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王静, 刘仑, 杨勇, 胡圣, 李立芹
烟草过氧化物酶基因NtPOD2的克隆及表达分析
生物技术通报, 2019, 35(12): 24-30

WANG Jing, LIU Lun, YANG Yong, HU Sheng, LI Li-qin
Cloning and Expression Analysis of Tobacco Peroxidase Gene NtPOD2
Biotechnology Bulletin, 2019, 35(12): 24-30

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收稿日期:2019-05-08

烟草过氧化物酶基因NtPOD2的克隆及表达分析
王静, 刘仑, 杨勇, 胡圣, 李立芹     
1. 四川农业大学作物科学国家级实验教学示范中心,成都 611130;
2. 四川农业大学农学院,成都 611130
摘要:过氧化物酶(Peroxidase,POD)存在于植物的各个器官,对植物生长发育以及逆境胁迫起着重要作用。为探究烟草中POD基因家族的功能,通过基因克隆方法,从普通烟草品种K326中克隆到一个过氧化物酶基因,该基因与绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformisPOD2具有99%同源性,故命名为NtPOD2。利用生物信息学分析来预测NtPOD2的结构,qRT-PCR技术来测定NtPOD2在不同组织中以及非生物逆境胁迫下的表达量。结果表明,该基因序列包含了一个897 bp的开放阅读框,编码由298个氨基酸残基,NtPOD2蛋白具有Ⅲ型过氧化物酶典型保守结构域。NtPOD2在根、茎、叶、花中都有表达,但在根中表达量最高,且能快速响应非生物胁迫诱导。NtPOD2可能参与了植物生长发育以及非生物逆境胁迫。
关键词烟草    NtPOD2    克隆    表达    
Cloning and Expression Analysis of Tobacco Peroxidase Gene NtPOD2
WANG Jing, LIU Lun, YANG Yong, HU Sheng, LI Li-qin     
1. Sichuan Agriculture University, National Experimental Teaching Demonstration Center of Crop Science, Chengdu 611130;
2. College of Agronomy, Sichuan Agriculture University, Chengdu 611130
Abstract: Peroxidase(POD)is widely present in various organs and different developmental stages of plants, and plays an important role in plant growth, development and coping with stress. In order to explore the function of POD gene family in tobacco, A peroxidase gene was cloned from the common tobacco K326 by gene cloning. The gene was 99% homologous of Nicotiana tomentosiformis POD2, thus it was named NtPOD2 gene. Bioinformatics analysis was used to predict the structure of the NtPOD2 gene, and qRT-PCR technique to determine the expression level of NtPOD2 in different tissues and abiotic stress. Results showed that the sequence contained an open reading frame(ORF)of 897 bp and encoded 298 amino acid residues, and NtPOD2 protein had a type Ⅲ peroxidase typical conserved domain. NtPOD2 gene was expressed in root, stem, leave and flower, but the highest expression in root, and rapidly responded to abiotic stress induction. This indicates that NtPOD2 may be involved in plant growth, development and abiotic stress.
Key words: tobacco    NtPOD2    cloning    expression    

植物在非生物胁迫和生物胁迫下会导致细胞活性氧(Reactive oxygen species,ROS)过量的积累,过量的ROS积累会非特异性的损害细胞组分,包括细胞核、核酸、蛋白质以及光合色素等,在生物体内抗氧化酶可以清除活性氧,维持细胞内ROS平衡,在抗氧化物酶中POD起着关键的作用[1]。在植物中广泛存在过氧化物酶,且具有多种功能[2]。过氧化物酶是多基因家族酶类,参与植物多种代谢途径,如植物的抗旱、抗盐、抗寒等多种抗逆功能[3-5]。烟草是中国非常重要的经济作物,烟草的产量与品质受到盐碱、冷害以及干旱等非生物胁迫的影响,因此在分子水平上研究POD对提高烟草非生物胁迫耐逆性具有重要意义。

POD是广泛存在于植物中的氧化还原酶,在植物生长发育和应激反应中发挥着重要的作用,是植物重要的保护酶类,最常见的是第Ⅲ类分泌过氧化物酶(Secretory peroxidase,POD),其功能是催化去除H2O2,参与木质部合成和降解、还原剂氧化和植物形态的形成,并参与环境胁迫相应[6-9]。目前,研究表明,POD家族基因与植物生长发育有关,如植物木质素聚合、栓化作用、细胞壁结构蛋白的交联等[10-11]。在许多植物中POD的作用都有过报道,而最主要的作用是利用H2O2为底物来参加各种还原物质的氧化。ROS是植物在胁迫刺激下产生的,并被POD还原为H2O和O2,因此POD是植物非生物胁迫下清除ROS的关键酶。Sierla等[12]研究表明,在植物胁迫下,POD活性增加,且参与了胁迫途径调控。Kumar等[13]和Neill等[14]研究表明,植物中的ROS可以被POD部分清除。目前,植物中POD基因研究取得了很大进展,在山楂、水稻、小麦等多种植物中成功克隆POD家族基因[15-17]。但植物中POD与ROS具体作用机制仍不明确。

本研究成功克隆到过氧化物酶家族基因NtPOD2,预测NtPOD2编码蛋白结构与功能,同时运用荧光定量测定NtPOD2在烟草各个组织中表达水平,以及在非生物胁迫处理下的表达模式,为进一步研究POD基因在烟草中与ROS作用机制提供科学依据。

1 材料与方法 1.1 材料

挑选饱满均一的普通烟草(K326)种子,消毒(75%乙醇和20%NaClO),反复用无菌水清洗,播种于MS培养基培养2周,取大小均匀的幼苗进行ABA、H2O2、干旱、低温、低钾及高盐胁迫处理,每项处理设置3次重复,分别在0、3、6、12和24 h共5个时间点整株取样。ABA与H2O2非生物胁迫具体处理方法参照张雪薇等[18]

1.2 方法 1.2.1 NtPOD2的克隆

用Primer 5.0软件设计NtPOD2引物NtPOD2-F和NtPOD2-R(表 1)。以烟草叶片为材料,提取RNA,按照反转录试剂盒步骤进行反转录合成cDNA,将cDNA稀释10倍进行PCR扩增,PCR反应程序为95℃ 5 min;95℃ 30 s,55℃ 30 s,72℃ 3 min,35个循环。1%琼脂糖凝胶电泳检测,回收目的片段,将其与pMD19-T载体连接,转化,在含有Kn的LB固体培养基进行涂板,过夜培养后,挑取3个单克隆菌落进行测序。

表 1 引物序列
1.2.2 生物信息学分析

参照王静等[19]方法进行NtPOD2的生物信息学分析。

1.2.3 烟草NtPOD2的表达分析

采用Primer 5.0设计荧光定量引物,烟草18SrRNA为内参,引物序列为18S-F和18S-R(表 1)。每个样品重复4次,结果分析参考王静等[19]方法。

1.2.4 构建过表达载体

重组克隆载体NtPOD2-pMD19-T与表达载体pBI121酶切反应,NtPOD2-pMD19-T进行37℃双酶切,酶切体系为10×T Buffer、1 µL;XbaⅠ 0.5 µL、SmaⅠ 0.5 µL、载体3 µL和ddH2O 5 µL。酶切过后产物与pBI121载体16℃连接过夜,连接后产物转化DH5α大肠杆菌感受态,在涂有Kn的LB培养基平板式上筛选,挑取单克隆菌株摇菌并送去测序公司进行测序,检测是否构建成功。

2 结果 2.1 NtPOD2的克隆

以烟草叶片cDNA为模板进行PCR扩增,获得一条大小为750-1 000 bp条带。经回收和测序,片段大小为897 bp(图 1)。

M:DL Marker 2 000 bp;1:NtPOD2 图 1 NtPOD2的克隆
2.2 NtPOD2-pBI121过表达载体的构建

通过对NtPOD2-pMD19-T质粒进行双酶切和测序,结果一致,目的片段大小为897 bp(图 2)。

M:DL Marker 2 000 bp;1:NtPOD2 图 2 NtPOD2-pBI121重组质粒酶切
2.3 NtPOD2蛋白序列生物学分析

对NtPOD2蛋白进行生物学分析,理化性质分析结果表明,NtPOD2蛋白分子量为32.55 kD,等电点为5.78,不稳定系数为37.72。疏水性分析结果显示该蛋白属于亲水性蛋白(图 3)。NCBI在线分析NtPOD2蛋白保守功能域(图 4),该蛋白属于ClassⅢ型分泌性过氧化物酶。采用SMART和Scan Prosite分析NtPOD2蛋白理化性质,结果为NtPOD2蛋白含有6个蛋白激酶C磷酸化位点(67-69 SeK;70-72 TaR;77-79 SaR;183-185 TfR;200-202 SqR;235-237 SkK)、1个N-糖基化位点(75-78 NNSA)、5个酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点(89-92 SevD;101-104 ScaD;183-186 TfrD;192-195 TniD;209-212 SggD)、1个氨基化位点(126-129 lGRR)、1个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点(128-131 RRdS)。NtPOD2蛋白信号肽预测结果显示,NtPOD2蛋白不存在信号肽,定位在细胞质中的概率最大(0.65)。二级结构分析表明,NtPOD蛋白二级结构的最大元件为α-螺旋,最小元件为β-转角(图 5-A)。三级结构分析结果表明,6个半胱氨酸残基48-53、102-294和181-206分别形成3个保守的二硫键桥(图 5-B)。

图 3 疏水性分析
图 4 保守结构域分析
A:二级结构;B:三级结构 图 5 NtPOD2编码蛋白的结构预测
2.4 NtPOD2同源性分析

NtPOD2编码氨基酸序列与绒毛状烟草、美花烟草、番茄、马铃薯以及胡杨POD2通过Dnaman多重序列比对(图 6-A),发现NtPOD2蛋白具有POD家族典型的结构特征,在N端都包含peroxidase活性位点GAslLRLhFHDC。把NtPOD2编码氨基酸序列通过Blast比对,选择不同物种POD2氨基酸序列下载,通过MEGA5构建系统进化树(图 6-B),结果表明,NtPOD2蛋白序列与绒毛状烟草POD2以及美花叶烟草POD2蛋白序列有较高同源性,分别为99%和94.65%。

A:NtPOD2蛋白多重序列比对;B:NtPOD2蛋白系统进化树 图 6 NtPOD2同源性分析
2.5 NtPOD2的组织表达分析

采用qRT-PCR对烟草K326各个组织进行表达分析,发现NtPOD2在根、茎、叶、花中均有表达,在根中表达量明显高于茎、叶、花(图 7-A)。

A:NtPOD2组织表达分析;B:ABA胁迫下NtPOD2相对表达量;C:H2O2胁迫下NtPOD2相对表达量 图 7 NtPOD2的不同组织及信号分子处理下的表达模式
2.6 NtPOD2在信号分子处理下的表达分析

烟草K326幼苗上在培养皿上用ABA和H2O2处理,对处理后烟草幼苗NtPOD2表达分析表明,在12 h之前,ABA处理下NtPOD2的表达受到抑制,24 h时受到显著诱导,为对照的3.14倍(图 7-B);H2O2处理的早期,NtPOD2的表达受到强烈诱导,12 h时上升至最大,为对照的120.67倍(图 7-C)。以上结果表明NtPOD2能够响应逆境胁迫相关的信号分子调控。

2.7 NtPOD2在逆境胁迫下表达分析

PEG和低温处理后,该基因分别在12 h和6 h时达到最大值,分别为对照的2.48倍(图 8-A)、8.60倍(图 8-B)。低钾处理下,NtPOD2表达量上升,NaCl处理下该基因下调(图 8-C-D)。结果表明,NtPOD2可能参与了PEG、低温等非生物胁迫。

A:PEG胁迫下NtPOD2相对表达量;B:低温胁迫下NtPOD2相对表达量;C:低钾胁迫下NtPOD2相对表达量;D:盐胁迫下NtPOD2相对表达量 图 8 NtPOD2在非生物逆境胁迫下的表达模式
3 讨论

生物信息学分析表明,NtPOD2蛋白含有3个二硫键,属于分泌蛋白,含有活性位点(GAslLRLhFHDC),属于典型的ClassⅢ型分泌性过氧化物酶。信号肽预测显示NtPOD2蛋白定位在细胞质中,因此该基因可能在内质网加工成熟,进而通过高尔基体运输到细胞质。该蛋白与其他物种ClassⅢ型分泌性过氧化物酶相比含有相似的保守结构域(6A)以及二硫键桥[20]。该蛋白含有最大元件为α-螺旋,最小元件为β-转角。NtPOD2蛋白以Asp47、Val50、Gly52、Asp54和Ser56为中心的Ca2+结合位点构成远端的氧供体结构域,而Thr175、Asp219、Thr221和Asp226为中心的Ca2+结合位点构成近端的氧供体结构域,位于这两个结构域中间的血红素则由Fe2+与His46和His174形成共价键,构成活性中心。蛋白质空间结构影响其功能,NtPOD2蛋白特定的空间结构为其发挥功能奠定了基础。同源性分析表明,NtPOD2蛋白与其他植物POD蛋白含有较高同源性,其中与美花烟草POD2同源性为99%,可能与美花烟草POD2是POD家族的同一成员。通过对NtPOD2生物学分析,旨在为研究POD基因家族奠定基础。

烟草Ntpx在花中表达量最高,银杏GbPOD1和小桐子JcPOD73茎中表达量最高[21-22]。郭媖等[23]从陆地棉中克隆的GhPOD1GhPOD2,两者相似性达99%,但表达模式相差很大。作为多基因家族的POD基因,具有功能多样性的特点。本研究表明NtPOD2在组织中都有表达,但根中表达最高,而茎、叶、花表达量相对较少,不同植物中POD基因在不同部位表达模式不同,说明POD家族基因表达存在特异性。NtPOD2在ABA处理下,表达量在3 h先下降,20 h又上升至最大,约为对照的3.14倍(图 5-B),说明NtPOD2受ABA诱导。Gao等[1]研究表明柽柳ThPODs参与非生物胁迫反应(PEG、ABA、NaCl等),并依赖ABA信号转导途径。钟新榕等[24]用不同浓度的ABA处理黄瓜幼苗,POD活性在短时间内可以提高。Anderberg等[25]研究结果表明低温胁迫、盐胁迫以及干旱胁迫下,能较短时间内增加植物体内ABA含量,进而诱导ABA调控相关基因的表达。司丛丛等[26]研究表明,烟草Ntpx在5% PEG6000胁迫下,Ntpx在最初无明显变化,在6 h后表达量上调在ABA和干旱胁迫下,表达量上调。本研究采用10 mmol/L H2O2处理烟草幼苗,NtPOD2的表达受到强烈诱导,12 h时上升至最大,为对照的120.67倍。苏亚春等[27]用100 μmol/L ABA处理甘蔗,结果表明,ScPOD02表达量在3 h显著增加,500 mmol/L H2O2处理下随着时间的延长,ScPOD02表达量基本不变。而这与苏亚春等在ABA、H2O2处理甘蔗后,ScPOD02表达模式不同,这可能是不同的浓度ABA、H2O2造成的。由此说明NtPOD2可能受干旱、ABA、NaCl、H2O2胁迫诱导,并依赖ABA信号转导途径进而参加植物生长发育。

在200 mmol/L NaCl处理下NtPOD2表达量呈现先下降后上升又下降的表达模式,在12 h表达量达到最大,约为对照1.12倍。苏亚春等[27]用250 mmol/L的NaCL处理下ScPOD02表达量先在6 h下降,而在12 h表达量又上升,约为对照的1.91倍。与苏亚春用NaCl处理甘蔗后ScPOD02表达模式一致,在6 h前表达量下降,在12 h时表达量上升为最大,之后又下降。程华等[21]用200 mmol/L NaCl喷洒银杏幼苗后,POD1表达量降低。Bae等[11]用200 mmol/L NaCl处理白杨后PoPOD1基因表达水平下调。低钾胁迫下,NtPOD2受到强烈诱导,NtPOD2表达量上调。王伟等[28]研究表明,大豆在低钾胁迫下,细胞内氧负离子O2-增加,超氧化物歧化酶催化O2-发生歧化反应生成H2O2-含量增加,进而引起过氧化物酶活性上升。在低温胁迫下,NtPOD2在6 h表达量达到最大,在12 h后又降低。Guo等[29]在4℃条件下处理柽柳叶和根,叶中ThPOD1表达量在6 h强烈诱导后又逐渐下降,根ThPOD1 6 h强烈诱导后在24 h达最大值后又下降。外源基因的表达增加宿主细胞的耐受性,植物受到生物胁迫以及非生物胁迫下,可以引起活性氧产生,进而破坏细胞稳态以及防御机制[30-31]。由此说明烟草NtPOD2,在不同胁迫下表达模式发生改变,以上均说明该基因在生物胁迫以及非生物胁迫中发挥着重要作用,由此推测,NtPOD2参与生物胁迫与非生物胁迫,可能引起活性氧的改变,进而参与植物生理调控与防御机制。

4 结论

NtPOD2可能通过ABA信号通路来参与生物胁迫以及非生物胁迫。

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