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梅芬, 李瑞玮, 张娟娟, 左荣霞, 邹云莲, 沈涛, 撒亚莲
构建基于CRISPR/Cas9技术敲除ALOX5的质粒
生物技术通报, 2020, 36(3): 110-114

MEI Fen, LI Rui-wei, ZHANG Juan-juan, ZUO Rong-xia, ZOU Yun-lian, SHEN Tao, SA Ya-lian
Construction of Plasmids for Knocking out ALOX5 Gene Using CRISPR/Cas9 Technology
Biotechnology Bulletin, 2020, 36(3): 110-114

文章历史

收稿日期:2019-04-08

构建基于CRISPR/Cas9技术敲除ALOX5的质粒
梅芬1,2, 李瑞玮1,3, 张娟娟1, 左荣霞1, 邹云莲1, 沈涛1, 撒亚莲1     
1. 昆明理工大学附属医院 云南省第一人民医院临床基础医学研究所 云南省出生缺陷与遗传病研究重点实验室 云南省临床病毒学重点实验室,昆明 650032;
2. 华中科技大学同济医学院生殖医学中心(武汉同济生殖医学专科医院),武汉 430030;
3. 云南省第三人民医院生殖遗传科,昆明 650011
摘要:旨在利用CRISPR/Cas9技术构建敲除花生四烯5-脂氧合酶基因(Arachidonate 5-lipoxygenase gene,ALOX5)的重组质粒。设计合成3对靶向敲除ALOX5第六外显子的sgRNA,将其分别插入到CRISPR/Cas9质粒骨架pX458载体中,转化感受态大肠杆菌DH5α后挑取克隆,通过测序评估重组质粒是否构建成功。将构建好的重组质粒转染293T细胞,在荧光显微镜下观察转染效果,挑取转染成功的细胞,用试剂盒提取转染细胞基因组DNA,PCR扩增含敲除位点的DNA片段,用测序技术获得核苷酸序列,用DNAStar软件分析转染细胞中ALOX5基因敲除情况。测序结果表明2对双链sgRNA寡核苷酸已插入质粒,且序列正确,靶向ALOX5基因的重组质粒pX458-sgRNAs-ALOX5构建成功。其在293T细胞中的转染效率约为50%,用一代测序法未检测到sgRNAs的切割效果。初步表明利用CRISPR/Cas9技术成功构建靶向ALOX5基因的重组质粒pX458-sgRNAs-ALOX5。
关键词ALOX5    CRISPR/Cas9    基因敲除    构建    质粒    
Construction of Plasmids for Knocking out ALOX5 Gene Using CRISPR/Cas9 Technology
MEI Fen1,2, LI Rui-wei1,3, ZHANG Juan-juan1, ZUO Rong-xia1, ZOU Yun-lian1, SHEN Tao1, SA Ya-lian1     
1. Institute of Clinical and Basic Medical Sciences, The First People's Hospital of Yunnan Province(Yunnan Provincial Key Laboratory of Clinical Virology, Key Laboratory for Birth Defects and Genetic Diseases), Kunming 650032;
2. Center of Reproductive Medicine, Tongji Medical College(Reproduce Medicine Hospital of Tongji Medical College), Huazhong Science and Technological University, Wuhan 430030;
3. Department of Reproductive Genetics, The Third People's Hospital of Yunnan Province, Kunming 650011
Abstract: This work aims to construct the plasmids targeting for ALOX5 gene knockout by CRISPR/Cas9 technology. Three pairs of oligonucleotides sgRNAs targeting exon 6 of ALOX5 gene were designed, chemically synthesized, and inserted into linearized plasmids pX458, respectively. The recombinant plasmids pX458-sgRNAs-ALOX5 was then transformed into competent Escherichia coli DH5α. Whether or not recombinant plasmids were constructed successfully was evaluated by Sanger sequencing. The constructed recombinant plasmids were transfected into 293T cells, and the transfection efficiency was observed under fluorescence microscope. Then their genomic DNA derived from the successfully-transfected cells were extracted by the reagent kit. The DNA fragment with target gene knockout was amplified by PCR, the nucleotides were obtained by sequencing, and the knockout of ALOX5 gene in the transfected cells was analyzed by DNAStar software. The sequencing results revealed that 2 pairs of double stranded sgRNA oligodeoxynucleotides were successfully inserted into the plasmids with correct sequences, and the construction of recombinant plasmid pX458-sgRNAs-ALOX5 targeting ALOX5 gene was successful. The transfection efficiency of pX458-sgRNAs-ALOX5 in 293T was about 50%;however, cleaving effect was not detected by Sanger sequencing. In summary, the CRISPR/Cas9-based plasmids pX458-sgRNAs targeting the exon 6 of ALOX5 gene is successfully constructed.
Key words: ALOX5    CRISPR/Cas9    gene knock out    construction    plasmids    

花生四烯5-脂氧合酶基因(Arachidonate 5-lipoxygenase gene,ALOX5)编码产生含673个氨基酸的5-脂氧合酶(5- Lipoxygenase,5-LO)。5-LO是人体必需脂肪酸花生四烯(Arachidonic acid,AA)代谢途径中的关键酶之一,通过催化AA生成白三烯(Leukotrienes,LTs)[1]。Chen等[2-3]观察到ALOX5是建立BCR-ABL逆转录病毒介导的小鼠慢性髓系白血病(Chronic myeloid leukemia,CML)模型的必需基因,运用DNA微阵列与实时荧光定量PCR技术检测到Alox5在白血病干细胞(Leukem stem cell,LSCs)中的表达显著上调,并伴有5-LO代谢产物白三烯B4(Leukotriene B4,LTB4)血浆浓度的升高,且Alox5表达上调不受酪氨酸激酶抑制剂imatinib的影响。Roos等[4]在PML-RARa诱发的急性髓细胞白血病(Acute myeloid leukemia,AML)小鼠模型中观察到5-LO抑制剂CJ-13,610呈剂量依赖性地抑制LSCs的存活、增殖和自我更新。上述研究结果提示ALOX5及其产物5-LO在髓系白血病的发生发展中扮演着重要角色,有望成为髓系白血病的一个生物标志物或治疗靶点。但目前对其功能及作用机制尚未完全阐述清楚。

规律成簇间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)/ CRISPR相关蛋白9(CRISPR-associated protein 9,Cas9)技术是一类高效经济的基因编辑技术[5],而传统的基因编辑手段,例如:锌指核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFN)和类转录激活因子效应分子核酸酶(Transcriptionactivation-like effector nucleases,TALEN)因效率低、实验周期长及操作步骤繁琐等原因正逐渐被具有"魔剪"之称的CRISPR-Cas9技术所替代[6]。CRISPR/ Cas9技术可以对基因组特定位点/片段进行靶向编辑,包括缺失(Indel)、修复(Repair)和替换(Replacement)等进行基因敲除/插入;鉴于该技术在动物研究中已得到应用[7],而且在植物研究中也被涉及,为农业中的育种、培育等过程提供了新的技术与思路[8-9]。本文在CRISPR-Cas9骨架质粒pX458的基础上,建立敲除人源ALOX5基因的重组质粒,为后续基因功能及其机制研究奠定基础。

1 材料与方法 1.1 材料

本研究获得我院医学伦理委员会批准。pX458质粒来自于本研究所,长9.3 kb,携带氨苄抗性与GFP标签。293T细胞(人肾上皮细胞)系为本研究所冻存。DH5α感受态细胞、Loading Buffer、DNA marker、Gibco胎牛血清、BbS Ⅰ限制性内切酶、T7核酸内切酶、琼脂糖粉、质粒纯化试剂盒、T4连接酶、T4磷酸化酶(T4PNK)、无内毒素质粒大提试剂盒(离心柱型)、PBS缓冲液、高纯度质粒DNA小量试剂盒、转染试剂LipoFiterTM;DNA marker、成品LB培养基粉末、DMEM培养基、电泳所需试剂。

1.2 方法 1.2.1 sgRNA靶点选择及其寡核苷酸链的合成

从GenBank下载ALOX5基因序列(NG_011437)),基于美国杰克逊实验室(The Jackson Laboratory,www.jax.org)制备的ALOX5-/-小鼠是敲除ALOX5外显子6,本研究针对ALOX5外显子6在sgRNA设计网站设计3对sgRNA(表 1),由北京六合华大基因科技股份有限公司广州分公司合成。鉴定pX458-sgRNA重组质粒用U6通用引物进行测序,测序引物为F5′-atggactatcatatgcttaccgta-3′;R5′-atcaagtgtatcatatgcca -3′。

表 1 sgRNA靶点以及寡核苷酸序列
1.2.2 构建重组真核表达质粒pX458-sgRNA

分别将合成的6条单链寡核苷酸sgRNA经退火形成二聚体,用T4多聚核苷酸激酶将寡核苷酸退火产物双链sgRNA连接到经BbSⅠ酶切后的pX458载体中,再将连接产物转化到DH5α感受态中,摇菌过夜后,将其涂于含有氨苄抗性的平板上,次日挑取单克隆进行测序,明确二聚体sgRNA是否与载体pX458正确连接。

1.2.3 293 T细胞的培养、转染

将空载体以及构建的pX458-sgRNA重组质粒分别转染293T细胞,并在37℃、5%CO2培养箱中培养24-72 h,在倒置荧光显微镜下观察细胞转染情况。

1.2.4 提取转染细胞基因组DNA

用基因组DNA提取试剂盒提取转染细胞基因组DNA,核酸定量仪确定DNA的纯度与浓度,取1 μL用于琼脂糖凝胶电泳检测,其余保存于-80℃冰箱备用。

1.2.5 PCR扩增sgRNA靶点附近的核苷酸片段

PCR扩增引物为F5′-TGGGCTGAAGGACCTGAGT-3′,R5′-CCGCAATTCCTCCTCTGAT-3′;体系为20 μL,含2× Taq PCR MasterMix 10 μL,25 μmol/L上游、下游引物各0.25 μL,模板DNA 1 μL,扩增条件为95℃预变性5 min;95℃变性30 s,57℃退火45 s,72℃延伸60 s,32个循环;72℃充分延伸10 min,4℃保存。用PCR产物直接测序法验证pX458-sgRNAs对ALOX5基因的敲除效果。

1.2.6 统计学分析

数据以x±s表示,用EXCEL软件处理,用DNAStar软件对测序结果进行分析。

2 结果 2.1 pX458-sgRNA质粒的酶切

pX458质粒经过BbsⅠ酶切后,观察到酶切后pX458质粒的条带大小正确(图 1)。

M:Marker;1:未经酶切的PX458质粒;2:经过酶切的PX458质粒 图 1 pX458质粒酶切的琼脂糖凝胶图
2.2 pX458-sgRNA载体的构建

将sgRNA二聚体与酶切后pX458质粒连接,转化感受态细胞DH5α的菌落送铂尚生物技术有限公司测序,结果(图 2)显示gRNA-1、gRNA-2序列插入正确,提示二聚体sgRNA与pX458质粒成功连接,pX458-sgRNAs-ALOX5重组质粒构建成功。

A:gRNA-1正向测序;B:gRNA-1反向测序;C:gRNA-2正向测序;D:gRNA-2反向测序 图 2 pX458-sgRNA重组质粒的测序图
2.3 重组质粒转染的效果

在倒置荧光显微镜下观察到pX458-sgRNAs-ALOX5重组载体转染293T细胞后有绿色荧光(图 3),在转染24 h,将5个高倍镜视野中转染阳性细胞数量与接种细胞数量比较,转染阳性率约为50%。

2.4 一代测序法检测sgRNA的靶向敲除效果

PCR扩增产物直接测序法获取EXON 6 sgRNA靶点附近的核苷酸序列,与野生型基因组进行比对分析,未检测到EXON 6 sgRNA对目标基因组核苷酸序列发生切割。

3 讨论

在以逆转录病毒作为载体构建的BCR-ABL诱发小鼠CML模型中观察到,敲除ALOX5基因影响小鼠CML模型的建立,与其发挥清除白血病干细胞的作用有关[2]。在PML-RARa诱发小鼠AML模型中也观察到,5-LO在AML中扮演着重要角色[4]。但ALOX5基因及其编码产物5-LO在髓系白血病中的功能及其作用机制尚未阐述得十分清楚。

A:转染PX458-ALOX5重组质粒作为实验组;B:未转染重组质粒作为对照组(200倍) 图 3 荧光显微镜下观察转染293T细胞

ALOX5基因位于染色体10q11.2,由71 937个碱基对组成(NG_011437),有14个外显子和13个内含子,编码产生含673个氨基酸的5-脂氧合酶(5- Lipoxygenase,5-LO)。5-LO广泛存在于组织细胞中,主要在中性粒细胞、肥大细胞、树突状细胞、B淋巴细胞、单核细胞和巨噬细胞中表达[10]。5-LO在生理状态下表达量少,在病理情况时表达上调,并且与疾病的发生、发展有关[11]。已有研究表明,5-LO直接参与许多的肿瘤发生、发展,如肝癌、肺癌、前列腺癌及结肠癌[10-13]。研究提示5-LO与肿瘤的增殖、转移、侵袭、凋亡过程有关,参与了多个信号通路的调控,对多个基因如P53、血管内皮生长因子(Ascular endothelial growth factor,VEGF)等的表达起关键的调控作用[14]

在白血病中,5-LO抑制剂能抑制恶性血液肿瘤细胞系的增殖[15]。Rådmark等[16]报道,5-LO在HL-60、THP-1细胞中表达量与活性增加。Lo等[17]发现在矮小相关转录因子1(Runt related transcription factor 1,RUNX1/ETO,)即RE9a融合基因形成的小鼠AML模型中,通过微阵列与染色质免疫共沉淀-芯片(Chromatin immunoprecipitation-chip,ChIP-chip)技术分析发现Alox5是疾病相关的靶基因,且Alox5的表达水平显著上调。Woessner等[18]发现利用RNA干扰(RNA interference,RNAi)技术沉默ALOX5基因,再联合BCR-ABL蛋白的卷曲螺旋结构域突变体,粘蛋白1抑制剂GO-201,或自噬抑制剂氯喹均能有效清除人髓系白血病K562细胞中的LSCs、抑制K562细胞增殖以及促进细胞死亡。上述研究提示,ALOX5表达上调与髓系白血病密切相关,但机制尚不十分清楚。在BCR-ABL逆转录病毒介导的小鼠CML模型中证实,敲除ALOX5基因与清除LSCs有关。Roos等[4]报道,5-LO抑制剂CJ-13,610可抑制AML源LSCs的增殖能力,且与抑制剂浓度呈正相关,而对正常HSCs无明显影响。已有研究表明,Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路是髓系LSCs存活与自我更新所必需的,ALOX5调控β-catenin、转录因子GATA-1的表达[19-20],但对ALOX5基因的功能及作用机制了解甚少。雒钰杰等[21]通过构建pGenesil-1-shRNA-Alox5重组质粒,转染白血病细胞K562/ADM,利用慢病毒载体携带shRNA敲低ALOX5的表达后,检测到BCR-ABL在基因、蛋白水平的表达量显著降低、细胞凋亡率显著增加。

基于CRISPR/ Cas9技术能高效、经济地敲除/插入基因[22],本研究利用该技术将靶向人ALOX5基因第6外显子的sgRNA插入携带绿色荧光蛋白(GFP)标记的PX458[23],构建pX458-sgRNAs-ALOX5重组质粒。sgRNA的设计普遍共识是选择靶基因的第1、第2外显子区域,但基于ALOX5基因敲除(ALOX5-/-)小鼠是在第6外显子,本研究在ALOX5基因第6外显子区域选择sgRNA靶点。将3对sgRNA分别与pX458进行连接后,转化感受态细胞DH5α,测序提示2对sgRNA插入序列正确,将成功构建的重组质粒pX458-sgRNAs转染到293T细胞中24 h,在荧光显微镜下观察到转染成功的细胞有GFP表达,转染阳性率约为50%;但分析转染组细胞中sgRNA靶点附近的核苷酸序列,发现sgRNA对靶点附近核苷酸序列未发生切割;其原因可能是sgRNA脱靶;另外,可能与检测敲除效果的方法有关,用PCR扩增未经筛选的转染组来源的模板DNA,其含有未转染成功的细胞基因组,因而PCR扩增产物经一代测序法获取的核苷酸序列中,发现sgRNA切割的核苷酸序列的机率降低。

4 结论

本研究应用CRISPR/ Cas9技术成功构建敲除人源ALOX5基因第6外显子的重组质粒pX458-sgRNAs-ALOX5,为后续在白血病细胞系如K562、MEG-01、KA-1/A3中建立ALOX5基因敲除细胞模型奠定了理论基础和技术平台。

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