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钱景华, 周步进, 孔祥军, 李增强, 史奇奇, 廖小芳, 周瑞阳, 陈鹏. 2016
红麻MYB21基因的克隆、表达及载体构建
生物技术通报, 2016, 32(11): 170-179

QIAN Jing-hua, ZHOU Bu-jin, KONG Xiang-jun, LI Zeng-qiang, SHI Qi-qi, LIAO Xiao-fang, ZHOU Rui-yang, CHEN Peng. 2016
Cloning,Expression Analysis and Vector Construction of MYB21 Gene in Kenaf
Biotechnology Bulletin , 2016, 32(11): 170-179

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收稿日期:2016-03-24

红麻MYB21基因的克隆、表达及载体构建
钱景华 , 周步进 , 孔祥军 , 李增强 , 史奇奇 , 廖小芳 , 周瑞阳 , 陈鹏     
广西大学农学院 广西高校植物遗传育种重点实验室, 南宁 530004
摘要: 克隆红麻不育系和保持系的MYB21基因,分析MYB21基因在红麻不育系和保持系各器官的表达量,并构建过表达载体和RNAi载体,旨在为进一步研究该基因在红麻中的功能奠定基础。以同源克隆的方法克隆MYB21基因;用实时荧光定量的方法分析MYB21基因在红麻不育系和保持系不同组织器官的表达模式;根据酶切-连接的方法,构建过表达载体和RNAi载体。结果显示,红麻MYB21基因在不育系和保持中的基因序列没有差异,其cDNA全长序列为922 bp,包含843 bp的开放阅读框,DNA全长序列为1 108 bp,包含3个外显子和2个内含子(NCBI序列登录号为KT898146);MYB21基因主要在花药中表达,在不育系和保持系花药之间表达量呈极显著差异;成功构建MYB21过表达载体和RNAi载体。成功克隆MYB21基因的全长序列;实时荧光定量结果表明MYB21基因主要在花药中进行表达;构建的植物过表达载体PBI121-MYB21和RNAi载体pART27-PK-R1-F2可用于该基因的功能研究。
关键词红麻     细胞质雄性不育     MYB21基因     实时荧光定量     载体构建    
Cloning,Expression Analysis and Vector Construction of MYB21 Gene in Kenaf
QIAN Jing-hua , ZHOU Bu-jin , KONG Xiang-jun , LI Zeng-qiang , SHI Qi-qi , LIAO Xiao-fang , ZHOU Rui-yang , CHEN Peng     
Cloning, Expression Analysis and Vector Construction of MYB21 Gene in Kenaf
Abstract: This work is to clone MYB21 gene and analyze its expression levels in different organs of kenaf for both cytoplasmic male sterility(CMS)and its maintainer,to construct over-expression vector and RNAi vector,and to lay the foundation for further study on the function of MYB21 gene in kenaf. The MYB21 gene was cloned using a homology method. The expression patterns of MYB21 in different organs for CMS and its maintainer were analyzed by quantitative real-time PCR. Using enzyme digestion-ligation method,the expression vector and RNAi vector were constructed. As results,there was no difference on gene sequence between CMS and its maintainer. The full cDNA sequence of MYB21 gene was 922 bp,including an 843 bp open reading frame. The full DNA sequence of MYB21 gene was 1 108 bp,containing 3 exons and 2 introns(the NCBI GenBank accession number:KT898146). MYB21 gene was predominantly expressed in anther,the expression level of MYB21 gene in anther between CMS and its maintainer was highly significant difference. Also the over-expression vector and RNAi vector were constructed successfully. In conclusion,the full-length sequence of MYB21 gene in kenaf is obtained,MYB21 gene is mainly expressed in anther of kenaf,and the over-expression vector PBI121-MYB21 and RNAi vector pART27-PK-R1-F2 can be used for function study of MYB21 gene.
Key words: kenaf     cytoplasmic male sterility     MYB21 gene     quantitative real-time PCR     vector construction    

红麻(Hibiscus cannabinus L.)属于锦葵科木槿属一年生韧皮纤维作物,传统用途是作为纺织、生产麻绳、麻袋、地毯等的原料。同时,红麻也是一种多用途作物,被广泛应用于造纸、建材、土壤修复、饲料等各种领域[1-2]

作物细胞质雄性不育(CMS)是作物杂种优势利用的主要途径,利用CMS配制杂交种,克服了人工授粉的种种弊端,大大减少劳动量,同时能够提高杂交种子的纯度,增加作物的产量[3]。作物雄性不育表现为花药(包括花粉)的发育异常。花药的发育是一个受到严格调控的过程,特别是在转录水平的调控尤其重要。转录因子是这一调控过程中的主要参与者,在众多的转录因子中,MYB类转录因子是植物中最大的一类转录因子家族之一。目前众多研究结果表明MYB类转录因子的功能具有多样性,包括参与植物次生代谢调控,激素和环境因子的应答,细胞分化及细胞周期等多种过程[4]MYB21属于R2R3型MYB类转录因子,Song等[5]在拟南芥中发现AtMYB21基因与AtMYB24能够与JAZ蛋白相互作用而影响茉莉酮酸酯(JA)的代谢,从而调控雄蕊花药的发育。姚润鹏[6]从大白菜花瓣退化突变体的转录组分析中发现了MYB21基因是与花器官发育相关的。Cheng等[7]在研究赤霉素(GA)和茉莉酸(JA)对拟南芥的作用时发现GA能够促进JA的生物合成而调控MYB21基因的表达,从而促进雄蕊花丝的延伸。但是迄今为止还没有看到有关MYB类转录因子调控作物CMS发生的研究报道。本课题组前期通过转录组测序发现红麻MYB21的表达量在CMS系花药中显著下调,故推测MYB21参与了红麻CMS发生的调控。基于此,本研究克隆MYB21基因,研究MYB21在红麻不育系和保持系不同的组织器官的表达模式,并构建MYB21基因的过表达与干扰载体,旨在为研究MYB21基因在红麻花药发育中的功能奠定基础。

1 材料与方法 1.1 材料

红麻不育系P3A与保持系P3B(本课题组选育)种植于广西大学实验基地。

主要试剂及菌株:CTAB裂解液、DEPC,DNAaseI,反转录试剂盒,Fastpfu酶,DNA回收试剂盒,T4 DNA连接酶,大肠杆菌感受态细胞DH5α,LB培养基,各种相关限制性内切酶,相关载体,荧光定量试剂盒等。

1.2 方法 1.2.1 红麻花药总DNA和总RNA的提取

红麻不育系P3A和保持系P3B,取盛花期时的花药,置于-80℃冰箱保存,采用改良CTAB法[8, 9]提取总DNA和总RNA,利用琼脂糖凝胶电泳和核酸浓度测定仪来检测DNA和RNA的完整性。

1.2.2 反转录

用PrimeScript Reverse Transcriptase反转录试剂盒(TaKaRa,日本)进行反转录,并以红麻跨内含子引物COXⅡ检测反转录得到的cDNA中是否含有总DNA。

1.2.3 MYB21基因全长的克隆

根据不育系(P3A)和保持系(P3B)花药转录组高通量测序结果[10]设计引物(表 1)扩增红麻MYB21基因全长。PCR扩增选用高保真酶Fastpfu DNA聚合酶,扩增程序为:95℃预变性3 min;95℃ 30 s,53℃ 40 s,72℃ 1 min,32 个循环;72℃延伸10 min。同时以ddH2O为模板设置阴性对照。PCR产物经DNA凝胶回收试剂盒回收并连接到pMD-19T载体上,转化到大肠杆菌感受态DH5α中,挑取阳性克隆送至华大基因测序。

表 1 引物序列
1.2.4 红麻MYB21基因过表达载体的构建

根据已经克隆的MYB21基因开放阅读框序列设计加入相应酶切位点的一对引物ORF-R和ORF-F(表 1),以红麻花药反转录得到的cDNA为模板,采用高保真酶FastPfu DNA 聚合酶进行PCR扩增,凝胶回收PCR产物,然后连接、转化,挑取阳性克隆测序,用限制性内切酶Xba ⅠKpn Ⅰ双酶切阳性质粒并凝胶回收小片段,同时双酶切PBI121-GFP载体并回收,最后连接、转化,以卡那霉素筛选阳性菌落,菌液测序并提取质粒进行酶切验证。

1.2.5 MYB21基因RNAi干扰载体的构建

根据干扰载体序列选取的原则[11],选择MYB21基因的cDNA的428 bp序列作为干扰片段,并根据中间载体PKNANIBAL上的插入位点,设计正向引物与反向引物(表 1)进行克隆。克隆得到的正向片段命名为RNAi-Z,反向片段命名为RNAi-F。

正向片段的插入:用Xho Ⅰ和Kpn Ⅰ双酶切RNAi-Z质粒和PKNANIBAL质粒,经回收,连接、转化,以卡那霉素平板筛选阳性克隆,酶切鉴定连接正确后命名为PK-R1。

反向片段的插入:用Xba ⅠCla Ⅰ双酶切PK-R1和RNAi-F,经凝胶回收、连接、转化、质粒抽提,质粒酶切确认连接正确后命名为PK-R1-F2;

最后,将PK-R1-F2连接到植物双元表达载体pART27上:采用Not Ⅰ分别酶切PK-R1-F2和pART27,回收、连接、转化之后,以含有壮观霉素的平板来筛选阳性克隆,菌液测序并质粒酶切鉴定后确认RNAi干扰载体构建成功,将此载体命名为pART27-PK-R1-F2。

1.2.6 荧光定量PCR

选择红麻甘油醛-3-磷酸脱氢酶GAPDH为内参基因,设计MYB21基因和GAPDH基因的荧光定量的引物(表 1),分别用P3A和P3B的根、叶和花药部分的总RNA反转录的cDNA为模板,TransStart Tip Green qPCR SuperMix荧光定量试剂盒(北京全式金公司)进行荧光定量PCR研究MYB21基因的表达模式。反应体系为15 µL:模板为1.5 µL,样品设3次重复,同时设置以水为模板的阴性对照。以95℃ 30 s,95℃ 5 s,60℃ 20 s,36 cycles的反应程序在荧光定量仪器(Bio-Rad,美国)上进行扩增反应。

2 结果 2.1 红麻核酸质量及反转录检测

从琼脂糖凝胶电泳图(图 1-A)可以看出,提取的红麻不育系P3A和保持系P3B花药总RNA条带清晰,完整性较好。Not Ⅰ有DNA污染,以跨内含子引物对COXⅡ-R和COXⅡ-F对反转录的cDNA进行PCR扩增。该引物对以总DNA为模板扩增出来的片段是2 009 bp,以cDNA为模板扩增出来的片段是518 bp,琼脂糖凝胶电泳图结果(图 1-C)显示,反转录得到的cDNA没有总DNA残留。cDNA质量满足实验的需要。

图 1 红麻花药核酸质量及反转录检测结果 A:花药总DNA琼脂糖凝胶电泳(1:P3B DNA,2:P3A DNA);B:花药总RNA琼脂糖凝胶电泳(1-3:P3A RNA,泳道3-4:P3B RNA);C:反转录检测(1:P3A cDNA扩增;2:P3B cDNA扩增;3:P3B DNA扩增);M1:BM5000 DNA marker;M:BM2000 DNA marker
2.2 MYB21基因全长的克隆

分别以P3A和P3B花药的cDNA以及P3B的总DNA为模板,以MYB21-R和MYB21-F为引物,克隆MYB21基因的全长,得到的克隆片段分别命名为P3A-MYB21(RNA),P3B-MYB21(RNA)以及P3B-D-MYB21图 2)。

图 2 MYB21基因扩增 A(1:P3A cDNA;2:P3B cDNA);B(1:P3B gDNA;M:BM2000 DNA marker)

MYB21基因的cDNA序列和DNA序列用DNAMAN软件进行比对,发现MYB21基因在cDNA和总DNA水平其核苷酸同源性达到83.21%,其中MYB21基因在不育系P3A和保持系P3B的cDNA水平上序列是一致的,它们的全长均为922 bp,开放阅读框为843 bp,编码280个氨基酸,而总DNA序列则包含3个外显子和两个内含子,其全长为1 108 bp。ATG为起始密码子,由下图可知第1个外显子为155 bp,第2个外显子129 bp,第3个外显子559 bp,3个编码区序列总长为843 bp,第1个内含子89 bp,第2个内含子97 bp,两个非编码区总长为186 bp(图 3)。序列提交到NCBI,提交的DNA序列号为:KT898146。

图 3 MYB21基因序列 虚线对应的DNA序列为内含子序列

利用ORF finder 寻找扩增产物的最长ORF,在NCBI进行保守结构域搜索,结果(图 4)显示所扩增的产物序列包含两个SANT结构域,即MYB超级家族的典型保守结构域,说明所克隆得到MYB21基因是属于R2R3型MYB转录因子基因。

图 4 MYB21基因保守结构域搜索结果

另外,将MYB21基因所编码的氨基酸序列与其他物种中的氨基酸序列进行比对发现,MYB21基因与雷蒙德氏棉的MYB108-like基因以及陆地棉中的MYB5基因同源性较高,序列同源性分别达到67%和63%(图 5)。

图 5 MYB21基因与其它物种氨基酸序列比对
2.3 红麻MYB21基因载体的构建 2.3.1 表达载体的构建

将用加入酶切位点的MYB21基因引物克隆所得的基因片段与PBI121-GFP载体双酶切之后进行连接,利用PBI121载体序列所设计的引物进行菌液测序测序结果与目的基因序列通过DNAMAN进行比对(图 6),发现测序序列包含完整目的基因序列。

图 6 测序结果比对(P-1为表达载体菌液测序编号)

同时进行酶切验证,酶切下来的片段大小与目的片段大小一致(图 7)。证明目的基因片段成功连接到表达载体中,将构建成功的表达载体命名为PBI121-MYB21

图 7 表达载体酶切验证结果 1:Xba Ⅰ、Kpn Ⅰ酶切PBI121-MYB21;2:PBI121-GFP质粒;M:BM 2000 DNA marker
2.3.2 干扰载体的构建

红麻MYB21基因扩增片段大小与所选取的干扰片段大小一致,均在400 bp左右(图 8-A),双酶切RNAi-Z和RNAi-F得到的片段长度(图 8-B)经菌液测序其结果与所选取的正向片段和反向片段序列一致,这充分说明了正向片段与反向片段成功连接到了pMD19-T载体上。对PK-R1和PK-R1-F2分别进行双酶切,所获得的酶切片段与干扰片段长度一致(图 8-C),说明干扰片段连接到中间载体PKANNIBAL成功。最后,对pART27-PK-R1-F2用Not Ⅰ酶切,并以pART27-PK-R1-F2质粒做对照,凝胶电泳图结果(图 8-D)显示酶切下来的片段与目的片段大小一致,同时利用PKANNIBAL载体序列的通用引物进行菌液测序,测序结果(图 9)显示所插入的片段与目的片段碱基序列一致,说明干扰片段成功连接到相应载体上。

图 8 干扰载体构建图 A:干扰片段扩增(1:正向片段扩增,2:反向片段扩增);B:干扰片段pMD-19T载体酶切结果(1:酶切RNAi-Z,2:酶切RNAi-F,3:质粒对照);C:干扰片段中间载体酶切结果(1:双酶切PK-R1,3:双酶切PK-R1-F2,2、4:PKANNIBAL质粒对照);d:Not Ⅰ酶切pART27-PK-R1-F2(1:Not Ⅰ酶切pART27-PK-R1-F2,2:pART27-PK-R1-F2质粒);M:BM2000 DNA marker;M1:BM5000 DNA marker
图 9 干扰载体测序结果比对(PPZF6为干扰载体菌液测序编号)
2.4 MYB21基因荧光定量分析

本研究从红麻不育系材料P3A和保持系材料P3B的根、叶和花药中提取总RNA,进行反转录,通过荧光定量PCR反应,运用双标准曲线法分析反应数据来研究MYB21基因在两者之间不同组织器官的表达量情况。以管家基因GAPDH和MYB21基因的5个梯度浓度标准品、阴性对照和待测样本分别设置3个重复同时上机,获得GAPDH和MYB21基因的扩增曲线和标准曲线。结果显示阴性对照没有检测到荧光信号,融解曲线峰形单一,管家基因和MYB21基因的标准曲线相关系数的R2>0.999,表明荧光定量反应体系没有污染,引物特异性好,且重复性较高,由此得出的荧光定量的实验数据具有可靠性与真实性。

定量分析结果(图 10-A)表明MYB21基因在不育系花药中的表达量极显著低于保持系,仅为保持系的0.07倍,在根中表达量下调为0.28倍,而在叶片中的表达量略微高于保持系(1.41倍)。比较分析保持系的根、叶和花药中的定量数据,发现MYB21基因主要在花药中表达(图 10-B)。

图 10 MYB21基因在红麻P3A和P3B花药、叶片及根中的表达量
3 讨论

MYB类转录因子是植物中最为重要的一类转录因子,在植物生长发育中扮演着重要作用。Shin等[12]研究发现拟南芥中MYB21基因特异性在花中进行表达,Li等[13]利用RT-PCR技术分析了AtMYB57、AtMYB21AtMYB24、AtMYB116和AtMYB62在拟南芥根、莲座叶、茎生叶、花和角果中的表达量,其中MYB21基因在拟南芥各个部分都有一定量的表达,但主要是在花中进行表达。Yang等[14]研究发现与AtMYB21氨基酸序列同源性达68.5%的AtMYB24也是主要在花中表达。本研究首次从红麻中克隆到转录因子MYB21,并明确了其序列结构,进一步分析了其表达模式,与前人研究结果相似,发现该基因主要在红麻花药中表达,在根和叶中只有轻微的表达。而且在不育系花药中呈现极显著下调表达模式,因此推测该基因可能参与了红麻花药发育的调控。

Song等[5]研究了MYB21基因在转基因拟南芥中表达量情况,当转基因植株MYB21的表达水平是野生型拟南芥中的20-100倍时,植株出现严重或完全丢失育性,而表达量是野生型1-5倍时,转基因植株其育性改变不明显,这说明了MYB21基因的表达量水平的高低对于雄蕊发育是很重要的。因此后续研究可以将构建的过表达载体和干扰载体进行转基因实验,在鉴定载体构建成功的同时,一方面,将构建的过表达载体通过花粉管通道注射红麻或叶盘法转烟草研究MYB21基因与植物育性的关系,而且构建的过表达载体以本实验室改造过的含有绿色荧光蛋白的PBI121为载体,为后续转基因验证该基因的功能及亚细胞定位提供便利。另一方面,结合RNAi载体所具有的特异性沉默某个基因表达的特性,将构建的干扰载体进行同样的转基因实验,从反向遗传学角度出发充分研究MYB21基因的功能。

另外,转录因子是通过结合到靶基因而发挥作用的,Shin等[12]发现拟南芥MYB21可以直接调节苯丙氨酸裂解酶PAL和交替氧化酶AOX1a的表达,从而发挥调控苯丙氨酸的代谢过程。Song等[5]研究发现MYB21和MYB24与JAZ 蛋白结合影响花药发育和花丝延长,并且推断MYB21和MYB24是与JAZ蛋白分离之后激活下游各种不同的基因来参与这个过程的。因此后续研究拟进一步筛选MYB21靶基因并分析靶基因的表达模式,从而揭示MYB21在调控红麻CMS发生的作用。

4 结论

成功克隆了红麻不育系P3A和保持系P3B中的MYB21基因,明确了MYB21基因序列结构;分析了MYB21基因在不育系和保持系各组织器官的表达模式,研究发现MYB21基因主要在花药中进行表达,并且两系之间表达量呈极显著差异;经过酶切和测序验证,过表达载体和干扰载体构建成功,能够用于后续转基因功能研究。

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