《长江保护法》的本质是运用法律服务于国家的发展战略。这一法律的功能，突破了我们对法律功能的一般想象。一个推动长江流域发展战略的实现的公权力机构，需要站位很高，可能需要站在一个总理的高度来实现。《长江保护法》主要是调整央地之间对长江及其有关资源进行功能上的分配。例如，水资源功能的分配涵盖了航运、旅游和消解水污染物的功能。还有一个是地方之间的资源和权力分配。所以，《长江保护法》是关于长江及其相关资源在地方政府之间以及不同功能之间的分配。这一分配需要通过流域规划来实现。

由于《长江保护法》关涉中央政府与地方政府之间的关系问题，因此首先要注意此法与宪法和相关宪法性文件的关系问题。长江保护法的出台首先需要考虑眼下宪法与宪法文件中关于央地关系有哪些框架，《长江保护法》在这个框架之下能够做哪些适应和微调。其次，要重视长江流域补偿机制问题、流域省份之间生态补偿协议的性质问题，如果出现了纠纷通过什么方式解决？关于地方政府之间发生的争议，共同的上级政府能不能干预、程度如何？如果地方政府相互补偿，还涉及到预算法的问题，这与预算法是否存在冲突？最后，《长江保护法》与行政法之间的问题。保护法最终一定是落实到企业开发活动的禁止与限制的问题上，涉及到行政法的关系问题。长江流域开发受到限制的理由是什么？没有违反相关法律，不批建设项目或者限制发展，于法无据。《长江保护法》如何通过行政行为或者抽象行政行为落实下去？这样就涉及到规范主义与功能主义区分的问题。要实现这个功能，怎么把长江法的目的融贯到形式上的操作？这部法律集中了相当多的前沿、复杂、敏感的问题, 难度非常大。