透明、眼球震颤、眼底着色不足及视觉纤维通路异常等。目前发现至少20个基因与OCA有关,其中包括7个非综合征OCA基因和13个综合征OCA基因,7个非综合征OCA基因分别是导致OCA1(OMIM#203100,#606952)、OCA2(OMIM#203200)、OCA3(OMIM#203290)、OCA4(OMIM #606574)、OCA5(OMIM #615312)、OCA6(OMIM #113750)、OCA7(OMIM#615179)的TYR、OCA2、TYRP1、SLC45A2、OCA5、SLC24A5和C10orf11[1],13个综合征OCA基因分别为HPS1、AP3B1、HPS3、HPS4、HPS5、HPS6、DTNBP1、BLOC1S3、BLOC1S6、LYST、MYO5A、SMS、BEHRS。OCA分型比较多,症状相似,单纯通过临床表型很难区分,一般通过分子遗传学诊断确定分型。本研究报道了一个父子两代发病的OCA家系,通过全外显子测序技术识别致病基因并确定分型。
1 材料与方法 1.1 研究对象先证者,男,42岁,表现为脸部皮肤白色,虹膜半透明,头发颜色略浅,眉毛黄白色,睫毛白色,视力差,高度近视,眼球左右震颤,畏光,智力正常。其妻子无症状,腿部残疾,智力正常。其子10岁,具有与先证者同样的临床表现,包括虹膜半透明、皮肤白色、眼球震颤、视力差等,家系图见图 1。本研究经辽宁省计划生育科学研究院医学伦理委员会批准,所有基因诊断工作均获得患者家属的同意并签署知情同意书。
1.2 研究方法 1.2.1
标本收集和DNA提取:采集家系所有成员的静脉血5 mL,EDTA抗凝,-20 ℃保存备用。使用核酸自动提取仪QIAcube提取家系成员血液基因组DNA,试剂盒为QIAamp DNA Blood Mini Kit(货号51106,德国Qiagene公司),使用NanoDrop1000紫外分光光度计(美国Thermo Fisher Scientific公司)和Qubit3.0(美国Thermo Fisher Scientific公司)测定DNA浓度,-20 ℃冻存,待测序。
1.2.2全外显子测序:先证者血液基因组DNA标准化,取50 ng先证者血液DNA,根据Sure Select Target Enrichment System目标序列富集试剂盒(美国Agilent公司)的说明书进行文库构建,依次经过纯化、捕获、加接头、标记等程序,最后使用Agilent Bioanalyzer 2100(美国Agilent公司)对文库质量进行评估,然后取文库20 pmol上机测序,测序仪为NEXTSEQ 500(美国illumina公司)。测序数据通过bcl2fastq v2.18由bcl格式转换为fastq格式,通过BWA(http://bio-bwa.sourceforge.net/)与GRCh37/hg19参考基因组序列进行比对,通过GATK4(https://software. broadinstitute.org/gatk/)收集变异信息,通过Annovar(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/)进行注释。
1.2.3Sanger测序:根据UCSC(https://genome.ucsc. edu/)报道的TYR基因序列(NM_000372.4),使用Primer5.0设计TYR基因所有外显子及接头序列的PCR引物(表 1);由上海生工生物公司合成,PCR试剂为2 X goldstarMix(北京康为世纪),PCR扩增产物送上海生工公司进行Sanger测序,测序结果与TYR基因标准序列进行比对分析。
引物名称 | 序列(5’ -3’) | 片段长度(bp) | 退火温度(℃) |
Exon 1 | 924 | 55 | |
F | CTGGAGGTGGGAGTGGTA | ||
R | TGGGCTGAGTAAGTTAGGAT | ||
Exon 1-2 | 843 | 55 | |
F | ACACCCATGTTTAACGAC | ||
R | GTAAATTGTGCCTTCTCG | ||
Exon 2 | 538 | 55 | |
F | AGTTCCAACATTTCTGCCTTCT | ||
R | CACAGCCTCCCAAGTAAA | ||
Exon 3 | 540 | 55 | |
F | TGGGTATCCAGAATGTAA | ||
R | TTTGTATCCTGCCTAATC | ||
Exon 4 | 901 | 55 | |
F | CAGCATTCTGGAGGTTCA | ||
R | GCTGGATGTTTACCCTGT | ||
Exon 5 | 820 | 55 | |
F | GGAGGCTACTAAGATTGC | ||
R | GTTGGAAGAAGGCTACAC |
2 结果 2.1 全外显子测序结果
全外显子测序目标捕获区平均测序深度为60 X,碱基质量值≥30(Q30)的比例为80%,Target Enrichment System试剂盒共检测4 000个基因,检出可能致病的突变136个,选取与白化病相关的基因优先分析,结果发现先证者存在TYR c.1A > G纯合突变。此位点在1 000 Genome Project数据库和EXAC数据库没有记录,经过生物信息学软件MutationTaster和SIFT进行预测,提示此位点可能为致病位点。
2.2 Sanger测序结果
对PCR产物进行Sanger测序,结果显示先证者存在TYR c.1A > G纯合突变;先证者的儿子存在TYR c.1A > G和TYR c.929-930insC复合杂合突变;先证者妻子携带TYR c.929-930insC杂合突变,见图 2。
3 讨论OCA1是最常见和最严重的非综合征型眼皮肤白化病,发病率为1 : 40 000,OCA1约占全世界白化病病例的50%。OCA1在不同人群中具有不同的发病率,高加索人群中最常见,中国人群中OCA1病例为白化病患者的64.3%~70.1%,非裔美国人中很少见。OCA1主要是由于TYR基因突变导致的,根据突变后残基的活性和黑色素合成情况可以分成OCA1A和OCA1B 2个亚型。OCA1A表型最严重,由于TYR基因无效突变产生不完整的多肽,终生几乎检测不到酪氨酸酶活性和黑色素合成,表现为白色头发和睫毛、乳白色的皮肤、淡蓝色或者半透明的虹膜;OCA1B症状较轻,由于TYR基因突变导致酪氨酸酶活性降低,可以部分检测到酪氨酸酶活性和黑色素合成,围产期出现临床症状,随着年龄的增长可能改善[2]。2种类型的OCA1都会出现视力低下、中央凹发育不全、眼球震颤等症状。根据HGMD专业版2018.3(http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/gene. php?gene=TYR)大约有445个TYR基因突变位点被报道。
TYR(OMIM 606933)基因位于染色体11q14.3,包含5个外显子,编码一个52×103(529个氨基酸)的具有双重功能的Ⅰ型膜蛋白,它具有酪氨酸酶活性,催化酪氨酸转化为多巴,并在黑色素细胞中将多巴氧化为多巴醌;同时TYR蛋白还具有二羟吲哚氧化酶的活性。因此,TYR蛋白是黑色素形成过程中的关键因素,TYR基因突变导致酪氨酸酶功能异常,黑色素部分或全部丧失,引起白化病[3]。
本研究中,先证者父子均患有OCA1,呈现假显性遗传模式,应用全外显子测序技术对先证者进行致病基因识别,Sanger测序对家系成员进行验证,结果显示,先证者是TYR c.1A > G纯合突变,其妻携带TYR c.929-930insC杂合突变,其子存在TYR c.1A > G和c.929-930insC复合杂合变异。由此可见在家族遗传病的分析过程中,可能被假性的遗传模式干扰,要通过进一步的分子诊断技术正确识别致病基因。
起始密码子变异比较罕见,TYR c.1A > G杂合突变1994年首次被英国摩菲眼科医院报道[4],OCA患者同时合并TYR c.370T > G和402G > A 2个杂合突变。1989日本首次报道了TYR c.929-930insC纯合突变,并且通过细胞学实验证实此突变可以导致酪氨酸酶活性降低[5]。随后在其它国家也报道了OCA1中TYR c.929-930insC杂合突变复合其它位置的杂合突变[6-7],而且携带TYR c.929-930insC杂合突变的患者均表现为眼球震颤[8]。2014年对来自中国34个家庭的98个患者进行筛查检测,首次报道了TYR c.1A > G杂合突变,同时筛查结果显示TYR c.1A > G和c.929_930insC的发生率为分别为1/68和6/68[8]。WANG等[9]报道TYR c.832C > T和TYR c.929_930insC复合杂合突变导致OCA1表型。目前世界上还没有TYR c.1A > G纯合突变的报道,TYR c.929_930insC在中国人群比较高发,本次研究首次报道了TYR c.1A > G和c.929-930insC复合杂合突变,TYR c.1A > G导致TYR蛋白无法表达,TYR c.929-930insC导致TYR蛋白提前终止,都是致病性突变,结合患者的表型特征,该家系可能是OCA1A亚型。因此,TYR c.1A > G纯合突变和TYR c.1A > G和c.929-930insC复合杂合突变可能与OCA1A的表型有关。
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