畜牧兽医学报  2020, Vol. 51 Issue (8): 1823-1832. DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.08.006    PDF    
山羊INSR基因可变剪接体在背最长肌中的表达模式
张潇, 李利, 张红平     
四川农业大学动物科技学院, 成都 611130
摘要:旨在对山羊胰岛素受体(insulin receptor,INSR)基因进行可变剪接分析,研究其在背最长肌中的表达模式。本试验以简州大耳羊妊娠期胎儿(妊娠期第45、60和105天)及出生后第3天羔羊背最长肌为试验材料,基于转录组测序数据(accession number:SRR3567144)并利用Sanger测序验证,分析INSR基因的可变剪接体类型及其在背最长肌中的表达差异,同时利用在线软件对不同可变剪接体进行生物信息学分析。结果显示,在山羊背最长肌中INSR基因CDS区存在4种不同的可变剪接形式(INSR1、INSR2、INSR3和INSR4),其CDS长分别为4 110、4 146、4 113和4 149 bp,对应的氨基酸残基数分别为1 369、1 381、1 370和1 382个。山羊INSR 4个可变剪接体之间的主要区别在于Exon 11(36 bp)跳跃和Exon 15部分(3 bp)缺失,这两种可变剪接模式在牛、猪、山羊、人、绵羊和小鼠间完全一致。这些可变剪接改变了山羊INSR的Ser磷酸化位点和第二个FN3功能域,使所编码蛋白3D结构在两个区域发生明显改变。同时,各可变剪接体表达量在背最长肌发育的4个时期均无显著性差异(P>0.05),同一时期各可变剪接体表达量之间也无显著性差异(P>0.05)。INSR基因序列和剪接模式在哺乳动物中高度保守,该研究结果将为深入揭示INSR基因对动物肌肉发育的调控机制提供理论参考。
关键词山羊    INSR    可变剪接体    表达模式    
Identification of Splicing Transcripts of Insulin Receptor Gene and Their Expression Profiles in Goat Longissimus Dorsi Muscles
ZHANG Xiao, LI Li, ZHANG Hongping     
College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu 611130, China
Abstract: The study was conducted to perform alternative splicing analysis on goat insulin receptor (INSR) gene, and to analyze its expression profiles in goat Longissimus dorsi muscle. The Longissimus dorsi muscle of Jianzhou Daer goat were collected from fetuses at 45, 60, and 105 days of gestation and lambs at the 3rd day after birth. Based on Sanger sequencing and high throughput sequencing data (accession number: SRR3567144), the alternative splicing patterns of the INSR gene and their expression difference in Longissimus dorsi muscle were studied. In addition, the characteristics of different alternative splicing variants of goat INSR gene were analyzed using online softwares. The results showed that 4 different INSR transcripts were identified and designated as INSR1, INSR2, INSR3 and INSR4, with CDS lengths of 4 110, 4 146, 4 113 and 4 149 bp, respectively, and the correspondingly amino acid residues were 1 369, 1 381, 1 370 and 1 382. The Exon 11 (36 bp) skipping and partial deletion of Exon 15 (3 bp) led to the main difference among 4 transcripts of INSR in goat. The two alternative splicing patterns were completely identical among INSR gene transcripts of bovine, pig, goat, human, sheep and mouse. These alternative splicing changed the serine phosphorylation sites and the second FN3 domain of goat INSR, and resulted in 3D structure change of the encoded protein in two regions. Meanwhile, there was no significant difference in the expression level of 4 splicing variants during 4 Longissimus dorsi muscle developmental periods of goats (P>0.05), and there was no significant difference among the expression level of 4 splicing variants within the same developmental period (P>0.05). In conclusion, the sequence and splicing model of INSR gene's splicing variants are highly conserved among mammals, and the results have provided the theoretical reference for further revealing the role of INSR gene in regulating animal muscle development.
Key words: goat    INSR    splicing transcripts    expression patterns    

胰岛素受体是一种可以被胰岛素激活的多亚基受体,属于酪氨酸激酶受体家族[1]。INSR由4个亚单位构成,包括位于细胞膜外与胰岛素结合的两个α亚基,以及含有ATP结合域和酪氨酸蛋白激酶域的两个β亚基[2]。在动物体内,INSR的生理功能主要与酪氨酸激酶的信号传导密切相关,胰岛素与INSR的α亚基结合后,引起INSR酪氨酸残基自身磷酸化及β亚基上酪氨酸激酶活化,后者使靶细胞内底物酪氨酸残基磷酸化,从而使细胞外的生长和生理信号传导至细胞内[3]

INSR除了作为受体间接参与体内蛋白质、脂肪和糖原的合成代谢,还可发挥多种生物学功能。INSR是成骨细胞增殖、生存和分化的基础[4],还可控制动物摄食并调节运动[5]。INSR被认为是影响奶牛乳脂率和乳蛋白率的因子之一,这与其不同基因型相关联[2],也可能受INSR在泌乳时期较高表达量的影响[6],或与其参与调节出生后乳腺发育有关[7]。作为肌肉发育调控的重要参与者,INSR在胎儿发育早期便开始表达,在新生犊牛半腱肌中的表达量显著高于心、肺等其他9个组织[5, 8]。但其表达量却在动物出生后出现下降趋势[9]。当基因突变引起INSR结构变化时,INSR的功能也随之改变。研究表明,INSR基因突变可导致胰岛素敏感性下降,最终促使动脉粥样硬化[10];发生在Exon 8和Exon 17的突变还会诱发多囊卵巢综合征[11-12]。此外,INSR也与胰岛素抵抗[13-15]和癌症[16-17]的发生相关。

以上研究表明,INSR基因广泛参与营养代谢和肌肉发育,但其在山羊肌肉组织的可变剪接体及表达模式尚未见报道。鉴于此,本研究以简州大耳羊胎儿发育的3个时期及初生共4个阶段的背最长肌为材料,利用第二代RNA-seq的结果,结合Sanger测序方法,对INSR基因转录本进行鉴定、生物信息及表达模式分析,为深入揭示INSR基因的功能提供参考。

1 材料与方法 1.1 试验动物

本试验选用四川简阳大耳羊种羊场的简州大耳羊母羊,利用同期发情和人工授精技术获得了不同发育时期,即妊娠期第45(E45)、60(E60)、105天(E105)的胎儿以及出生后第3天(B3)的羔羊,E60为2只雌性胎儿,其余各个阶段均为3只雌性胎儿/羔羊,胎儿/羔羊均产自不同母羊且为单胎。参照Hemmings等[18]的方法采集背最长肌组织样本速冻于液氮中保存备用。所有试验过程都严格按照四川农业大学实验动物操作规范与福利管理委员会制定的“实验动物操作规范”(川农大校发〔2014〕18号)进行。

1.2 基于肌肉组织mRNA转录组测序获得 INSR 转录本及表达量

肌肉样品总RNA的提取与质检、RNA-seq文库构建、测序以及测序数据的质量评估和预处理、转录本的拼接和组装参见Zhan等[19]的方法进行(原始数据文件上传NCBI,Accession number:SRR3567144)。使用Cuffdiff v2.1.1计算各转录本的FPKM(fragment per kilobase of exon model per million mapped)值,用于表达量分析。

1.3 山羊INSR可变剪接体的Sanger测序验证

将测序组装的INSR可变剪接体与NCBI中山羊INSR基因mRNA序列(XM_018051134.1)进行比对,寻找缺失片段并利用Sanger测序验证。利用Primer Premier 5.0在目的序列上、下游设计INSR引物(F:5′-CAGAGTGAGTATGAGGAGTC-3′;R:5′-TCTTAGCGTTCAGGTATGC-3′),引物特异性利用NCBI中Primer BLAST确认,引物由北京擎科新业生物技术有限公司合成。

以山羊背最长肌4个时期的混合cDNA作为模板,利用山羊INSR基因CDS区缺失区域的上、下游引物对混合cDNA进行扩增。PCR反应总体系为30 μL:模板cDNA 1.5 μL,上、下游引物各1.5 μL,2×Master Mix Taq酶15 μL,ddH2O 10.5 μL。PCR反应条件:95 ℃预变性5 min;95 ℃变性30 s,56 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,共34个循环;72 ℃延伸7 min;产物于4 ℃保存。PCR产物(~1 300 bp)经2.5%的琼脂糖凝胶电泳进行检测,用琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒(购自天根生化科技有限公司)进行目的片段的回收,并将回收后的PCR产物连接到pClone007 Vector,转化至感受态细胞培养,筛选阳性克隆送北京擎科新业生物技术有限公司完成测序。

1.4 INSR基因序列的生物信息学分析

通过DNAMAN软件将测序结果与GenBank上的相应序列进行比对;使用ESE finder(http://exon.cshl.org/ESE/)预测外显子剪接增强子(Exon splicing enhancer,ESE)序列;在NCBI ORF Finder(http://www.ncbi.nlmnih.gov/gorf/gorf.html)中预测可变剪接体的开放阅读框;采用MEGA 6.0比对绵羊、山羊、牛、猪、人和小鼠INSR基因的编码氨基酸序列,构建系统发育树;在ExPASy服务器上用ProtParam和ProtScale程序进行理化性质分析;用HNN(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_hnn.html)分析INSR氨基酸序列的二级结构;利用NetPhos 3.1 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/)预测INSR氨基酸序列存在的磷酸化位点;SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/)在线预测蛋白3D结构,通过SMART (http://smart.embl.de/)和NCBI中的CD-Search进行蛋白功能域预测分析。

1.5 数据分析

基于转录本的FPKM值,使用SAS 9.2单因素方差分析进行差异显著性检测,多重比较采用LSD法,显著水平为α=0.05。数据结果用“平均值±标准误(x±SEM)”表示。

2 结果 2.1 山羊INSR基因可变剪接体的鉴定

基于RNA-seq的测序结果拼接以及后续的Sanger验证,本研究获得了山羊INSR基因CDS区的4种可变剪接体,分别命名为INSR1、INSR2、INSR3和INSR4,与NCBI中利用山羊基因组测序预测到的XM_018051137.1、XM_018051135.1、XM_018051136.1和XM_018051134.1对应。

INSR基因4个可变剪接体之间的主要区别在于Exon 11(36 bp)的跳跃和Exon 15的部分(3 bp)缺失(图 1)。相对于INSR4,INSR1同时缺失Exon 11(36 bp)和Exon 15(3 bp),造成13个氨基酸残基缺失;INSR2只缺失了Exon 15中的3 bp,造成1个氨基酸残基的缺失;而INSR3完全缺失了外显子Exon 11(36 bp),造成所编码的氨基酸12个残基的不同。Exon 11和Exon 15上均有较显著的ESE序列(图 2)。

黑色条形图代表正常外显子,斜纹条形图代表外显子序列部分缺失,白色条形图代表外显子缺失;短横线代表序列缺失,星号表示相同序列,省略部分相同序列 The black bars indicate normal exons, the twill bars indicate the partial exon sequences deletion, and the white bars indicate absent exons; The dashed lines indicate the missing sequences, asterisks indicate the same sequence, the partial same sequences are omitted 图 1 山羊INSR基因4种可变剪接体结构比对 Fig. 1 Schematic representation of the 4 splicing transcripts of goat INSR
SF2/ASF、SC35、SRp40和SRp55均属于SR蛋白家族,通过与前体mRNA特异序列结合促进剪接体的形成;Thr代表阈值,Score值大于Thr表示SR蛋白可与该段序列结合 SF2/ASF, SC35, SRp40 and SRp55 all belong to the SR protein family, and promote the formation of splicing variants by combining with specific sequences of pre-mRNA; Thr represents the threshold, and Score value greater than Thr indicates that the SR protein can bind to this sequence 图 2 山羊INSR基因Exon 11和Exon 15中ESE序列的预测 Fig. 2 Prediction of ESE sequences in Exon 11 and Exon 15 of goat INSR gene

进一步分析发现,山羊INSR基因CDS区域的两个可变剪接热点与牛、猪、人、绵羊和小鼠INSR可变剪接体一致(图 3)。这些结果一方面说明INSR基因在哺乳动物间具有保守的剪接模式,另一方面也暗示二代转录组测序技术可以较好地鉴定基因的可变剪接。

短横线代表序列缺失;省略部分为相同序列 The dashed lines indicate the missing sequences; The partial same sequences are omitted 图 3 物种间INSR基因转录本的比较分析 Fig. 3 The alignment of INSR nucleotide sequence to other species
2.2 INSR基因序列的物种间保守性

利用NCBI在线BLAST对比,发现基因片段序列与绵羊、牛、猪等的INSR基因有高度同源性。根据测序结果分析4个剪切转录本序列,发现该基因无论是转录本之间或与其他同源基因相比对,均有较高一致性。基于INSR序列进行一致性分析,发现山羊与猪、绵羊、人、牛和鼠在INSR1~INSR3基因序列上的相似性分别为90.9%、97.9%、88.2%、96.8%和84.8%,在INSR4基因序列上的相似性分别为92.0%、99.1%、89.3%、98.1%和85.6%。

将INSR对应的氨基酸进行BLAST比对,同样得出高一致性的结果。利用MEGA软件使用Neighbor-Joining法对INSR基因的编码氨基酸序列进行聚类分析,发现INSR氨基酸序列在哺乳动物间相似性很高,尤其是偶蹄目动物之间(图 4)。

图 4 INSR氨基酸序列的系统发育进化分析 Fig. 4 The phylogenetic tree of INSR amino acid sequence
2.3 山羊INSR基因4种转录本的蛋白序列理化性质与结构分析

预测发现,山羊INSR不同可变剪接体具有相同的Thr(12)和Tyr(23)磷酸化位点,差异主要在Ser位点数,分别是36、39、36和39个。进一步通过SMART和CD-Search在线预测发现,山羊INSR可变剪接体前部和末端各有一个非典型性的低匹配度功能区,并且均含有2个FU和3个FN3功能域,其中第二个FN3功能域受到剪接的影响(图 5)。INSR1和INSR3的FN3功能域由从脯氨酸622(Pro 622)到谷氨酸819(Glu 819)的198个氨基酸构成,而INSR2和INSR4由210个(Pro 622-Glu 831)氨基酸残基构成。

TS表示跨膜区;FU表示Furin蛋白酶样富含半胱氨酸区;FN3表示纤维连接蛋白3结构域;TyKc表示酪氨酸激酶催化结构域 TS. Transmembrane segments; FU. Furin-like cysteine rich region; FN3. Fibronectin type 3 domain; TyKc. Tyrosine kinase catalytic domain 图 5 山羊INSR蛋白质功能域预测 Fig. 5 Schematic prediction of goat INSR isoforms domain structure

用ExPASy网站上的ProtParam程序对INSR1~ INSR4进行蛋白理化性质分析,发现4种可变剪接体间等电点以及预测的α螺旋(alpha helix)、延长片段(extended strand)和无规则卷曲(random coil)3种二级结构所占比例非常接近(表 1)。但是,利用SWISS-MODEL在线预测发现,Exon 11(36 bp)和Exon 15(3 bp)这两个突变热点使得蛋白质3D结构产生了两个明显的改变(图 6)。

表 1 山羊INSR不同可变剪接体氨基酸序列预测信息 Table 1 Information of amino acid sequence of splicing variants of goat INSR
框形标记表示突变区域 Box marks indicate mutational areas 图 6 山羊INSR 4种可变剪接体蛋白质3D结构图 Fig. 6 The putative tertiary structure of goat INSR protein
2.4 山羊INSR基因在组织中的表达规律

INSR基因不同转录本在山羊背最长肌发育中的表达情况进行分析(图 7A),结果显示,各转录本在4个时期内表达量之间均无显著性的差异(P>0.05),相同时期内转录本表达量之间的差异也不显著(P>0.05)。此外,随着胎儿的发育,相较于不具备Exon11的转录本(INSR-A),具备Exon11的转录本(INSR-B)在组织中的占比逐渐上升(图 7B)。

图 7 山羊INSR基因转录本在不同时期的表达 Fig. 7 The mRNA expression patterns of goat INSR variant transcripts during different periods
3 讨论

可变剪接是指通过不同的剪接方式使得一个mRNA前体产生不同mRNA的过程,是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制[20-21]INSR基因的多个剪接体在人、小鼠中有深入的研究[22-23]。然而,有关山羊INSR基因转录本的研究至今未见报道。鉴于此,本研究结合RNA-seq技术和Sanger测序验证成功地分离了山羊INSR基因的4个剪接转录本序列,发现该基因无论是转录本之间或与其他物种INSR基因相比对,均有较高一致性。将各转录本对应的氨基酸进行BLAST比对,同样得出高一致性的结果。通过构建系统进化树进行分析,山羊INSR氨基酸序列与偶蹄目动物同源性较高。

ESE在结合SR蛋白后能够调控附近的剪接位点进行选择性剪接,继而决定mRNA形成的蛋白质功能[24]。Exon 11中较显著的ESE序列表明外显子的跳跃可能是ESE功能异常引起的[25],但多个物种INSR转录本均出现了Exon 11缺失,表明这种功能异常可能是系统性的。对ESE的预测无法解释Exon 15的部分缺失,暗示这种缺失是由其他机制造成的。值得注意的是,这些缺失导致了丝氨酸磷酸化位点的缺失,但没有对酪氨酸磷酸化位点产生影响。对蛋白功能域的分析表明,山羊INSR基因4个转录本的区别在第二个FN3功能域。FN3的主要功能是参与细胞表面结合[26]。这种造成蛋白活性中心改变的剪接模式可能对各剪接体功能产生影响[2, 21]

剪接可能会使功能性INSR数量的降低,导致其不能发挥正常功能[2]。对转录本表达量均值的分析发现,各转录本在E60、E105至B3的表达量是逐渐上升的。综合INSR对三大营养物质的合成代谢及成骨细胞影响的研究[4],这符合山羊胎儿期体重和体尺的发育规律[27]。此外,INSR1、INSR3和INSR4在E45时期的表达量均值高于其他3个时期,是否暗示胰岛素受体在胚胎期的表达量呈现出“下降-上升”的趋势,仍需进一步研究。

有研究依据Exon 11是否存在将INSR分为INSR-B型和INSR-A型,前者与胰岛素信号传导相关,后者则有利于细胞生长、增殖和存活[28-29]。与胰岛素信号传递相适应,INSR-B在胎儿肝中丰度较高[30];而INSR-A则在胎儿肌肉中优势表达[31]。本研究中,随着胎儿的发育,INSR-A的占比不断降低(图 7B)。INSR-A在成年个体组织中普遍存在,而INSR-B则主要分布在肝、肌肉、脂肪和肾等胰岛素代谢部位[32-35]。这与过去对骨骼肌发育的研究成果相吻合,即肌纤维数量的增加集中于妊娠前期至中期[36]。此外,INSR-B可抑制细胞增殖,这很好地解释了INSR-A在胎儿肌肉中的优势地位[37-38]。INSR-A是IGF-Ⅱ高亲和力受体,在胚胎形成和胎儿发育中可增强胰岛素样生长因子2(IGF-Ⅱ)的效应[39],但也有研究发现,胎牛主动脉平滑肌中缺乏INSR,表明INSR-A对IGF-Ⅱ功能的促进作用存在组织特异性[40]。还有研究发现,INSR可与多种跨膜受体结合形成杂合受体,继而表现出多样的配体结合特性[41-42]。尽管以往对INSR进行了大量的探索并取得了丰硕的成果,但全面而深刻地解析其功能仍需进一步研究。

4 结论

本研究获得了山羊INSR基因的4个可变剪接体在背最长肌中的表达模式,发现INSR基因核苷酸和氨基酸序列以及剪接模式在哺乳动物高度保守,为深入探讨INSR在动物肌肉发育中的调控作用奠定了基础。

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