畜牧兽医学报  2020, Vol. 51 Issue (2): 320-328. DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.02.013    PDF    
一株源于商品胎牛血清的BVDV-2型的分离鉴定及基因组序列分析
李艳萍1, 王立群1, 李慧霞1, 梁盼红1, 才学鹏1, 毛立2, 骆学农1     
1. 中国农业科学院兰州兽医研究所 家畜疫病病原生物学国家重点实验室, 兰州 730046;
2. 江苏省农业科学院兽医研究所 农业部兽用生物制品工程技术重点实验室, 南京 210014
摘要:牛病毒性腹泻病毒(BVDV)是引起牛病毒性腹泻/黏膜病的重要病原,也是牛血清及其制品污染中的常见病原体。本研究从商品化胎牛血清中分离到一株致细胞病变(CP)型BVDV(GS2018株),利用电镜观察、免疫荧光检测、分子鉴定、基因组测序及遗传进化分析对其进行鉴定。结果表明,GS2018株接种MDBK细胞后可见明显的细胞病变(CPE),培养第4天病毒滴度达1×106.2·0.1 mL-1。病毒粒子呈圆形,直径为50~60 nm,间接免疫荧光检测为阳性;其5'UTR扩增片段与BVDV-2相应序列高度相似,病毒基因组包含12 235个核苷酸(nt)。5'UTR、NproE2基因系统进化分析发现,GS2018株与美国BVDV-2 USMARC-60764分离株核苷酸一致性达98%,证明其属于CP型BVDV-2a亚型。但GS2018株在NS2/3区无核酸片段插入,这与大多数CP型BVDV-2明显不同,说明BVDV致细胞病变可能涉及更复杂的机制。
关键词BVDV-2    致细胞病变    基因组    遗传进化分析    
Identification and Complete Genome Sequencing Analysis of a Cytopathic BVDV-2 from Commercial Fetal Bovine Serum
LI Yanping1, WANG Liqun1, LI Huixia1, LIANG Panhong1, CAI Xuepeng1, MAO Li2, LUO Xuenong1     
1. State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730046, China;
2. Institute of Veterinary Medicine, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China
Abstract: Bovine viral diarrhea virus (BVDV) is an important pathogen causing bovine viral diarrhea/mucosal disease, and it is also the common source of contaminant in bovine serum and related biological products. In this study, a cytopathogenic (CP) type BVDV (GS2018 strain) was isolated from commercial FBS and identified by transmission electron microscopy (TEM), molecular identification, immunofluorescence assay, complete genome sequencing and genetic evolution analysis respectively. The results showed that MDBK cells presented obvious cytopathic effect (CPE) when inoculated with the BVDV GS2018 strain, and the virus titer was up to 106.2·0.1 mL-1. The purified virus was detected by transmission electron microscope (TEM), round-shaped virions were observed with the diameter ranging from 50 to 60 nm, and specific positive fluorescence signal was found clearly by immunofluorescence assay. Meanwhile, the complete genome of GS2018 was sequenced as 12 235 nucleotides (nt), and BLAST result of 5'UTR region revealed that the strain had high homology with the reference sequences of BVDV-2. The phylogenetic evolutionary analysis of 5'UTR, Npro and E2 genes showed that the GS2018 strain was classified into BVDV-2a subtype obviously, sharing the highest homology (up to 98%) with BVDV-2a representative strain USMARC-60764. Moreover, an interesting phenomenon was found that no nucleic acid fragment insertion was present in the NS2/3 region with further analysis of the genome, unlike most of CP type BVDV-2. The diversity of BVDV2 genome suggested that the mechanism of BVDV induced cytopathic effect is complicated and further research of genomic variation will contribute to answering this question.
Key words: BVDV-2    cytopathic effect    complete genome    phylogenetic evolution analysis    

牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)是感染牛的重要病原之一,能引起牛病毒性腹泻/黏膜病,给养牛业造成巨大的经济损失[1-2]。BVDV主要感染宿主的免疫细胞,引起宿主体内白细胞数量减少,产生免疫抑制,引起发热、腹泻、黏膜糜烂、繁殖障碍等症状[3-4]。除感染牛外,BVDV还能感染绵羊、山羊、猪、水牛及各种野生动物。Deregt等[5]已证实BVDV可在绵羊和牛之间跨种群传播,也有从麋鹿等野生反刍动物中分离到BVDV的报道[6]

BVDV属于黄病毒科(Flaviviridae)瘟病毒属(Pestivirus),是一种有囊膜的单股RNA病毒,基因组全长为12.3 kb左右,由5′非编码区(5′UTR)、3′非编码区(3′UTR)编码4种结构蛋白(C、E0、E1、E2)和7种非结构蛋白(Npro、P7、NS2/3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B)的开放阅读框构成[7-8]。BVDV自1946年由Olafson等首次报道以来,已在世界范围内广泛流行。我国于1980年在长春首次分离到BVDV-长春184V株[9],随后该病在国内多地暴发。根据BVDV基因组5′UTR差异,可将其分为3种基因型(genotype),即BVDV-1、BVDV-2和BVDV-3(Hobi样瘟病毒)。目前,BVDV-1已鉴定出至少22个基因亚型(1a~1v),BVDV-2则分为4个亚型(2a~2d),其中BVDV-1感染极为常见[10]。BVDV-2是20世纪80年代末在北美暴发的急性牛病毒性腹泻病时首次分离鉴定[11]。此后,在巴西、法国、德国、日本、比利时等地也相继报道了BVDV-2型毒株[12-13]。虽然我国于2009年首次分离到BVDV-2型毒株SD-06,并将其归为2a亚型[14]。但总体而言,BVDV-2在国内的报道较少。除基因组差异外,BVDV-2的致病力明显强于BVDV-1,通常引起严重的急性感染和出血综合征[15]。BVDV-3是近年来发现的一种感染牛的新的瘟病毒,与BVDV-1和BVDV-2一样,能导致呼吸道疾病、生殖障碍及持续性感染等[16-18]。此外,根据BVDV能否引起细胞病变(cytopathic effect, CPE),可将其分为致细胞病变(CP)和非致细胞病变(NCP)两种生物型。由此可见,BVDV不仅宿主范围广泛,而且具有遗传多样性,这对该病毒的鉴定与控制提出了很大的挑战。

随着养殖业集约化水平的不断提高和BVDV宿主谱的不断扩大,BVDV感染也越发普遍。而且,BVDV易通过牛血清污染各种生物制品,更加剧了该病毒的传播。Laassri等[19]采用PCR对17份不同厂家的FBS、4份马血清和2份牛胰蛋白酶进行了BVDV检测,结果所有FBS和1份牛源胰蛋白酶均呈阳性,并且均为BVDV-1型。在阿根廷,研究人员用PCR进行BVDV检测,发现20批次商品血清中只有2批含有BVDV,但使用高浓度血清培养细胞至少2周后,间接免疫荧光法检测病毒抗原,BVDV检出率则高达80%,表明大多数商用FBS都含有BVDV[20]。国内已有因使用犊牛血清而导致疫苗污染BVDV的报道[21]。本实验室在用南美进口的胎牛血清培养MDBK细胞的过程中,发现未接种任何病原的细胞出现了明显的细胞病变,而用同一血清培养的人结肠癌(LoVo)细胞则未出现任何病变,怀疑可能是血清污染的BVDV所致。本研究经一系列试验,从该进口血清中鉴定出一株CP型BVDV-2a亚型(GS2018株)。基因组序列比对分析发现,GS2018株的NS2/3区与NCP型BVDV-2相似,均无外源序列插入,说明BVDV CP型与NCP型的转换并非简单的NS2/3区序列的插入,可能涉及复杂的分子机制,需要进一步深入研究。

1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 细胞、主要试剂

MDBK细胞购自中国兽医药品监察所;胎牛血清(fetal bovine serum,FBS)来自进口产品;DMEM/High Glucose培养基及0.25%的胰蛋白酶(trypsin)购自Gibco公司;RNA提取试剂盒、一步法RT-PCR试剂盒、胶回收试剂盒、LA Tag酶均购自宝生物工程有限公司;鼠源BVDV-2单克隆抗体购自AHVLA公司;FITC标记的山羊抗鼠IgG购自美国Sigma公司。

1.1.2 主要仪器

CO2恒温培养箱(Thermo)、PCR仪(Bio-Rad)、凝胶成像系统(Bio-Rad)、电泳仪(Bio-Rad)、超速离心机(Beckman)、透射电镜(Hitachi)、倒置荧光显微镜(Leica)等。

1.2 方法 1.2.1 病毒分离培养

取疑似BVDV污染的FBS和另一来源FBS分别用于MDBK细胞的培养,2~3 d后观察细胞是否出现CPE。将出现CPE的细胞培养物反复冻融3次,于4 ℃ 10 000×g离心30 min,取上清液,用0.22 μm的滤膜过滤,于-80 ℃保存备用。

1.2.2 病毒噬斑纯化

将收集的病毒液10倍倍比稀释,接种12孔MDBK单层细胞,37 ℃吸附2 h后,弃病毒液,每孔加入1 mL 40~50 ℃的低熔点琼脂糖与培养液的混合物进行培养,待细胞出现明显的病变后,用10%甲醛固定1 h,加入结晶紫染色。挑取单个噬斑,置于无血清培养液中,反复冻融后接种细胞,至细胞病变完全时收集病毒液,测定病毒滴度。

1.2.3 病毒含量测定

将纯化的病毒液10倍倍比稀释后,100 μL·孔-1接种于MDBK细胞单层的96孔培养板中,每个稀释度设8个复孔,同时设阴性对照组,37 ℃吸附2 h,弃病毒液,PBS洗涤后加入维持液。逐日观察,记录每个稀释度出现病变的孔数,按Reed-Muench法计算病毒的TCID50

1.2.4 病毒的形态观察

收集的病毒液于4 ℃ 150 000 × g超速离心3 h,弃上清,用100 μL PBS悬浮沉淀,吸取10 μL悬液滴于电镜铜网上,室温吸附10 min。用3 μL 2%的磷钨酸钠溶液负染90 s,于透射电镜下观察。

1.2.5 间接免疫荧光试验

将MDBK细胞接种于24孔培养板中,待细胞铺满70%~80%孔时,每孔接种上述制备的病毒液20 μL,培养48 h后,吸弃培养液,加PBS洗涤3次后,用4%的多聚甲醛固定细胞30 min,1%的BSA室温封闭30 min,加入1:500倍稀释的鼠源BVDV单克隆抗体(抗NS2/3和E2),4 ℃孵育过夜,用PBS洗涤后再加入1:500倍稀释的FITC标记的山羊抗鼠IgG,37 ℃孵育2 h,PBS洗涤后置荧光显微镜下观察。

1.2.6 病毒的分子鉴定

分别提取试验组和对照组细胞培养物的总RNA,用瘟病毒5′UTR通用引物(324F: 5′-CATGCCCATAGTAGGAC-3′,326R: 5′-CCATGTGCCATGTACAG-3′)进行RT-PCR扩增[22]。反应体系: E-Mix 0.5 μL,2 × R-Mix buffer 10 μL,引物各0.5 μL,RNA 2 μL,DEPC H2O 6.5 μL。反应程序:45 ℃反转录30 min;95 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,54 ℃退火30 s,72 ℃延伸1 min,35次循环;72 ℃延伸5 min。PCR产物测序结果与GenBank下载的瘟病毒属3个种典型毒株的基因组5′UTR序列进行比对,并利用MEGA 7.0绘制系统进化树。

1.2.7 病毒基因组测序及分析

参照GenBank中BVDV-2(KT832817/USA)序列,设计覆盖基因组全长的7对引物(见表 1)。

表 1 BVDV-2基因组序列PCR扩增引物 Table 1 The primers for PCR amplification of BVDV-2 genome sequence

以病毒基因组RNA为模板,用上述7对引物分别进行RT-PCR扩增。利用DNASTAR分析7个片段的测序结果,并进行拼接。分别与BVDV-2参考毒株的5′UTR、NproE2基因进行序列比对,并用MEGA 7.0软件构建系统进化树。同时,分析GS2018株与其他参考毒株的NS2/3编码区序列。

2 结果 2.1 BVDV分离与鉴定

疑似BVDV污染的FBS接种MDBK细胞24 h后,部分细胞开始脱落、死亡,48 h后细胞大量脱落,呈明显拉网状。而对照组和用同一血清接种的LoVo细胞却未出现任何病变。因此,推测细胞病变可能是由FBS中污染的BVDV引起。病毒接种细胞3 d,结晶紫染色后肉眼可观察到透明、圆形、大小不一的噬斑。第4天病毒滴度达到峰值,其TCID50为1×106.2·0.1 mL-1

电镜观察发现,病毒接种细胞的培养物中出现圆形、直径50~60 nm有囊膜的病毒粒子,与BVDV病毒粒子形态及大小基本一致(图 1 A)。荧光显微镜下观察病毒接种细胞出现明显的绿色荧光(图 1 B,因未彩印在图中不显示绿色)。RT-PCR扩增出288 bp的5′UTR片段(图 1 C),经BLASTN比对发现,该序列与BVDV-2型的MS20、XJ-04、NewYork’93株的相似性为90.6%~98.2%,而与BVDV-1型(NADL和Osloss株)、CSFV (Brescia、C/HVRI、HCLV株)及BDV(X818和BD31株)的相似性均低于70%。系统进化树显示(图 1 D),所测序列与BVDV-2参考毒株处于同一分支,证明分离的病毒为BVDV-2。

A. BVDV电镜观察(标尺=200 nm);B.间接免疫荧光鉴定(标尺=200 μm);C. BVDV 5′UTR的RT-PCR扩增;D. GS2018 5′UTR序列遗传进化分析 A. Electron microscopic observation of BVDV (bar=200 nm); B. Indirect immunofluorescence detection (bar=200 μm); C. Identification of 5′UTR of BVDV by RT-PCR; D. Genetic evolution tree analysis of GS2018 5′UTR sequence 图 1 BVDV分离与鉴定 Fig. 1 Isolation and identification of BVDV
2.2 病毒基因组测序及分析 2.2.1 病毒系统进化分析

7段PCR产物测序拼接后,获得全长为12 235 bp的病毒基因组序列(命名为GS2018株,GenBank登录号:MN527354)。基于GS2018株基因组的5′UTR、NproE2构建的系统进化树(图 2)均表明,GS2018株属于BVDV-2a亚型,且与美国USMARC-60764株(GenBank登录号:KT832817.1)的亲缘关系最近,二者5′UTR、NproE2序列的相似性均在98.0%以上。这一结果与该进口血清的产地相一致。

图 2 5′UTR (A)、Npro (B)和E2 (C)基因序列系统进化分析 Fig. 2 Evolutionary tree analysis of 5′UTR (A), Npro (B) and E2 (C)
2.2.2 CP和NCP型BVDV NS2/3序列分析

与CP型和NCP型BVDV-2参考毒株NS2/3编码区氨基酸序列比对结果(图 3)表明,GS2018株的NS2/3区无外源片段插入,而大多数CP型毒株在NS2/3区均有104~131 aa不等的氨基酸序列插入,且插入序列中间部分相对保守。此外,属于CP型BVDV-2毒株的HB1511和XJ-04也没有外源序列插入。GS2018株与NCP型B9497株(USA)基因组序列相似性高达98.15%,在NS2/3区内仅有9个氨基酸差异,但二者却表现完全不同的致细胞病变。说明BVDV致细胞病变与其NS2/3编码区序列差异没有直接关系,可能涉及比较复杂的机制。

方框内为CP型BVDV-2参考毒株NS2/3区域内插入的氨基酸序列,插入部分最多为53637株(131 aa),最少为5912株(104 aa) The amino acid sequence inserted in the NS2/3 region of CP type BVDV-2 reference strain is shown in the box, the maximum of inserted part is 131 aa of 53637 strain and the minimum is 104 aa of 5912 strain 图 3 NS2/3区域氨基酸序列比对 Fig. 3 The amino acid sequence alignment in NS2/3 region
3 讨论

BVD是威胁牛群健康的重要疫病之一,对牛群繁殖力、呼吸和消化系统、产奶量等产生影响,进而影响畜牧业的发展。除危害动物健康以外,BVDV也是导致血清和疫苗等生物制品污染的一个重要病原。由于胎牛或犊牛血清是细胞培养中不可或缺的原料,如果血清被病毒污染,那么利用其通过细胞培养生产的疫苗或生物制品就会受到污染。目前,很多学者已对胎牛血清及细胞中的BVDV污染进行了研究[15, 23-25]。Xia等[26]研究了商品化FBS不同批次可能的瘟病毒污染,用qRT-PCR从10个供应商的33批FBS中均检测出BVDV。王竞晗等[27]采用套式RT-PCR对购买的一批进口FBS进行BVDV检测,鉴定出一株CP型BVDV FBS2014株。一般而言,商品化血清在销售前都应进行严格的病原检测,但由于污染病毒的滴度较低或所用方法的敏感性低,可能出现假阴性的结果。这些血清经适宜的宿主细胞培养传代后病毒的滴度逐渐增加,从而达到可检测的水平或出现细胞病变。Kozasa等[28]对各种FBS样品进行了质量检测,结果在49份FBS中,有28份(57.1%)用PCR检出了瘟病毒属基因,只有2个样本含有BVDV,而用中和试验却检测出了48份BVDV阳性样品。该研究结果说明,FBS中BVDV中和抗体的检测比核酸检测更敏感。本研究从进口血清中分离出BVDV,结合上述相关的文献报道,推测BVDV在血清中的污染可能普遍存在,只是有时病毒的含量低,现有的检测方法难以检出。因此,应引起相关部门、疫苗生产企业及科研人员的高度重视。同时,也提醒检疫部门和血清生产企业提高检测技术的敏感性,严格把控进口生物制品的安全质量监测,以防止国外病原通过血清、疫苗等生物制品输入国内。

目前,我国BVDV-2型的报道很少。本研究从进口FBS中分离的BVDV-2a型毒株,不但能在MDBK细胞中稳定增殖传代,而且表现明显的致细胞病变。大量研究表明,病毒基因组NS2/3编码区发生碱基替换、突变、序列缺失和插入时,可导致BVDV由NCP型转变为CP型[29-31]。Darweesh等[32]从13例患黏膜病死亡的PI犊牛分离的BVDV均属于2a亚型,且所有CP型BVDV均在NS2/3编码区有序列插入。此外,已有多个实验室利用构建的BVDV全长感染性cDNA克隆,阐明了CP型基因组NS2/3编码区的核苷酸序列的插入与其致细胞病变相关,如将插入片段与NCP型BVDV序列中相应部分进行替换或删除NS2/3编码区的插入序列,可导致NCP型BVDV的产生[33-34]。因此,病毒基因组NS2/3编码区是否有插入序列一度作为区分CP型和NCP型BVDV的主要指标。但目前的研究表明,也存在一些毒株没有序列插入但同样可引起细胞病变。本研究将GS2018株的基因组序列与GenBank中其他BVDV-2型参考毒株的NS2/3编码区进行氨基酸序列比对,发现有7株CP型BVDV-2在NS2/3区有104~131 aa不等的氨基酸序列的插入,同时也发现HB1511(GenBank登录号:KX096718.1)株和XJ-04株(GenBank登录号:ACQ83621.1)与本研究分离的毒株具有类似特征,即NS2/3编码区没有序列插入,但仍属于CP型毒株[35]。这说明BVDV-2的致细胞病变机制并非简单的序列插入,可能还与其他因素有关。因此,GS2018株的分离为今后深入研究其致细胞病变的分子机制提供了重要材料。

4 结论

从进口FBS中分离出CP型BVDV,推测血清中BVDV的污染可能比较普遍,只是多数情况下病毒拷贝数没有达到可检测水平。基因组序列分析表明,GS2018株属于国内报道较少,而广泛流行于南美洲的BVDV-2a亚型,且与美国USMARC-60764株亲缘关系最近,这与该血清来源相一致。与大多数CP型BVDV-2明显不同的是,GS2018株在NS2/3区域内没有序列插入,且与NCP型B9497株在NS2/3区仅有9个氨基酸的差异,提示BVDV致细胞病变分子机制的复杂性。

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