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牛欢, 冯静云, 黄建国, 张超群, 张露露, 王振英
小麦病程相关基因TaSec14的克隆及功能研究
生物技术通报, 2020, 36(6): 54-62

NIU Huan, FENG Jing-yun, HUANG Jian-guo, ZHANG Chao-qun, ZHANG Lu-lu, WANG Zhen-ying
Cloning and Functional Analysis of a Wheat Pathogenesis-Related Gene TaSec14
Biotechnology Bulletin, 2020, 36(6): 54-62

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收稿日期:2019-10-28

小麦病程相关基因TaSec14的克隆及功能研究
牛欢1, 冯静云1, 黄建国1, 张超群1, 张露露1, 王振英1     
1. 天津师范大学生命科学学院,天津 300387;
2. 天津市动植物抗性重点实验室,天津 300387
摘要:Sec14蛋白家族在植物中参与磷酸代谢、信号转导等基本生命过程。从感白粉病小麦品种京411中克隆到一个磷脂酰肌醇转运蛋白基因,其开放阅读框为1 212 bp,编码403个氨基酸,与二穗短柄草中磷脂酰肌醇转运蛋白PITP3(XP_010236107.1)有80.45%的同源性,含有SEC14保守结构域,命名为TaSec14 。接种白粉菌后,TaSec14 在京411及其近等基因系BJ-1中表达趋势一致,表达量均高于抗病小麦品种Brock。利用病毒介导的基因沉默技术敲减京411中的TaSec14 基因后,BSMV: TaSec14 叶片上白粉菌孢子的成功侵染率低于GKP Buffer对照组,而畸形率高于对照组,表明降低TaSec14 基因的表达能在一定程度上提高感病小麦京411对白粉菌的抗性。推测TaSec14 基因可能在小麦与白粉菌互作过程具有调控作用。
关键词小麦    TaSec14 基因    白粉病    VIGS    
Cloning and Functional Analysis of a Wheat Pathogenesis-Related Gene TaSec14
NIU Huan1, FENG Jing-yun1, HUANG Jian-guo1, ZHANG Chao-qun1, ZHANG Lu-lu1, WANG Zhen-ying1     
1. College of Life Sciences, Tianjin Normal University, Tianjin 300387;
2. Tianjin Key Laboratory of Animal and Plant Resistance, Tianjin Normal University, Tianjin 300387
Abstract: The Sec14 protein family in plants is involved in essential life processes such as phosphate metabolism and signal transduction.A phosphatidylinositol transporter gene was cloned from the powdery mildew-susceptible wheat cultivar Jing411. The length of open reading frame is 1 212 bp, encoding 403 amino acids. It contains a conserved SEC14 domain and has 80.45% homology with the phosphatidylinositol transporter PITP3(XP_010236107.1)in Brachypodium distachyon, designated as TaSec14 . After inoculation with Blumeria graminis f. sp.tritici(Bgt)isolate, the expression of TaSec14 in Jing411 and its near isogenic line BJ-1 was consistent and higher than that in Brock. After knocking down the TaSec14 gene in Jing411 by virus-mediated gene silencing(VIGS), the successful infection rate of the Bgt conidiaspores in the BSMV: TaSec14 experimental group was lower than that in the GKP Buffer control group, and the deformity rate was higher than that of the control group. The above results indicated that reducing the expression of TaSec14 gene to some extent increased the resistance of susceptible wheat Jing411 to powdery mildew. It is speculated that TaSec14 gene may play a regulatory role in the interaction between wheat and powdery mildew.
Key words: wheat    TaSec14 gene    powdery mildew    VIGS    

小麦(Triticum aestivum L.)是世界上广泛种植的禾本科粮食作物之一,但各种病虫害的发生严重影响了小麦的产量,其中由布氏白粉菌(Blumeriagraminis f. sp. tritici)引起的小麦白粉病是危害严重的病害之一[1-2]

Sec14p是一种广泛存在于真核生物中的磷脂酰肌醇转运蛋白(Phosphatidylinositol transferproteins,PITPs) [3],最早在酿酒酵母(Saccharomycesi cerevisiae)中被发现[4],主要参与磷脂代谢和形成高尔基体分泌囊泡等过程[5-6]。最近发现,Sec14基因家族在植物响应逆境胁迫中发挥了重要的作用,Wang等[7]在拟南芥中过表达玉米Sec14p基因发现,转基因拟南芥的根长变短、种子萌发率下降,并且脯氨酸的积累减少,抗氧化酶活性下降,这一系列变化最终提高了转基因拟南芥对低温胁迫的耐受性。Kiełbowicz-Matuk等[8]在抗旱大麦中发现,HvSec14p蛋白能与大多数磷脂酰肌醇结合,且在渗透胁迫下转录水平明显增加。认为该蛋白可能通过参与细胞内磷脂酰肌醇的合成,增强抗旱大麦细胞膜的渗透能力。毛花英等[9]在甘蔗中克隆了Sec14基因,发现在聚乙二醇(Polyethylene glycol,PEG)、盐、CaCl2和水杨酸(Salicylic acid,SA)胁迫下ScSec14基因表达均上调,推测ScSec14可能参与了Ca2+和SA介导的信号通路从而响应逆境胁迫。苏世超等[10]发现TaSec14p-5基因在小麦孕穗期的不同组织中组成型表达,并受盐、脱落酸(Abscisic acid,ABA)、干旱及低温胁迫的诱导。有关Sec14基因参与植物与病原菌互作的研究仅在烟草(Nicotiana tabacumL.)中有过报道,Kiba等[11]发现烟草被青枯菌(Ralstonia solanacearum)侵染后,NbSec14基因的表达上调,而沉默NbSec14后烟草对青枯菌的抗性降低,推测该基因可能与植物防御反应有关。在随后的研究中还发现,NbSec14基因沉默植株中二酰甘油(Diacylglycerol,DAG)、磷脂酸(Phosphatidicacid,PA)的含量下降,磷脂酶C(Phospholipase C,PLC)、磷脂酶D(Phospholipase D,PLD)的活性降低;过表达NbSec14植株的DAG、PA含量上升,PLC、PLD活性升高。认为NbSec14蛋白可能通过参与磷脂代谢、调节磷脂酶活性,从而在烟草抗青枯菌的免疫反应中起重要作用[12]。目前,还未发现关于Sec14基因参与小麦与白粉菌互作过程的报道。

通过RNA-seq技术得到感病小麦品种京411中一段差异表达序列,根据该序列设计引物克隆了TaSec14基因。本研究利用生物信息学技术,分析TaSec14的基因结构和与其他物种Sec14的同源性。利用实时荧光定量PCR技术和VIGS技术分别分析TaSec14基因在不同抗性品种小麦接种白粉菌后的表达模式,以及降低该基因表达后感病小麦京411的抗病性变化,从而探究TaSec14基因在小麦与白粉菌互作过程中的作用,并为研究TaSec14基因功能提供理论支持。

1 材料与方法 1.1 材料

京411是半矮秆小麦品种,具有抗寒性强、分蘖力强、成穗率高等优点,是我国北部冬麦区高产广适育种的骨干亲本[13],苗期对白粉菌侵染的表型为高感[14]。Brock是对白粉病具有强抗性的小麦品种,作为抗病遗传资源从英国引进,可能携带Pm2基因[15-16]。本实验室在前期研究发现,Brock的Pm2可能已经丧失了对白粉病病原菌的抗性,在Brock小麦的3BL上可能携带一个新的抗白粉病基因[17]。京411×Brock抗白粉病近等基因系BJ-1,该材料是以感病品种小麦京411为轮回亲本,以抗病品种小麦Brock为抗病基因供体,通过杂交获得F1代。之后再与感病品种小麦京411进行连续回交6代,每一代都在白粉菌胁迫下选取抗病植株,最后再自交1代后获得[18]。所用菌种为白粉菌生理小种E09,由中国农业科学院植物保护研究所提供。病毒材料为大麦条纹花叶病毒(Barley Stripe MosaicVirus,BSMV)。

实验所用引物见表 1,由金唯智生物科技有限公司天津分公司合成。

表 1 引物序列
1.2 方法 1.2.1 小麦叶片cDNA和DNA的制备

根据Promega公司Eastep® Super Total RNA Extraction Kit中的方法提取京411品种小麦叶片总RNA,用1%琼脂糖凝胶电泳分析RNA完整性,Nanodrop1000紫外分光光度计检测RNA的浓度和质量。按照Promega公司M-MLV Reverse Transcriptase中体系以oligo(dT) 18作为反转录引物,京411品种小麦总RNA为模板合成cDNA。使用天根公司PlantGenomic DNA Kit中的方法提取京411小麦基因组DNA,用1%琼脂糖凝胶电泳分析样品完整性。

1.2.2 TaSec14基因的克隆及序列分析

根据RNASeq结果设计引物SecCDS-F/R,以京411小麦cDNA为模板,扩增差异表达序列。体系为:5×PSGXLBuffer 5 μL,dNTP 2 μL,SecCDS-F 0.5 μL,SecCDS-R 0.5 μL,cDNA 0.25 μL,Prime STAR GXL0.5 μL,灭菌水15.5 μL。反应程序为:94℃ 5 min;35个循环:98℃ 10 s,58℃ 15 s,68℃ 1 min 15 s;68℃ 7 min;4℃保存。回收目的基因并和pGEM-TEasy构建重组载体后送公司测序。将测序结果上传至NCBI中的保守结构域数据库(Conserved domaindatabase,CDD)分析其结构域。将基因序列上传至NCBI GeneBank进行Blastx比对,查找与其相似度高的基因。再利用DNAMAN软件将该基因的氨基酸序列与其他物种氨基酸序列进行比对,通过MEGA软件构建系统进化树,分析其同源性。

根据cDNA序列设计DNA扩增引物SecFlthF/R,以京411的DNA为模板进行扩增。体系为:5×PSGXL Buffer 5 μL,dNTP 2 μL,SecFlth-F 0.5μL,SecFlth-R 0.5 μL,DNA 1 μL,Prime STAR GXL 0.5μL,灭菌水15.5 μL。反应程序为:94℃ 5 min;35个循环:98℃ 10 s,58℃ 15 s,68℃ 2 min;68℃ 7min;4℃保存。按照与cDNA相同的方式测得目的基因的DNA序列,并用IBS 1.0.2软件绘制基因结构示意图。

1.2.3 TaSec14基因在白粉菌胁迫下的表达模式分析

京411、BJ-1和Brock幼苗长至一叶一心期时,采用抖佛法将新鲜的白粉菌孢子均匀接种于小麦第一叶表面。分别对接种不同时间点(0、2、4、8、12、24和48 h)的不同品种小麦第一叶进行取材,剪取叶尖1/3部位3 cm,放于灭菌且经液氮低温处理过的2 mL EP管中,-80℃超低温冰箱保存。按照1.2.1中的方法获得小麦cDNA,并根据cDNA非保守区域序列设计引物SecQ-F/R,以小麦TaActin基因为内参,根据上海罗氏制药有限公司Fast StartUniversal SYBR Green Master(ROX)设计实时荧光定量PCR反应体系:SYBR Green Mix 10 μL,cDNA1 μL,SecQ-F 1 μL,SecQ-R 1 μL,无菌水7 μL。每个样品设置3个生物学重复。利用7500 Fast RealTime PCR System进行扩增,程序为:50℃ 2 min;40个循环:95℃ 10 min,95℃ 15 s,58℃ 30 s。反应完成后进行溶解曲线分析,以确定引物的特异性。将样品扩增的Ct值进行汇总,采用2-ΔΔCt法计算基因的相对表达量,将3个重复得到的相对表达量数据计算平均值作为最终结果,并用Origin 9软件绘制TaSec14基因的相对表达量图。

1.2.4 TaSec14基因的VIGS分析

根据TaSec14基因非保守区序列设计特异性沉默引物SecV-F/R,以感病小麦京411的cDNA为模板扩增沉默片段。使用1%琼脂糖凝胶电泳对PCR产物进行分析,回收沉默片段后与BSMVγ:载体骨架构建重组载体BSMVγ: TaSec14

提取含有病毒载体的质粒BSMVα、BSMVβ、BSMVγ: GFP、BSMVγ: PDS以及BSMγ: TaSec14,经线性化、酚仿抽提纯化后,参照普洛麦格公司RiboMAX TM Large Scale RNA Production System-T7试剂盒对BSMV病毒进行体外转录,获得病毒RNA。配制摩擦接种工作液:混合BSMVα、BSMVβ、BSMVγ: GFP各组分RNA作为BSMV: GFP阳性对照组;混合BSMVα、BSMVβ、BSMVγ: PDS各组分RNA作为BSMV: PDS阳性对照组;混合BSMVα、BSMVβ、BSMVγ: TaSec14各组分RNA作为BSMV: TaSec14实验组。等体积混合灭活的DEPC水和GKP Buffer作为空白对照组。待感病小麦京411长到第二叶完全展开时,将工作液以8 μL每份的剂量摩擦接种至叶片上。

1.2.5 TaSec14基因沉默效率验证

首先对沉默体系的有效性进行检验,由于PDS基因是高等植物合成类胡萝卜素的关键基因,该基因的缺失将导致植株叶片白化,故对摩擦接种后BSMV: PDS对照组叶片的白化情况进行观察,验证沉默体系的有效性。待GKP Buffer对照组、BSMV: GFP对照组和BSMV: TaSec14实验组植株第三叶完全展开时,按照1.2.3中的方法接种白粉菌,并分别对接菌0 h和4 h各组植株的第三叶进行取材。按照1.2.3方法提取各样品总RNA后反转录成cDNA,每个样品进行3个生物学重复,利用实时荧光定量PCR技术和2-ΔΔCt法得到各组植株叶片TaSec14基因的表达量,将3个重复样品得到的相对表达量求均值后计算TaSec14基因的沉默效率,计算方法为:

TaSec14基因的沉默效率=(1-BSMV: TaSec14实验组中TaSec14基因的表达量/GKP Buffer对照组中TaSec14基因的表达量)×100%

之后采用t检验法检测实验组与对照组的差异情况,将TaSec14基因的相对表达量和差异情况利用Origin 9软件绘图。

1.2.6 TaSec14基因后的白粉菌细胞形态学观察和统计分析

按照1.2.3取材方法,对接种白粉菌2 d、3 d和7 d的GKP Buffer对照组、BSMV: GFP对照组和BSMV: TaSec14实验组植株第三叶进行取材。经脱色固定、考马斯亮蓝R-250染色后,用共聚焦显微镜观察叶片上白粉菌孢子的发育情况。统计接种白粉菌24 h后BSMV: GFP对照组和BSMV: TaSec14实验组植株叶片上的白粉菌分生孢子、喙型附着胞和畸形附着胞(分瓣型和纤细型)数目,每个样品的白粉菌数目统计3次求平均值作为样本值。根据公式计算白粉菌的成功侵染率和畸形比率,分析基因沉默后小麦对白粉菌抗性的变化。

计算方法为:

白粉菌孢子成功侵染率=喙型附着胞/(喙型附着胞+畸形附着胞+分生孢子)×100%;白粉菌畸形孢比率=畸形附着胞/(喙型附着胞+畸形孢+分生孢子)×100%。

2 结果 2.1 TaSec14基因的生物信息学分析

克隆得到该基因的cDNA全长序列(1 564 bp)和DNA全长序列(2 186 bp),利用APE软件预测其开放阅读框为1 212 bp,编码403个氨基酸,如图 1所示。利用IBS 1.0.2软件绘制基因结构示意图,该目的基因含有两个主要的结构域,即结合脂质的CRAL_TRIO_N结构域和具有磷脂酰肌醇转运功能的SEC14结构域(图 2-A),该基因包括5个外显子和4和内含子,呈间隔排布(图 2-B)。

图 1 TaSec14基因序列信息
A:TaSec14蛋白的保守结构域,数字表示结构域的边界;B:TaSec14基因DNA结构示意图,数字表示外显子大小 图 2 TaSec14基因结构示意图

Blastx比对结果显示该基因与二穗短柄草(Brachypodium distachyon,Bd)、玉米(Zea mays,Zm)、水稻(Oryza sativa,Os)、黍(Panicum hallii,Ph)、枣(Ziziphus jujuba,Zj)、蓖麻(Ricinus communis,Rc)和可可(Theobroma cacao,Tc)中Sec14蛋白家族的相似性较高,分别为80.45%、76.75%、72.38%、68.67%、67.31%、65.80%和61.96%。利用DNAMAN软件将该基因的氨基酸序列与其他7个物种氨基酸序列进行比对分析,结果如图 3所示,几个物种Sec14结构域部分的相似性高,说明其具有较高的保守性。系统进化树分析表明该基因编码的蛋白与多个物种中的SEC14蛋白有亲缘关系,且与二穗短柄草PITP3蛋白(XP_010236107.1)的亲缘关系最为接近(图 4),说明其属于Sec14蛋白家族,故将该基因命名为TaSec14

图 3 TaSec14同源序列比对结果
图 4 TaSec14系统进化树分析结果
2.2 白粉菌胁迫下TaSec14基因的表达模式分析

以小麦TaActin作为内参基因,分析接种白粉菌后3个小麦品种中TaSec14基因的表达模式(图 5)。发现在感病小麦京411中TaSec14基因的本底表达量最高,接种白粉菌之后表达量上升,在8 h达到一个高峰,之后开始下降,24 h再次达到高峰,之后再次下降。在抗病小麦BJ-1中,TaSec14表达量在接种白粉菌后开始上升,4 h达到高峰,之后开始下降,12 h后再次升高。在抗病小麦Brock中,峰值,之后开始下降,在24 h后又有小幅上升。在感病小麦京411及其近等基因系BJ-1中,TaSec14基因的表达量一直高于抗病小麦Brock,并且在近等基因系BJ-1中的表达趋势也和轮回亲本京411相似。

图 5 TaSec14基因在白粉菌侵染下的表达模式分析
2.3 TaSec14基因沉默体系构建

利 用 特 异 性 沉 默 引 物 SecV-F/R 扩增 TaSec14基 因 片 段,然 后 与 BSMVγ∶ 载 体 骨 架 构 建BSMVγ∶ TaSec14 重组载体。待各组植株第三叶完全展开后,对其进行摩擦接种。图 6是各组叶片的表型观察结果,BSMV∶ PDS 对照组的叶片白化明显,说明 PDS 基因被有效沉默,体系构建成功。

A:GKP Buffer对照组;B:BSMVγ: GFP对照组;C:BSMVγ: PDS对照组;D:BSMVγ: TaSec14实验组 图 6 TaSec14基因沉默后各组植株叶片的表型观察结果

实时荧光定量PCR检测各组TaSec14基因转录水平变化,结果如图 7所示,发现与对照组相比,接种病毒RNA后,实验组TaSec14的表达水平在0 h时的沉默效率为85%,在4 h时的沉默效率为90.5%,并且t检验结果表明实验组中TaSec14基因的表达量与对照组的差异均达到极显著水平,说明小麦内源基因TaSec14的表达被有效抑制。

*和**分别表示差异显著(P<0.05)和极显著(P<0.01) 图 7 TaSec14基因沉默效率验证
2.4 TaSec14基因敲减后影响白粉菌孢子发育

对基因敲减后感病小麦京411接种新鲜的白粉菌孢子,观察接种2 d、3 d和7 d后各组小麦植株的第3叶,统计叶片上白粉菌孢子的生长发育情况,图 8是接种白粉菌孢子不同时间后细胞生长发育情况。接种白粉菌2 d后,BSMV: TaSec14实验组叶片上多数为未侵染成功的畸形附着孢,仅可以看到少量的喙型附着胞(图 8-C),而在GKP Buffer对照组(图 8-A)和BSMV: GFP对照组中,已经出现了初级菌丝(图 8-B);接种白粉菌3 d后,BSMV: TaSec14实验组中才出现初级菌丝(图 8-F),而在另两个对照组中菌丝已经伸长,个别视野下还发现了念珠状的孢子(图 8-D-E);接种白粉菌7 d后,两个对照组中均出现了大量的念珠状孢子和遍布视野的次级菌丝(图 8-G、H),而这时BSMV: TaSec14实验组才开始有次级菌丝形成,没有观察到念珠状孢子(图 8-I)。

* 和 ** 分别表示差异显著( P<0.05)和极显著( P<0.01) 图 8 白粉菌胁迫下各实验组的白粉菌细胞形态学观察

对每个样品叶片上白粉菌孢子数目进行统计3次,求平均值作为样本值。根据1.2.6中公式计算接种白粉菌24 h之后GKP Buffer对照组和BSMV: TaSec14实验组上白粉菌孢子的成功侵染率和畸形率,结果如图 9所示。BSMV: TaSec14实验组白粉菌的成功侵染率为35.92%,略低于GKP Buffer对照组的39.31%,白粉菌孢子的畸形率为11.27%明显高于对照组的4.05%,并且BSMV: TaSec14实验组中白粉菌孢子的侵染率和畸形率与GKP Buffer对照组相比,差异均达到了显著。以上结果表明,降低TaSec14基因的表达导致感病小麦京411对白粉菌抗性的增加。

*和**分别表示差异显著(P<0.05)和极显著(P<0.01) 图 9 白粉菌细胞形态学统计
3 讨论 3.1 TaSec14属于磷脂酰肌醇转运蛋白

Sec14结构域是一种高度保守且古老的脂质结合结构域,由酵母(Saccharomyces cerevisiae)Sec14p进化而来,在亚细胞器和细胞运输中执行复杂的调节功能[19]Sec14基因家族编码的蛋白参与植物非生物胁迫信号转导[20]、脂类的运输和代谢[21]、磷脂酶C调节的信号转导等生理过程[22]。本研究克隆了一个在感病小麦京411中特异表达的TaSec14基因,含有典型的SEC14保守结构域,属于磷脂酰肌醇转运蛋白家族的成员

3.2 敲减TaSec14基因改变京411对白粉菌的敏感性

SVIGS是一种基于RNAi的对植物特定内源基因进行沉默实验的技术[23]。由于植物体内存在能识别外源RNA并将其降解的免疫机制[24-25],该技术利用该免疫机制,向植物体内转化人工改造的病毒载体,完成对基因的沉默。利用VIGS技术敲减京411中的TaSec14基因后,发现接种白粉菌24 h后BSMV: TaSec14实验组的白粉菌孢子成功侵染率低于GKP Buffer对照组,畸形率高于对照组。表明抑制TaSec14基因的表达能一定程度上提高感病小麦京411对白粉菌的抗性。

3.3 TaSec14基因在小麦与白粉菌互作中起到调控作用

本研究克隆的TaSec14基因属于 Sec14基因家族,在接种白粉菌后,TaSec14在感病小麦京411及其近等基因系BJ-1中的表达量一直高于抗病小麦Brock,降低京411中的TaSec14基因表达后,BSMV: TaSec14实验组白粉菌的成功侵染率低于GKP Buffer对照组,并且畸形率明显高于对照组,即降低内源TaSec14基因的表达能在一定程度上增加感病小麦京411抵御白粉菌侵染的能力。因此推测,TaSec14基因可能在小麦与白粉菌互作过程中起到一定的作用。Sec14蛋白家族可以介导磷脂酰肌醇的代谢并参与二酰甘油-蛋白激酶C(DiacylglycerolProtein kinase C,DAG-PKC)途径[26]。在最新的一项研究中发现[27],稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)的附着胞内存在一个组氨酸-天冬氨酸激酶Sln1膨压感受器,当Sln1感受到阈值范围内的膨压后,能通过PKC依赖性的途径发挥作用,磷酸化NADPH氧化酶或调控蛋白激酶A(Protein kinase A,PKA)途径,从而共同调节附着胞膨压和入侵栓的形成,参与水稻与稻瘟病菌的互作过程。由此发现,Sec14与Sln1都介导了PKC途径,参与了磷脂酰肌醇信号通路,且最终都影响了植物与病原菌的互作过程。我们推测,TaSec14蛋白也有可能通过PKC途径影响其他多元醇的合成,从而参与小麦与白粉病互作过程。本实验对TaSec14基因功能的分析可为 Sec14基因家族的研究提供新的依据。

4 结论

本研究克隆得到了普通小麦中的TaSec14基因,该基因含有典型的SEC14家族保守结构域。接种白粉菌后,感病小麦京411及其近等基因系BJ-1中TaSec14基因的表达量一直高于抗病亲本Brock,且在BJ-1中的表达趋势与轮回亲本京411趋同。通过VIGS技术敲减京411中的TaSec14基因发现,降低京411内源TaSec14基因的表达能在一定程度上增加其对白粉菌的抗性。推测TaSec14基因可能在小麦与白粉菌互作过程起到了调控作用。

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