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徐秀倩, 吴小芹, 吴天宇, 曾梦嫚
林木根际细菌JYZ-SD5的促生抗逆性能及种类鉴定
生物技术通报, 2019, 35(3): 31-38

XU Xiu-qian, WU Xiao-qin, WU Tian-yu, ZENG Meng-man
Growth-promoting and Adverse-resistant Characteristics of JYZ-SD5, a Tree Rhizobacterium and Its Species Identification
Biotechnology Bulletin, 2019, 35(3): 31-38

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收稿日期:2018-09-18

林木根际细菌JYZ-SD5的促生抗逆性能及种类鉴定
徐秀倩, 吴小芹, 吴天宇, 曾梦嫚     
1. 南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京林业大学林学院,南京 210037;
2. 江苏省有害生物入侵预防与控制重点实验室,南京 210007
摘要:旨在探究林木根际细菌JYZ-SD5促生抗逆性能,以期揭示该菌在野外应用的价值。采用特定培养基定性检测该菌的固氮解磷解钾特性,测定该菌产IAA能力;平板对峙法检测菌株拮抗病原真菌活性;检测该菌重金属耐受性;将根际细菌JYZ-SD5施用于水杉盆栽幼苗,观测对水杉生长的影响;采用形态、生理生化测试及16S rRNA基因序列分析,对菌株JYZ-SD5进行种类鉴定。结果显示,菌株JYZ-SD5具有固氮、解磷、解钾的能力;不加色氨酸前提下产IAA量可达6.818 6 μg/mL;对链格孢(Alternaria sp.)、异色状拟盘多毛孢(Pestalotiopsis vesicolor)有一定拮抗活性,可产生蛋白酶和纤维素酶;对重金属Mn7+、Cr6+耐受性强,最高均可达400 mg/L;温室盆栽试验表明,根际细菌JYZ-SD5可提高水杉苗木叶绿素相对含量,对水杉株高和地径增长具有促进作用。结合形态学、生理生化和分子鉴定的方法初步确定该菌为拟蕈状芽孢杆菌(Bacillus paramycoides)。根际细菌JYZ-SD5具有良好的促生抗逆特性,具有成为新型生物菌肥的开发潜力和野外应用价值。
关键词根际细菌    促生特性    抗逆特性    种类鉴定    
Growth-promoting and Adverse-resistant Characteristics of JYZ-SD5, a Tree Rhizobacterium and Its Species Identification
XU Xiu-qian, WU Xiao-qin, WU Tian-yu, ZENG Meng-man     
1. Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China, College of Forestry, Nanjing Forestry University, Nanjing 210037;
2. Jiangsu Key Laboratory for Prevention and Management of Invasive Species, Nanjing 210007
Abstract: This work aims to explore the performance of promoting growth and stress resistance of JYZ-SD5, a tree rhizobacterium, and to reveal the value of this bacterium in the field. Specific culture medium was used to detect its ability of nitrogen fixation and decomposition of phosphorus and potassium, also to measure its capacity of producing IAA. Then plate confrontation was employed to check the antagonistic activity to pathogenic fungi, and growth was observed to determine its tolerance to heavy metals. Further, the tree rhizobacterium JYZ-SD5 was applied to the seedlings of Metasequoia glyptostroboides Hu et Cheng in plots to test its effects on the growth of the seedlings. Morphology observation, physiological and biochemical tests, and 16S rRNA gene sequence analysis were combined to identify the strain JYZ-SD5. Results showed that JYZ-SD5 had the ability of fixing nitrogen and decomposing phosphorus and potassium. The production of IAA without adding tryptophan reached 6.818 6 μg/mL. JYZ-SD5 presented the antagonistic activity to Alternaria sp and Pestalotiopsis vesicolor, and protease and cellulose were also detected. This strain also demonstrated strong tolerance to heavy metals Mn7+ and Cr6+, to the highest content of 400 mg/L. The greenhouse plot experiment revealed that JYZ-SD5 resulted in the increase of relative content of chlorophyll in the seedlings of M. glyptostroboides Hu et Cheng, and it promoted the growth and ground diameter of M.glyptostroboides Hu et Cheng. Finally, the rhizobacterium was identified as Bacillus paramycoides by morphological, physiological, biochemical, and molecular approaches. In sum, the rhizobacterium JYZ-SD5 shows favorable performance on promoting growth and stress resistance, and thus it has the potential to be a novel biological fertilizer and meets the requirement of applying it in field.
Key words: molecular identification    growth-promoting property    adverse-resistant characteristics    species identification    

土壤微生物群落丰富,各具有不同的生物学功能。植物根际促生菌(Plant growth promoting rhizobacteria,PGPR)生存于植物根际和根表[1],具有促进植物生长,拮抗病原微生物[2],提高植物抗性,修复土壤,维持土壤质量健康等功能[3-4]。如PGPR可在植物根际快速繁殖,固定大气中的氮素[5]、使植物充分利用土壤的养分,促进植物更好生长[6]。Liu等[7]从杨树根际筛选出一株荧光假单胞菌(Pseudomonads fluorescent)JW-JS1,可显著促进NL-895杨和美洲黑杨苗木的生长和营养元素含量的提高。宋芳旭等[8]发现根际细菌水拉恩氏菌(Rahnella aquatilis)JZ-GX1对杨树溃疡病菌金黄壳囊孢(Cytospora chrysosperma)的防效可达84%。部分芽孢杆菌属(Bacillus Cohn)还可提高植物对重金属的耐受性[9],Kuramshina等[10]发现用枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)内生菌株处理Sinapis alba种子可提高植物对镉和镍毒性作用的抵抗力,并减少地上部分的伤害表现。

在自然条件下PGPR对植物的有益功能是多方面相互作用的结果,然而目前关于PGPR的研究大多侧重于某个或某些生物学功能,对PGPR综合性能的研究相对较少。本实验室前期从杨树根际分离出一株具有解有机磷和产ACC脱氨酶特性的细菌菌株JYZ-SD5,初步研究表明其对杨树具有一定的促生作用。但关于该菌株更多的生物学功能并不十分清楚,其分类地位也不明确。为深入探讨和弄清该菌的潜在特性和应用价值,本研究进一步对该林木根际细菌JYZ-SD5的促生抗逆性能进行检测,同时展开林木温室促生试验,并确定其分类地位,以期为评估该林木根际细菌JYZ-SD5在野外试验中的应用价值提供参考依据。

1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 供试菌株

供试根际细菌:实验室前期从山东杨树根际分离出的细菌JYZ-SD5。供试林木病原菌:水杉赤枯病菌:细极链格孢(Alternaria tenuissima)、异角状拟盘多毛孢(Pestalotiopsis heterocornis);茶树纹叶枯病菌:山茶球座菌(Guignardia camelliae);茶树轮斑病菌:异色状拟盘多毛孢(Pestalotiopsis vesicolor);松枯梢病菌:松杉球壳孢(Sphaeropsis sapinea);杨树溃疡病菌:七叶树壳梭孢(Fusicoccus aesculi);银杏叶枯病菌:链格孢(Alternaria sp.)。所有菌株保存于南京林业大学森林病理学实验室。

1.1.2 植物材料

2年生水杉盆栽实生苗,基质选用南京林业大学北大山林木根际表层土。

1.1.3 供试培养基

牛肉膏蛋白胨(NA)培养基,蒙金娜培养基用于测定菌株溶解有机磷的能力[11],无氮培养基用于固氮能力定性测定[12],解钾能力检测培养基[13],纤维素刚果红培养基用于分解纤维素能力的测定[14]。蛋白质酶检测培养基[15],金氏培基B(King’S medium B,KB)用于菌株产IAA的测定[11]

1.2 方法 1.2.1 根际细菌JYZ-SD5固氮、解磷、解钾性能测定

(1)固氮特性检测:将供试菌株采用平板划线的方法接种在无氮培养基中,每个处理3次重复,置于28℃低温恒温培养箱(MIR-553,Japan),连续观察细菌的生长状况。(2)解有机磷特性检测:将供试菌株采用三点接菌的方法接种在解有机磷培养基中,每个处理重复3次,置于28℃培养箱中,连续观察菌落周围透明圈的有无。(3)解钾能力测定:将供试菌株采用液体培养的方法,接种到解钾检测液体培养基中,每个处理重复3次,置于28℃摇床培养,转速为200 r/min,培养数天后,用火焰分光光度计(FP6410,上海)检测细菌的解钾能力(解钾能力=×100%,P1为空白对照,P2为接菌处理)。

1.2.2 根际细菌JYZ-SD5产IAA能力检测

(1)定性检测:挑取单菌落接入金氏培基B中,恒温摇床(Multitron Standard,Switzerland)37℃培养24 h,用无菌枪头吸取1 mL菌液于无菌离心管中,加入4 mL Sackowcki’s显色剂之后迅速充分混合,室温下避光显色40 min,观察颜色变化。(2)定量检测:精确称取IAA10 mg,先用少量乙醇溶解,再用蒸馏水定容至100 mL(浓度为100 μg/mL),然后分别稀释成0、4、8、12、16、20、24 μg/mL,取各浓度1 mL,分别加入4 mL显色剂,40℃暗保温40 min,与OD535下测定OD值,绘制标准曲线。将培养的菌悬浮液和空白对照,离心10 min(10 000 r/min)后取上清液4 mL加入等量比色液,在黑暗中静置40 min,取出立即用HexIOS分光光度计(Lamnda365,Korea)测定OD535值,每个样品重复测3次,以加入比色液的空白对照调零,对比标准曲线计算该菌株分泌IAA量,连续测定7 d。

1.2.3 根际细菌JYZ-SD5拮抗林木病原菌活性测定

(1)平板拮抗:供试病原真菌接种于PDA培25℃养基中,每皿接种一块,重复3次,用接种环沾取液体摇培24 h后的菌液,在菌落两侧对称划线,放入培养箱培养,连续观测记录菌株的抑菌效果。(2)胞外代谢产物拮抗活性:获取供试菌发酵液,发酵液移入灭菌50 mL离心管中,10 000 r/mim,4℃离心10 min,取上清液,过细菌滤膜,得无菌胞外代谢产物。将无菌胞外代谢产物按0.5%的比例加入PDA培养基中,摇匀倒平板。将林木病原菌接种于平板中,重复3次,置于25℃培养箱中培养,观察该菌抑菌效果(抑菌率=(对照组菌落直径-处理组菌落直径)/对照组菌落直径×100%)。

1.2.4 根际细菌JYZ-SD5产纤维素酶、蛋白酶测定

(1)纤维素酶检测:将供试菌株采用三点接菌的方法接种在纤维素酶检测培养基中,每个处理重复3次,置于28℃培养箱中,连续观察菌落周围透明圈的有无。(2)蛋白酶检测:将供试菌株采用三点接菌的方法接种在蛋白酶检测培养基中,每个处理重复3次,置于28℃培养箱中,连续观察菌落周围透明圈的有无。

1.2.5 根际细菌JYZ-SD5的重金属耐受性测定

(1)配制NA培养基,分别添加KMnO4、NiCl2.6H2O、K2Cr2O7、CuSO4.5H2O。使Mn7+、Ni2+、Cr6+、Cu2+浓度梯度为5、10、15、20、30、40、50、80、100、200、300、400 mg/L(以纯Mn7+、Ni2+、Cr6+、Cu2+计),对照为纯培养基。将菌株接种于上述培养基中,放入培养箱中,24 h后进行观察。(2)不同重金属浓度胁迫下菌株JYZ-SD5生长曲线的测定:将菌株JYZ-SD5接种到不同重金属浓度的液体NB培养基中,用微生物全自动生长曲线分析仪(Bioscreen C,Finland),每隔2 h测定不同盐胁迫下的OD600值,并以时间为横坐标,OD600值为纵坐标绘制菌株JYZ-SD5的生长曲线。

1.2.6 根际细菌JYZ-SD5对水杉促生试验

用接种环挑取单菌落于含有50 mL NA液体培养基的100 mL三角瓶中,28℃、200 r/min振荡培养24 h。获得细菌发酵液,将上述发酵液稀释5倍,施用到2年生水杉盆栽苗中,每株施用50 mL稀释液(菌体量5×108 CFU/mL),对照组接种等量摇培24 h后的NA培养基。施菌后实生苗置于室外,在施菌后20 d、40 d后采用手持叶绿素仪(SPAD-502 plus,Japan KONICA MINOLTA制造公司)测定处理组和对照组相对叶绿素含量并测其苗高和地径。

1.2.7 根际细菌JYZ-SD5的鉴定

(1)菌体形态、特征观察及生理生化指标测定:参照《伯杰细菌鉴定手册》和《常见细菌系统鉴定手册》对菌株JYZ-SD5进行生理生化测定,描述菌落形态、特性。(2)16S rDNA基因序列分析及系统进化树:以提取的细菌总DNA为模板,用细菌16S rDNA的一对通用引物(上游引物27f(5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'),下游引物1492r(5'-TACGGCTACCTTGTTACGACTT-3')对细菌基因组DNA进行扩增。PCR反应体系:mix10 µL,上下游引物各1 µL,DNA模板1 µL,ddH2O 7 µL。PCR反应条件:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸1 min,33个循环;72℃延伸10 min。将获得的PCR产物于1%的琼脂糖凝胶中电泳,EB染色,紫外灯下拍照。有条带则将获得的PCR产物送南京金斯瑞生物技术公司纯化测序。所测得的16S rRNA与Ez Taxon和Gen Bank中的序列进行基因序列比对,用MEGA 8.0构建系统发育树。

1.2.8 数据处理

所测数据采用Excel 2013软件绘图,用prism cracked软件进行数据统计分析。

2 结果 2.1 根际细菌JYZ-SD5菌株的固氮、解磷和解钾特性

测定表明,根际细菌JYZ-SD5菌株在固氮培养基上可以生长(图 1-A),在解有机磷培养基上生长出现透明圈(图 1-B),说明该菌具有固氮、解有机磷的能力;同时在解钾能力检测中,发现对照组中钾含量为7.9 µg/mL,处理组中钾含量为11 µg/mL,比对照提高了2.1 µg/mL,菌株JYZ-SD5的解钾能力为39%(表 1)。

图 1 根际细菌JYZ-SD5菌株固氮(A)和解有机磷特性(B)检测
表 1 菌株JYZ-SD5解钾能力测定
2.2 根际细菌JYZ-SD5菌株产IAA能力

采用Salkowski比色法测定表明,在含有色氨酸培养液的比色反应中其颜色为淡红色,说明菌株JYZ-SD5具有一定产IAA的能力。采用标准IAA制作标准曲线定量分析,得出菌株JYZ-SD5培养1 d后在不含色氨酸的培养液中分泌的IAA浓度为3.938 5 μg/mL;在含L-色氨酸的培养液中IAA浓度达到7.152 0 μg/mL,且菌株JYZ-SD5在培养4 d后产IAA量达到最高。在不含色氨酸的培养液中分泌的IAA浓度最高为6.818 6 μg/mL;在含L-色氨酸的培养液中IAA浓度最高为12.199 6 μg/mL(图 2)。

图 2 根际细菌JYZ-SD5的IAA定量检测 A:IAA标准曲线;B:不同处理菌株JYZ-SD5产IAA量。图中不同小写字母表示处理间差异达显著水平(P < 0.05),下同
2.3 根际细菌JYZ-SD5菌株对几种林木病原真菌的拮抗活性

测定表明,该菌株胞外代谢产物对链格孢、七叶树壳梭孢、异色状拟盘多毛孢的抑菌效果较明显,其中对银杏叶枯病菌链格孢抑菌效果最大,抑菌率为20.22%(表 2)。菌株JYZ-SD5与供试林木病原真菌的平板对峙结果表明,该菌株对茶树轮斑病菌异色状拟盘多毛孢,链格孢,茶树云纹叶枯病菌山茶球座菌,水杉赤枯病菌细极链格孢的抑制效果较为明显(图 3)。

表 2 根际细菌JYZ-SD5胞外代谢产物对供试林木病原真菌的抑菌率
图 3 根际细菌JYZ-SD5与林木病原真菌拮抗效果 A:链格孢;B:细极链格孢;C:山茶球座菌;D:异色状拟盘多毛孢。其中,A1-D1为CK;A2-D2为接菌划线处理
2.4 根际细菌JYZ-SD5菌株的蛋白酶和纤维素酶活性

菌株JYZ-SD5在蛋白酶检测培养基、纤维素酶检测培养基上出现明显透明圈(图 4),表明该菌含有蛋白酶和纤维素水解酶,具有一定的水解蛋白质和分解纤维素的能力。

图 4 根际细菌JYZ-SD5蛋白酶(A)和纤维素酶(B)检测
2.5 根际细菌JYZ-SD5菌株的金属耐受性

该菌在Mn7+、Gr6+存在的供试浓度下均可以生长,耐受浓度最高均可达到400 mg/L,在Ni2+浓度为0-200 mg/L可以较好的生长,在Cu2+浓度为5 mg/L及以上时该菌无法生长。在Gr6+、Ni2+浓度不超过200 mg/L时,该菌与在正常生长条件下时相比无明显差异;在Mn7+存在的情况下,该菌达到稳定期的时间明显推迟,说明Mn7+的存在会抑制该菌的繁殖速度,且当Mn7+浓度在200-300 mg/L时,该菌前30 h生长较好,30 h以后菌体量突然减少,说明在200-300 mg/L浓度下,该菌的耐受性减弱,培养后期会出现大量菌体死亡的现象。综合来看,重金属浓度在0-200 mg/L之间时,该菌对重金属胁迫耐受能力为Ni2+ > Gr6+ > Mn7+ > Cu2+;当重金属浓度高于200 mg/L时,只能在Mn7+、Gr6+存在的情况下缓慢生长(表 3图 5)。

表 3 林木根际细菌JYZ-SD5菌株在不同重金属胁迫下24 h后的生长状况
图 5 根际细菌JYZ-SD5在不同重金属胁迫下的生长曲线(重金属单位(mg/L)) A:Mn;B:Cr;C:Ni
2.6 林木根际细菌JYZ-SD5对水杉的促生作用

施菌处理后,水杉实生苗的苗高和地径相对于对照组均有明显提高。施菌20 d后苗高和地径净增长量均提高了200%左右;施菌40 d后,水杉叶绿素相对含量相对于对照增加了37.8%,苗高和地径的净增长量分别提高了74%和88%,施菌处理和对照处理间存在显著性差异。说明接种根际细菌JYZ-SD5菌株对水杉的生长有显著的促进作用(图 6)。

图 6 根际细菌JYZ-SD5菌株对水杉的促生作用 A:叶绿素相对含量;B:株高生长量;C:地径生长量
2.7 林木根际细菌JYZ-SD5菌株鉴定 2.7.1 形态特征及生理生化特性

菌株JYZ-SD5在NA培养基上菌落为近圆形,边缘不整齐,乳白色,菌落中间无凸起,湿润、有光泽(图 7-A7-B)。菌体短杆状,无鞭毛,革兰氏阳性菌,在芽孢染色观察中可看到着绿色的芽孢,说明产芽孢(图 7-C)。

图 7 根际细菌JYZ-SD5在NA平板上培养24 h后的菌落形态(A、B)及革兰氏染色(C)、芽孢染色(D)结果

菌株JYZ-SD5在VP实验、甲基红实验、吲哚实验、硝酸还原实验中结果呈阳性,可以水解淀粉、明胶。接触酶和氧化酶实验结果为阳性,在糖、醇发酵实验中,葡萄糖产酸检验结果为阳性,苯丙氨酸脱氨酶、木糖、甘露醇检验结果呈阴性(表 4),结果与拟蕈状芽孢杆菌(Bacillus paramycoides)的特征基本相符。

表 4 JYZ-SD5菌株生理生化测定结果
2.7.2 16S rDNA序列分析及系统进化树

菌株JYZ-SD5的16S rDNA扩增产物,用1%琼脂糖凝胶进行电泳检测结果,在1 500 bp附近有一条明亮的PCR目的条带,且无其他非特异性条带。表明16S rDNA扩增获得的目的DNA片段可用于测序。经测序获得菌株JYZ-SD5的16S rDNA基因有1 420个碱基(GenBank登录号:MH894221)。

通过将菌株JYZ-SD5与Ez Taxon和GenBank中的序列进行基因序列比对,并将同源性最高、且已定名的模式菌的序列信息,通过MEGA8.0软件构建系统发育树(图 8),菌株JYZ-SD5与拟蕈状芽孢杆菌NH24A2模式菌株聚在一起,相似性达99%。根据系统发育树相似性分析,结合形态、生理生化特征比对,初步鉴定菌株JYZ-SD5为拟蕈状芽孢杆菌。

图 8 基于16S rRNA基因序列构建的JYZ-SD5菌株系统发育树
3 讨论

植物根际细菌一般通过提高植物对根际养分吸收、产生植物激素类物质等促进植物生长[16-17]。从研究结果看,林木根际细菌JYZ-SD5具有固氮、解有机磷和解钾的能力,具有较高的产IAA能力,不加色氨酸前体下产IAA量为6.818 6 μg/mL。Yasmi[18]等发现具有固氮、解磷和产IAA能力的两种细菌Exiguobacterium sp.和Stenotrophomonas sp.对卡琪花蒂玛(Labisia Pumila)有促生作用。本研究通过盆栽试验发现,林木根际细菌JYZ-SD5对水杉有很好的促生作用,能明显提高水杉的株高和地径,施菌40 d后,相对于对照组苗高和地径的净增长量分别提高了74%和88%。说明林木根际细菌JYZ-SD5存在某种促进植物生长的机制。结合其固氮、解磷、解钾,产IAA的能力分析,推测该根际细菌对水杉的促生机制可能是通过提高植物对土壤氮、磷、钾养分的吸收,同时产生一定的促生物质来实现。

研究证实,部分重金属耐受性较高的根际细菌,在重金属污染地区可修复被污染的土壤,提高植物在污染地区生长状况[19];如Krishnendu等[20]发现Enterobacter aerogenes K6菌株对Cd2+、Pb2+和As3+的耐受性高,并且在镉胁迫下施用该菌,水稻幼苗生长显著增强。本研究发现,根际细菌JYZ-SD5菌株具有良好的耐重金属的能力,对Mn7+、Gr6+的耐受性最高均可达400 mg/L,对重金属Ni2+的耐受最高也可达200 mg/L。并且林木根际细菌JYZ-SD5菌株可以产纤维素酶和蛋白酶,而蛋白酶和纤维素酶能够降解真菌细胞壁中的蛋白质和纤维素,破坏病菌菌丝,使病菌生长受到抑制[21];同时本实验也证明该根际细菌JYZ-SD5对链格孢的抑菌率可达20.22%,对其他林木病原菌也具有一定的抑菌效果。由此推测JYZ-SD5菌株在重金属污染地区及林木病害防治方面具有较好的应用价值。

林木根际细菌JYZ-SD5经鉴定为拟蕈状芽孢杆菌,属芽孢杆菌属。拟蕈状芽孢杆菌是Liu等[22]2017年通过多相分类学方法,依据表型和16S rRNA基因序列分析数据,认为其属于蜡状芽孢杆菌中的低dDDH和ANI值菌株,而重新被划分出的一个新种Bacillus paramycoides sp. nov. type strain NH24A2T,该新种的模式菌株来自海洋。而本研究中将来自林木根际的菌株JYZ-SD5鉴定为拟蕈状芽孢杆菌,这是该菌分离自陆地生态系统的首次报道。研究结果表明拟蕈状芽孢杆菌JYZ-SD具有较好的促生抗逆特性,具有作为一种新型的微生物菌株资源开发应用的潜力。

4 结论

本研究通过对菌株JYZ-SD5生物学特性进行检测,得到该菌具有固氮、解磷、解钾、产IAA能力,对林木生长具有明显促进作用,对某些林木病原真菌具有一定的拮抗效果,对Ni2+、Gr6+、Mn7+等重金属耐受性较高,并通过形态观察、生理生化特性分析、16S rDNA序列分析将菌株JYZ-SD5鉴定为拟蕈状芽孢杆菌。

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