产志贺毒素大肠埃希菌(Shiga toxin-producing E. coli,STEC)是一类能产生志贺毒素,并引起人腹泻、出血性结肠炎以及溶血性尿毒综合征等疾病的食源性病原菌[1-2]。已知与人类食源性疾病相关的STEC血清型有200多种,其中以O157血清型为主[3]。近年来,由非O157 STEC感染的病例数量已有超过O157 STEC感染的趋势[4]。牛是STEC的天然宿主,也是STEC感染人类的主要来源[5]。虽然在人类感染STEC的治疗上不建议使用抗生素,但抗生素在养殖业上的应用,使STEC暴露于抗生素的选择压力之下从而产生了耐药性,甚至产生了多重耐药性[6],这种同时具有毒力和耐药性的菌株,对人类健康构成更严重的威胁。
目前,临床上最广泛使用的抗菌药物为β-内酰胺类,自2002年以来,已在食品动物上分离到越来越多的产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的肠杆菌科细菌,在全球引起了极大关注[7]。细菌对β-内酰胺类产生耐药的重要机制是产生ESBLs,ESBLs主要由质粒和染色体介导,能够通过接合、转化和转导等转移方式在自然界中传播耐药性[8]。目前已发现400多种ESBLs型别,其基因型和基因亚型因国家或地区的不同而存在差异[9]。ESBLs编码的基因家族主要有窄谱的TEM型和广谱的CTX-M型[10]。产ESBLs菌株可在动物和人之间相互传播[11-13],产ESBLs菌株的出现给兽医临床使用抗生素敲响警钟。随着新疆畜牧业的发展,有关新疆牛源STEC菌株的报道越来越多,而研究新疆牛源STEC菌株耐药性的报道罕见,因此本研究对2015—2017年新疆部分地区牛源STEC菌株的耐药性进行研究,为监测牛源STEC的耐药性提供数据支持,同时为临床合理用药提供参考。
1 材料与方法 1.1 菌株来源2015—2017年收集新疆博乐、伊犁、石河子、五家渠、昌吉及乌鲁木齐周边牛场肛拭子、新鲜粪便、料槽内饲料、水槽内饮水(地下水)和屠宰场胴体样品。肛拭子:用无菌棉签采集牛肛拭子,置于2 mL无菌营养肉汤;粪便:用无菌PE手套抓取新鲜牛粪中心,根据圈舍分组进行编号;饲料:每个牛场采集不同料槽内饲料,置于无菌自封袋;饮水:每个牛场采集不同水槽内饮水,置入无菌营养肉汤;胴体:取新鲜屠宰胴体拭子,置于2 mL无菌营养肉汤,低温运输并及时处理。样品共计1 459份,分离209株(非O157:H7)STEC(表 1)。
TSB、MH肉汤、MH培养基购自青岛海博生物科技有限公司。18种药敏片:氨苄西林(AMP)、阿莫西林-克拉维酸(AMC)、头孢噻肟(CTX)、头孢他啶(CAZ)、头孢吡肟(FEP)、哌拉西林-他唑巴坦(TZP)、氨苄西林-舒巴坦(SAM)、庆大霉素(GEN)、氨曲南(ATM)、阿米卡星(AMI)、左氧氟沙星(LVX)、环丙沙星(CIP)、四环素(TET)、磺胺甲基异恶唑(SXT)、氯霉素(CHL)、哌拉西林(PIP)、多黏菌素B(PB)、链霉素(STR)购自杭州滨和微生物试剂有限责任公司。E. coli ATCC 25922保存于本实验室。E. coli J53(NaN3抗性)作为接合试验受体菌(由军事兽医研究所惠赠)。头孢噻肟、头孢他啶药粉购自中国药品生物制品检定所。引物由上海生工生物工程有限责任公司合成。
1.3 实验动物雌性昆明鼠(18±2)g,购自新疆医科大学实验动物中心,SCXK(新)2018-0001。
1.4 大肠杆菌系统进化发育分群根据Clermont等[14]的方法对STEC分离株进行多重PCR检测,扩增chuA、yjaA、TspE4.C2、arpA和trpA基因,根据文献方法判定分群结果。
1.5 STEC毒力基因及致病性检测PCR检测209株STEC的stx1、stx2、eae和hly毒力基因[15-16]。选择代表性菌株进行小鼠致病性试验。50只小鼠随机分成5组,每组10只,饲养观察2 d。挑取纯化的单菌落接种于无菌EC肉汤中培养12 h,进行活菌计数,以无菌EC肉汤稀释细菌,调整细菌浓度为107~1011 CFU·mL-1。第3天采用腹腔注射的方法用稀释后的菌液分别接种于5组小鼠,0.3 mL·只-1。攻毒后正常饲养,观察记录发病死亡情况,采用改良寇氏法计算LD50。
1.6 药敏试验采用K-B法对STEC进行18种抗生素的药敏试验,将菌株接种于MH肉汤中,37 ℃培养12 h,调整菌液至0.5麦氏浊度,用无菌棉签均匀涂布于MH平板上,将药敏片贴于MH表面,37 ℃培养约16 h,用游标卡尺测量抑菌圈直径,参照CLSI标准判断结果[17],并记录数据。
1.7 产ESBLs菌株确认采用双纸片扩散法确认产ESBLs菌株。将CAZ和/或CTX耐药的受试菌株均匀涂布于MH琼脂平板,分别进行CAZ、CAZ/CAL和CTX、CTX/CAL两组药敏纸片试验,37 ℃培养约16 h,当CAZ和CTX中有任何一个,在加CAL后,抑菌环直径与不加CAL的抑菌环相比,增大值≥5 mm时,判定为产ESBLs。
1.8 ESBLs菌株耐药基因检测采用PCR方法检测ESBLs基因型,包括blaCTX-M-1、blaCTX-M-2、blaCTX-M-9、blaTEM和blaSHV[18],参照文献合成引物进行PCR检测,产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,阳性产物由上海生工生物有限公司测序,并进行BLAST比对分析,确定其耐药基因亚型。
1.9 接合转移试验将携带ESBLs基因的STEC作为供体菌,E. coli J53作为受体菌,通过滤过膜接合法进行接合试验,通过CAZ 4 μg·mL-1或CTX 4 μg·mL-1与NaN3 200 μg·mL-1的双抗TSA平板筛选接合子,对接合子进行耐药表型和ESBLs确认,并进行耐药基因检测。
2 结果 2.1 STEC系统发育分群0.96%(2/209)的STEC属于系统发育D群,此群与病原菌相关。94.74%(198/209)和2.39%(5/209)分别属于系统发育A群和E群。0.48%(1/209)和1.44%(3/209)分配至系统发育B1群和F群。与毒力相关的2株菌均来自肛拭子。
2.2 STEC毒力基因及致病性209株STEC中携带stx1(210 bp)菌株占31.58%(66/209),携带stx2(484 bp)菌株占27.27%(57/209),携带hly(319 bp)菌株占48.33%(101/209)(图 1),同时携带stx1和stx2菌株占41.15%(86/209),同时携带stx1、stx2和hly菌株占23.44%(49/209),未检测到eae基因(375 bp)。采用腹腔注射法将分离株W-R33(stx1+stx2,肛拭子),107~1011 CFU·mL-1接种小鼠。48 h后开始出现死亡,107和108 CFU·mL-1组小鼠全部耐过,109和1010 CFU·mL-1组部分小鼠耐过,1011 CFU·mL-1组小鼠全部死亡,根据改良寇氏法计算出LD50为1.8×1010 CFU。
209株STEC中24株(11.48%)表现为耐药菌株。AMP耐药性在牛场STEC分离株中相对普遍。经鉴定,9株(4.31%)多重耐药菌对3~11种抗生素具有耐药性,共显示9个不同的抗生素耐药谱,在多重耐药菌株中,最常见的耐药模式为CHL+ STR+TET,占总分离株的2.4%,其中有4株(1.91%)产ESBLs。
2.4 β-内酰胺酶基因检测对B-R14、C-R30、W-R33和U-R32进行CTX-M、TEM和SHV基因检测,结果blaTEM和blaCTX-M群扩增出目的片段(图 2),W-R33和U-R32为blaTEM阳性(861 bp),测序2株均携带TEM-1型基因;B-R14、C-R30和U-R32为blaCTX-M阳性(593 bp),U-R32同时携带blaTEM和blaCTX-M基因。4株菌呈blaCTX-M-1、blaCTX-M-2、blaCTX-M-9和blaSHV阴性。
以4株产ESBLs分离株(NaN3敏感)作为供体菌,以E. coli J53作为受体菌进行接合试验,通过双抗平板筛选分别获得W-R33和U-R32的阳性接合子tW-R33和tU-R32,接合转移发生率为50%。
药敏检测显示,经接合转移W-R33将AMP+CTX+GEN+STR+SXT+TET耐药性转移至E. coli J53,CHL+CIP+LVX耐药性未发生转移;U-R32将AMP+CTX+GEN+ LVX+PB+PIP+ STR+SXT+TET耐药性转移至E. coli J53,CHL+ CIP耐药性未发生转移。
对tW-R33和tU-R32进行β-内酰胺酶基因的检测结果显示,W-R33将携带的blaTEM转移至E. coli J53;U-R32将携带的blaTEM和blaCTX-M均转移至E. coli J53。
3 讨论近年来,非O157血清群STEC感染人类的报道越来越多,引起人们的广泛关注[19]。人类感染STEC主要通过直接或间接食用了被牛粪污染的肉类、牛奶、蔬菜、水果和水而发病[20],因此研究牛源STEC具有重要的公共卫生学意义。本研究在2015—2017年采集新疆部分地区牛源样品进行STEC分离鉴定,其中在肛拭子中STEC的分离率最高为19.7%(194/984),低于日本(28.1%)和加拿大(49.2%)牛源STEC的分离率[21-22]。值得注意的是,分布于饲料和饮水中的STEC可能成为其在牛场的扩散源头。
通常情况下,属于系统发育B2群和D群的大肠杆菌更可能具有致病性,而A群和B1群为非致病共生菌[23]。Alizade等[24]研究表明,来自健康牛的STEC主要属于A群和B1群,Kennedy等[25]研究表明,来自牛场多数多重耐药STEC主要属于A群和B1群。本研究中分离株W-R33属于A群,携带stx1和stx2,多重耐药且产ESBLs,对小鼠致病性不强。这些发现提示多重耐药STEC很可能是由非致病性大肠杆菌获得毒性和耐药性基因而形成的,导致多重耐药STEC污染食品。从牛场饮水中仅分离出一株对AMC和AMP耐药的A群STEC,而多重耐药的STEC均分离自肛拭子。令人担忧的是,一株D群与毒力相关的STEC对头孢菌素类耐药,成为毒力和耐药性共选择的证据。本研究未在胴体上获得耐药的STEC是值得庆幸的,但采集胴体样本量有限。
笔者发现新疆牛源STEC对更新的、更具临床重要性的抗生素(如氟喹诺酮和头孢菌素)开始出现耐药性。革兰阴性菌产生β-内酰胺酶是对头孢菌素类耐药的主要机制[22]。本研究首次在我国新疆牛源STEC菌株中鉴定了blaTEM和blaCTX-M。Kennedy等[25]之前从牛场和屠宰场的STEC中鉴定了blaTEM。blaCTX-M引物可扩增的亚型包括CTX-M-1~30,TOHO-1~3,FEC-1,UOE-1和UOE-2[18],blaCTX-M-1、blaCTX-M-2、blaCTX-M-9在人类和动物源产ESBLs菌株中较常见[13, 26],而在本研究中并未确定这三个亚型中的任何一种,尚需进一步鉴定。牛源STEC携带的blaTEM和blaCTX-M可以通过接合的方式在细菌间扩散。
本研究中24株耐药的STEC有6株对多黏菌素耐药。由于针对多重耐药的革兰阴性菌缺乏新型抗生素,导致多黏菌素作为最后一道防线被重新启用[27],细菌对黏菌素产生耐药性可能是细菌细胞外膜或外排泵/钾系统改变[27]。已鉴定MCR-1和MCR-2为质粒介导的多黏菌素耐药机制[28-29]。不是所有质粒都可以通过接合而发生转移[30],在本研究中证实黏菌素的耐药性可发生接合转移,关于多黏菌素耐药性的数据需谨慎对待。
4 结论通过对新疆不同地区牛源STEC的药物敏感性试验,初步分析新疆牛源STEC的耐药规律,对临床用药具有一定参考。同时通过对STEC中ESBLs基因的检测,发现ESBLs基因在牛源STEC中开始流行,且以blaTEM和blaCTX-M基因为主要基因型。
[1] | MUGHINI-GRAS L, VAN PELT W, VAN DER VOORT M, et al. Attribution of human infections with Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) to livestock sources and identification of source-specific risk factors, the Netherlands (2010-2014)[J]. Zoonoses Public Health, 2018, 65(1): e8–e22. DOI: 10.1111/zph.12403 |
[2] | ABDISSA R, HAILE W, FITE A T, et al. Prevalence of Escherichia coli O157:H7 in beef cattle at slaughter and beef carcasses at retail shops in Ethiopia[J]. BMC Infect Dis, 2017, 17: 277. DOI: 10.1186/s12879-017-2372-2 |
[3] | KARMAIL M A, MASCARENHAS M, SHEN S H, et al. Association of genomic O island 122 of Escherichia coli EDL 933 with verocytotoxin-producing Escherichia coli seropathotypes that are linked to epidemic and/or serious disease[J]. J Clin Microbiol, 2003, 41(11): 4930–4940. DOI: 10.1128/JCM.41.11.4930-4940.2003 |
[4] | GOULD L H, MODY R K, ONG K L, et al. Increased recognition of non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli infections in the United States during 2000-2010:epidemiologic features and comparison with E. coli O157 infections[J]. Foodborne Pathog Dis, 2013, 10(5): 453–460. DOI: 10.1089/fpd.2012.1401 |
[5] | BEUTIN L, FACH P. Detection of Shiga toxin-producing Escherichia coli from nonhuman sources and strain typing[J/OL]. Microbiol Spectr, 2014, 2(3): doi: 10.1128/microbiolspec.EHEC-0001-2013 [2019-02-06]. http://www.asmscience.org/content/journal/microbiolspec/10.1128/microbiolspec.EHEC-0001-2013. |
[6] | AMÉZQUITA-LÓPEZ B A, SOTO-BELTRÁN M, LEE B G, et al. Isolation, genotyping and antimicrobial resistance of Shiga toxin-producing Escherichia coli[J]. J Microbiol Immunol Infect, 2018, 51(4): 425–434. DOI: 10.1016/j.jmii.2017.07.004 |
[7] | KARIYAWASAM S, JOHNSON T J, NOLAN L K. Unique DNA sequences of avian pathogenic Escherichia coli isolates as determined by genomic suppression subtractive hybridization[J]. FEMS Microbiol Lett, 2006, 262(2): 193–200. DOI: 10.1111/fml.2006.262.issue-2 |
[8] | D'ANDREA M M, ARENA F, PALLECCHI L, et al. CTX-M-type β-lactamases: a successful story of antibiotic resistance[J]. Int J Med Microbiol, 2013, 303(6-7): 305–317. DOI: 10.1016/j.ijmm.2013.02.008 |
[9] | BUSH K, JACOBY G A, MEDEIROS A A. A functional classification scheme for β-lactamases and its correlation with molecular structure[J]. Antimicrob Agents Chemother, 1995, 39(6): 1211–1233. DOI: 10.1128/AAC.39.6.1211 |
[10] | THOMSON K S. Extended-spectrum-β-lactamase, AmpC, and Carbapenemase issues[J]. J Clin Microbiol, 2010, 48(4): 1019–1025. DOI: 10.1128/JCM.00219-10 |
[11] | JOUINI A, VINUÉ L, SLAMA K B, et al. Characterization of CTX-M and SHV extended-spectrum β-lactamases and associated resistance genes in Escherichia coli strains of food samples in Tunisia[J]. J Antimicrob Chemother, 2007, 60(5): 1137–1141. DOI: 10.1093/jac/dkm316 |
[12] | DIWAN V, CHANDRAN S P, TAMHANKAR A J, et al. Identification of extended-spectrum β-lactamase and quinolone resistance genes in Escherichia coli isolated from hospital wastewater from central India[J]. J Antimicrob Chemother, 2012, 67(4): 857–859. DOI: 10.1093/jac/dkr564 |
[13] | SMET A, MARTEL A, PERSOONS D, et al. Broad-spectrum β-lactamases among Enterobacteriaceae of animal origin:molecular aspects, mobility and impact on public health[J]. FEMS Microbiol Rev, 2010, 34(3): 295–316. DOI: 10.1111/j.1574-6976.2009.00198.x |
[14] | CLERMONT O, CHRISTENSON J K, DENAMUR E, et al. The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited:improvement of specificity and detection of new phylo-groups[J]. Environ Microbiol Rep, 2013, 5(1): 58–65. DOI: 10.1111/emi4.2013.5.issue-1 |
[15] |
赵志晶, 刘秀梅. 食品样品中大肠杆菌O157:H7复合PCR检测方法的研究[J]. 卫生研究, 2004, 33(6): 716–719.
ZHAO Z J, LIU X M. Multiplex PCR assay against E. coli O157 in foodstuffs[J]. Journal of Hygiene Research, 2004, 33(6): 716–719. DOI: 10.3969/j.issn.1000-8020.2004.06.019 (in Chinese) |
[16] |
叶青, 张雪寒, 何孔旺, 等. 牛源大肠杆菌O157:H7的分离及毒力基因鉴定[J]. 中国兽医学报, 2012, 32(8): 1148–1153.
YE Q, ZHANG X H, HE K W, et al. Isolation of Escherichia coli O157:H7 from cattle and detection of its virulence genes[J]. Chinese Journal of Veterinary Science, 2012, 32(8): 1148–1153. (in Chinese) |
[17] | Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; Twenty-third informational supplement[R]. PA: CLSI, 2013. |
[18] | TONG P P, SUN Y, JI X, et al. Characterization of antimicrobial resistance and extended-spectrum β-lactamase genes in Escherichia coli isolated from chickens[J]. Foodborne Pathog Dis, 2015, 12(4): 345–352. DOI: 10.1089/fpd.2014.1857 |
[19] | BREHONY C, CULLINAN J, CORMICAN M, et al. Shiga toxigenic Escherichia coli incidence is related to small area variation in cattle density in a region in Ireland[J]. Sci Total Environ, 2018, 637-638: 865–870. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2018.05.038 |
[20] | KINTZ E, BRAINARD J, HOOPER L, et al. Transmission pathways for sporadic Shiga-toxin producing E. coli infections: a systematic review and meta-analysis[J]. Int J Hyg Environ Health, 2016, 220(1): 57–67. |
[21] | NAKAMURA H, IGUCHI A, MAEHARA T, et al. Comparison of three molecular subtyping methods among O157 and non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli isolates from Japanese cattle[J]. Jpn J Infect Dis, 2017, 71(1): 45–50. |
[22] | PAQUETTE S J, STANFORD K, THOMAS J, et al. Quantitative surveillance of Shiga toxins 1 and 2, Escherichia coli O178 and O157 in feces of western-Canadian slaughter cattle enumerated by droplet digital PCR with a focus on seasonality and slaughterhouse location[J]. PLoS One, 2018, 13(4): e0195880. DOI: 10.1371/journal.pone.0195880 |
[23] | CLERMONT O, BONACORSI S, BINGEN E. Rapid and simple determination of the Escherichia coli phylogenetic group[J]. Appl Environ Microbiol, 2000, 66(10): 4555–4558. DOI: 10.1128/AEM.66.10.4555-4558.2000 |
[24] | ALIZADE H, GHANBARPOUR R, NEKOUBIN M. Phylogenetic of Shiga toxin -producing Escherichia coli and a typical enteropathogenic Escherichia coli strains isolated from human and cattle in Kerman, Iran[J]. Int J Entric Pathog, 2014, 2(1): e15195. |
[25] | KENNEDY C A, FANNING S, KARCZMARCZYK M, et al. Characterizing the multidrug resistance of non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli isolates from cattle farms and abattoirs[J]. Microb Drug Resist, 2017, 23(6): 781–790. DOI: 10.1089/mdr.2016.0082 |
[26] | YUAN L, LIU J H, HU G Z, et al. Molecular characterization of extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli isolates from chickens in Henan Province, China[J]. J Med Microbiol, 2009, 58: 1449–1453. DOI: 10.1099/jmm.0.012229-0 |
[27] | LANDERSDORFER C B, NATION R L. Colistin: how should it be dosed for the critically ill?[J]. Semin Respir Crit Care Med, 2015, 36(1): 126–135. DOI: 10.1055/s-00000075 |
[28] | LIU Y Y, WANG Y, WALSH T R, et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China: a microbiological and molecular biological study[J]. Lancet Infect Dis, 2016, 16(2): 161–168. DOI: 10.1016/S1473-3099(15)00424-7 |
[29] | XAVIER B B, LAMMENS C, RUHAL R, et al. Identification of a novel plasmid-mediated colistin-resistance gene, mcr-2, in Escherichia coli, Belgium, June 2016[J/OL]. Euro Surveill, 2016, 21(27): doi: 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.27.30280 [2019-02-06]. https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2016.21.27.30280. |
[30] | SMILLIE C, GARCILLÁN-BARCIA P, FRANCIA M V, et al. Mobility of plasmids[J]. Microbiol Mol Biol Rev, 2010, 74(3): 434–452. DOI: 10.1128/MMBR.00020-10 |