生态补偿是调整上下游利益的协调手段。原有的两个省(区)或者三个省(区)之间进行补偿的制度实践已经在进行，但是关键在于如何把这种水质补偿建立在长江流域之上。这种生态补偿的平台怎么做，要求做到全流域可复制，做到沿江各地区都能够参与进来。如何在流域的层面建立一个统一的平台，如何筹措基金，如何分配，如果不能形成普遍性的实践范式和规范格式，流域生态补偿机制就不能法律化。生态补偿的法律化，必须明确生态保护利益补偿的法理依据和分配程序，解决为什么付费和收费、怎么补偿的问题。在生态补偿的法律依据层面，我非常不赞同一个区域达不到水质的标准，还以改善为名盗行生态补偿，这实际上叫做生态损害赔偿。只有在法定义务上形成了生态效益的正的影响，才应当享有生态补偿的权利；任何存在环境效果负的影响必须由自己去填补，履行法定义务，并向生态补偿基金平台支付费用。超出义务的部分才有权获得资金补偿。这方面的观点，我在《新时代进程中的生态补偿权利的生成》中有所阐述。
省级生态补偿基金的平台还应该再往基层复制下去，除了政府应得到补偿资金，受到限制的资源利用行为人也应得到补偿利益的分配，且这些主体才是真正应当得到补偿的。要明确什么是赔偿、什么是补偿，什么是真正的交易。补偿是基于公平的，付费交易是商品量化的按照市场价值的给付，两者在性质和程度上都是不同的。
二、充分考虑在法体系中的适恰和协调性《长江保护法》的目标是保护和发展并重，保护优先。但是如何把生态优先、绿色发展贯彻下去，这是在制度层面需要去构划的。在立法协调的问题上，我们应该思考已经有这么多部涉水法律，为什么这些法仍然功能不到位的问题。首先要看看这些法在哪些制度层面是存在滞涨的，要找出现有制度的症结，水利和环保在机构改革之后仍然存在机构协调问题。水量和水质的联合监测问题是需要考虑的。
新制度层面怎么贯彻生态保护优先？在区划上已经有所推进，生物多样性区划、自然保护区划、生态功能区划，各个部委在建构不同的自然保护区划和制度，应该考虑将其协调起来，以自然生态的蓝图进行产业布局。在这个基础之上，我比较赞成环保部作为以大保护为主的部门，享有相对高级别和强大的主导权。
政府之间进行协议完成合作执法是一种创新，但是这种创新构成对合宪性的追问和挑战，因此在制度设计上存在一定困难。我认为，制定一个普遍性的流域管理法是必要的，应当由普通的基本法律而不是《长江保护法》这一特别法，来确定这类适用于七大流域管理普遍性制度和体制，黄河、珠江流域都非常重要。长江保护很多实施性的问题则可以由流域各省区地方性法规来消化。在这个意义上，《长江保护法》或许是一个非常重要但却是暂时的决策和立法安排，是现在长江罹患重症的对症立法。长江立法倡议已有20多年了，过去长江立法不能推进的原因是什么？不能简单说是权力的意志推动了长江保护立法的进程，而应该认真研究，把其法技术上的阻碍因素挖掘出来，那些因素就是这次立法的要点，当然也就是难点所在。