中国辐射卫生  2020, Vol. 29 Issue (5): 458-461  DOI: 10.13491/j.issn.1004-714X.2020.05.003

引用本文 

董娟聪, 原雅艺, 党旭红, 王婧洁, 孟倩倩, 王超, 刘红艳, 任越, 张忠新, 左雅慧. 不同剂量γ射线对人外周血miRNA的表达影响[J]. 中国辐射卫生, 2020, 29(5): 458-461. DOI: 10.13491/j.issn.1004-714X.2020.05.003.
DONG Juancong, YUAN Yayi, DANG Xuhong, WANG Jingjie, MENG Qianian, WANG Chao, LIU Hongyan, REN Yue, ZHANG Zhongxin, ZUO Yahui. Effects of the expression of miRNA in human peripheral blood after different doses of gamma rays[J]. Chinese Journal of Radiological Health, 2020, 29(5): 458-461. DOI: 10.13491/j.issn.1004-714X.2020.05.003.

通讯作者

左雅慧,E-mail:yahuiz@163.com

文章历史

收稿日期:2020-03-15
不同剂量γ射线对人外周血miRNA的表达影响
董娟聪 , 原雅艺 , 党旭红 , 王婧洁 , 孟倩倩 , 王超 , 刘红艳 , 任越 , 张忠新 , 左雅慧     
中国辐射防护研究院,山西 太原 030006
摘要目的 利用高通量miRNA测序和生物信息学技术,筛选人外周血中辐射敏感的miRNA分子,为辐射损伤提供早期诊断指标。方法 采集健康成年男性的外周血,给予0.2 Gy和2.0 Gy γ射线照射,于照射后6 h提取总RNA,应用高通量miRNA测序手段获得差异的miRNA,qRT-PCR方法验证部分差异的miRNA,通过mirdbV6和Target Scan7.1数据库预测共同差异miRNA的靶基因,并进行KEGG生物信息学分析。结果 人外周血经不同剂量 γ 射线照射后6 h,0.2 Gy组差异miRNA有10个,2 个表达上调,8 个表达下调;2.0 Gy作用后共鉴定出9 个表达上调、12 个表达下调miRNA分子,差异有统计学意义(P < 0.05)。其中有5个miRNA在2个剂量组均发生显著变化。RT-PCR实验结果表明有4个miRNA,miR-23c、miR-1287-5p、miR-219a-3p、miR-320d与测序结果一致。生物信息学结果表明,在2个剂量组均差异表达的miRNA可能通过参与调控MARK、RAS、P53、RIG-I等信号通路影响细胞增殖、凋亡、DNA损伤修复及免疫调控。结论 miR-23c、miR-1287-5p、miR-219a-3p、miR-320d分子有望成为辐射损伤新的血液标志物。
关键词电离辐射    miRNA    损伤标志物    生物信息学    
Effects of the expression of miRNA in human peripheral blood after different doses of gamma rays
DONG Juancong , YUAN Yayi , DANG Xuhong , WANG Jingjie , MENG Qianian , WANG Chao , LIU Hongyan , REN Yue , ZHANG Zhongxin , ZUO Yahui     
China Institute of Radiation Protection, Taiyuan 030006 China
Abstract: Objective In order to provide early diagnostic indicators for radiation damage, high throughput miRNA sequencing and bioinformatics technology were used to screen radiation-sensitive miRNA in human peripheral blood. Methods The peripheral blood of healthy adult males was given 0.2 Gy and 2.0 Gy gamma rays, and total RNA was extracted at 6 hours after irradiation. Differential miRNA was obtained by high-throughput miRNA sequencing technology, and partially differential miRNA was verified by qRT-PCR. Target genes of common differential miRNA were predicted by mirdbV6 and Target Scan7.1 database, and bioinformatics analysis was analyzed using KEGG. Results The number of differential miRNAs in human peripheral blood was different with at 6 h after different doses radiation. There were 10 differential miRNAs in 0.2 Gy group, and 2 were up-regulated, and 8 were down-regulated. In 2.0 Gy group, there were 9 up-regulated and 12 down-regulated miRNAs. And the differences of both two groups were statistically significant (P < 0.05). There were 5 miRNAs showed significant changes in both groups. RT-PCR results showed that there were 4 miRNAs, including mir-23c, mir-1287-5p, mir-219a-3p and mir-320d, which were consistent with the sequencing results. Bioinformatics results showed that common differential miRNAs may affect cell proliferation, cell apoptosis, DNA damage repair and immune regulation by regulating the MARK, RAS, P53, RIG-I and other signaling pathways. Conclusion The mir-23c, mir-1287-5p, mir-219a-3p and mir-320d are expected to become new blood makers of radiation injury.
Key words: Ionizing Radiation    Small RNA    Damage Markers    Bioinformatics    

目前,对辐射暴露人员的损伤评估主要采用常规临床检查,特殊体检包括染色体和微核分析[1-2],但这些指标不能有效的发现辐射所致的早期损伤。随着分子生物学技术的发展,已发现多种辐射敏感的分子指标,而这些研究主要集中在动物模型、细胞模型层面上[3-5],应用到人的辐射损伤评估,有一定的距离。miRNA是一组内源性非编码RNA,广泛存在于真核生物中,在细胞增殖、分化、凋亡及基因调控中起重要作用[6]。因此本研究通过检测不同剂量电离辐射作用后健康成年人外周血miRNA表达变化情况,初步筛选出辐射敏感的分子,为进一步研究辐射早期损伤评估技术提供实验基础。

1 材料与方法 1.1 研究对象

选取健康成年男性7人,20~35周岁,近6个月内无放射线接触史,无吸烟和饮酒史,采用肝素钠抗凝管现场每人采集静脉血5 ml。

1.2 照射方式及分组

在中国辐射防护研究院放疗科照射,采用60Co远距离治疗机(型号是:GWGP80,生产厂家:中国核动力研究设计院设备制造厂),源皮距为80 cm,照射剂量率为0.50 Gy/min,照射野直径20 cm × 20 cm,辐照剂量分别为0.2 Gy和2.0 Gy,并设假照组。

1.3 miRNA测序、验证

不同剂量照射后6 h,采用试剂盒提取miRNA,miRNA测序委托上海康成生物有限公司进行,miRNA测序具体实验过程:样品经琼脂糖凝胶电泳及Nanodrop进行质检定量,构建好文库,用Agilent 2100 Bioanalyzer进行文库质量测定,混合好不同样品的测序文库,通过0.1 M NaOH变性生成单链DNA,在IlluminaNextSeq 500 测序仪上进行51个循环。测序所得数据经质控后进行后续数据分析;设定阈值为1.5倍差异(p ≤ 0.05),来筛选差异表达的miRNA。

1.4 部分miRNA表达水平的验证

选取不同剂量共同差异的miRNA分子进行RT-PCR验证,miRNA引物如表1中所示。

表 1 miRNA引物的列表
1.5 差异靶基因的功能和通路富集分析

采用靶基因生物预测数据库mirdbV6和Target Scan7.1预测差异miRNA的靶基因,并筛选两个数据库的交集,以此作为候选的目的靶基因。采用京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对靶基因参与的生物途径进行富集分析。

1.6 统计学方法

采用Student t检验(两组间)和方差分析(多组间)进行数据处理,P <0.05,代表差异有统计学意义,所有数据均来源于独立的至少重复3次的实验结果。

2 结果 2.1 不同剂量γ射线作用后人外周血差异miRNA基因表达的变化

不同剂量电离辐射作用后6 h,差异miRNA的表达情况是不同的。与对照组相比,0.2 Gy γ射线作用后,显著差异miRNA共有10个,上调2个,下调8个。2.0 Gy照射后,共有21个差异miRNA,上调9个,下调12个,提示辐射敏感的miRNA数量随着照射剂量的增加而增多,表2所示为各组显著上调的前5个分子表达变化情况,其中hsa-miR-23c、hsa-miR-1287-5p、hsa-miR-219a-2-3p、hsa-miR-6511b-3p、has-miR-320d分子在两个剂量组均发生显著变化。

表 2 不同剂量γ射线作用后显著性差异miRNA分子表达情况
2.2 显著差异miRNA分子的验证

选择在两个剂量组共同发生显著变化(变化倍数 > 1.5,P < 0.05)的5个差异miRNA进行RT-PCR验证,结果如 图1所示。5个miRNA变化趋势与测序结果一致,除hsa-miR-6511b-3p-2 在0.2 Gy组中,与对照组相比无显著差异,其余4个在两个剂量组均有统计学意义,且变化倍数大于1.5倍,分别为miR-23c、miR-1287-5p、miR-219a-3p、miR-320d。验证结果和miRNA测序结果有较高的符合率,说明测序数据可用于进一步的功能分析。

图 1 RT-PCR技术检测不同剂量电离辐射作用后显著差异miRNA的表达变化
2.3 共同差异miRNA的靶基因功能分析

通过mirdbV6和Target Scan7.1数据库预测共同差异miR-23c、miR-1287-5p、miR-219a-3p、miR-320d的靶基因,如图2所示两个数据库中共有的靶基因311个,进一步对靶基因进行显著性通路分析,发现这些靶基因主要富集于与细胞增殖、凋亡和DNA 修复及免疫调控作用有关的MARK、RAS、P53、RIG-I等信号通路。

图 2 不同剂量照射后共同差异基因的功能分析 注:A:mirdbV6和Target Scan7.1数据库中miRNA靶基因的交集;B:靶基因参与的信号通路。
3 讨论

随着核技术的不断发展,其在工业、农业、医学及研究领域的广泛应用,电离辐射的健康危害成为社会关注焦点。尤其是在发生核辐射突发事件时,能及时、有效地对潜在暴露人员进行剂量估算指导伤员的分类诊断,对于提高应急救援能力、维护社会稳定具有重要意义[7]。电离辐射主要通过诱导机体产生大量自由基,引起多个分子通路基因的改变,影响细胞增殖、细胞周期调控、DNA损伤修复和细胞凋亡等生物学反应,从而导致机体多系统损伤。目前对辐射损伤的评估往往依赖于临床症状(呕吐)、淋巴细胞计数、细胞遗传学分析等手段,但这些方法均存在一定的局限性,如呕吐易受到心理因素影响,使剂量估算的误差率高达190%;淋巴细胞计数在正常人本底值差异较大,易出现假阳性或假阴性;细胞遗学分析技术,实验耗时长达72 h,对技术人员要求高,过程较为繁琐复杂,并且目前这些检测技术对于低剂量电离辐射的损伤的敏感性较差,因此不利于辐射损伤的早期诊断[8-9]

生物学技术的发展,使得我们有条件应用分子学技术进行辐射损伤的研究。miRNA是一类由内源基因编码的长度约22个核苷酸的非编码单链RNA分子,主要以碱基互补方式与靶基因mRNA的3′非翻译区特异性结合,通过降解mRNA或抑制蛋白翻译合成而实现对靶基因的转录后调控,广泛存在于真核生物中,在细胞增殖、分化、凋亡及基因调控中起着重要作用。人类体液中miRNA耐酸、耐碱、物理性质非常稳定,很适合作为一种生物标志物[10-11]。本研究采用miRNA测序技术筛选γ射线作用后6 h人外周血中差异表达的miRNA,旨在发现辐射损伤早期敏感的miRNA分子。结果发现,0.2 Gy组差异miRNA有10个,2.0 Gy组共有21个差异miRNA。这一结果与Molykutty等研究经不同剂量照全身照射大鼠后6 h的miRNA表达变化趋势一致[12]。李刚强[13]等研究年受照剂量不同的介入工作人员中差异表达的miRNA分子,同样发现随着剂量增加差异miRNA分子数量是增加的,这可能与较大照射剂量激活更多的信号通路,诱导更严重的损伤有关。此外本研究结果发现miR-23c、miR-1287-5p、miR-219a-3p、miR-320d分子表达在两个剂量组均发生显著的变化,提示这4个miRNA分子有望作为辐射损伤的早期诊断指标。

电离辐射会导致细胞凋亡、DNA损伤、抑制免疫系统和造血系统、细胞向癌细胞转化等[5]。通过对本研究发现的共同差异miRNA靶基因生物信息学功能的分析,也发现调控的靶基因主要富集在与细胞增殖、凋亡、DNA损伤修复及免疫调控等过程相关的MARK、RAS、P53、RIG-I等信号通路。这与文献报道[14],电离辐射作用后小鼠空肠转录组差异基因主要富集于DNA损伤修复通路、P53信号通路的结果是相一致的。但这些通路中,具体哪些基因在人外周血受照后发挥作用,在不同剂量电离辐射作用后激活的基因是否一致,还需要进一步的研究。

综上所述,本研究通过对人外周血照射后差异miRNA表达的分析,初步探讨了不同剂量电离辐射作用后差异表达的miRNA分子的表达变化情况,并对其靶基因功能进行了分析,筛选出miR-23c、miR-1287-5p、miR-219a-3p、miR-320d有望作为辐射早期损伤的检测指标,这些miRNA的靶基因主要参与细胞增殖、凋亡、DNA损伤修复及免疫调控等过程,为深入研究miRNA在辐射损伤中的调控机制提供参考。

参考文献
[1]
吕玉民. 染色体畸变在急、慢性辐射损伤评估中的意义专家解析[J]. 中国辐射卫生, 2019, 28(4): 349-354.
[2]
Sproull M T, Camphausen K A, Koblentz G D. Biodosimetry: a future tool for medical management of radiological emergencies[J]. Health Secur, 2017, 15(6): 599-610. DOI:10.1089/hs.2017.0050
[3]
Li S, Lu X, Feng J B, et al. Identification and validation of candidate radiation-responsive genes for human biodosimetr[J]. Biomed Environ Sci, 2017, 30(11): 834-840.
[4]
李刚强, 濮亚斌, 王寅. 小剂量辐射致小鼠血液中microRNA表达改变[J]. 实用预防医学, 2016, 23(4): 405-408. DOI:10.3969/j.issn.1006-3110.2016.04.007
[5]
Bugden M, Billing S, Mak K C, et al. Ionizing radiation affects miRNA composition in both young and old mice[J]. Int J Radiat Biol, 2019, 95(10): 1404-1413. DOI:10.1080/09553002.2019.1569771
[6]
Małachowska B, Tomasik B, Stawiski K, et al. Circulating microRNAs as biomarkers of radiation exposure: a systematic review and meta-analysis[J]. Int J Radiat Oncol Biol Phys, 2020, 106(2): 390-402. DOI:10.1016/j.ijrobp.2019.10.028
[7]
袁龙, 付熙明, 雷翠萍, 等. 全国核辐射突发事件卫生应急能力现状分析[J]. 中国辐射卫生, 2019, 28(1): 28-32.
[8]
林仲武, 王琪, 王治东. 辐射生物剂量计的研究现状及发展方向[J]. 中华放射医学与防护杂志, 2017, 37(10): 799-802. DOI:10.3760/cma.j.issn.0254-5098.2017.10.015
[9]
Jacobs A R, Guyon T, Headley V, et al. Role of a high throughput biodosimetry test in treatment prioritization after a nuclear incident[J]. Int J Radiat Biol, 2020, 96(1): 57-66. DOI:10.1080/09553002.2018.1532615
[10]
Anindo M I, Yaqinuddin A. Insights into the potential use of microRNAs as biomarker in cancer[J]. Int J Surg, 2012, 10(9): 443-449. DOI:10.1016/j.ijsu.2012.08.006
[11]
李刚强, 朱瑞, 周海亚. 60Coγ辐射致小鼠血液中microRNA表达改变及意义 [J]. 河南预防医学杂志, 2016, 27(6): 401-405.
[12]
Aryankalayil M J, Chopra S, Makinde A, et al. Microarray analysis of miRNA expression profiles following whole body irradiation in a mouse model[J]. Biomarkers, 2018, 23(7): 689-703. DOI:10.1080/1354750X.2018.1479771
[13]
李刚强, 巢胜吾, 潘瑞林, 等. X射线辐射损伤对介入工作人员血液中miRNA表达的影响[J]. 中国煤炭工业医学杂志, 2017, 20(11): 1301-1304.
[14]
王津晗, 路倩颖, 纪凯华, 等. 基于准路阻侧学的放射性肠损伤基因动态变化[J]. 中华放射医学与防护杂志, 2018, 3(2): 81-85. DOI:10.3760/cma.j.issn.0254-5098.2018.02.001