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胡伟,颜彦,韦运谢,王文泉,夏志强,卢诚,侯晓婉,彭明. 2015
木薯MeASR基因克隆及表达分析
生物技术通报,2015,31(10): 125-130

Hu Wei, Yan Yan, Wei Yunxie, Wang Wenquan, Xia Zhiqiang, Lu Cheng, Hou Xiaowan, Peng Ming. 2015
Clone and Expression of MeASR Gene in Cassava
Biotechnology Bulletin,2015,31(10): 125-130

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收稿日期:2015-02-02

木薯MeASR基因克隆及表达分析
胡伟, 颜彦, 韦运谢, 王文泉, 夏志强, 卢诚, 侯晓婉, 彭明    
(中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海口 571101)
摘要: 脱落酸-胁迫-成熟诱导蛋白(Abscisic acid-stress-ripening,ASR)在植物对非生物逆境胁迫的应答过程中发挥着重要作用。利用PCR技术从木薯中克隆了第一个ASR基因MeASR,序列分析表明该基因开放阅读框(ORF)330 bp,编码109个氨基酸。多序列比对和进化树分析表明该基因所编码的蛋白具有ASR家族蛋白的保守结构域,与番茄ASR家族蛋白SlASR4具有较近的亲缘关系。亚细胞定位分析表明MeASR定位在细胞核,实时荧光定量PCR分析表明该基因的表达显著受渗透胁迫和ABA诱导。结果表明,MeASR可能作为转录因子参与木薯对干旱逆境胁迫应答及ABA信号调节。
关键词木薯     MeASR基因     基因克隆     表达分析     亚细胞定位    
Clone and Expression of MeASR Gene in Cassava
Hu Wei, Yan Yan, Wei Yunxie, Wang Wenquan , Xia Zhiqiang, Lu Cheng, Hou Xiaowan, Peng Ming    
(Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology,Chinese Academy of Tropical Agricultural Science,Haikou 571101)
Abstract: Abscisic acid-stress-ripening induced protein(ASR)plays an important role in response to abiotic stresses. In the present study we isolated a first ASR gene designated MeASR from cassava. Sequence analysis showed that the open reading frame of MeASR gene contained 330 bp, encoding 109 amino acids. Multiple sequence alignment and phylogenetic analysis indicated that MeASR protein contained the conserved domains as ASR family had, and had a close genetic relationship with SlASR4 of tomato. Subcellular location assay showed that MeASR protein was localized in nucleus. Real-time quantitative PCR assay revealed that expression of MeASR was induced by osmotic stress and ABA treatments. These results suggested that MeASR might function as a transcription factor to involve in response to drought stress and ABA-signal regulation in cassava.
Key words: cassava     MeASR gene     gene clone     expression analysis     subcellular location    

1993年,ASR(Abscisic acid-stress-ripening)基因首次在番茄中被发现[1],随后多个物种的ASR基因被分离到。有趣的是,ASR基因在拟南芥基因组中不存在[2, 3]ASR基因编码的蛋白具有转录因子和LEA(Late embryogenesis abundant protein)蛋白的基本特征。ASR基因的功能主要是参与调控植物生长发育、衰老、果实成熟、激素信号转导以及对逆境胁迫的应答[2, 3]

多个物种的ASR基因都被报道受水分胁迫(干旱、渗透、脱水胁迫)以及ABA诱 导[2, 3]ASR基因也因此而得名。2005年Yang等[4]研究表明,百合的ASR基因(LLA23)受ABA、脱水胁迫和高盐胁迫诱导。随后,在拟南芥中过量表达百合ASR基因(LLA23)发现,LLA23过表达株系提高了对干旱胁迫的耐受性。生理学分析表明,在干旱处理条件下,转基因株系具有较低的水散失率;在甘露醇渗透胁迫处理条件下,转基因株系的发芽率高于野生型。此外,LLA23的过量表达能够改变转基因植株中ABA和胁迫相关基因的表达水平。这一结果首次从遗传学上证明了ASR基因参与调控ABA信号转导,并能增强植物对干旱胁迫的耐受性。随后,来自于番茄、香蕉、玉米、水稻、小麦的ASR基因都被报道在提高植物抗旱性上发挥着重要作用[5, 6, 7, 8, 9, 10]。这些研究结果证明了ASR基因通过减少水分散失、促进渗透平衡、减少细胞损伤、降低活性氧积累、诱导抗氧化系统等生物学过程增强植物对干旱和渗透胁迫的耐受性[5, 6, 7, 8, 9, 10]。所以可以肯定,ASR基因参与ABA信号转导,并能提高植物对干旱胁迫的耐受性,但是其作用机制仍然有待于进一步研究。

木薯(Manihot esculenta Crantz)是三大薯类作物之一,全球第六大粮食作物,被誉为“淀粉之王”,是世界近8亿人口赖以生存的粮食。在我国,木薯作为新型能源、工业原料和潜在的粮食作物,具有良好的发展潜力,是热带和亚热带地区最重要的经济作物之一。木薯具有耐旱的生物学特性,一般情况下,木薯能够忍耐4-6个月的干旱胁迫,是一种典型的耐旱作物[11]。木薯特殊的耐旱能力表现在通过丰富的根系从土壤深层吸收水分(地下2 m),通过快速的气孔关闭减少水分散失,通过老叶片脱落减少水分消耗,最终提高木薯对水分的利用效率,从而使木薯具有耐旱的特性。而且,在干旱胁迫后恢复浇水,木薯能够快速地再生新叶片,维持正常的新陈代谢,并补偿生物量[12]。木薯在干旱胁迫下对水分的吸收、气孔运动、叶片脱落等生物学过程都是受ABA控制的关键生物学过程。因此,Okogbenin等[12]提出ABA生物合成及信号转导可能是调控木薯特殊耐旱性的关键途径之一。最近的研究表明,木薯在适应干旱胁迫的过程中可能通过减缓生长,从而延长对干旱胁迫的耐受时间;或者通过老叶片的脱落维持一定的生长,从而抵抗干旱胁迫[13]。虽然,近年来的研究取得了一定的研究进展,但是对木薯耐旱机理的研究还不深入。本研究从木薯克隆第一个ASR基因(MeASR),分析MeASR的细胞定位,并研究该基因在干旱和ABA处理的表达水平,旨在研究木薯中的干旱胁迫应答基因,为进一步解析木薯的耐旱机理提供参考。

1 材料与方法 1.1 材料

实验所用木薯品种为KU50,由中国热带农业科学院热带生物技术研究所提供。

1.2 方法 1.2.1 材料处理

将木薯茎秆用刀切成约10 cm长的小节,每一小节含数个芽眼。将茎秆插入含有营养土和蛭石的盆中,待其发芽、生根。将生长两个月、且长势一致的木薯幼苗作为供试材料,以不处理的木薯幼苗作为对照,设置两个处理组:(1)甘露醇处理组共24颗木薯幼苗,每个样品3颗,用300 mmol/L甘露醇对木薯幼苗进行0 h、2 h、6 h、3 d、14 d、18 d、24 d和36 d灌根处理;(2)ABA处理组共21颗木薯幼苗,每个样品3颗,用100 µmol/L ABA对木薯幼苗进行0、2、6、10、24、48和72 h(甘露醇、脱落酸等生化试剂购自上海生工生物工程有限公司)喷施。取每个处理的木薯幼苗叶片用液氮冷冻,并放入-80℃超低温冰箱保存。

1.2.2 RNA的提取及cDNA的合成

分别取1.2.1不同处理后的幼苗叶片,按照RNA提取试剂盒(天根生化科技有限公司)的使用方法提取木薯总RNA。同时,利用RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit(Fermentas公司)将提取的总RNA反转录成cDNA,并于-20℃保存备用。

1.2.3 基因克隆

以获得的cDNA第一链为模板,设计正向引物P1:5'-ATGGCAGAAGAGAATAAGCA-3'和反向引物P2:5'-TTAAAAGAGATGGTGATGCTT-CT-3'进行PCR扩增。反应体系为:Taq DNA聚合酶(康为世纪生物公司)0.5 µL,dNTP 0.5 µL,10× Buffer 2 µL,上下游引物各0.5 µL,cDNA 模板1 µL,ddH2O 15.5 µL;反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性20 s,48℃退火20 s,72℃延伸30 s,35个循环;72℃延伸10 min。PCR扩增产物经回收、连接、转化后,挑取单克隆在LB液体培养基中培养,并进行PCR鉴定。然后将已鉴定的阳性克隆送华大基因生物科技公司测序。

1.2.4 生物信息学分析

利用DNAMAN 软件和BLAST(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)进行序列比对和保守结构预测;利用ORF Finder(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)及GENSCAN(http://genes.mit.edu/GENSCAN.html)进行基因开放阅读框预测;利用MEGA 5.0软件构建进化树。

1.2.5 亚细胞定位分析

根据MeASR基因的ORF序列设计带有酶切位点NcoI/SpeI且不含终止子的引物:P3:5'-CATGCCATGGCGATGGCAGAAGAGAATAAGCA-3';P4:5'-GGACTAGTAAAGAGATGGTGATGCTTCT-3'。从正常生长两个月的木薯幼苗叶片cDNA中扩增MeASR基因的开放阅读框,将扩增产物回收后连接到克隆载体pMD18-T上,获得重组质粒,阳性克隆测序正确后,用NcoI/SpeI进行双酶切并回收目的片段。同时,利用 NcoI/SpeI双酶切pCAMBIA1304载体,并回收载体片段。利用T4连接酶将目的片段和载体片段进行连接,将连接产物转化大肠杆菌DH5α后,挑取单克隆扩大培养,经PCR和质粒双酶切验证后,进行测序分析,构建成植物表达载体pCAMBIA1304-MeASR-GFP。将测序正确的阳性克隆的质粒转入农杆菌LBA4404中。利用农杆菌介导的瞬时转化法将pCAMBIA1304-MeASR-GFP导入洋葱表皮细胞中,随后将洋葱表皮放在铺有滤纸的MS培养基上,25℃暗培养16-24 h,然后制作装片,通过FluoViewTM FV1000激光扫描共聚焦显微镜观察荧光信号。

1.2.6 基因的表达分析

根据TaKaRa实时荧光定量标准说明书设计qRT-PCR引物(MeASR:P5 5'-TCACAAGGAAGGCGAAGA-3';P6:5'-GCAAAGGC-AAATCCAATA-3';MeEF1引物:P7:5'-TGAACC-ACCCTGGTCAGATTGGAA-3',P8:5'-AACTTGGG-CTCCTTCTCAAGCTCT-3'),引物均由上海生工生物工程有限公司合成。为了保证引物的特异性,引物设计在非保守区域,PCR产物的长度维持在300 bp以内,并进行了测序分析。以1.2.2中得到的cDNA为模板,以木薯MeEF1基因为内参进行qRT-PCR分析。实时荧光定量PCR 采用SYBR Green Ⅰ试剂盒(TaKaRa公司),按照操作说明在Mx 3005P荧光定量PCR仪(吉泰生物科技有限公司)上进行。荧光定量PCR的反应程序:95℃预变性3 min;95℃变性7 s,55℃退火10 s,72℃延伸15 s,循环40次。荧光定量PCR的反应体系:SYBR GreenⅠ10 µL,ROX 0.4 µL,引物0.5 µL,cDNA模板1 µL,ddH2O 7.6 µL。每个样品的qRT-PCR实验都在相同的反应体系下进行3次生物学重复。结果分析计算采用2-ΔΔCt[14]

ΔΔCt=(CT,Target-CT,ActinTime x-(CT,Target-CT,ActinTime 0

2 结果 2.1 MeASR基因的克隆及生物信息学分析

根据木薯数据库中的序列信息,发现一个cDNA序列与ASR家族基因具有较高的同源性。利用P1/P2引物对正常生长两个月的木薯幼苗叶片cDNA进行PCR扩增,克隆该基因的cDNA全长序列(图 1)。将扩增产物插入T载体并测序后,经GENSCAN、Blast和ORF Finder分析发现,该cDNA 序列中存在一个330 bp的开放阅读框(ORF),编码109个氨基酸,将其命名为MeASR。BLASTN分析表明,MeASR与大豆的ASR基因(NM_001250558)具有较高的一致性(84%)。多序列比对分析(图 2)表明,该基因编码的氨基酸序列具有一个保守的组氨酸富集区,两个丙氨酸富集区,一个豆蔻酰化位点。进化树分析(图 3)表明,MeASR蛋白与番茄SlASR4亲缘关系较近。

M:DNA Marker;1:MeASR 基因的cDNA全长图 1 MeASR基因的cDNA全长电泳图
ABA/WDS结构域用方框表示;豆蔻酰化位点用星号表示;组氨酸富集区和丙氨酸富集区用单横线表示图 2 MeASR与其它ASR的多序列比对分析
图 3 MeASR与水稻、番茄、玉米ASR家族成员的系统进化树
2.2 MeASR的亚细胞定位分析

利用农杆菌介导的瞬时转化法将构建成功的植物表达载体pCAMBIA1304-MeASR-GFP和pCAMBIA1304空载体分别导入洋葱表皮细胞,25℃暗培养24 h后,在激光共聚焦显微镜下观察绿色荧光蛋白信号在细胞内的分布,结果(图 4)显示,pCAMBIA1304-MeASR-GFP仅在洋葱表皮细胞的细胞核中表达,而pCAMBIA1304空载体在细胞膜、细胞质和细胞核中都有分布。这些结果表明MeASR蛋白定位在细胞核上。

A:pCAMBIA1304的绿色荧光信号图;C:pCAMBIA1304的明场图;B:A与C的叠合图;D:MeASR-GFP的绿色荧光信号图;F:明场图;E:D与F的叠合图图 4 MeASR亚细胞定位分析
2.3 MeASR基因的表达分析

利用实时荧光定量PCR的方法研究了木薯在渗透胁迫及ABA处理下MeASR基因的表达水平。结果表明,经甘露醇处理2 h和6 h,MeASR表达水平显著增强,处理3-18 d轻微下降,处理时间延长至24 d时其表达水平最高(图 5-A)。在ABA处理10 h,MeASR表达无显著变化,在处理24 h 和48 h显著增强(图 5-B)。这些结果表明,MeASR能够在转录水平受渗透胁迫和ABA诱导。

A:甘露醇处理;B:脱落酸处理。误差线表示4次重复的标准差;* 表示t-检验的显著性分析(*P<0.05;**P<0.01)图 5 MeASR基因在甘露醇和脱落酸处理下的表达分析
3 讨论

干旱胁迫是影响植物生长发育以及作物产量和品质的重要环境因子。植物对干旱胁迫的应答主要是通过对胁迫信号的感知和转导,促进胁迫相关基因的表达和蛋白质的合成,导致生理生化的变化和代谢物的合成,从而降低胁迫所导致的伤害。植物对干旱胁迫的响应是一个非常复杂的过程,其中转录调控是植物应答干旱胁迫的一种重要方式。所以,转录因子在植物对干旱胁迫的应答过程中起着至关重要的作用[15]ASR蛋白具有转录因子和LEA蛋白的基本特征。一些研究表明ASR蛋白定位在细胞核中,具有转录激活活力,能够以Zn2+依赖的方式与DNA结合,从而激活转录。然而,ASR蛋白也被认为属于第7类和胚胎发育晚期丰富蛋白(Late embryogenesis abundant protein,LEA),具有分子伴侣功能,能够对细胞进行直接地保护[2, 3]。因此,可以推测,不同的ASR家族成员可能具有不同的生化特征。亚细胞定位分析表明,MeASR蛋白定位在细胞核,这与转录因子的特征相符,这一结果与小麦TaASR1和葡萄ASR定位在细胞核中的结果一致[9, 16],为进一步研究MeASR转录因子的基本特征提供参考。

ASR家族基因被报道广泛地参与植物对干旱胁迫的应答,并且多个物种的ASR基因都被报道在提高植物抗旱性上发挥着重要作用。而且,值得注意的是,在玉米中过表达ZmASR1发现,在正常生长条件下转基因株系的产量比野生型高7%-17%。而且,在干旱胁迫下,ZmASR1转基因植株仍然能够维持这一产量性状[7]。一些ASR家族基因的进化被证明是植物对干旱性状正向选择的结果。所以,ASR基因是作物抗性育种较为重要的候选基因。本研究分析了MeASR基因在干旱及ABA处理下的表达模式,结果表明该基因能够在转录水平显著受干旱和ABA诱导。这一研究结果与番茄ASR1、水稻OsAsr1、香蕉MpASR、玉米ZmASR1、小麦TaASR1等基因在干旱及ABA处理下的表达模式相似[5, 6, 7, 8, 9, 10]。而且,这些基因已经从遗传学上被证明能够提高植物对干旱胁迫的耐受性。因此,木薯MeASR可能具有抗旱功能。

4 结论

本研究克隆了木薯ASR基因MeASR,亚细胞定位结果表明MeASR蛋白定位在细胞核上。此外,利用实时荧光定量PCR对MeASR基因在干旱及ABA处理下的表达模式也进行了分析,结果表明该基因在转录水平受渗透胁迫和ABA诱导。

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