中国医科大学学报  2020, Vol. 49 Issue (7): 582-585

文章信息

李宇恒, 邓诚思, 关爱伟, 宋晓宇, 冯艳玲, 关奕, 曹流
LI Yuheng, DENG Chengsi, GUAN Aiwei, SONG Xiaoyu, FENG Yanling, GUAN Yi, CAO Liu
利用CRISPR/Cas9技术建立PTEN敲除的人子宫内膜腺癌细胞模型及其功能研究
CRISPR/Cas9-based PTEN knockout in human endometrial adenocarcinoma cells
中国医科大学学报, 2020, 49(7): 582-585
Journal of China Medical University, 2020, 49(7): 582-585

文章历史

收稿日期:2019-10-11
网络出版时间:2020-06-24 10:19
利用CRISPR/Cas9技术建立PTEN敲除的人子宫内膜腺癌细胞模型及其功能研究
中国医科大学转化医学研究院, 沈阳 110122
摘要目的 利用CRISPR/Cas9技术构建靶向PTEN的基因编辑质粒,构建PTEN稳定敲除的人子宫内膜腺癌细胞株KLE,并初步探讨PTEN敲除对子宫内膜癌细胞生物学功能的影响。方法 设计靶向人PTEN基因的sgRNA序列,构建puro-cas9-PTENsgRNA质粒,测序验证;将重组质粒转染人子宫内膜腺癌细胞KLE,嘌呤霉素筛选获得PTEN稳定敲除细胞株;用T7E1酶切实验检测切割效率,Western blotting检测PTEN的蛋白表达水平,并检测细胞自噬相关因子LC3、P62的表达水平,检测细胞活性,探讨PTEN敲除对子宫内膜癌细胞自噬的调控作用。结果 CRISPR/Cas9系统对KLE细胞基因组中的PTEN进行了切割,并在同源重组时发生了碱基错配,PTEN被成功敲除;PTEN敲除降低了细胞自噬相关因子LC3Ⅰ型向Ⅱ型转化,增加了P62的累积。PTEN敲除的细胞活性增强。结论 利用CRISPR/Cas9基因编辑技术,在人子宫内膜腺癌细胞中成功敲除PTEN,抑制了人子宫内膜腺癌细胞的自噬水平,为后续研究提供了细胞模型。
关键词PTEN    CRISPR/Cas9    细胞自噬    
CRISPR/Cas9-based PTEN knockout in human endometrial adenocarcinoma cells
Institute of Translational Medicine, China Medical University, Shenyang 110122, China
Abstract: Objective Using the CRISPR/Cas9 system, we constructed a gene editing plasmid targeting PTEN and stably knocked out PTEN in the human endometrial adenocarcinoma cell line KLE. The regulation of the PTEN knockout on the biological function in endometrial cancer cells was investigated. Methods A sgRNA sequence targeting the human PTEN gene was designed and the purocas9-PTEN-sgRNA plasmid was constructed. KLE human endometrial adenocarcinoma cells were transfected with the recombinant plasmid. Using purinomycin screening, we obtained a PTEN-stable knockout cell line. The T7 endonuclease 1 was used to detect cutting efficiency. Western blotting was used to detect PTEN protein levels and the expression of autophagy related factors LC3 and P62, as well as cell activity, to explore the regulation of PTEN on autophagy in endometrial cancer cells. Results We successfully adapted the CRISPR/Cas9 system to edit the KLE genome and knockout PTEN due to base mismatch during homologous recombination. PTEN knockout decreased in conversion of LC3-Ⅰ to LC3-Ⅱand increased the accumulation of P62. PTEN knockout cells showed increased cell activity. Conclusion Using the CRISPR/Cas9 gene editing technique, PTEN could be successfully knocked out in human endometrial adenocarcinoma cells and inhibit autophagy levels in these cells. We provide a cell model for subsequent studies.
Keywords: PTEN    CRISPR/Cas9    autophagy    

张力蛋白同源的第10号染色体缺失的磷酸酶(phosphatase and tensin homology deleted on chromosome ten,PTEN)是一个具有双重特异性磷酸酶活性的抑癌基因。PTEN通过调控过磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,Pl3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,PKB)和丝裂原激活蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路的平衡,参与细胞凋亡、细胞周期阻滞、细胞迁移等信号通路,发挥其抑癌功能[1]PTEN表达的缺失可见于多种肿瘤,可能与癌症的进展和转移有关[2]

常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白9(clustered regulatory interspaced short palindromic repeat/Cas9,CRISPR/Cas9)系统是一种在小向导RNA(small guide RNA,sgRNA)的指导下在基因组水平上对目的基因DNA序列进行改造的定点编辑技术,可实现目的基因的完全敲除。自目标设计始,基因修饰可在1~2周内完成,修饰的克隆细胞株可在2~3周内获得[3]。CRISPR/Cas9因其高效率和高精度得到了广泛的关注。本研究拟利用CRISPR/Cas9系统建立PTEN基因靶向敲除细胞株,探讨PTEN对子宫内膜癌细胞生物学功能的影响。

1 材料与方法 1.1 细胞培养和主要试剂

1.1.1 细胞培养

用含10%胎牛血清(中国Clark公司)、1%青霉素和链霉素(中国GENVIEW公司)的DMEM培养基(德国BI公司),在37 ℃、5%CO2培养箱内培养人子宫内膜腺癌细胞株KLE(美国ATCC公司),细胞呈贴壁生长。

1.1.2 主要试剂

DL2000 DNA Marker(日本TaKaRa公司),BBSⅠ酶(美国Sigma公司),T4 DNA连接酶(美国Sigma公司),DH5α感受态E.coli(日本TaKaRa公司),PrimeSTAR GXL DNA Polymeres PCR试剂盒(日本TaKaRa公司),Promega DNA纯化试剂盒(美国CST公司),质粒提取试剂盒(中国TIANGEN公司),Biobest转染试剂(美国CST公司),PTEN、LC3、P62抗体(美国CST公司),CCK-8(美国Bimake公司)。

1.2 puro-cas9-PTEN-sgRNA质粒构建

1.2.1 sgRNA的设计与合成

根据sgRNA设计网站(http//tools.genome-engineering.org),对PTEN基因1个外显子序列进行分析,筛选出评分较高的sgRNA序列(靶点序列sgRNA1,5’-caccgTTGAGAGTTGAG CCGCTGTG-3’;sgRNA2,5’-caccgTCATGGCTGCAG CTTCCGAG-3’),由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。

1.2.2 sgRNA的磷酸化与退火

磷酸化体系包含100 µmol/L Oligo-gRNA-F 1 µL,100 µmol/L Oligo-gRNA-R 1 µL,10×kinase buffer A 1 µL,100 mmol/L ATP 0.5 µL,T4 PNK 0.5 µL,ddH2O 6 µL,共10 µL体系,置于37 ℃30 min。退火条件95 ℃5 min,75 ℃5 min,55 ℃5 min,35 ℃5 min。获得双链gRNA。

1.2.3 sgRNA载体构建

将双链gRNA与BBSⅠ酶切纯化后的载体混合(质量比1 ︰ 3)连接。T4 DNA连接酶16 ℃连接16 h。取连接产物,DH5α感受态E.coli转化,用氨苄抗性筛选阳性克隆,挑取单克隆后摇菌,取菌液送生工生物测序,确定质粒构建成功。

1.3 构建PTEN稳定敲除的人子宫内膜癌细胞株

1.3.1 人子宫内膜癌细胞KLE的转染以及加药筛选

接种KLE细胞至6 cm培养皿中,37 ℃培养24 h后,按照说明书用Biobest转染试剂共转染puro-cas9- PTEN-sgRNA1和puro-cas9-PTEN-sgRNA2。4~6 h后换为10%细胞培养液培养,72 h后传代并将培液换成带有嘌呤霉素(1 µg/mL)的10%DMEM培养基筛选,5 d后,细胞稀释接种于96孔板中,筛选单克隆继续扩大培养。

1.3.2 PTEN稳定敲除细胞株的鉴定

(1)根据美国国家生物技术信息中心数据库PTEN基因组的序列以及sgRNA切点的位置设计引物(F,CTGGAGCGG GGGGGAGAAGC;R,TCAGACTTTTGTAATTTGTG),由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。(2)提取单克隆细胞株的DNA,以DNA为模板,利用合成的引物进行PCR,PCR反应体系包括DNA 200 ng,5×PrimeSTAR buffer 10 µL,dNTP(2.5 mmol/L)4 µL,Primer-F(10 µmol/L)1 µL,Primer-R(10 µmol/L)1 µL,PrimeSTAR GXL DNA polymeres 0.5 µL,加ddH2O至50 µL。PCR反应条件如下,98 ℃ 5min;98 ℃ 20 s,56 ℃ 20 s,72 ℃ 60 s,35个循环;72 ℃ 7 min;4 ℃ 10 min。(3)通过酚氯仿–异戊醇/乙醇沉淀方法纯化获得的目的基因,取40 µL PCR产物,加入160 µL 1×TE buffer(pH8.0)混匀后,加入酚氯仿–异戊醇200 µL,剧烈震荡,离心(14 000 r/min)20 min,取上清,加入20 µL 3 mol/L醋酸钠、400 µL无水乙醇混匀后,离心(14 000 r/min)15 min,弃上清,加500 µL 70%乙醇混匀,离心(14 000 r/min)15 min,弃上清,加18 µL ddH2O溶解纯化产物。(4)取纯化产物加2 µL NEB2 buffer退火(75 ℃5min,55 ℃5 min,35 ℃5 min,20 ℃5 min),退火产物加0.5 µL T7E1,于37 ℃酶切1 h,用2%琼脂糖凝胶电泳分离观察酶切情况。

1.4 Western blotting

将经筛选获得的细胞系扩大培养后,收集对照野生型子宫内膜腺癌细胞和PTEN敲除的KO细胞,用RIPA细胞裂解缓冲液提取总蛋白,BCA蛋白试剂盒定量。行SDS-PAGE电泳并将蛋白转移到PVDF膜上,5%脱脂牛奶室温封闭1 h,4 ℃摇床孵育PTEN、tubulin、P62、LC3抗体过夜,PBST缓冲液洗膜3次(10 min/次),二抗室温孵育1 h,PBST缓冲液洗膜3次(10 min/次),显影检测。

1.5 CCK-8细胞活性检测

于48孔培养板中接种细胞悬液(50 000/孔),培养24 h后,每孔加入20 µL CCK-8溶液。培养箱内孵育2 h,酶标仪测定450 nm的吸光度值。

1.6 统计学分析

采用SPSS 16.0软件进行统计学分析。计量资料用x±s表示,采用双侧t检验进行比较。P < 0.05为差异有统计学意义。

2 结果 2.1 sgRNA设计结果

在NCBI数据库获取人源PTEN的cDNA,根据实验目的选择目标外显子,通过网站(http//tools. genome-engineering.org)设计并预测sgRNA效率,并初步选择出得分最高的sgRNA。见图 1

图 1 PTEN基因sgRNA设计示意 Fig.1 Design of PTEN gene sgRNA

2.2 T7E1酶切实验结果

T7E1酶切实验结果表明,CRISPR/Cas9系统对KLE细胞基因组中的PTEN切割成功。见图 2

1,wild type;2,PTEN-KO. 图 2 T7E1酶切实验结果 Fig.2 Results of T7E1 enzyme digestion

2.3 等位基因敲除后蛋白表达情况

Western blotting结果显示,进行基因敲除的细胞系PTEN蛋白表达量明显降低,进一步证明了基因敲除成功。见图 3

1,wild type;2,PTEN-KO. 图 3 PTEN敲除后细胞内PTEN和自噬相关因子检测 Fig.3 Detection of intracellular PTEN and autophagy related factors after PTEN knockout

2.4 自噬相关因子LC3、P62蛋白的表达水平

Western blotting结果显示,PTEN敲除后,细胞内自噬相关因子P62的表达增加,LC3Ⅰ型向Ⅱ型的转化减少,提示细胞自噬受到抑制。见图 3

2.5 CCK-8细胞活性检测

CCK-8细胞活性检测结果显示,PTEN敲除的子宫内膜腺癌细胞活性高于对照组野生型子宫内膜腺癌细胞,PTEN敲除的细胞增殖明显加快,差异有统计学意义(P < 0.05)。见图 4

*P < 0.000 1 vs WT. WT,wild type 图 4 CCK-8细胞活性检测结果 Fig.4 Results of CCK-8

3 讨论

本研究利用CRISPR/Cas9技术成功构建了PTEN敲除的人子宫内膜腺癌细胞模型。CRISPR/ Cas9基因编辑系统作为第三代基因编辑技术,促进基因组中特定位点的靶向DNA发生双链断裂后,通过非同源性末端接合或同源介导修复方式刺激基因组重新编辑,实现单个基因、位点的特异性突变,从而使特定基因完全丧失生物学功能[4-5]。与锌指蛋白、转录激活因子样效应因子核酸酶技术相比,CRISPR/Cas9的优势在于易操作、效率高、周期短、工作量小、成本低[6-9]。但CRISPR/Cas9技术也存在一定限制,即Cas9通过sgRNA上的20-nt引导序列定位于特定的基因组位点,在靶标上具有作用范围,同时也具有潜在的脱靶突变[10-11]。本研究设计并选取了多个sgRNA序列,经过验证最终确定了最佳sgRNA序列。此外,由于CRISPR/Cas9质粒需要表达的Cas9蛋白较其他载体大,且具有一定的细胞毒性[12],对转染及后续的筛选和单克隆培养造成了一定的困难,导致实验周期长于预期。

PTEN是人类癌症中最常见的突变抑癌基因之一,在乳腺癌、前列腺癌、子宫内膜癌、胶质母细胞瘤等多种人类癌症中均可见突变[13]。细胞自噬是一种重要的细胞学功能,在正常的生理过程中起着“管家”的作用,细胞通过自噬行为清除受损的细胞器和错误折叠的蛋白质,从而参与生长和衰老的调控。自噬调节的缺陷在许多疾病中起重要作用,包括癌症、神经退行性疾病、病原体感染和代谢性疾病。本研究发现,在人子宫内膜腺癌细胞中敲除PTEN明显抑制了细胞自噬,并介导了人子宫内膜腺癌细胞增殖加快。

综上所述,本研究发现,PTEN的敲除使子宫内膜腺癌细胞自噬受到抑制,导致癌细胞增殖加快。因此,探讨PTEN缺失导致的细胞自噬异常,对于子宫内膜癌的研究与治疗具有重要的意义。

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