人类免疫缺陷病毒(HIV)基因具有高度的变异性,使其在传播过程中产生许多亚型并形成某些地区或人群特定的亚型分布。目前流行于全球的HIV-1分为M、O和N 3组。其中M组流行最广,又可分为A、B、C、D、F、G、H、J和K9个亚型〔1-2〕和43种流行重组模式(CRF01-CRF43),各亚型间的基因离散率为20%~35%。为了解河北省石家庄市不同人群中HIV-1的亚型分布特点,于2006-2008年对石家庄市报告的148名HIV-1抗体阳性者env基因的C2-V3区进行基因序列测定和亚型分析。
1 对象与方法 1.1 对象石家庄市疾病预防控制中心、各级医疗机构、血液中心报告发现、经免疫印迹试验(WB)确认的148例HIV-1抗体阳性者; 采集其5 mL静脉抗凝血-20 ℃保存备用。
1.2 前病毒DNA的提取使用Qiagen Blood DNA提取试剂盒(德国Qiagen公司),按说明书要求自全血中提取前病毒DNA。
1.3 基因片断的扩增用套式聚合酶链反应(nest-PCR)对HIV-1外膜蛋白ENV基因C2-V3区及邻近基因区668 bp进行扩增。以病毒膜蛋白(ENV-D5)、ENV-D12为外侧引物进行第1轮PCR反应,25 μL反应体系(10×buffer 2.5 μL, dNTP浓度200 μmol/L, Taq酶1.25U, 引物浓度0. 5 μmol/L,核酸样本5 μL),反应条件为94 ℃ 5 min, 54 ℃ 90 s,72 ℃ 2 min,3个循环; 94 ℃ 40 s,54 ℃ 1 min,72 ℃ 1 min,35个循环; 72 ℃ 15 min。取5 μL第1轮反应产物,以ENV7、ENV8为内侧引物,50 μL反应体系,反应条件为94 ℃ 5 min,50 ℃ 90 s,72 ℃ 2 min,3个循环; 94 ℃ 30 s,50 ℃ 40 s,72 ℃ 1 min,35个循环; 72 ℃ 10 min进行第2轮PCR反应。
1.4 目的片段的回收、纯化及测序PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳观察,选取阳性结果由上海生工生物工程技术服务有限公司纯化并测序,测序引物为ENV7/ ENV8。
1.5 序列分析根据测序结果,用美国Los Alamos国家实验室HIV核酸序列库中提供的基因分型工具BLAST程序结合系统树分析进行基因型鉴定; 用Clustlx软件进行序列排列和比较,用MEGA3.1软件的Neighbor-joining法进行系统树分析,应用Distance程序计算基因距离。
2 结果 2.1 流行病学特征148例标本中,男性122例,女性26例; 年龄2~67岁,中位数31岁; 感染途径为同性传播51例,占34.46%;异性传播42例,占28.38%;毒品注射传播28例,占18.92%;供受血传播19例,占12.83%;母婴传播3例,占2.03%,外籍人员未调查5例,占3.38%。地域来源本市78例,本省其他市19例,其他省46例,外籍5例。
2.2 进化树和亚型分析148例样品的基因测序结果用Clustlx软件进行序列排列和比较,用MEGA3.1软件的Neighbor-joining法进行系统树分析,应用Distance程序计算基因距离。可见148例样品分属B (欧美B)、B′(泰国B)、C 3种亚型和CRF07-BC、CRF01-AE、CRF02-AG、CRF03-AB、CRF11-CPX 5种重组亚型。其中45例毒株与欧美B亚型标准株B.NL.0067、B.FR.83和B.US.86聚在一起,与荷兰株B.NL.0067的基因距离最近为(16±1.8)%,因此应为B亚型,占30.41%;35例毒株与泰国B亚型(B′)代表株B.CN.xRL42和B.TH.90聚在一起,与中国株B.CN.xRL42的基因距离最近为(8.1±1.6)%,应为B′亚型,占23.65%;37例毒株与中国特有的重组株07BC.CN.97和08BC.CN.97聚在一起,为CRF-BC亚型,占25%,与07BC.CN.97.CN54的基因距离为(6.1±0.7)%,与08BC.CN.97.97的基因距离为(7.5±1.0)%; 25例毒株与01-AE标准株泰国株01-AE TH.90聚在一起,与01-AE TH.90的基因距离为(9.8±1.2)%,应为CRF01-AE重组亚型,占16.89%;2例毒株与C亚型国际标准株聚在一起,9号毒株与埃塞俄比亚株C.ET.86基因距离最近为(15.5±2.2)%,27号毒株与巴西株C.BR.92基因距离最近为(16.1±2.0)%,因此,将这2株定位C亚型,占1.35%;3例毒株与02-AG和11-CPX重组亚型的标准株聚在一起,分别计算其与各标准株的基因距离,毒株87和49与尼日利亚株02.AG.NG最近,基因距离分别为(15.7±2.3)%和(11.9±2.0)%,定为CRF02-AG重组亚型,占1.35%;毒株61与希腊株11CPX.GR最近,基因距离为(17.5±3.4)%,为CRF11-CPX重组亚型,占0.68%;毒株130在进化树中独处一支,计算其与各亚型标准株的基因距离,与俄罗斯株03.AB.RU的距离最近,为(18.1±2.5)%,定为CRF03-AB亚型,占1.35%。
2.3 不同感染途径人群HIV-1亚型分布(表 1)| 表 1 不同感染途径人群HIV-1亚型分布 |
3 讨论
本次对148例HIV-1亚型分析,共发现B、CRF07-BC、B′、CRF01-AE、C、CRF02-AG、CRF03-AB、CRF11-CPX 8种亚型,其中CRF03-AB、CRF11-CPX为在国内少见的稀有亚型。本次调查的供受血人员均为1996年前后有过献、受血史者,3例母婴传播也均发生在这些家庭; 96.43%(27/28)的注射毒品者感染了在我国西北部及中部吸毒者中流行的CRF07-BC〔3-4〕,与所调查的吸毒者主要来自于四川和新疆的流行病学资料相吻合; 男男同性传播以B亚型为主(62.75%),其次为CRF01-AE (31.37%),也发现主要在吸毒者中流行的CRF07-BC (5.88%),比北京市2001年调查12例均为B亚型种类增加〔5〕,与深圳市2006年调查18例〔6〕亚型种类一致,但各亚型所占比例有所不同,说明随着男男性行为人群艾滋病疫情的上升,该人群中HIV-1毒株呈现多元化趋势,并且形成了不同的地区特点。本次调查样本中感染时间最长的是1例从非洲异性感染C亚型HIV-1回国的人员,从亚型分析发现,C亚型和从非洲籍感染者中检出的3种稀有亚型均未在人群中播散蔓延,其余4种亚型均见于异性传播,除了常见于性传播的B (30.95%)和CRF01-AE (19.05%),在供受血人群中流行的B'(30.95%)和在吸毒人群流行的CRF-BC (16.67%)在异性传播中也占相当比例。
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2009, Vol. 25

