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文章信息
- 胡群, 马思杰, 马研, 梅勇
- HU Qun, MA Si-jie, MA Yan, MEI Yong
- 一例输入性板齿鼠的种类鉴定与分析
- Species identification of an imported rodent sample of Bandicota indicaby morphological and genetic analysis
- 中国媒介生物学及控制杂志, 2014, 25(5): 464-465
- Chines Journal of Vector Biology and Control, 2014, 25(5): 464-465
- 10.11853/j.issn.1003.4692.2014.05.022
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文章历史
- 收稿日期:2014-08-12
入境集装箱口岸卫生查验时,经常会检获各类医 学媒介生物,其中以鼠类最为常见。鉴别入境鼠样品 种类,对获得国外的鼠种分布信息,评估外来鼠种的输 入性风险,以及防控鼠传疾病有重要意义。由于货物 挤压、腐败等原因,在入境集装箱检获的鼠样本,往往 已经高度腐败变形,给形态学分类鉴定带来很大难 度。近年来,应用DNA条形码技术进行种属鉴定的研 究及应用发展迅速。该技术具有特异性强、灵敏度高、 易于观察与分析、对检材质量要求低等特点,与传统的 形态学方法比较具有明显的优势[1,2],同时该技术的出 现可以为研究物种的进化规律、遗传变异、系统发育以 及生物多样性提供理论依据。线粒体细胞色素B (cytB)基因具有母系遗传、高突变率、基因结构简单、 无组织特异性等特点,适合于种间、种下水平的鉴别研 究,是研究种及种下水平分类的理想分子标记[3,4,5]。本 研究尝试以形态学方法结合DNA条形码技术,对1例 入境集装箱中检获的鼠样品进行种类鉴别。 1 材料与方法 1.1 材料
2013年12月在沙特入境的集装箱中检获 1份鼠类样品残骸,标识为DX1312。 1.2 方法 1.2.1 形态学方法
观察鼠残骸的外部形态及测量其 头骨等有关数据。 1.2.2 分子生物学方法 1.2.2.1 基因组DNA提取
于鼠样品腹部用已灭菌 的手术剪剪取毛皮约0.5 cm2,放入2 ml离心管内,先 后用1.5 ml 75%无水乙醇和去离子水洗涤各3次,涡旋 振荡2 min,16 000×g高速离心1 min弃上清,取出样 品,剪成细小微粒并转移至另一干净的2 ml离心管中, 按照DNeasy Blood & Tissue试剂盒(Qiagen公司)使用 说明书提取DNA,于-20℃保存备用。 1.2.2.2 PCR扩增及序列测定
cytB基因扩增引物参 考文献[6],序列为:L7,5′-ACC AAT GAC ATG AAA AAT CAT CGT T-3′和H15915,5′-TCT CCA TTT CTG GTT TAC AAG AC-3′。PCR反应扩增体积为50μl,其 中10×缓冲液5μl,10mmol/LdNTP1μl,25μmol/L引 物各1μl,5U/μl Taq聚合酶0.4μl,模板DNA4μl。 PCR反应条件:95℃预变性5 min,94℃变性30 s, 55℃退火60 s,72℃延伸60 s,35个循环,最后再 72℃延伸10 min。扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳检 测后由上海英骏生物工程公司完成测序工作。 1.2.2.3 序列分析
测序所得的序列舍弃两端低信号 序列,进入NCBI进行Blast同源性检索。从GenBank 下载所有能够获得的板齿鼠(Bandicata indica)cytB基 因序列为参考,用Mega 5.2软件进行系统发生分析,以 邻位相连法(NJ)构建系统发生树,分析用1000次往返 (replicate)。基因距离计算采用Nucleotide:Kimura 2-parameter方法,并采用Bootstrap方法分析不同鼠种 间cytB基因序列的遗传距离。 2 结 果 2.1 外部形态
已呈干尸状,皮毛破损严重,毛色呈 黑褐色,体长252 mm,尾长220 mm,后足长40 mm。 2.2 头骨
颅骨粗大,侧面观,鼻骨前端与上门齿前 喙在垂直线上,臼齿横叶状,横叶中间变向前方,第1 上臼齿具有3个横叶,第2和第3上臼齿只有2个横叶, 下臼齿亦呈横叶状。颅全长46.8 mm,颧骨长23.2 mm, 鼻骨长14.1 mm,上颊齿列长8.0 mm,听泡长10.8 mm, 门齿孔长8.0 mm。头骨及齿式见图 1。
2.3 DNA条形码技术分析将测序获得的样品 DX1312cytB基因序列录入GenBank进行Blast,结果显 示与板齿鼠R3521和R5313cytB基因序列最为相似, 同源性达95%。与不同板齿鼠的遗传距离为0.048~ 0.175。从分子系统发育树可知,样品DX1312与板齿 鼠、小板齿鼠(B. bengalensis)位于同一分支,而与缅甸 板齿鼠(B. savilei)形成独立分支(图 2)。
3 讨 论板齿鼠又称为大板齿鼠。在分类上属于鼠科 (Murida)鼠亚科(Murinae)板齿鼠属(Bandicota),该属 有3个种,另外还有小板齿鼠和缅甸板齿鼠,我国没有 分布[7]。从已有的监测报道可知,浙江省目前尚未有 板齿鼠的分布[8,9],此次从宁波口岸检获浙江省首例输 入性板齿鼠,对加强口岸医学媒介的查验和监测有较 大的指导意义。
由于检获样本不完整,依据毛色、体形等数据无法 对该样品的种类进行鉴定,因此,实验人员重点对头骨 进行了分析,头骨的测量数据、头骨形态特别是齿隙特 征均说明该鼠种为板齿鼠[10]。为了进一步核实该结 果,采用DNA条形码技术,对鼠样品皮毛中提取的 cytB基因序列进行了分析,分析结果与板齿鼠遗传距 离最为接近,因此可以确定该样品为板齿鼠。从系统 进化树可以获知,不能在GenBank获得与样品cytB基 因完全同源的板齿鼠,因此,分离样品与数据库的板齿 鼠存在一定的遗传进化差异。
志谢 论文成稿得到宁波出入境检验检疫局郑剑宁处长的指 导帮助,特此志谢
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