中国医科大学学报  2020, Vol. 49 Issue (7): 664-666

文章信息

蔺美娜, 卢永平, 陈薪任, 赵宁, 隋钰, 姜淼
LIN Meina, LU Yongping, CHEN Xinren, ZHAO Ning, SUI Yu, JIANG Miao
眼皮肤白化病新的TYR基因突变位点报道分析
Analysis of novel mutations of TYR gene in oculocutaneous albinism
中国医科大学学报, 2020, 49(7): 664-666
Journal of China Medical University, 2020, 49(7): 664-666

文章历史

收稿日期:2019-08-15
网络出版时间:2020-06-24 10:20
眼皮肤白化病新的TYR基因突变位点报道分析
国家卫健委生殖健康与遗传医学重点实验室, 辽宁省计划生育科学研究院, 中国医科大学附属生殖医院优先遗传科, 沈阳 110031
摘要:利用全外显子测序方法对一个连续两代(父子)发病的眼皮肤白化病家系进行致病基因识别。结果显示,先证者(父)是TYR c.1A>G纯合突变,其子(患者)为TYR c.1A>G及c.929-930insC复合杂合突变,先证者妻子表型正常,携带TYR c.929-930insC杂合突变。
关键词眼皮肤白化病    眼球震颤    TYR    复合杂合突变    
Analysis of novel mutations of TYR gene in oculocutaneous albinism

眼皮肤白化病(oculocutaneous albinism,OCA)是一组以眼、皮肤、毛发黑色素沉着减少或缺乏为主要临床表现的常染色体隐性遗传病,全世界发病率约为1/20 000,中国汉族人口中发病率为1/18 000。OCA一般是由黑色素合成或转运相关基因突变所引起的,主要临床表现为普遍色素沉着不足,眼部改变包括黄斑中心凹发育不良、屈光不正、视力低下、畏光、虹膜半透明、眼球震颤、眼底着色不足及视觉纤维通路异常等。目前发现至少20个基因与OCA有关,其中包括7个非综合征OCA基因和13个综合征OCA基因,7个非综合征OCA基因分别是导致OCA1(OMIM#203100,#606952)、OCA2(OMIM#203200)、OCA3(OMIM#203290)、OCA4(OMIM #606574)、OCA5(OMIM #615312)、OCA6(OMIM #113750)、OCA7(OMIM#615179)的TYROCA2TYRP1SLC45A2OCA5SLC24A5C10orf11[1],13个综合征OCA基因分别为HPS1AP3B1HPS3HPS4HPS5HPS6DTNBP1BLOC1S3BLOC1S6LYSTMYO5ASMSBEHRS。OCA分型比较多,症状相似,单纯通过临床表型很难区分,一般通过分子遗传学诊断确定分型。本研究报道了一个父子两代发病的OCA家系,通过全外显子测序技术识别致病基因并确定分型。

1 材料与方法 1.1 研究对象

先证者,男,42岁,表现为脸部皮肤白色,虹膜半透明,头发颜色略浅,眉毛黄白色,睫毛白色,视力差,高度近视,眼球左右震颤,畏光,智力正常。其妻子无症状,腿部残疾,智力正常。其子10岁,具有与先证者同样的临床表现,包括虹膜半透明、皮肤白色、眼球震颤、视力差等,家系图见图 1。本研究经辽宁省计划生育科学研究院医学伦理委员会批准,所有基因诊断工作均获得患者家属的同意并签署知情同意书。

箭头所指为先证者. 图 1 眼皮肤白化病家系图

1.2 研究方法

1.2.1

标本收集和DNA提取:采集家系所有成员的静脉血5 mL,EDTA抗凝,-20 ℃保存备用。使用核酸自动提取仪QIAcube提取家系成员血液基因组DNA,试剂盒为QIAamp DNA Blood Mini Kit(货号51106,德国Qiagene公司),使用NanoDrop1000紫外分光光度计(美国Thermo Fisher Scientific公司)和Qubit3.0(美国Thermo Fisher Scientific公司)测定DNA浓度,-20 ℃冻存,待测序。

1.2.2

全外显子测序:先证者血液基因组DNA标准化,取50 ng先证者血液DNA,根据Sure Select Target Enrichment System目标序列富集试剂盒(美国Agilent公司)的说明书进行文库构建,依次经过纯化、捕获、加接头、标记等程序,最后使用Agilent Bioanalyzer 2100(美国Agilent公司)对文库质量进行评估,然后取文库20 pmol上机测序,测序仪为NEXTSEQ 500(美国illumina公司)。测序数据通过bcl2fastq v2.18由bcl格式转换为fastq格式,通过BWA(http://bio-bwa.sourceforge.net/)与GRCh37/hg19参考基因组序列进行比对,通过GATK4(https://software. broadinstitute.org/gatk/)收集变异信息,通过Annovar(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/)进行注释。

1.2.3

Sanger测序:根据UCSC(https://genome.ucsc. edu/)报道的TYR基因序列(NM_000372.4),使用Primer5.0设计TYR基因所有外显子及接头序列的PCR引物(表 1);由上海生工生物公司合成,PCR试剂为2 X goldstarMix(北京康为世纪),PCR扩增产物送上海生工公司进行Sanger测序,测序结果与TYR基因标准序列进行比对分析。

表 1 TYR基因PCR引物序列
引物名称 序列(5’ -3’) 片段长度(bp) 退火温度(℃)
Exon 1 924 55
F CTGGAGGTGGGAGTGGTA
R TGGGCTGAGTAAGTTAGGAT
Exon 1-2 843 55
F ACACCCATGTTTAACGAC
R GTAAATTGTGCCTTCTCG
Exon 2 538 55
F AGTTCCAACATTTCTGCCTTCT
R CACAGCCTCCCAAGTAAA
Exon 3 540 55
F TGGGTATCCAGAATGTAA
R TTTGTATCCTGCCTAATC
Exon 4 901 55
F CAGCATTCTGGAGGTTCA
R GCTGGATGTTTACCCTGT
Exon 5 820 55
F GGAGGCTACTAAGATTGC
R GTTGGAAGAAGGCTACAC

2 结果 2.1 全外显子测序结果

全外显子测序目标捕获区平均测序深度为60 X,碱基质量值≥30(Q30)的比例为80%,Target Enrichment System试剂盒共检测4 000个基因,检出可能致病的突变136个,选取与白化病相关的基因优先分析,结果发现先证者存在TYR c.1A > G纯合突变。此位点在1 000 Genome Project数据库和EXAC数据库没有记录,经过生物信息学软件MutationTaster和SIFT进行预测,提示此位点可能为致病位点。

A,先证者TYR c.1A > G纯合突变;B,先证者妻子TYR c.929-930insC杂合插入突变;C,先证者儿子TYR c.1A > G杂合突变;D,先证者儿子TYRc.929-930insC杂合突变. 图 2 眼皮肤白化病家系成员Sanger测序图

2.2 Sanger测序结果

对PCR产物进行Sanger测序,结果显示先证者存在TYR c.1A > G纯合突变;先证者的儿子存在TYR c.1A > G和TYR c.929-930insC复合杂合突变;先证者妻子携带TYR c.929-930insC杂合突变,见图 2

3 讨论

OCA1是最常见和最严重的非综合征型眼皮肤白化病,发病率为1 : 40 000,OCA1约占全世界白化病病例的50%。OCA1在不同人群中具有不同的发病率,高加索人群中最常见,中国人群中OCA1病例为白化病患者的64.3%~70.1%,非裔美国人中很少见。OCA1主要是由于TYR基因突变导致的,根据突变后残基的活性和黑色素合成情况可以分成OCA1A和OCA1B 2个亚型。OCA1A表型最严重,由于TYR基因无效突变产生不完整的多肽,终生几乎检测不到酪氨酸酶活性和黑色素合成,表现为白色头发和睫毛、乳白色的皮肤、淡蓝色或者半透明的虹膜;OCA1B症状较轻,由于TYR基因突变导致酪氨酸酶活性降低,可以部分检测到酪氨酸酶活性和黑色素合成,围产期出现临床症状,随着年龄的增长可能改善[2]。2种类型的OCA1都会出现视力低下、中央凹发育不全、眼球震颤等症状。根据HGMD专业版2018.3(http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/gene. php?gene=TYR)大约有445个TYR基因突变位点被报道。

TYR(OMIM 606933)基因位于染色体11q14.3,包含5个外显子,编码一个52×103(529个氨基酸)的具有双重功能的Ⅰ型膜蛋白,它具有酪氨酸酶活性,催化酪氨酸转化为多巴,并在黑色素细胞中将多巴氧化为多巴醌;同时TYR蛋白还具有二羟吲哚氧化酶的活性。因此,TYR蛋白是黑色素形成过程中的关键因素,TYR基因突变导致酪氨酸酶功能异常,黑色素部分或全部丧失,引起白化病[3]

本研究中,先证者父子均患有OCA1,呈现假显性遗传模式,应用全外显子测序技术对先证者进行致病基因识别,Sanger测序对家系成员进行验证,结果显示,先证者是TYR c.1A > G纯合突变,其妻携带TYR c.929-930insC杂合突变,其子存在TYR c.1A > G和c.929-930insC复合杂合变异。由此可见在家族遗传病的分析过程中,可能被假性的遗传模式干扰,要通过进一步的分子诊断技术正确识别致病基因。

起始密码子变异比较罕见,TYR c.1A > G杂合突变1994年首次被英国摩菲眼科医院报道[4],OCA患者同时合并TYR c.370T > G和402G > A 2个杂合突变。1989日本首次报道了TYR c.929-930insC纯合突变,并且通过细胞学实验证实此突变可以导致酪氨酸酶活性降低[5]。随后在其它国家也报道了OCA1中TYR c.929-930insC杂合突变复合其它位置的杂合突变[6-7],而且携带TYR c.929-930insC杂合突变的患者均表现为眼球震颤[8]。2014年对来自中国34个家庭的98个患者进行筛查检测,首次报道了TYR c.1A > G杂合突变,同时筛查结果显示TYR c.1A > G和c.929_930insC的发生率为分别为1/68和6/68[8]。WANG等[9]报道TYR c.832C > T和TYR c.929_930insC复合杂合突变导致OCA1表型。目前世界上还没有TYR c.1A > G纯合突变的报道,TYR c.929_930insC在中国人群比较高发,本次研究首次报道了TYR c.1A > G和c.929-930insC复合杂合突变,TYR c.1A > G导致TYR蛋白无法表达,TYR c.929-930insC导致TYR蛋白提前终止,都是致病性突变,结合患者的表型特征,该家系可能是OCA1A亚型。因此,TYR c.1A > G纯合突变和TYR c.1A > G和c.929-930insC复合杂合突变可能与OCA1A的表型有关。

参考文献
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