中国媒介生物学及控制杂志  2020, Vol. 31 Issue (2): 152-157, 163

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胡挺松, 胡秋凌, 李绍雄, 黄勇, 胡海梅, 高丽芬, 罗琼梅, 何永芝, 周永存, 张海林, 张富强
HU Ting-song, HU Qiu-ling, LI Shao-xiong, HUANG Yong, HU Hai-mei, GAO Li-fen, LUO Qiong-mei, HE Yong-zhi, ZHOU Yong-cun, ZHANG Hai-lin, ZHANG Fu-qiang
云南省楚雄市2015-2018年肾综合征出血热流行特征及宿主动物调查
Epidemiological features of hemorrhagic fever with renal syndrome and the host animals in Chuxiong, Yunnan province, China, 2015-2018
中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(2): 152-157, 163
Chin J Vector Biol & Control, 2020, 31(2): 152-157, 163
10.11853/j.issn.1003.8280.2020.02.007

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收稿日期: 2019-09-19
网络出版时间: 2020-03-03 17:01
云南省楚雄市2015-2018年肾综合征出血热流行特征及宿主动物调查
胡挺松1 , 胡秋凌2 , 李绍雄3 , 黄勇1 , 胡海梅2 , 高丽芬2 , 罗琼梅2 , 何永芝3 , 周永存3 , 张海林1 , 张富强1     
1 南部战区疾病预防控制中心传染病防制科, 云南 昆明 650118;
2 楚雄彝族自治州疾病预防控制中心, 云南 楚雄 675000;
3 楚雄市疾病预防控制中心, 云南 楚雄 675000
摘要: 目的 调查云南省楚雄市肾综合征出血热(HFRS)流行特征、鼠类分布及其携带汉坦病毒(HV)的分子进化特征。方法 收集HFRS病例资料,采用描述流行病学方法进行分析。用笼夜法捕鼠,计算鼠种构成比和鼠密度。鼠肺标本用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测HV核酸及L基因部分片段,并进行序列测定,使用ClastalX 1.83和MEGA 6.0等生物信息学软件进行HV同源性分析和构建系统进化树。结果 2015-2018年楚雄市共报告HFRS病例186例,年平均发病率为7.74/10万。楚雄市14个乡镇均有HFRS病例报告,其中鹿城和东瓜镇发病数占发病总数的75.27%(140/186),为主要流行区。全年各月均有病例发生,男女性别比例为2.1:1,以青壮年和农民居多。2015-2018年的5-10月在楚雄市居住区共捕获鼠类3种1 053只,其中褐家鼠、黄胸鼠和斯氏家鼠的构成比依次为97.06%、1.80%和1.14%,鼠密度依次为2.57%、0.05%和0.03%,以鹿城和东瓜镇褐家鼠密度最高(3.09%)。2016年在楚雄市采获的50只褐家鼠肺脏组织标本经RT-PCR检测,HV核酸阳性2份(CX04-06和CX07-09),带病毒率为4.00%。L基因部分序列同源性分析表明,CX04-06和CX07-09病毒株与8株HV汉城型病毒(SEOV)的核苷酸同源性为72.34%~93.52%,其中,与云南省祥云县DLR2株和老挝L0199株同源性最高(92.39%~93.52%),但仍存在明显差异;与汉滩型病毒和普马拉病毒的核苷酸同源性分别仅为69.54%~71.76%和51.19%~54.44%。系统进化分析表明,CX04-06和CX07-09株与来自云南省祥云县和老挝等地的SEOV参考株具有较近的亲缘关系。结论 楚雄市HFRS高发,褐家鼠为居民区室内优势鼠种并携带SEOV,流行株具有地域特征。楚雄市HFRS疫情上升与褐家鼠广泛分布及其种群密度增高密切相关。
关键词: 肾综合征出血热    流行特征    啮齿动物    汉坦病毒    同源性分析    进化分析    
Epidemiological features of hemorrhagic fever with renal syndrome and the host animals in Chuxiong, Yunnan province, China, 2015-2018
HU Ting-song1 , HU Qiu-ling2 , LI Shao-xiong3 , HUANG Yong1 , HU Hai-mei2 , GAO Li-fen2 , LUO Qiong-mei2 , HE Yong-zhi3 , ZHOU Yong-cun3 , ZHANG Hai-lin1 , ZHANG Fu-qiang1     
1 Center for Disease Control and Prevention of Southern Theater Command, Kunming 650118, Yunnan Province, China;
2 Chuxiong Yi Autonomous Prefecture Center for Disease Control and Prevention;
3 Chuxiong City Center for Disease Control and Prevention
Abstract: Objective To investigate the epidemiological features of hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS), rodent distribution, and the molecular evolutionary characteristics of hantavirus (HV) carried by rodents in Chuxiong, Yunnan province, China. Methods The data of HFRS cases were collected for descriptive epidemiological analysis. The night trapping method was used for rodents, and the composition ratio and density of rodents were calculated. Rodent lungs were collected to detect HV nucleic acid by RT-PCR and to sequence partial fragments of the L gene. Homology and phylogenetic tree analyses were performed using the bioinformatics software ClastalX 1.83 and MEGA 6.0. Results A total of 186 cases of HFRS were reported in Chuxiong from 2015 to 2018, with a mean annual incidence of 7.74/100 000. HFRS occurred in 14 townships of Chuxiong and was mainly epidemic in Lucheng and Donggua towns, which had 75.27% (140/186) of the total cases. There was onset of the disease every month throughout the year. The male-to-female ratio was 2.1:1, and the most cases were young adults and farmers. A total of 1 053 rodents involving 3 species were captured in the residential area of Chuxiong from May to October of 2015-2018; Rattus norvegicus, R. tanezumi, and R. sladeni accounted for 97.06%, 1.80%, and 1.14%, respectively; the densities of the three species were 2.57%, 0.05%, and 0.03%, respectively, with the highest density of 3.09% in Lucheng and Donggua towns. RT-PCR showed that HV nucleic acid was positive in 2 (4.00%; CX04-06 and CX07-09) of 50 lung specimens of R. norvegicus captured in 2016. According to the homology analysis of partial L fragment, the virus strains CX04-06 and CX07-09 were 72.34% to 93.52% homologous in nucleotides to 8 Seoul viruses (SEOV), and had the highest homology (92.39% to 93.52%) to the DLR2 strain of Xiangyun county, Yunnan province and L0199 strain of Laos among the 8 strains, but still with significant differences; they had a low homology to Hantaan virus (69.54% to 71.76%) and Puumala virus (51.19% to 54.44%). Phylogenetic analysis exhibited that the CX04-06 and CX07-09 strains had a close relationship with SEOV reference strains from Xiangyun and Laos. Conclusion There is a high incidence of HFRS in Chuxiong. Rattus norvegicus is the dominant species in the indoor environment of residential areas and carries SEOV, and the epidemic strains show regional characteristics. The rise of HFRS epidemic in Chuxiong is closely related to the widespread distribution and increased population density of R. norvegicus.
Key words: Hemorrhagic fever with renal syndrome    Epidemiological features    Rodent    Hantavirus    Homology analysis    Phylogenetic analysis    

根据国际病毒分类委员会第十次报告,汉坦病毒(Hantavirus,HV)属于布尼亚病毒目(Bunyavirales)、汉坦病毒科(Hantaviridae)、正汉坦病毒属(Orthohantavirus),该属共有41种病毒[1]。HV主要导致肾综合征出血热(HFRS)和汉坦病毒肺综合征。HFRS主要流行于亚欧大陆,临床特征主要为高热、出血及肾功能损害[2]。我国主要流行正汉坦病毒(Orthohantavirus,原称汉滩型病毒Hantaan virus,HTNV)和汉城型病毒(Seoul virus,SEOV)[3]。云南省主要存在SEOV流行,局部地区也有HTNV分布[4-8]。楚雄市隶属云南省楚雄彝族自治州(楚雄州),位于滇中地区,2005年首次证实当地存在家鼠型HFRS自然疫源地,病原体为SEOV[7]。本研究对2015-2018年楚雄市HFRS流行特征进行分析,并在居住区进行宿主动物调查及部分鼠肺的HV核酸检测及分型,为防治工作提供科学依据。

1 材料与方法 1.1 病例资料

HFRS病例资料来源于楚雄州传染病报告信息管理系统以及HFRS病例个案调查表和流行病学调查资料。采用描述流行病学方法对HFRS疫情进行统计和流行特征分析。

1.2 宿主动物调查

2015-2018年夏秋季在楚雄市居住区室内用笼夜法捕鼠,对捕获鼠类经分类鉴定,记录鼠种及其捕鼠时间、地点等,并计算鼠种构成比和鼠密度。

1.3 标本采集

2016年7月在楚雄市捕获50只褐家鼠,无菌解剖取其肺脏组织,放入2 ml冻存管,置于-70 ℃冰箱保存,液氮罐运输。其他年份的鼠未取肺脏标本。

1.4 肺组织研磨处理

将鼠肺组织标本从液氮中取出,解冻,在离心管中剪碎,加入适量组织研磨液,离心研磨机研磨2 min(10 000×g),研磨液用高速冷冻离心机10 000×g离心5 min,上清液用于检测。

1.5 反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)

使用AxyPrep体液病毒基因组DNA/RNA小量试剂盒提取鼠肺组织研磨上清液中病毒RNA,用RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit(美国Fermentas公司)制备cDNA。HV核酸检测以L基因部分片段为目的基因(390 bp),采用巢式PCR扩增,引物包括HAN-L-F1:5′-ATGTAYGTBAGTGCWGATG-3′,HAN- L-R1:5′-AACCADTCWGTYCCRTCATC-3′,HAN-L-F2:5′-TGCWGATGCHACIAARTGGTC-3′,HAN-L-R2:5′-GCRTCRTCWGARTGRTGDGCAA-3′和试验条件见文献[9]。PCR反应结束后,取50 μl产物进行1%琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果。

1.6 序列测定

对HV核酸阳性样本进行L基因部分序列扩增,引物合成及序列测定均由昆明硕挚生物科技有限公司完成。

1.7 序列分析

使用ClastalX 1.83软件进行序列比对,用MEGA 6.0软件邻接法(Neighbor-Joining method,NJ)构建HV基因核苷酸序列系统进化树。本研究除使用本次测定的2株HV序列外,并引用GenBank中来自世界各地和不同宿主动物及不同型别的25株HV相应序列参与分析。其中8株SEOV、5株HTNV、3株多不拉伐-贝尔格莱德病毒(Dobrava- Belgrade virus,DOBV)、3株普马拉病毒(Puumala virus,PUUV)、2株安第斯病毒(Andes virus,ANDV)及3株辛诺柏病毒(Sin Nombre virus,SNV)。

2 结果 2.1 流行概况

根据疫情记载,1975年楚雄市首次报告HFRS疫情,直至2004年仅有零星散发病例报告。2005-2018年楚雄市共报告HFRS病例226例,其中2005-2011年发病数较少(8例),每年仅0~3例;2012-2018年依次发病5、8、19、47、38、31和70例,呈上升之势,2018年达历史最高峰。其中2015-2018年发病186例,占上述14年(2005-2018年)楚雄市发病总数的82.30%(186/226);4年年平均发病率为7.74/10万,2018年发病率最高,为11.68/10万。

2.2 流行特征 2.2.1 地区分布

2015-2018年楚雄市共报告186例HFRS,在楚雄市所辖15个乡镇中有14个乡镇有病例报告,其中鹿城和东瓜镇发病数分别占全市发病总数的56.99%(106/186)和18.28%(34/186);其他12个乡镇共发病46例(24.73%),每个乡镇2~6例。2015-2018年楚雄市发病数依次占楚雄州10个县(市)HFRS病例总数的42.34%(47/111)、43.18%(38/88)、40.26%(31/77)和56.91%(70/123),占4年中全州发病总数的46.62%(186/399)。

2.2.2 季节分布

1-12月每月均有病例发生,其中4月发病数最多(32例,占17.20%),其他月份在8~19例之间,季节性不明显。

2.2.3 人群分布

各年龄组均有病例发生,但以青壮年为主(175例,94.09%),<15岁组和>65岁组发病较少(11例,5.91%)。男性发病126例,女性60例,男女性别比为2.1:1。各职业人群均有发病,以农民为主(83例,占44.62%),其次为离退人员(22例,11.83%)、家务及待业者(18例,9.68%)、干部职员(13例,6.99%)、商业服务者(12例,6.45%)、餐饮食品业人员(10例,5.38%)和工人(10例,5.38%),其他职业人群发病数较少。

2.3 宿主动物分布

共捕获鼠类3种1 053只,其中褐家鼠(Rattus norvegicus)、黄胸鼠(R. tanezumi)和斯氏家鼠(R. sladeni)构成比依次为97.06%(1 022/1 053)、1.80%(19/ 1 053)和1.14%(12/ 1 053),见表 1。调查期间每年每月每个监测点均能捕获褐家鼠并占绝对优势,仅部分月份能捕获零星黄胸鼠,仅2018年捕获少量斯氏家鼠(表 1)。本次在楚雄市7个乡镇捕鼠,总鼠密度为2.65%(1 082/40 828),褐家鼠、黄胸鼠和斯氏家鼠密度依次为2.57%(1 051/40 828)、0.05%(19/40 828)和0.03%(12/40 828)。其中鹿城、东瓜、吕合、子午、苍岭、紫溪和东华镇鼠密度(褐家鼠密度)依次为3.16%(3.09%)、3.18%(3.09%)、2.81%(2.74%)、2.74%(2.49%)、2.00%(2.00%)、1.79%(1.68%)和1.65%(1.60%),以鹿城和东瓜镇的鼠密度较高。

表 1 2015-2018年楚雄市居住区鼠类捕获数量(只) Table 1 Rodent distribution in the residential areas of Chuxiong, Yunnan province, China, 2015-2018
2.4 HV核酸检测和序列测定

对2016年捕获的50只鼠肺组织标本经研磨制成上清液,从样本中提取的病毒RNA经RT-PCR检测,HV阳性2份,带病毒率为4.00%。其中楚雄市东瓜镇褐家鼠阳性1份,编号为CX04-06;鹿城镇褐家鼠阳性1份,编号为CX07-09(图 1)。PCR扩增产物经测序,获得上述2株病毒的L片段部分核苷酸序列(390 bp)。

注:M. Marker 2000;1. CX01-03;2. CX04-06;3. CX07-09;4.阳性对照;5.阴性对照。 图 1 楚雄市鼠肺中汉坦病毒反转录-聚合酶链式反应检测结果 Figure 1 RT-PCR results of Hantavirus from the lungs of rodents in Chuxiong, Yunnan province, Chin
2.5 同源性分析

本次楚雄市CX04-06和CX07-09病毒株的L片段部分核苷酸序列与前述25株HV参考株相应片段的序列进行同源性分析,CX04-06和CX07-09株与SEOV、HTNV、DOBV、SNV、PUUV和ANDV等病毒株核苷酸(氨基酸)同源性见表 2。相对于其他型的HV,本次楚雄株核苷酸序列与SEOV同源性较高(72.34%~93.52%),其中与2011年云南省大理白族自治州(大理州)祥云县HFRS患者中检测到的DLR2株(KF977219)和2008年老挝鼠间检测到的L0199株(HQ992814)的核苷酸同源性最高(92.39%~93.52%);而与本实验室从西藏自治区(西藏)樟木地区褐家鼠检测到的SEOV Zhangmu01株(KF974476)[10]同源性最低(72.34%)。

表 2 云南省楚雄市2株汉坦病毒与各基因型参考株L片段核苷酸和氨基酸同源性比较 Table 2 Nucleotide and amino acid homology comparisons of the L gene fragment between 2 hantavirus strains from Chuxiong, Yunnan province, China and reference strains of various genotypes
2.6 进化分析

本次楚雄市CX04-06和CX07-09病毒株L片段部分核苷酸序列与25株HV不同型参考株的相应片段序列构建系统进化树,图 2显示,CX04-06和CX07-09株与8株SEOV参考株具有较近的亲缘关系,其中,与前述祥云县DLR2株(KF977219)和老挝L0199株(HQ992814)的遗传关系最近;与西藏褐家鼠分离株SEOV Zhangmu01(KF937393)及其它省份SEOV株进化关系稍远。本次分析的所有SEOV(2株楚雄株和8株参考株)均与DOBV、HTNV、SNV、PUUV和ANDV等参考株进化关系较远。结果证实,CX04-06和CX07-09病毒株均属SEOV并单独处于一个进化亚支(图 2)。

注:●2016年楚雄市褐家鼠中的汉坦病毒 图 2 云南省楚雄市2株汉坦病毒与25株汉坦病毒各基因型参考株部分L片段核苷酸系统发育树 Figure 2 Phylogenetic tree of the partial L fragment gene from 2 hantavirus strains from Chuxiong, Yunnan province, China and 25 hantavirus strains of various genotypes
3 讨论

以往调查认为,云南省HFRS主要分布在中东部及中西部地区的昆明市、红河哈尼族彝族自治州(红河州)、楚雄和大理州,其中以昆明市和红河州发病数居多[4]。2012-2018年,云南省HFRS发病数逐年上升,疫区范围不断扩大,主要流行区发生了演变,楚雄和大理州发病数跃居全省各州(市)前列,而楚雄州的楚雄市和大理州的祥云县发病数则高居全省县(市)之首。近几年楚雄州所辖10个县(市)均有HFRS病例报告,但各年和各地差异均较大,如2012年以前每年仅有HFRS零星散发病例或无病例,2012年开始逐渐上升[11-13],2015-2018年上升趋势较为明显。从县(市)分布看,楚雄市属楚雄州本病主要流行区;从乡镇分布看,地处楚雄市城区及其周边地区的鹿城和东瓜镇为该市本病主要流行区。楚雄市HFRS季节分布不明显,主要发病人群为青壮年农民,男性明显多于女性。应加强重点地区和重点人群的监测和防治工作。

云南省存在褐家鼠为主要宿主动物的家鼠型HFRS疫源地,部分地区还存在以高山姬鼠(Apodemus chevrier)或黑线姬鼠(A. agrarius)为主要宿主动物的野鼠型HFRS疫源地,并存在多种啮齿动物参与传播的特点[4-8]。周济华等[7]于2005和2006年的HV宿主动物调查证实,楚雄州广泛存在家鼠型HFRS疫源地,褐家鼠和黄胸鼠构成比分别为74.31%和19.70%。然而,时隔10年之后,2015-2018年楚雄市褐家鼠构成比显著上升(97.06%),而黄胸鼠构成比明显下降(1.80%),且褐家鼠构成比明显高于邻近大理州祥云县[8]和其他省家鼠型疫源地的褐家鼠构成[14-16]。这些结果充分表明,楚雄市褐家鼠较以往分布广、密度高并与人居关系密切,无疑是该市HFRS的主要宿主和传染源。鉴于褐家鼠在家鼠型HFRS疫源地HV保存和传播中扮演着极为重要的角色,综合分析认为,2015-2018年楚雄市HFRS发病率显著上升与褐家鼠种群数量明显增多和分布区扩大等密切相关。楚雄州与大理州相邻,均位于云南省中西部,生态环境较为相似,同属褐家鼠为主要宿主的家鼠型HFRS疫源地,均为2012-2018年云南省HFRS高发地区[4, 8, 11],因此,应加强楚雄市乃至楚雄州其他县(市)和大理州祥云县等周边地区鼠间疫情的监测和防鼠、灭鼠措施的落实,以控制该地区HFRS疫情上升之势。

HV由L、M和S片段组成[1],每一片段基因均具有种属特异性。本次HV的L片段部分序列的同源性和进化分析表明,楚雄市褐家鼠携带的HV为SEOV,虽与相邻大理州祥云县和邻国老挝SEOV流行株具有较高的同源性和较近的亲缘关系,但它们之间差异仍较明显,并与我国其他省家鼠型HFRS疫源地的SEOV流行株存在明显差异。虽然本次楚雄市褐家鼠携带的SEOV具有明显地域特征,但本次调查仅采集2016年鼠肺标本做HV检测,存在一定局限性。鉴于HV在自然界传播中具有与宿主共进化的特征,今后应加强楚雄市鼠间HV监测及其遗传进化特征的深入研究,以期阐明HV流行株的分子流行病学和致病性特征,为有效开展HFRS防治工作提供科学依据。

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