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  中国感染控制杂志  2024, Vol. 23 Issue (4): 397-402   DOI: 10.12138/j.issn.1671-9638.20246132
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国家科技基础资源调查专项项目(2019FY101200)

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卓楚越, 林烨欣, 王译靖, 等. 广东省2019—2023年耐万古霉素屎肠球菌检出率升高的时空变迀研究[J]. 中国感染控制杂志, 2024, 23(4): 397-402. DOI: 10.12138/j.issn.1671-9638.20246132.
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ZHUO Chu-yue, LIN Ye-xin, WANG Yi-jing, et al. Spatiotemporal variation of the increased detection rate of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in Guangdong Province, 2019-2023[J]. Chin J Infect Control, 2024, 23(4): 397-402. DOI: 10.12138/j.issn.1671-9638.20246132.
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作者简介

卓楚越(1997-), 男(汉族), 广东省汕尾市人, 检验技师, 主要从事细菌耐药性监测、耐药机制和致病性研究

通信作者

卓超  E-mail: chaosheep@gzhmu.edu.cn

文章历史

收稿日期:2024-02-18
广东省2019—2023年耐万古霉素屎肠球菌检出率升高的时空变迀研究
卓楚越1,2 , 林烨欣1,2 , 王译靖1,2 , 陈嘉康1,2 , 郭颖异1,2 , 姚丽康1,2 , 杨旭1,2 , 李嘉慧1,2 , 陈杨进1,2 , 何南豪1,2 , 赵雅婷1,2 , 李明欣1,2 , 肖书念1,2 , 卓超1,2     
1. 广州医科大学附属第一医院(广东省耐药菌监测和质量控制中心)广州呼吸健康研究院,广东 广州 510030;
2. 广州医科大学呼吸疾病全国重点实验室,广东 广州 510030
摘要目的 分析近年广东省耐万古霉素屎肠球菌(VR-Efm)临床分离株的时空分布, 探寻VR-Efm检出率上升的原因。方法 回顾性分析2019—2023年广东省4个区域(珠三角、粤东、粤西、粤北)的38所医疗机构上报至广东省细菌耐药监测系统中VR-Efm检出情况、患者人口学特征及科室和标本分布等资料, 同步分析世界卫生组织重点关注的ESKAPE中其他5种细菌的检出情况。结果 广东省VR-Efm检出率从2019年1.4% (63/4 543)上升至2023年21.3%(1 351/6 345), 呈明显上升趋势, 2023年44.7%(17所)的医疗机构VR-Efm检出率>20%; 广东省4个区域VR-Efm检出率普遍上升, 以珠三角地区为中心向周围辐射增长。ESKAPE整体由2019年10.1%升至2023年10.8%, 其余5种病原体中, 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌检出率从2019年8.0%上升至2023年15.0%, 耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌和耐碳青霉烯类肠杆菌属检出率分别从2019年的61.6%、34.4%、21.2%、7.9% 下降至2023年的58.2%、31.9%、21.0%、7.6%, 皆有不同程度下降。ICU VR-Efm检出率(12.2%)高于门急诊(9.4%)、内科(9.2%)和外科(7.0%)等非ICU科室(均P < 0.05)。VR-Efm检出率较高标本分别为尿(9.8%)、血(9.1%), 其余标本检出率介于6.9%~9.6%。青少年患者VR-Efm检出率(4.4%)低于中老年患者(>9.4%, P < 0.05)。结论 近5年广东省VR-Efm检出率明显上升, 可能与社区和医院获得的优势克隆传播有关。有条件的医疗机构应对入院患者开展VR-Efm的筛查, 并对检出VR-Efm的患者采取有效防控措施, 以遏制VR-Efm检出率在该区域的上升。
关键词耐万古霉素屎肠球菌    屎肠球菌    耐药    细菌耐药监测    耐药性变迁    
Spatiotemporal variation of the increased detection rate of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in Guangdong Province, 2019-2023
ZHUO Chu-yue1,2 , LIN Ye-xin1,2 , WANG Yi-jing1,2 , CHEN Jia-kang1,2 , GUO Ying-yi1,2 , YAO Li-kang1,2 , YANG Xu1,2 , LI Jia-hui1,2 , CHEN Yang-jin1,2 , HE Nan-hao1,2 , ZHAO Ya-ting1,2 , LI Ming-xin1,2 , XIAO Shu-nian1,2 , ZHUO Chao1,2     
1. First Affiliated Hospital of Guangzhou Medical University [Guangdong Province Center for Antimicrobial-Resistant Bacteria Surveillance and Quality Control], Guangzhou Institute of Respiratory Health, Guangzhou 510030, China;
2. State Key Laboratory of Respiratory Diseases, Guangzhou Medical University, Guangzhou 510030, China
Abstract: Objective To analyze the spatiotemporal distribution of clinically isolated vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VR-Efm) in Guangdong Province in recent years, and explore the causes for the increase in VR-Efm detection rate. Methods A retrospective analysis was conducted on the data about the detection, patients' demographic characteristics, as well as departments and specimens distribution of VR-Efm reported to Guangdong Province Antimicrobial Resistance Surveillance System by 38 medical institutions in 4 regions of Guangdong Province (Pearl River Delta, East Guangdong, West Guangdong, and North Guangdong) in 2019-2023. The detection of 5 other antimicrobial-resistant ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter species) concerned by World Health Organization was analyzed synchronously. Results The detection rate of VR-Efm in Guangdong Province increased from 1.4%(63/4 543) in 2019 to 21.3% (1 351/6 345) in 2023, showing a significant upward trend. In 2023, 44.7% (n=17) medical institutions had a VR-Efm detection rate of >20%; the detection rate of VR-Efm in 4 regions of Guangdong Province has generally increased, with a radiation increase from the Pearl River Delta region to the surrounding areas. The overall ESKAPE increased from 10.1% in 2019 to 10.8% in 2023. Among the other 5 pathogens, the detection rate of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae increased from 8.0% in 2019 to 15.0% in 2023. The detection rates of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, methicillin-resistant Staphylococcus aureus, carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa, and carbapenem-resistant Enterobacter spp. decreased from 61.6%, 34.4%, 21.2%, and 7.9% in 2019 to 58.2%, 31.9%, 21.0%, and 7.6% in 2023, respectively, all showed varying degrees of decline. The detection rate of VR-Efm in intensive care unit (ICU) (12.2%) was higher than that in non-ICU departments such as outpatient and emergency department (9.4%), internal medicine department (9.2%) and surgery department (7.0%) (all P < 0.05). The specimens with higher detection rates of VR-Efm were urine (9.8%) and blood (9.1%), while the detection rates of other specimens ranged from 6.9% to 9.6%. The detection rate of VR-Efm from adolescent patients was lower than that of middle-aged and elderly patients (4.4% vs >9.4%, P < 0.05). Conclusion In the past 5 years, the detection rate of VR-Efm in Guangdong Province has significantly increased, which may be related to the transmission of dominant clone acquired from communities and hospitals. Medical institutions with favorable condition should conduct VR-Efm screening for hospitalized patients, take effective prevention and control measures for patients with VR-Efm, so as to curb the increase in detection rate of VR-Efm in the region.
Key words: vancomycin-resistant Enterococcus faecium    Enterococcus faecium    antimicrobial resistance    surveillance of bacterial antimicrobial resistance    change in antimicrobial resistance    

抗菌药物耐药性对全球公共卫生造成极大的挑战,在众多耐药菌中,耐万古霉素屎肠球菌(VR-Efm)是具有代表性的病原体之一[1]。近年来,欧洲疾病预防控制中心监测数据[2]显示,VR-Efm检出率为16.2%~17.7%。全国细菌耐药监测网(CARSS)监测数据[3]显示,2014—2019年VR-Efm检出率为1.1%~2.9%,除北京外,其他各省市均<3%,远低于欧洲地区;但近期监测发现,广东省VR-Efm检出率从2019年1.3%上升至2023年16.2%,呈明显上升趋势。为此,本研究对2019—2023年广东省医疗机构分离的VR-Efm标本来源、地区分布、科室分布等情况进行分析,探寻VR-Efm检出率上升的原因。

1 资料与方法 1.1 资料来源

收集来自2019—2023年各医疗机构上报至广东省细菌耐药监测网的数据,排除任何一年度数据存在缺失的单位后,共纳入38所医疗机构的细菌耐药监测资料,动态性分析耐药菌检出率;应用WHONET 5.6软件(http://www.whonet.org)录入,以保持数据一致性。所有药敏数据的统计均剔除同一患者分离的重复菌株。本研究在分析肠球菌属数据时,也同步分析世界卫生组织(WHO)重点关注的ESKAPE中其他5种细菌的检出率,即耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aures, MRSA)、耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP)、耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)、耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa, CRPA)和耐碳青霉烯类肠杆菌属(carbapenem-resistant Enterobacter spp., CREN)。

1.2 菌株鉴定及药敏试验

所有医疗机构实验室遵循中国国家卫生健康委员会的标准化程序,在血琼脂平板上培养分离菌株,使用基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry)、梅里埃VITEK 2 Compact(https://www.biomerieux.com.)或BD PhoenixTM(https://www.bd.com/) 鉴定菌种及进行抗菌药物敏感性试验。为确保医疗机构之间抗菌药物敏感性试验具有可比性,每所医疗机构都使用相同的参考菌株:金黄色葡萄球菌ATCC 25923、粪肠球菌ATCC 29212,按2023年美国临床实验室标准化协会(CLSI) M100 33rd ed[4]推荐的标准判断菌株对受试抗菌药物的敏感性。

1.3 数据分类

根据《2023广东统计年鉴》区域划分[5],将广东省各地级市按珠三角(广州、深圳、珠海、佛山、惠州、东莞、中山、江门和肇庆)、粤东/东翼(汕头、汕尾、潮州和揭阳)、粤西/西翼(阳江、湛江和茂名)、粤北/山区(韶关、河源、梅州、清远和云浮)分成4个区。将不同的专科科室划分为重症监护病房(ICU,含内科监护病房、外科监护病房等)、内科、外科、门急诊及其他科室;标本类型按尿(各类尿标本)、血、无菌体液(含引流液)、分泌物、伤口(伤口和脓肿的拭子)和其他标本(如呼吸道标本、未指定)汇总分类。患者年龄按0~19、20~39、40~59、60~79、≥80岁进行分组。

1.4 统计分析

应用WHONET 5.6软件分析细菌耐药监测数据,应用R 4.3.1版本,VR-Efm比例估计值采用95%置信区间(95%CI)表示。比较科室、标本类型、年龄和性别之间VR-Efm检出率,应用SPSS 26.0进行卡方检验,P≤0.05表示差异具有统计学意义。

2 结果 2.1 目标菌的时空分布

2019—2023年上报至广东省细菌耐药监测网数据完整的医疗机构共38所,均为三级甲等医疗机构,覆盖了广东4个地理区域。共检出临床肠球菌属68 613株,检出率为所有监测菌种(912 725株)的第九位,占7.5%;在肠球菌属中,粪肠球菌、屎肠球菌及其他肠球菌占比分别为56.3%(38 659株)、36.5%(25 041株)、7.2%(4 913株)。5年中屎肠球菌在肠球菌属的检出率整体呈下降趋势,从2019年38.5%(4 543/11 792)降至2023年36.6%(6 345/17 327),但VR-Efm在肠球菌属的占比呈上升趋势,从2019年的0.5%(63/11 792)上升至2023年的7.8%(1 351/17 327),耐万古霉素粪肠球菌(vancomycin-resistant Enterococcus faecalis, VR-Efa)在肠球菌属的占比从2019年的0.1% (9/11 792)上升至2023年的0.3%(50/17 327)。肠球菌属区域数据分析发现,广东省4个区域VR-Efm检出率普遍上升,其中珠三角地区VR-Efm检出率首先出现增长,从2019年的1.8%(58/3 240)上升至2022年的14.7%(553/3 750),2023年达22.7%(1 045/4 602);粤北地区紧随其后,2021年明显上升[2.5%(15/602),P<0.05],2023年达22.1%(137/619);此两个区域的上升比率都高于粤东和粤西,其中粤东从2019年1.0%(5/477)上升至2023年14.4%(82/571),粤西从2019年0(0/325)上升至2023年15.7%(87/553)。VR-Efm检出率从2019年的1.4%(63/4 543)上升至2023年的21.3% (1 351/6 345),2023年VR-Efm检出率超过20%的医疗机构达44.7% (17所)。

为明确VR-Efm检出率上升是否与ESKAPE其余5种细菌的检出率变迁存在同步性,本研究同步分析了38所医疗机构在2019—2023年MRSA、CREN、CRKP、CRPA和CRAB的检出率。ESKAPE整体由2019年10.1% (17 050/168 145,分母为分离菌总株数) 升至2023年10.8%(24 524/227 907),5种病原体中,除CRKP检出率从2019年8.0% (1 452/18 056)上升至2023年15.0%(4 078/27 268)外,CRAB检出率从2019年61.6%(6 429/10 444)下降至2023年58.2%(7 443/12 783),MRSA检出率从2019年34.4%(5 447/15 854)下降至2023年31.9%(6 980/21 896),CRPA检出率从2019年21.2% (3 376/15 901)下降至2023年21.0% (4 287/20 400),CREN检出率从2019年7.9%(283/3 589) 下降至2023年7.6%(385/5 085),皆有不同程度下降。见图 1

注:A为广东省不同地区每年VR-Efm检出率热图;B为2019—2023年肠球菌属中各菌种菌株数量和占比变迁,non-VR-Efm为非万古霉素耐药屎肠球菌,non-VR-Efa为非耐万古霉素粪肠球菌,Other为其他肠球菌;C中饼状图为2019—2023年ESKAPE不同病原菌的分布,折线图为ESKAPE病原菌检出率变化趋势。 图 1 广东省2019—2023年VR-Efm分布特征及ESKAPE不同病原菌分布和检出率变化趋势 Figure 1 Distribution characteristics of VR-Efm and trends in distribution and detection rates of different ESKAPE pathogens, Guangdong Province, 2019-2023
2.2 不同科室VR-Efm检出情况

2019—2023年ICU VR-Efm检出率为12.2%(95%CI: 11.4%~13.0%),高于其他非ICU科室(P<0.05)。外科检出率[7.0%(95%CI: 6.4%~7.6%)]低于内科检出率[9.2%(95%CI: 8.6%~9.9%),P<0.05]。门急诊[9.4%(95%CI: 7.6%~11.6%)]与内科的检出率相当(P>0.05)。不同临床科室VR-Efm检出率均增加,尤其以ICU最突出,从2019年的1.8% 上升至2023年的27.3%,涨幅为14.2倍,而其他科室涨幅在5倍以上。见图 2AB

注:A为各科室VR-Efm检出率变迁;B为不同科室VR-Efm检出率;C为不同标本VR-Efm检出率变迁;D为不同标本VR-Efm检出率。 图 2 广东省2019—2023年不同科室和标本中VR-Efm检出率及变化趋势 Figure 2 Detection rates and changing trend of VR-Efm from different departments and specimens, Guangdong Province, 2019-2023
2.3 不同标本VR-Efm检出情况

2019—2023年尿标本VR-Efm检出率为9.8%(95%CI: 9.3%~10.3%),高于血液[9.1%(95%CI: 7.9%~10.4%)]、伤口[6.9%(95%CI: 5.5%~8.7%)]、无菌体液[7.3%(95%CI: 6.6%~8.2%),均P<0.05],与其他标本的检出率相当[9.6%(95%CI: 8.5%~10.8%),P>0.05]。不同标本VR-Efm检出率均有不同程度上升,其中血标本的检出率从2019年1.2%上升至2023年20.3%。不同科室各种标本VR-Efm检出率与总体不同标本VR-Efm检出率一致。见图 2 CD表 1

表 1 各临床科室不同标本中VR-Efm检出率[%,(VR-Efm株数/屎肠球菌株数)] Table 1 Detection rates of VR-Efm from different specimens from different clinical departments (%, [No. of VR-Efm /No. of Enterococcus faecium strains])
2.4 不同年龄、性别患者VR-Efm检出情况

不同年龄组患者VR-Efm检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。0~19岁年龄组VR-Efm检出率为4.4%(95%CI:3.4%~5.6%),低于20~39岁年龄组[7.9%(95%CI:6.7%~9.2%)]、40~59岁年龄组[9.6%(95%CI:8.9%~10.4%)]、60~79岁年龄组[9.4%(95%CI:8.9%~10.0%)]、≥80岁年龄组[9.6%(95%CI:8.9%~10.4%)],0~19岁年龄组患者VR-Efm检出率分别与不同年龄组比较,差异均有统计学意义(均P<0.05);20~39岁年龄组患者VR-Efm检出率低于40~59、60~79、≥80岁年龄组(均P<0.05)。见图 3。男性患者VR-Efm检出率为9.2%(95%CI:8.7%~9.7%),女性患者为9.1%(95%CI:8.6%~9.6%),两者VR-Efm检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。

图 3 各年龄段患者VR-Efm检出率 Figure 3 Detection rates of VR-Efm from patients in different age groups
3 讨论

本调查通过分析广东省38所医疗机构2019—2023年细菌耐药监测数据发现,该省临床VR-Efm检出率呈上升趋势,从2019年的1.4%上升至2023年的21.3%,与全国细菌耐药监测网的监测[3]结果一致。究其原因,可能与VR-Efm流行克隆在广东省传播有关。首先,从地理热图和时间进程可见2023年全广东4个区域VR-Efm检出率短时间同步快速上涨,可能与耐药克隆传播并导致暴发流行有关。经济发达的珠三角地区VR-Efm检出率位居广东省首位,也是检出率最早开始上升的区域。此可能与珠三角地区中广州、深圳是广东省医疗资源最丰富的城市有关,两地是周边地区重症患者最集中的区域,可能导致输入性的VR-Efm比例较高;而这些医疗机构多存在高选择性抗菌药物压力,更促成了VR-Efm发生和迅速在医院传播。从VR-Efm检出率上升的时间顺序看,无论是经济落后的粤北地区,还是距离较远的粤西和粤东地区,在2023年均达最高。这些区域收治社区性感染患者相对多于珠三角,而且与珠三角双向转诊机会较多。这种地理时空背景下的VR-Efm检出率增高,提示本地区可能存在优势克隆在社区和医院传播。其次,从VR-Efm检出科室、标本类型和人口学分布来看,提示可能存在社区和医院VR-Efm克隆同步传播。ICU是ESKAPE高检出率的场所,这些细菌常以污染、定植和感染的形式存在于ICU中,并通过多种方式传播,不断进化,形成生存力更强和传播范围广的优势克隆[6]。本研究中ICU VR-Efm检出率高于其他科室,而且在尿、血及引流液和下呼吸道等多种标本中检出率都较高。同时,分析各个科室多种标本中VR-Efm检出率也都较高,很难仅以抗菌药物选择压力下导致VR-Efm检出率增加来解释,更可能是患者从社区获得VR-Efm优势克隆,在医院内以多种方式传播,导致多个科室VR-Efm检出率同步上升。值得注意的是,进一步分析ESKAPE其他几种病原体的占比变迁,发现除CRKP检出率上升外,其他几种耐药菌比例呈下降趋势。在新型冠状病毒感染(COVID -19)疫情三年中,各医疗机构都加强了医院感染控制措施,其效果可以从MRSA、CRPA和CRAB检出率下降来解释,但CRKP和VR-Efm检出率不降反升,可能用优势克隆的不断进化能更好说明广东省整体VR-Efm上升的原因。已有多篇报道[7-9]产KPC的CRKP克隆株ST11,在全国几乎所有区域都居高不下,而且其耐药性和毒力仍在不断进化,给感染防控带来极大挑战。另一方面,本研究在门急诊和内科VR-Efm检出率也明显上升,达近10%,明显高出肠球菌属的VR-Efa检出率,提示VR-Efm在社区感染中可能也存在克隆传播。

本研究不包含VR-Efm菌株的分子流行性病学数据,对分析本地区VR-Efm明显上升的原因存在局限性。但已有报道[10-11]显示,VR-Efm国际流行克隆CC17的传播,是导致多个国家VR-Efm检出率居高不下的原因。迄今CC17在人、食源性动物、野生动物及患者都有检出,其可在宿主肠道或环境定植,在多种驱动因素下,导致VR-Efm从定植向感染演化,在社区和医院都易发生不同规模的暴发流行。我国前期对北方地区VR-Efm的分子流行研究也报道了CC17的传播流行[12]。本研究广东地区VR-Efm检出率短期内普遍上升,且在经济发达地区和经济欠发达区域几乎同步上升,并在多个临床科室和多种临床标本检出比例都相似,推测可能也与VR-Efm流行克隆传播有关。VR-Efm检出率上升是否与前期报道的CC17克隆传播有关,将是本研究下一步分子生物学研究的重点。

致谢: 感谢广东省细菌耐药监测网成员单位提供的数据信息。

利益冲突:所有作者均声明不存在利益冲突。

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